Este documento presenta el modelado de enzimas extremófilas usando el programa CN3D V.4.3.1. Se seleccionaron cinco enzimas de microorganismos que viven en condiciones extremas de calor, frío o alta salinidad. Se determinó la estructura molecular de cada enzima y su secuencia de aminoácidos. Los resultados muestran que las enzimas extremófilas tienen aplicaciones potenciales en biotecnología debido a su estabilidad en condiciones adversas.
Alineamiento de secuencias de adn y generación deMariaArrazola3
Este documento describe el proceso de alineamiento de secuencias de ADN y generación de un árbol filogenético utilizando el programa MEGA. Se alinearon 15 secuencias del gen nifH utilizando MUSCLE y se construyó un árbol filogenético que muestra dos grupos principales, uno formado por Mesorhizobium albiziae y Mesorhizobium septentrionale con una cercanía del 100% y otro formado por Azospirillum brasilense y Azospirillum formosense también con una cercanía del 100%.
Estructura 3D De Una Familia Termófila Gh11 Xilanasa De Thermobifida Fusca (1...Diegofernando556570
El documento describe el uso del programa Cn3D para analizar enzimas extremófilas. Se busca una enzima de interés usando el buscador de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU. Luego, se analiza la estructura tridimensional de la enzima y se compara con otras enzimas similares utilizando herramientas como BLAST. El documento presenta ejemplos detallados de análisis de estructuras de enzimas extremófilas como xilanasas y quitinasas.
MODELACION DE ENZIMA EXTREMOFILAS DE INTERES BIOTENCOLOGICO USANDO EL PROGRAM VictorAndreValdiviaG
El programa se puede aplicar en biotecnología como una alternativa para el desarrollo industrial, debido a que presenta herramientas necesarias para modificar productos, sistemas, entre otros, esto dará como resultado que la aplicación sea sustentable y se genere ganancia, como los microorganismos extremofilos el cual puede ser una opción para la aplicación en biotecnología
MODELACION DE ENZIMA EXTREMOFILAS DE INTERES BIOTENCOLOGICO USANDO EL PROGRAM VictorAndreValdiviaG
Este informe presenta los resultados de un proyecto para modelar enzimas extremófilas usando el programa CN3D V. 4.3.1. Se obtuvieron las secuencias de cuatro enzimas de organismos que viven en condiciones extremas y se visualizaron sus estructuras tridimensionales. El proyecto logró su objetivo de determinar las estructuras moleculares de enzimas extremófilas y familiarizarse con el programa, lo que puede aplicarse en el campo de la ingeniería ambiental.
Mega resumen del segundo practico de biología Advertencia la aprovacion es ga...University of Antofagasta
este mega resumen es una compilacion de todo el laboratorio. lo esencial que necesitas para pasar el laboratorio.
incluye preguntas para practicar , material inedito , fotos porno para motivarte y ademas trae un CD de talia!
Este documento presenta un informe sobre el reconocimiento de equipos de biología molecular en el laboratorio de la Universidad Nacional de Moquegua. Describe dos equipos principales: 1) una centrífuga refrigerada que separa sustancias a temperaturas controladas, y 2) un sistema de electroforesis que separa fragmentos de ADN por tamaño usando geles y corriente eléctrica. El documento explica las funciones y partes de cada equipo, concluyendo que su conocimiento y uso adecuado son importantes para avanzar en la biotecn
Investigacion: Efectos de los factores ambientales sobre procariotasAndrea Morales
Este documento describe los efectos de varios factores ambientales como la temperatura, la desecación, las radiaciones y el pH sobre las células procariotas. Explica que la temperatura afecta la tasa de crecimiento de las bacterias y define las temperaturas cardinales. También describe cómo las bajas temperaturas pueden dañar las células a través de la cristalización intracelular y la desnaturalización de proteínas. Finalmente, señala que la liofilización y la desecación al vacío pueden mantener la viabilidad bacter
Práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el prog...RosalindaApazaapaza
El documento describe el uso del programa SnapGene para simular una electroforesis en gel de agarosa utilizando secuencias de ADN extraídas de un artículo científico. El objetivo es aplicar la simulación para analizar 13 secuencias de bacterias. Se utilizan las herramientas de SnapGene y la base de datos NCBI para obtener las secuencias y realizar la simulación que muestra el comportamiento esperado de los nucleótidos en el gel de agarosa.
Alineamiento de secuencias de adn y generación deMariaArrazola3
Este documento describe el proceso de alineamiento de secuencias de ADN y generación de un árbol filogenético utilizando el programa MEGA. Se alinearon 15 secuencias del gen nifH utilizando MUSCLE y se construyó un árbol filogenético que muestra dos grupos principales, uno formado por Mesorhizobium albiziae y Mesorhizobium septentrionale con una cercanía del 100% y otro formado por Azospirillum brasilense y Azospirillum formosense también con una cercanía del 100%.
Estructura 3D De Una Familia Termófila Gh11 Xilanasa De Thermobifida Fusca (1...Diegofernando556570
El documento describe el uso del programa Cn3D para analizar enzimas extremófilas. Se busca una enzima de interés usando el buscador de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU. Luego, se analiza la estructura tridimensional de la enzima y se compara con otras enzimas similares utilizando herramientas como BLAST. El documento presenta ejemplos detallados de análisis de estructuras de enzimas extremófilas como xilanasas y quitinasas.
MODELACION DE ENZIMA EXTREMOFILAS DE INTERES BIOTENCOLOGICO USANDO EL PROGRAM VictorAndreValdiviaG
El programa se puede aplicar en biotecnología como una alternativa para el desarrollo industrial, debido a que presenta herramientas necesarias para modificar productos, sistemas, entre otros, esto dará como resultado que la aplicación sea sustentable y se genere ganancia, como los microorganismos extremofilos el cual puede ser una opción para la aplicación en biotecnología
MODELACION DE ENZIMA EXTREMOFILAS DE INTERES BIOTENCOLOGICO USANDO EL PROGRAM VictorAndreValdiviaG
Este informe presenta los resultados de un proyecto para modelar enzimas extremófilas usando el programa CN3D V. 4.3.1. Se obtuvieron las secuencias de cuatro enzimas de organismos que viven en condiciones extremas y se visualizaron sus estructuras tridimensionales. El proyecto logró su objetivo de determinar las estructuras moleculares de enzimas extremófilas y familiarizarse con el programa, lo que puede aplicarse en el campo de la ingeniería ambiental.
