Este documento presenta los resultados de una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el software Snapgene. Se descargaron las secuencias del gen 16S de 10 especies bacterianas de la base de datos NCBI y se cargaron en Snapgene. Luego, se simuló un gel de agarosa del 1% para visualizar el comportamiento de las secuencias al someterlas a electroforesis.

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UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
FACULTAD: INGENIERÍA
CARRERA PROFESIONAL: INGENIERÍA AMBIENTAL
NOMBRE DEL CURSO
BIOINFORMÁTICA: PRÁCTICA EN
SNAPGENE
ENTREGADO POR:
DUEÑAS RODRIGUEZ, ADRIANA
MELODY
TICONA VILCA, SIORY ESTEFANY
REVISADO POR:
Dr. Hebert Hernán Soto Gonzales
junio de 2022
ILO – PERU

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UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
FACULTAD: INGENIERÍA
CARRERA PROFESIONAL: INGENIERÍA AMBIENTAL
NOMBRE DEL CURSO
BIOTECNOLOGÍA
INFORME NRO 6
BIOINFORMÁTICA: PRÁCTICA EN SNAPGENE
ENTREGADO POR:
DUEÑAS RODRÍGUEZ, ADRIANA MELODY
TICONA VILCA, SIORY ESTEFANY
REVISADO POR:
Dr. Herbet Hernan Soto Gonzalez
Junio del 2022
ILO – PERÚ

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INDICE
1. INTRODUCCIÓN................................................................................................................4
2. OBJETIVOS........................................................................................................................4
2.1. OBJETIVO GENERAL ................................................................................................4
2.2. OBJETIVOS ESPECÍFICOS.......................................................................................4
3. MARCO TEÓRICO.............................................................................................................4
3.1. SNAPGENE ................................................................................................................4
3.2. Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI)...................................5
3.3. Gel Agarosa ................................................................................................................5
3.4. Gen 16S ......................................................................................................................6
3.4.1. Funciones del Gen 16S .......................................................................................6
4. MATERIALES Y MÉTODOS..............................................................................................7
4.1. Materiales....................................................................................................................7
4.1.1. Materiales de Escritorio .......................................................................................7
4.1.2. Programas utilizados ...........................................................................................7
4.2. Metodología.................................................................................................................7
5. RESULTADOS ...................................................................................................................9
6. CONCLUSIONES.............................................................................................................10
7. BIBLIOGRAFÍA.................................................................................................................10

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1. INTRODUCCIÓN
La bioinformática es la unión de biología, de la computación y de la informática, estudia la
bioinformática, básicamente los datos acumulados sobre secuencias de ácido
desoxirribonucléico (ADN) y aminoácidos, que son proteínas Estas secuencias vienen hacer
como los ladrillos con los que están construidos los seres vivos.
La bioinformática ha permitido organizar y dar ha conocer el plan maestro de la genética de los
seres vivos, es decir de su genoma, el cual está constituido por toda la información presente en
sus moléculas de ADN. Hoy en día ya se cuenta con la información existente en genomas
completos y de esa manera, con las herramientas hoy en día disponibles para el estudio del
genoma, estamos en mejores condiciones para lograr ir descifrando cómo funcionan los seres
vivos.
SnapGene permite una forma fácil y segura de planificar, visualizar y documentar los
procedimientos diarios de biología molecular. Con una interfaz intuitiva, el software permite la
visualización de secuencias de ADN, la anotación de secuencias, la edición de secuencias, la
clonación, la visualización de proteínas y la simulación de métodos de clonación comunes. El
software también permite la documentación y el intercambio de datos.
2. OBJETIVOS
2.1.OBJETIVO GENERAL
- Realizar una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el software
Snapgene con datos obtenidos del National Center for Biotechnology.
2.2.OBJETIVOS ESPECÍFICOS
- Aprender a usar el programa SNAPGENE y aplicar sus herramientas en el curso de
Biotecnología.
- Analizar los conceptos básicos respecto al uso de los programas de simulación.
3. MARCO TEÓRICO
3.1.SNAPGENE
SnapGene es un software de biología molecular que permite a los usuarios planificar, visualizar
y documentar procedimientos de biología molecular. Seleccione los fragmentos de ADN que
desea fusionar y SnapGene diseñará los cebadores. Simplifica la planificación de una reacción
de ensamblaje Gibson y automatiza el diseño de la imprimación. SnapGene registra
automáticamente los pasos en un proyecto de clonación. Cada vez que edita una secuencia o
simula una clonación, una PCR o una mutagénesis, el procedimiento se registra
automáticamente en un historial gráfico.

