Este documento describe una práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa SnapGene con datos de un artículo científico. El objetivo era identificar las secuencias de bacterias en agua y suelo contaminados por petróleo. Se copiaron códigos de acceso de NCBI, se guardaron las secuencias en formato FASTA y se abrieron en SnapGene para visualizar los mapas genéticos lineales y circulares. Finalmente, se concluyó que la metagenómica es una herramienta útil

1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
PRÁCTICA DE SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL
DE AGAROSA
CURSO : BIOTECNOLOGIA
SEMESTRE : VII
DOCENTE : DR. HEBERET SOTO
ALUMNA : EMILY CUSILAYME ROMERO
ILO - PERÙ
2021

2. “PRÁCTICA DE SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE
AGAROSA UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAP GENE CON DATOS DEL
ARTICULO CIENTIFICO "AISLAMIENTO DE BACTERIAS CON
POTENCIAL BIORREMEDIADOR Y ANALISIS DE COMUNIDADES
BACTERIANAS DE ZONA IMPACTADA POR PETROLEO EN
CONDORCANQUI - AMAZONAS – PERÚ”
1.INTRODUCCION
La electroforesis de ADN puede realizarse en geles de agarosa o de
poliacrilamida. Ambos tienen características diferentes en cuanto a sus propiedades y
modo de preparación, por lo que se utilizará uno u otro en función de la aplicación y
objetivos que persigamos. La electroforesis en geles de agarosa es el método estándar
para separar y purificar fragmentos de ADN cuando no requerimos un alto poder de
resolución. Por su parte, la electroforesis en geles de poliacrilamida, aunque tiene una
mayor limitación en cuanto al tamaño de los fragmentos que podemos separar (5-600 pb),
posee un poder de resolución mucho mayor, permitiendo la separación de moléculas que
difieren en un sólo par de bases. Los geles de poliacrilamida se corren de forma vertical
y tienen la desventaja de ser más complicados en su elaboración y manipulación.
Todas las moléculas de ADN tienen la misma cantidad de carga por masa. Debido
a esto, la electroforesis en gel separa los fragmentos de ADN únicamente por su tamaño.
La electroforesis nos permite ver cuántos fragmentos diferentes de ADN están presentes
en una muestra y cuán grandes son unos con respecto a otros. También podemos
determinar el tamaño absoluto de un fragmento de ADN examinándolo junto a una
"escala" estándar de fragmentos de tamaño conocido.

3. 2.OBJETIVOS
• Identificar las secuencias de las bacterias de Agua Contaminada y Suelo
Contaminado.
3.MATERIALES
• Carpeta Creada
• Word
• NCBI
• Laptop
• SnapGene
4.PROCEDIMIENTOS
• Para empezar debemos copiar los códigos de accesión de agua contaminada y
suelo contaminado.

4. • Despues entramos a la página de NCBI para colocar los códigos y le cambiamos
la opción y buscamos “Gene” al ser primera vez luego nos saldra “Nucleotide”.
• Nos dara el resultado y verificamos si es el código deseado, le damos click para
entrar.
• Para guardar nuestras secuencias le damos en “Send to” la opción file y siempre
en formato FASTA. Como podemos observar en la imagen.

5. • Debemos crear una carpeta para poder guardar todas nuestras secuencias
realizadas.
• Entramos al programa “SnapGene” y damos click en la primera opción para
abrir todas las secuencias.

6. • Podremos observar nuestros mapa genético lineal.
• Al igual podremos observar todas las Secuencias y Enzimas.

7. • Y como para finalizar tambien nos permitirá ver el mapa circular del mapa
genético.

8. 5.CONCLUSIONES
• Se demostró la importancia de la metagenómica como herramienta para la
investigación de ambientes impactados con hidrocarburos de petróleo,
permitiendo un mejor conocimiento de los microorganismos para el aislamiento
dirigido a aquellos de interés para la biorremediación. Finalmente, se sugiere el
uso de las cepas aisladas en estudios futuros de biorremediación aplicada.
6.BIBLIOGRAFÍA
• Allamin, I., Ijah, U., Ismail, H., & Riskuwa, M. (2014). Occurrence of
hydrocarbon degrading bacteria in soil in Kukawa, Borno State. International
Journal of Environment, 3(2), 36-47. https://doi. org/10.3126/ije.v3i2.10503
• Garrido-Sanz, D., Redondo-Nieto, M., Guirado, M., Jiménez, O. P., Millán, R.,
Martin, M., & Rivilla, R. (2019). Metagenomic insights into the bacterial
functions of a diesel-degrading consortium for the rhizoremediation of diesel-
polluted soil. Genes, 10(6). https://doi.org/10.3390/genes10060456
• Liu, W., Hou, J., Wang, Q., Ding, L., & Luo, Y. (2014). Isolation and
characterization of plant growth-promoting rhizobacteria and their effects on
phytoremediation of petroleumcontaminated saline-alkali soil. Chemosphere,
117(1), 303-308. https://doi.org/10.1016/j. chemosphere.2014.07.026

9. CUESTIONARIO
¿INDIQUE DIFERENCIAS ENTRE EL ADN Y ARN?
El ADN agrupa sus proteínas en forma de hélices, pero a pares, siendo una doble
cadena, mientras que el ARN, forma una hélice simple. El ADN es estable en
condiciones alcalinas, pero al ARN no lo es.
¿QUÉ ES EL SNAPGENE Y COMO NOS SERVIRIA EN INGENIERIA
AMBIENTAL?
SnapGene es una aplicación impresionante para manejar nuestros procedimientos
de biología molecular. Tambien nos proporciona una serie de útiles herramientas
de análisis de secuencias de ADN y soporta una variedad de formatos de archivo
comunes. GSL Biotech SnapGene es un gran recurso de laboratorio que nos va a
ayudar en nuestra visualización y análisis de secuencias de ADN.
¿QUÉ ES EL GEN 16s Y PARA QUE TIPOS DE MICROORGANISMOS
SERIA UTIL?
n la secuenciación del gen completo 16S rRNA se identifican todas las secuencias
de las regiones hipervariables, por lo que se ha logrado clasificar hasta nivel
taxonómico de especie con este marcador molecular.
¿DESCRIBIR EL PROCESO DE ELECTROFORESIS PARA ADN?
La electroforesis es una técnica que emplean los cientificos en el laboratorio
utilizada para separar el ADN, el ARN, o moléculas o proteínas en base a su
tamaño y carga eléctrica. Se utiliza una corriente eléctrica para mover las
moléculas y que se separen a través de un gel.
¿QUÉ ES LA AGAROSA?

10. La agarosa es un polisacárido que, junto con la agaropectina, forma el Agar. Este
polisacárido natural forma parte de las paredes celulares de ciertas algas rojas,
como los géneros Gelidium y Gracilaria, donde cumple un papel estructural.
¿QUÉ ES UN MARCADOR DE PESO MOLECULAR, CUALES SON SUS
TIPOS?
Un marcador molecular (identificado como marcador genético) es un fragmento
de ADN que está asociado con una determinada ubicación dentro del genoma.
Existen dos tipos de marcadores moleculares: los marcadores de ADN y
los marcadores bioquímicos.