Mega resumen del segundo practico de biología Advertencia la aprovacion es ga...University of Antofagasta
este mega resumen es una compilacion de todo el laboratorio. lo esencial que necesitas para pasar el laboratorio.
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Este documento presenta un informe sobre el reconocimiento de equipos de biología molecular en el laboratorio de la Universidad Nacional de Moquegua. Describe dos equipos principales: 1) una centrífuga refrigerada que separa sustancias a temperaturas controladas, y 2) un sistema de electroforesis que separa fragmentos de ADN por tamaño usando geles y corriente eléctrica. El documento explica las funciones y partes de cada equipo, concluyendo que su conocimiento y uso adecuado son importantes para avanzar en la biotecn
Investigacion: Efectos de los factores ambientales sobre procariotasAndrea Morales
Este documento describe los efectos de varios factores ambientales como la temperatura, la desecación, las radiaciones y el pH sobre las células procariotas. Explica que la temperatura afecta la tasa de crecimiento de las bacterias y define las temperaturas cardinales. También describe cómo las bajas temperaturas pueden dañar las células a través de la cristalización intracelular y la desnaturalización de proteínas. Finalmente, señala que la liofilización y la desecación al vacío pueden mantener la viabilidad bacter
Práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el prog...RosalindaApazaapaza
El documento describe el uso del programa SnapGene para simular una electroforesis en gel de agarosa utilizando secuencias de ADN extraídas de un artículo científico. El objetivo es aplicar la simulación para analizar 13 secuencias de bacterias. Se utilizan las herramientas de SnapGene y la base de datos NCBI para obtener las secuencias y realizar la simulación que muestra el comportamiento esperado de los nucleótidos en el gel de agarosa.
Este documento presenta los resultados de una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el software Snapgene. Se descargaron las secuencias del gen 16S de 10 especies bacterianas de la base de datos NCBI y se cargaron en Snapgene. Luego, se simuló un gel de agarosa del 1% para visualizar el comportamiento de las secuencias al someterlas a electroforesis.
Simulación de Electroforesis en Gel de Agarosa utilizando el programa Snap GeneBrayan Chipana
SnapGene proporciona una forma sencilla y segura de planificar, visualizar y documentar los procedimientos diarios de biología molecular. El software tiene una interfaz intuitiva que puede realizar visualización de secuencias de ADN, anotación de secuencias, edición de secuencias, clonación, visualización de proteínas y simulación de métodos de clonación comunes.
Este documento describe métodos para aislar y purificar ADN plasmídico de E. coli y ADN vegetal infectado con Clavibacter michiganensis, así como detectar estas secuencias mediante electroforesis en gel de agarosa y reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Se utilizan lisis alcalina y el método CTAB para extraer ADN de bacterias y plantas, respectivamente. Las enzimas de restricción y la PCR permiten identificar regiones específicas de ADN. Los resultados se analizan usando electroforesis en gel de agarosa.
GRUPO 1A - TERMOCICLADOR CONVENCIONAL Y EN TIEMPO REAL.pdfMaferCceres2
El documento describe la elaboración de maquetas de dos tipos de termocicladores utilizados en PCR. Se realizaron maquetas de un termociclador convencional y uno en tiempo real utilizando materiales reciclados. Se explican los componentes, funciones y procesos de ambos equipos, así como las etapas para construir las maquetas.
El uso de agentes de control biológico antagonistas del suelo, tales como Trichoderma sp., es reconocido ampliamente como un método de lucha contra enfermedades causadas por hongos del suelo. Diversas cepas han sido evaluadas, determinando su efecto inductor de mecanismos de defensa local y sistémico, por medio de interacciones entre el antagonista con las raíces, conduciendo a la acumulación de moléculas de defensa, como las peroxidasas. Al efecto, para evaluar la presencia de diferentes compuestos inductores de la resistencia a diversas enfermedades se realizó la presente actividad de laboratorio, evaluando las cepas de Trichoderma sp. LIG064 y LIG006. El material para la extracción de proteínas e isoenzimas, y la separación mediante electroforesis en geles de poliacrilamida SDS-PAGE, se realizó siguiendo el protocolo modificado citado por Salazar et al. (2011). En general, la lectura de las bandas permitió diferenciar la presencia de elementos inductores de control biológico en las cepas de Trichoderma sp. evaluadas.
La extracción del ADN constituye el primer y fundamental paso para cualquier tipo de estudio o propósito científico en el campo de la Biología Molecular, por lo que es de vital importancia tener una muestra de ADN de buena calidad. Para obtener un ADN de buena calidad, frecuentemente se requiere tener conocimiento de un buen método de aislamiento. En este estudio se realizó el método fenol cloroformo
Phenol:Chloroform:Isoamyl Alcohol(25:24:1) de SIGMA Labs., basado en el método de fenol-cloroformo, que se fundamenta en el uso de solventes orgánicos que por diferencia de densidades y por su capacidad para degradar proteínas permite la purificación de aislamiento de ADN
Las características de un organismo están especificadas en su información genética, la cual se establece como una secuencia de ácidos nucleicos, donde la suma total de esta secuencia es lo que conforma su genoma
Este documento describe los objetivos y metodología de una práctica de laboratorio sobre la extracción y determinación de la actividad biológica de lectinas vegetales. Los estudiantes extraerán lectinas de semillas vegetales, determinarán su actividad hemoaglutinante, cuantificarán la cantidad de lectinas mediante el método de Bradford y confirmarán sus pesos moleculares a través de electroforesis SDS-PAGE.