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3.2.Centro Nacional para la Investigación Biotecnológica (NCBI)
El NCBI se encarga de la creación de sistemas automatizados para almacenar y analizar
conocimientos sobre biología molecular, química y genética; así también, como facilitar el uso
de dichas bases de datos y software por parte de la comunidad médica y de investigación,
coordinar esfuerzos para recopilar información biotecnológica tanto a nivel nacional como
internacional, y realizar investigaciones sobre métodos avanzados de procesamiento de
información por computadora para analizar estructura y función de moléculas biológicamente
importantes.
3.3.Gel Agarosa
La agarosa es un polímero lineal de galactosa y 3,6-anhidrogalactosa. El gel se obtiene
disolviendo la agarosa en un buffer de TAE o TBE y se funde usando un microondas, hasta
obtener una solución homogénea y transparente. La disolución se vacía en un molde y se coloca
un peine (el peine forma unos pozos donde se depositan las muestras).
Se deja enfriar para polimerizar para formar una matriz porosa variando el tamaño del poro
según la concentración de agarosa contenida en la disolución. Además, las migraciones de los
fragmentos de ADN variarán dependiendo del tamaño, conformación molecular (lineal,
circular, superenrollado), concentración de la agarosa en el gel, voltaje, dirección del campo
eléctrico, presencia de colorantes añadidos que se intercalan en el ADN (como el bromuro de
etidio y SYBR-green) y de la composición del buffer en el gel.

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3.4.Gen 16S
El gen ARNr 16S es un polirribonucleótido de aproximadamente 1500 nucleótidoscodificado por el
genrrs, también denominado ADN ribosomal 16S. Comocualquier secuencia nucleotídica de cadena
sencilla, el ARNr 16S se pliega yadquiere una estructura secundaria que se caracteriza por tener
segmentos dedoble cadena que permiten la formación de asas y hélices. Esta molécula ha
sidoreconocida como un poderoso marcador universal debido a que se encuentra entodos los
organismos conocidos. Su estructura parece mantenerse por largosperiodos de tiempo y, como su
función no ha cambiado, los cambios en lasecuencia probablemente son aleatorios.
3.4.1. Funciones del Gen 16S
● Del mismo modo que el ARN ribosomal 23S, de gran tamaño, tiene una función estructural,
sirviendo como un soporte para definir la posición de las proteínas ribosomales.
● El extremo 3' contiene la secuencia anti-Shine-Dalgarno, que se une aguas arriba con el codón de
inicio AUG en el ARNm. El extremo 3' del 16S RNA se une a las proteínas S1 y S21, de las que se
sabe que están implicadas en el inicio de la síntesis proteica.
● Interacciona con el 23S rRNA, favoreciendo la unión de las subunidades 50S y 30S.
● Estabiliza el correcto apareamiento codón-anticodón en el sitio A, a través de la formación de un
puente de hidrógeno entre el átomo N1 de los residuos 1492 y 1493 de Adenina y el grup 2'OH de
la cadena del mRNA.

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4. MATERIALES Y MÉTODOS
4.1.Materiales
4.1.1. Materiales de Escritorio
- Laptop
4.1.2. Programas utilizados
- Snapgene
- Mega web browser
4.2.Metodología
- Lo primero que tenemos que hacer es abrir https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ para descargar las
secuencias de 10 especies.
- Seleccionamos Gene y colocamos el código, que en este caso es 16S.
- Elegimos la primera especie y la descargamos en formato fasta.

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- Descargamos 10 especies aleatoriamente.y lo guardamos en una carpeta.
- Abrimos el software SnapGene, hacemos click en open, luego en open files y nos dirigimos a
nuestra carpeta con los archivos de las especies y abrimos la primera secuencia.
- Para añadir más secuencias hacemos click en tools y luego en simular gel de agarosa

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- Aplicamos 1% de gel de agarosa
- Adjuntamos las secuencias restantes haciendo click en los números, luego en Choose DNA
sequences y elegimos la que corresponde sin repetir secuencia.
5. RESULTADOS
- Luego de insertar las 10 especies y con la aplicación del gel de agarosa podemos
observar el comportamiento de los 10 nucleótidos

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6. CONCLUSIONES
- Con la práctica pudimos conocer las funciones del programa SnapGene, gracias a los
comandos básicos, además se pudo visualizar las secuencias de ADN de las 10 especies
elegidas al azar.
- El software SnapGene fue sencillo de utilizar con adecuadas indicaciones dadas por el
docente a cargo. Con una interfaz intuitiva el software nos permite la visualización de
secuencias de ADN, la anotación de secuencias, la edición de secuencias, la clonación,
la visualización de proteínas y la simulación de métodos de clonación comunes.
7. BIBLIOGRAFÍA
- SnapGene frequently asked questions (FAQ) [Internet]. Mit.edu. [citado el 19 de
junio de 2022]. Disponible en:
http://kb.mit.edu/confluence/pages/viewpage.action?pageId=154184583
- Alberto Checa Rojas. (2017). Método: Gel de electroforesis Agarosa. 2022, Junio
19, Conogasi.org Sitio web: https://conogasi.org/articulos/metodo-gel-de-
electroforesis-agarosa/
- Wikipedia contributors. ARN ribosomal 16S [Internet]. Wikipedia, The Free
Encyclopedia. Disponible en:
https://es.wikipedia.org/w/index.php?title=ARN_ribosomal_16S&oldid=14301387
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