Este documento describe cómo simular una electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa SnapGene. Explica los pasos para descargar secuencias de ADN del NCBI, abrir el programa SnapGene, agregar las secuencias al simulador de gel de agarosa, y evaluar el comportamiento de los fragmentos de ADN en la simulación. El objetivo es practicar el procedimiento de electroforesis en gel de agarosa de una manera sencilla y segura.
SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL SOFTWARE SNAPGEN...SalmaAnco1
Este documento describe una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el software SnapGene. Se descargaron 13 secuencias de ADN de una publicación científica y se importaron al software. Luego se simuló la electroforesis para cada secuencia de ADN de forma individual obteniendo los resultados esperados. El objetivo fue comprender el procedimiento de simulación de electroforesis en gel de agarosa a través del uso del software SnapGene.
Práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosaEmilyCusilayme
Este documento describe una práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa SnapGene con datos de un artículo científico. El objetivo era identificar las secuencias de bacterias en agua y suelo contaminados por petróleo. Se copiaron códigos de acceso de NCBI, se guardaron las secuencias en formato FASTA y se abrieron en SnapGene para visualizar los mapas genéticos lineales y circulares. Finalmente, se concluyó que la metagenómica es una herramienta útil
MARTINEZ JIMENEZ OLGA RAMIRA - PRACTICA N°1 INSTRUMENTOS DE LABORATORIO DE BI...olga20022017
Este documento describe varios equipos utilizados en el laboratorio de biotecnología de la Universidad Nacional de Moquegua. Describe una centrifuga refrigerada, un sistema de electroforesis, tubos Eppendorf, micropipetas, una mini centrifuga, un fotodocumentador, dos termocicladores y un espectrofotómetro. Explica las funciones de cada equipo y cómo se utilizan para realizar tareas como separar muestras, identificar microorganismos, medir concentraciones de ácidos nucleicos y realizar reacciones de PCR
INFORME SOBRE TECNICAS MOLECULARES-ELECTROFORESIS.pdfCynthiaTChavez
Este documento describe los pasos realizados para simular un gel de agarosa usando el software SnapGene. Se obtuvieron secuencias de un artículo y se buscaron en NCBI para exportarlos a formato FASTA. Luego se abrieron en SnapGene, se guardaron como archivos SnapGene DNA y se simuló el gel de agarosa. Los resultados mostraron la migración de las secuencias en el gel.
SIMULACION MOLECULAR DE ADN USANDO EL SOFTWARE SNAPGENE.pdfAnyeliCossiCruz
Este documento describe el uso del software SnapGene para simular procesos moleculares relacionados con el ADN, como la electroforesis en gel de agarosa. Explica brevemente el descubrimiento del ADN y proporciona detalles sobre SnapGene, la electroforesis, el ADN y los geles de agarosa. A continuación, detalla la metodología para descargar secuencias de ADN de la página web NCBI y simular una electroforesis en gel de agarosa usando SnapGene. Finalmente, presenta conclusiones sobre lo aprendido con respecto a la
1) El documento introduce la técnica de PCR-ITS para la caracterización molecular de organismos fúngicos mediante la amplificación de las regiones ITS1 e ITS2 de los genes ribosomales rRNA, lo que permite la identificación de especies fúngicas. 2) Explica detalladamente los pasos para realizar esta técnica, incluyendo la extracción de ADN, PCR, secuenciación, análisis de secuencias y filogenéticos. 3) También proporciona ejemplos y referencias de aplicaciones de esta técnica molecular
1) El documento introduce la técnica de PCR-ITS para la caracterización molecular de organismos fúngicos mediante la amplificación de las regiones ITS1 e ITS2 de los genes ribosomales rRNA, lo que permite la identificación de especies fúngicas. 2) Explica detalladamente los pasos para realizar esta técnica, incluyendo la extracción de ADN, PCR, secuenciación, análisis de secuencias y análisis filogenéticos. 3) También proporciona ejemplos y referencias de bases de datos mole
Simulación de electroforesis en gel de agarosaLizApaza5
Este documento describe la simulación de electroforesis en gel de agarosa usando el software SnapGene con cepas bacterianas aisladas de un sitio contaminado con derrame de petróleo. El objetivo es entender el funcionamiento de la electroforesis en gel de agarosa mediante la simulación de 13 muestras bacterianas. Se explican conceptos como electroforesis, gel de agarosa, y el software SnapGene, el cual permite realizar la simulación de manera flexible. Luego, la metodología describe los materiales y métodos para llevar a cabo la simul
SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA EMPLEANDO EL SOFTWARE SNAPGENE...ShirleyColana
Este documento presenta un informe sobre la simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el software SnapGene. Se describen brevemente los conceptos clave de electroforesis, ADN, gel de agarosa y simulación molecular. Luego, se detallan los pasos seguidos para descargar secuencias de ADN de un artículo científico, abrirlas en SnapGene y simular su separación en un gel de agarosa. El resultado final fue una simulación del patrón de bandas que se obtendría al separar las muestras de ADN por
SIMULACIÓN MOLECULAR DE ADN USANDO EL SOFTWARE SNAPGENE-CUELA CAMACHO AGUSTÍN...AgustnJuniorCuelaCam
Este documento describe la simulación de electroforesis de ADN usando el software SnapGene. Presenta información sobre NCBI, electroforesis, SnapGene y agarosa. Luego detalla los pasos del método, que incluyen descargar secuencias de ADN del NCBI, importarlas a SnapGene, y simular su separación en un gel de agarosa usando la herramienta de simulación de gel de SnapGene. Concluye que SnapGene es útil para visualizar y editar secuencias de ADN, y que la electroforesis separa fragmentos de ADN por tama
En el informe se describe una visita técnica al géiser de Titire donde se recolectaron muestras de agua, sedimento y musgo. Las muestras fueron analizadas en el laboratorio de microbiología utilizando un microscopio para identificar las diferentes bacterias extremófilas presentes, como las que soportan altas temperaturas.
La monografía presenta información sobre microorganismos eficientes y sus aplicaciones en el medio ambiente. Revisa 15 artículos sobre este tema usando una metodología de revisión bibliográfica. Los resultados muestran que los microorganismos eficientes pueden usarse para elaborar compost, mejorar la producción agrícola de cultivos como frijol y tomate, y mejorar indicadores bioproductivos en animales. La discusión analiza los efectos positivos reportados en los estudios sobre la germinación de semillas, producción de biomasa y rendim
Este documento presenta los resultados de una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el software Snapgene. Se descargaron las secuencias del gen 16S de 10 especies bacterianas de la base de datos NCBI y se cargaron en Snapgene. Luego, se simuló un gel de agarosa del 1% para visualizar el comportamiento de las secuencias al someterlas a electroforesis.
Simulación de Electroforesis en Gel de Agarosa utilizando el programa Snap GeneBrayan Chipana
SnapGene proporciona una forma sencilla y segura de planificar, visualizar y documentar los procedimientos diarios de biología molecular. El software tiene una interfaz intuitiva que puede realizar visualización de secuencias de ADN, anotación de secuencias, edición de secuencias, clonación, visualización de proteínas y simulación de métodos de clonación comunes.
Este documento describe métodos para aislar y purificar ADN plasmídico de E. coli y ADN vegetal infectado con Clavibacter michiganensis, así como detectar estas secuencias mediante electroforesis en gel de agarosa y reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Se utilizan lisis alcalina y el método CTAB para extraer ADN de bacterias y plantas, respectivamente. Las enzimas de restricción y la PCR permiten identificar regiones específicas de ADN. Los resultados se analizan usando electroforesis en gel de agarosa.
GRUPO 1A - TERMOCICLADOR CONVENCIONAL Y EN TIEMPO REAL.pdfMaferCceres2
El documento describe la elaboración de maquetas de dos tipos de termocicladores utilizados en PCR. Se realizaron maquetas de un termociclador convencional y uno en tiempo real utilizando materiales reciclados. Se explican los componentes, funciones y procesos de ambos equipos, así como las etapas para construir las maquetas.
El uso de agentes de control biológico antagonistas del suelo, tales como Trichoderma sp., es reconocido ampliamente como un método de lucha contra enfermedades causadas por hongos del suelo. Diversas cepas han sido evaluadas, determinando su efecto inductor de mecanismos de defensa local y sistémico, por medio de interacciones entre el antagonista con las raíces, conduciendo a la acumulación de moléculas de defensa, como las peroxidasas. Al efecto, para evaluar la presencia de diferentes compuestos inductores de la resistencia a diversas enfermedades se realizó la presente actividad de laboratorio, evaluando las cepas de Trichoderma sp. LIG064 y LIG006. El material para la extracción de proteínas e isoenzimas, y la separación mediante electroforesis en geles de poliacrilamida SDS-PAGE, se realizó siguiendo el protocolo modificado citado por Salazar et al. (2011). En general, la lectura de las bandas permitió diferenciar la presencia de elementos inductores de control biológico en las cepas de Trichoderma sp. evaluadas.
La extracción del ADN constituye el primer y fundamental paso para cualquier tipo de estudio o propósito científico en el campo de la Biología Molecular, por lo que es de vital importancia tener una muestra de ADN de buena calidad. Para obtener un ADN de buena calidad, frecuentemente se requiere tener conocimiento de un buen método de aislamiento. En este estudio se realizó el método fenol cloroformo
Phenol:Chloroform:Isoamyl Alcohol(25:24:1) de SIGMA Labs., basado en el método de fenol-cloroformo, que se fundamenta en el uso de solventes orgánicos que por diferencia de densidades y por su capacidad para degradar proteínas permite la purificación de aislamiento de ADN
Las características de un organismo están especificadas en su información genética, la cual se establece como una secuencia de ácidos nucleicos, donde la suma total de esta secuencia es lo que conforma su genoma
Este documento describe los objetivos y metodología de una práctica de laboratorio sobre la extracción y determinación de la actividad biológica de lectinas vegetales. Los estudiantes extraerán lectinas de semillas vegetales, determinarán su actividad hemoaglutinante, cuantificarán la cantidad de lectinas mediante el método de Bradford y confirmarán sus pesos moleculares a través de electroforesis SDS-PAGE.
Este documento describe cómo simular una electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa SnapGene. Explica los pasos para descargar secuencias de ADN del NCBI, abrir el programa SnapGene, agregar las secuencias al simulador de gel de agarosa, y evaluar el comportamiento de los fragmentos de ADN en la simulación. El objetivo es practicar el procedimiento de electroforesis en gel de agarosa de una manera sencilla y segura.
SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL SOFTWARE SNAPGEN...SalmaAnco1
Este documento describe una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el software SnapGene. Se descargaron 13 secuencias de ADN de una publicación científica y se importaron al software. Luego se simuló la electroforesis para cada secuencia de ADN de forma individual obteniendo los resultados esperados. El objetivo fue comprender el procedimiento de simulación de electroforesis en gel de agarosa a través del uso del software SnapGene.
Práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosaEmilyCusilayme
Este documento describe una práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa SnapGene con datos de un artículo científico. El objetivo era identificar las secuencias de bacterias en agua y suelo contaminados por petróleo. Se copiaron códigos de acceso de NCBI, se guardaron las secuencias en formato FASTA y se abrieron en SnapGene para visualizar los mapas genéticos lineales y circulares. Finalmente, se concluyó que la metagenómica es una herramienta útil
MARTINEZ JIMENEZ OLGA RAMIRA - PRACTICA N°1 INSTRUMENTOS DE LABORATORIO DE BI...olga20022017
Este documento describe varios equipos utilizados en el laboratorio de biotecnología de la Universidad Nacional de Moquegua. Describe una centrifuga refrigerada, un sistema de electroforesis, tubos Eppendorf, micropipetas, una mini centrifuga, un fotodocumentador, dos termocicladores y un espectrofotómetro. Explica las funciones de cada equipo y cómo se utilizan para realizar tareas como separar muestras, identificar microorganismos, medir concentraciones de ácidos nucleicos y realizar reacciones de PCR
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Este documento describe los pasos realizados para simular un gel de agarosa usando el software SnapGene. Se obtuvieron secuencias de un artículo y se buscaron en NCBI para exportarlos a formato FASTA. Luego se abrieron en SnapGene, se guardaron como archivos SnapGene DNA y se simuló el gel de agarosa. Los resultados mostraron la migración de las secuencias en el gel.
SIMULACION MOLECULAR DE ADN USANDO EL SOFTWARE SNAPGENE.pdfAnyeliCossiCruz
Este documento describe el uso del software SnapGene para simular procesos moleculares relacionados con el ADN, como la electroforesis en gel de agarosa. Explica brevemente el descubrimiento del ADN y proporciona detalles sobre SnapGene, la electroforesis, el ADN y los geles de agarosa. A continuación, detalla la metodología para descargar secuencias de ADN de la página web NCBI y simular una electroforesis en gel de agarosa usando SnapGene. Finalmente, presenta conclusiones sobre lo aprendido con respecto a la
1) El documento introduce la técnica de PCR-ITS para la caracterización molecular de organismos fúngicos mediante la amplificación de las regiones ITS1 e ITS2 de los genes ribosomales rRNA, lo que permite la identificación de especies fúngicas. 2) Explica detalladamente los pasos para realizar esta técnica, incluyendo la extracción de ADN, PCR, secuenciación, análisis de secuencias y filogenéticos. 3) También proporciona ejemplos y referencias de aplicaciones de esta técnica molecular
1) El documento introduce la técnica de PCR-ITS para la caracterización molecular de organismos fúngicos mediante la amplificación de las regiones ITS1 e ITS2 de los genes ribosomales rRNA, lo que permite la identificación de especies fúngicas. 2) Explica detalladamente los pasos para realizar esta técnica, incluyendo la extracción de ADN, PCR, secuenciación, análisis de secuencias y análisis filogenéticos. 3) También proporciona ejemplos y referencias de bases de datos mole
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Este documento describe la simulación de electroforesis en gel de agarosa usando el software SnapGene con cepas bacterianas aisladas de un sitio contaminado con derrame de petróleo. El objetivo es entender el funcionamiento de la electroforesis en gel de agarosa mediante la simulación de 13 muestras bacterianas. Se explican conceptos como electroforesis, gel de agarosa, y el software SnapGene, el cual permite realizar la simulación de manera flexible. Luego, la metodología describe los materiales y métodos para llevar a cabo la simul
SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA EMPLEANDO EL SOFTWARE SNAPGENE...ShirleyColana
Este documento presenta un informe sobre la simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el software SnapGene. Se describen brevemente los conceptos clave de electroforesis, ADN, gel de agarosa y simulación molecular. Luego, se detallan los pasos seguidos para descargar secuencias de ADN de un artículo científico, abrirlas en SnapGene y simular su separación en un gel de agarosa. El resultado final fue una simulación del patrón de bandas que se obtendría al separar las muestras de ADN por
SIMULACIÓN MOLECULAR DE ADN USANDO EL SOFTWARE SNAPGENE-CUELA CAMACHO AGUSTÍN...AgustnJuniorCuelaCam
Este documento describe la simulación de electroforesis de ADN usando el software SnapGene. Presenta información sobre NCBI, electroforesis, SnapGene y agarosa. Luego detalla los pasos del método, que incluyen descargar secuencias de ADN del NCBI, importarlas a SnapGene, y simular su separación en un gel de agarosa usando la herramienta de simulación de gel de SnapGene. Concluye que SnapGene es útil para visualizar y editar secuencias de ADN, y que la electroforesis separa fragmentos de ADN por tama
En el informe se describe una visita técnica al géiser de Titire donde se recolectaron muestras de agua, sedimento y musgo. Las muestras fueron analizadas en el laboratorio de microbiología utilizando un microscopio para identificar las diferentes bacterias extremófilas presentes, como las que soportan altas temperaturas.
La monografía presenta información sobre microorganismos eficientes y sus aplicaciones en el medio ambiente. Revisa 15 artículos sobre este tema usando una metodología de revisión bibliográfica. Los resultados muestran que los microorganismos eficientes pueden usarse para elaborar compost, mejorar la producción agrícola de cultivos como frijol y tomate, y mejorar indicadores bioproductivos en animales. La discusión analiza los efectos positivos reportados en los estudios sobre la germinación de semillas, producción de biomasa y rendim
Este documento presenta una monografía sobre microorganismos eficientes y sus aplicaciones en el medio ambiente. Describe que los microorganismos eficientes, conocidos como EM, ayudan a restaurar el equilibrio del suelo y son usados en producción agrícola, compostaje y más. La metodología consistió en una revisión bibliográfica de 15 artículos sobre EM y sus aplicaciones. Los resultados mostraron la efectividad de los EM para producir compost, mejorar la germinación de semillas y el rendimiento de cultivos. Se con
Este documento evalúa la capacidad de nueve cepas bacterianas nativas de Venezuela para fijar nitrógeno atmosférico. Las cepas se dividieron en dos grupos y se cultivaron en medios de Ashby y Dimargon. El Grupo 1 puede aportar entre 46-50 kg N/ha y el Grupo 2 entre 39-48 kg N/ha. Los resultados muestran que estas cepas tienen potencial para ser usadas como biofertilizantes, ayudando a incrementar la productividad de suelos ácidos de manera sostenible.
El documento describe diferentes tipos de microorganismos extremófilos que pueden sobrevivir en condiciones ambientales extremas como altas temperaturas, alta salinidad, pH alto o bajo. Se enfoca en los actinomicetos halófilos, bacterias filamentosas que viven en ambientes altamente salinos, y menciona que en México se han encontrado varias cepas de estos microorganismos, siendo potenciales fuentes de productos biotecnológicos.
Este documento describe el procedimiento para preparar medios de cultivo microbiológico. Se elaboraron 16 medios de cultivo usando agar nutriente esterilizado en autoclave. Cada medio fue expuesto en diferentes ambientes por 24 horas y luego analizado, mostrando mayor crecimiento microbiano en áreas con más contaminación como baños versus dormitorios.
Este documento describe varios equipos clave en el laboratorio de biotecnología de la Universidad Nacional de Moquegua. Incluye una cámara de PCR, un sistema de electroforesis, un ultracongelador, una centrífuga refrigerada y un termociclador. Cada equipo cumple una función específica como la amplificación de ADN, separación de fragmentos de ADN, almacenamiento de muestras a bajas temperaturas, separación de células y tejidos, y reacciones de PCR respectivamente. El documento proporciona
Este documento presenta un resumen de la biotecnología. Explica que la biotecnología implica la aplicación de la ciencia y la ingeniería a organismos vivos para crear o modificar procesos o productos. Luego describe brevemente la historia de la biotecnología desde el año 6000 a.C. hasta la actualidad, los campos de la biotecnología como la medicina y la agricultura, y los tipos como la biotecnología microbiana y la moderna. Finalmente, menciona algunas ventajas
El documento discute la biotecnología ambiental y su relación con la ecología microbiana. La biotecnología ambiental aplica herramientas biotecnológicas para abordar problemas ambientales como el tratamiento de aguas residuales, utilizando comunidades microbianas. Sin embargo, la formación de los biotecnólogos a menudo carece de bases ecológicas, y la biotecnología ambiental sigue siendo un campo secundario. Se necesita una mayor integración de la biotecnología y la ecología
La Unidad Eudista de Espiritualidad se complace en poner a su disposición el siguiente Triduo Eudista, que tiene como propósito ofrecer tres breves meditaciones sobre Jesucristo Sumo y Eterno Sacerdote, el Sagrado Corazón de Jesús y el Inmaculado Corazón de María. En cada día encuentran una oración inicial, una meditación y una oración final.
LA PEDAGOGIA AUTOGESTONARIA EN EL PROCESO DE ENSEÑANZA APRENDIZAJEjecgjv
La Pedagogía Autogestionaria es un enfoque educativo que busca transformar la educación mediante la participación directa de estudiantes, profesores y padres en la gestión de todas las esferas de la vida escolar.
1. 1
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍAAMBIENTAL
“MODELACIÓN DE ENZIMAS EXTREMÓFILAS DE INTERÉS
BIOTECNOLÓGICO USANDO EL PROGRAMA CN3D V.4.3.1"
DOCENTE:
Dr. SOTO GONZALES, HEBERT HERNAN
PRESENTADO POR:
CHUNGA CORMILLUNI, DAYANA YOSSELYN
OBANDO OVIEDO, FLAVIA LISSETH
CURSO:
BIOTECNOLOGÍA
CICLO:
VII
2 de Diciembre del 2022
3. 3
1. INTRODUCCIÓN
Durante mucho tiempo se pensó que era imposible encontrar algún organismo que viviera
en sitios con condiciones extremas, inhabitables para la gran mayoría de los organismos
conocidos, como es el caso de temperaturas superiores a 80ºC, presiones aplastantes,
oscuridad total, altas concentraciones de sales o minerales, ambientes muy ácidos, o sitios
de temperaturas extremadamente bajas.
Existen microorganismos extremófilos en todos los dominios de la vida, se tiene
extremófilos que pertenecen al dominio Bacteria, como puede ser Psychromonas
ingrahamii, muchos ejemplos del dominio Archaea, como Haloferax volcanii, pero
incluso se tiene representantes del dominio Eukarya, como pueden ser algunas algas o los
conocidos tardígrados. Sin embargo, la gran mayoría son microorganismos procariotas,
bacterias y arqueas, son los grupos más abundantes. A pesar de que la mayoría aún
permanecen desconocidos, los humanos se han beneficiado de estos organismos de
muchas formas, utilizando principalmente sus enzimas en diferentes industrias.
Los extremófilos tienen numerosas aplicaciones, pero también causan problemas, como
contaminación, corrosión, entre otros. (Krasimirova, 2020)
2. OBJETIVOS
● Determinar la estructura molecular de las enzimas extremófilas
● Aplicación de enzimas extremófilas en Ingeniería Ambiental
3. MARCO TEÓRICO
3.1. MICROORGANISMOS EXTREMÓFILOS
Es importante destacar que los extremófilos son “extremos” desde un punto de vista
humano. Se han encontrado en ambientes inhabitables para los humanos, donde no
4. 4
solo habitan sino que crecen y prosperan en esas condiciones extremas, hasta el punto
de ser sus nichos preferidos. Los extremófilos no solo pueden sobrevivir y tolerar
estas condiciones extremas, también han sido capaces de desarrollar numerosas
adaptaciones y evolucionar donde otros organismos no han sido capaces (Coker,
2019).
Los extremófilos se desarrollan bajo condiciones que podrían matar a la mayoría de
otras criaturas y muchos no pueden sobrevivir en los ambientes considerados
globalmente normales. Los ambientes extremos incluyen aquellos con temperaturas
muy elevadas (55-121°C) o bajas (-2-20°C), alta salinidad y alta alcalinidad (pH
arriba de 8) o alta acidez (pH menor de 4). (Ramírez & Serrano, 2006)
Figura 01: Ambientes extremos, Fuente: (Schaller, 2021)
3.2. ENZIMAS EXTREMÓFILAS
La mayoría de las enzimas usadas hasta la fecha se originan de organismos mesófilos
y, a pesar de sus muchas ventajas, el uso de estas enzimas está restringido debido a su
estabilidad limitada en los extremos de la temperatura, del pH y de la fuerza iónica.
Por otra parte, los extremófilos son una fuente potente de enzimas, que demuestran
alta estabilidad bajo condiciones extremas.
Los extremófilos han despertado el interés de varias industrias, debido a sus enzimas,
catalizadores biológicos que aceleran las reacciones químicas de la célula, como en el
caso de las arqueas extremófilas les permiten colonizar los ambientes más inhóspitos.
5. 5
Las enzimas habituales tienen ciertas limitaciones, sin embargo las extremoenzimas,
empiezan a operar justo en el punto donde las habituales dejan de funcionar. Existen
numerosos procesos industriales que requieren el uso de estos aceleradores químicos,
tal es el caso de las enzimas que participan en la producción de edulcorantes, papel,
síntesis de detergentes, elaboración de alimentos como pan y vino, tratamiento de
residuos, extracción de petróleo, obtención de biochips para la identificación de
personas y el diagnóstico de enfermedades. (Ramírez & Serrano, 2006)
Tabla 01: Clasificación de microorganismos extremófilos y algunas aplicaciones de sus
enzimas (Oliart & Manresa, 2016)
7. 7
EMBOSS Backtranseq Sitio web del NCBI
5. PROCEDIMIENTO
Para la realización del modelamiento de enzima por medio del Software CND 4.3.1. se
tuvieron que seguir indicaciones del paso a paso para que esta práctica se pueda concluir
satisfactoriamente, siguiente la siguiente metodología:
1. Se procede a ingresar a la página web NCBI para la búsqueda de la enzima de interés.
Figura 01. Sitio Web NCBI
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2. Una vez elegido el nombre de la enzima, se selecciona en estructura y
posteriormente se da click en buscar.
Figura 02. Busque de la enzima de interés
3. Una vez cargada la página seleccionamos Estructura.
Figura 03. Elección de la opción estructura
4. Ya cargados los nuevos resultados, se procede a la elección de la estructura
dependiendo de las características de adaptación específicas establecidas previamente.
Figura 04. Elección de estructura de la enzima de interés.
9. 9
5. Se continúa con la descarga del archivo en tipo cn.3.
Figura 05. Descarga de estructura de la enzima.
6. A continuación se apertura por medio del programa Cn3D 4.3.
Figura 06. Apertura de la estructura de la enzima.
7. Luego, se selecciona la primera fila de la secuencia en donde se abrirá una nueva
ventana la cual mostrará la cadena completa de la enzima de interés.
Figura 07. Resultados de acuerdo a la selección en la primera fila de la secuencia.
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8. Luego, se procede a seleccionar en FASTA para conseguir la secuencia de la enzima
y esta sea copiada.
Figura 08. Copiando secuencia completa del programa NCBI
9. Posteriormente, se inicia una nueva ventana con el programa de EMBOSS
Backtranseq para traducir la secuencia anteriormente copiada.
Figura 09. Apertura deL PROGRAMA EMBOSS Backtranseq
10. Una vez abierto el programa de EMBOSS Backtranseq se pega la secuencia para
obtener la nueva transformación de la secuencia.
Figura 10. Pegado de la secuencia anteriormente copiada.
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11. Una vez cargada la pagina web, el resultado es copiado.
Figura 11. Pàgina web BLAST
12. Se apertura el programa BLAST
Figura 12. Pàgina web BLAST
13. A continuación se procede a la apertura de una nueva ventana con el programa
BLAST pega la secuencia antes copiada y seleccionando blast para obtener el
resultado.
Figura 13. Pàgina web BLAST con la secuencia pegada para EXPLOSION
12. 12
14. Ya cargada la página se obtienen los resultados con el porcentaje de parecido con cada
especie, en donde por mayor compatibilidad se elegirá la primera opción.
Figura 14. Relación de resultados de acuerdo al orden de similitud con cada especie.
15. Finalmente se dirigirá a una ventana en la que se mostrará la secuencia por parejas, el
cual es el resultado final de la enzima de interés.
6. RESULTADOS
➔ ESTERASE HOT
5GMA: estructura cristalina de la variante P228a de la acetil esterasa de Thermotoga
Medio Ambiente: Marino
Especie: Thermotoga Maritima
Adaptación: Las enzimas de Thermotoga se sabe que son activas a temperaturas muy
altas, lo que le confiere estabilidad a esas temperaturas.
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Estructura de la enzima Esterasa Hot
Secuencia de la enzima Esterasa Hot en A,G,Cy T
➔ ESTERASE COLD 91
3I6Y: Estructura de una esterasa de la bacteria Oleispira Antarctica que degrada el
aceite la bacteria Oleispira antartica RB‐8, originalmente aislada en el océano
Medio Ambiente: Antártico
Especie: Oleispira Antarctica
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Adaptación: Esta bacteria, que se encuentra de forma natural en los océanos y mares,
es capaz de degradar hidrocarburos a muy baja temperatura (entre 4 y 6 grados
centígrados)
Estructura de la enzima Oleispira Antarctica
Secuencia de la enzima Oleispira Antarctica en A,G,Cy T
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➔ BETA GLUCOSIDASE COLD
5DT7: Estructura cristalina de la beta-glucosidasa GH1 de Exiguobacterium
antarcticum B7 en el grupo espacial C2221
Medio Ambiente: Bacteria psicotrópica aislada por primera vez de tapetes
microbianos del lago Fryxell en la Antártida son extremófilos y tienen propiedades de
interés
Especie: Exiguobacterium antarcticum
Adaptación: Capacidad de adaptación al frío, además de mejorar la comprensión de
los mecanismos de adaptación y supervivencia a bajas temperaturas.
Estructura de la enzima Exiguobacterium antarcticum
Secuencia de la enzima Exiguobacterium antarcticum en A,G,Cy T
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➔ CELLULASE HOT
3B7M: Estructura cristalina de una celulasa termoestable mesoactiva (mt Cel12a)
derivada de mutaciones no contiguas en la superficie activa de la celulasa Cel12a de
Rhodothermus
Medio Ambiente: Marino
Especie: Rhodothermus marinus
Adaptación: Es aeróbico obligado , moderadamente halófila , termófila ,
Gram-negativa y en forma de bastoncillo, alrededor de 0,5 μm de diámetro y 2-2,5 μm
de largo.
Estructura de la enzima Rhodothermus marinus
Secuencia de la enzima Rhodothermus marinus en A,G,Cy T
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7. DISCUSIÓN DE RESULTADOS
De acuerdo a lo presentado en los resultados se pueden apreciar una variabilidad de enzimas
extremófilas siendo algunas más complejas que otras por los componentes que lleva cada una
en su estructura.
Por otro lado, segùn los resultados se puede decir que la mayoría de enzimas buscadas en el
NCBI corroboradas de acuerdo al porcentaje de similitud entre otra, se puede ver que no
existe mucha compatibilidad, es decir que generalmente con las enzimas asignadas no se
parecen en mucho a otra enzimas, sino por el contrario los porcentajes de similitud bordean
los 60% -75%
8. CONCLUSIONES
● Se puede decir que se pudo realizar exitosamente la práctica de determinación de la
estructura molecular de algunas enzimas extremófilas con la ayuda de diferentes sitios
web y softwares los cuales intervinieron para que se pueda llevar a cabo.
● De acuerdo a la teoría aplicada para la elaboraciòn de la pràctica conocer los
diferentes organismo extremófilos se puede concluir diciendo que son de gran ayuda
en el campo de ingeniería ambiental ya que pueden ser usados para diferentes
metodologias de biorremedicaciòn de contaminantes tóxicos en suelos y diferentes
cuerpos de agua sin importar las condiciones extremas del lugar.
9. CUESTIONARIO
● ¿Qué es una proteína?
Las proteínas son moléculas grandes y complejas que cumplen muchas funciones
importantes en el cuerpo. Son vitales para la mayoría de los trabajos que realizan las
células y son necesarias para mantener la estructura, función y regulación de los tejidos y
órganos del cuerpo. Una proteína está formada por una o más cadenas largas, plegadas de
18. 18
aminoácidos (cada una llamada polipéptido), cuyas secuencias están determinadas por la
secuencia de ADN del gen que codifica la proteína.
Muchos genes en el genoma codifican proteínas. Se trata de moléculas de aminoácidos
unidos en una secuencia muy específica que produce una molécula funcional que puede
plegarse y ser una enzima, o ser parte de la estructura de la célula, o ser secretada y actuar
como molécula señalizadora. En total, hay miles y miles de proteínas que se producen
cada día en sus células y en su cuerpo. En el genoma humano, hay aproximadamente
20.000 genes que codifican para la producción de proteínas. (National Human Genome
Research Institute (NHGRI), 2022)
● ¿Qué son las proteínas (enzimas) extremófilas y qué aplicaciones tiene en la
biotecnología?
La enzimas extremófilas le permiten a estos microorganismos que pueden prosperar a altas
temperaturas gracias a sus enzimas y proteínas celulares estables al calor, que difieren en
pocos aminoácidos con respecto a las enzimas mesófilas (de los organismos que viven a
temperaturas usuales entre 20 y 40 grados centígrados). Estos pequeños cambios de
aminoácidos en puntos clave permiten que la proteína se pliegue en forma diferente,
proporcionándole estabilidad o resistencia al calor.
Las aplicaciones de estos microorganismos en nuevos procesos biotecnológicos han
despertado el interés en su estudio. Debido a que muchos procesos industriales se llevan a
19. 19
cabo a temperaturas elevadas, las enzimas termoestables están adquiriendo mayor
importancia como biocatalizadores; muchas de las enzimas hipertermófilas son activas a
temperaturas tan altas como 110 grados centígrados; las enzimas termófilas son
usualmente activas entre 60 y 80 grados centígrados. Las enzimas termófilas e
hipertermófilas activas a altas temperaturas no tienen actividad a temperaturas menores a
40 grados centígrados. (Suárez, 2004)
Tabla 02: Enzimas extremófilas y su aplicación, (Suárez, 2004)
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● ¿Historia de las enzimas extremófilas?
La palabra extremofilo es un neologismo que fue acuñada en 1974 por el investigador
MacElroy (MacElroy, 1974). Es un término híbrido en el que se unen la palabra del Latín
Extremus (más externo, distante o alejado) y la palabra Griega filia (atracción, afecto por)
resultando su significado en “amigo de condiciones extremas”
El término “extremófilo” se utiliza por primera vez en 1974, en un trabajo del investigador
R.D. MacElroy. Posteriormente, a medida que se han ido descubriendo nuevos
microorganismos extremos, la variedad ha ido creciendo. Así, además de los mencionados
anteriormente, los expertos hablan de anhidrobiosis para referirse a seres que viven en
ausencia de agua; barófilos, seres que viven en ambientes con presión muy alta;
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hipertermófilos, con temperaturas óptimas de crecimiento por encima de los 80º C; o
xerófilos, capaces de desarrollarse en zonas con muy baja humedad.
10. RECOMENDACIONES
● Es importante tener conocimientos previos sobre el uso y manejo de los
programas, de esta manera se podrá obtener los datos e información que se
requiere para el desarrollo de la práctica.
● Tener cuidado al momento de seleccionar los microorganismos para el
modelamiento de las enzimas, considerando que estos deben ser extremófilos,
es decir que deben habitar en ambientes extremos.
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11. BIBLIOGRAFÍA
Krasimirova, L. (2020). Los microorganismos extremófilos y sus aplicaciones
biotecnológicas. Retrieved November 29, 2022, from
https://digital.csic.es/bitstream/10261/230752/1/DIRECCION_DE_TRABAJOS8
25422.pdf
National Human Genome Research Institute (NHGRI). (2022, July 6). Proteína. National
Human Genome Research Institute. Retrieved November 29, 2022, from
https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Proteina
Oliart, R., & Manresa, Á. (2016). Utilización de microorganismos de ambientes extremos
y sus productos en el desarrollo biotecnológico. SciELO México. Retrieved
November 29, 2022, from
https://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S2007-7858201600
0200079
Ramírez, N., & Serrano, J. A. (2006, septiembre). Microorganismos extremófilos.
Actinomicetos halófilos en México. Redalyc. Retrieved November 29, 2022, from
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Schaller, B. W. (2021, September 27). Extremófilos y extremotolerantes: viviendo en los
extremos. Ko-fi. Retrieved November 29, 2022, from
https://ko-fi.com/post/Extremofilos-y-extremotolerantes-creciendo-y-medr-Z8Z2
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Suárez, C. (2004). La vida a altas temperaturas: adaptación de los microorganismos y
aplicación industrial de sus enzimas. Revista Ciencia. Retrieved November 29,
2022, from
https://www.revistaciencia.amc.edu.mx/images/revista/55_1/lavida_altas_temper
aturas.pdf