Este documento describe los pasos realizados para simular un gel de agarosa usando el software SnapGene. Se obtuvieron secuencias de un artículo y se buscaron en NCBI para exportarlos a formato FASTA. Luego se abrieron en SnapGene, se guardaron como archivos SnapGene DNA y se simuló el gel de agarosa. Los resultados mostraron la migración de las secuencias en el gel.

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MOQUEGUA

2. “UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA”
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍAAMBIENTAL
TRABAJO ENCARGADO:
INFORME DE LA PRACTICA ENCARGADA CON RESPECTO A UN
ARTICULO DE INTERES
TEMA:
“TÉCNICAS MOLECULARES - ELECTROFORESIS”
ALUMNA:
TARQUI CHAVEZ, MEL CYNTHIA
CURSO:
BIOTECNOLOGÍA
DOCENTE:
SOTO GONZALES, HEBERT HERNAN
ILO, 29 DE MAYO DEL 2023

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INDICE
1. INTRODUCCION .................................................................................................. 2
2. OBJETIVO.............................................................................................................. 2
3. MARCO TEORICO................................................................................................ 3
3.1. SnapGene.................................................................................................... 3
3.2. Electroforesis.............................................................................................. 4
3.3. Agarosa....................................................................................................... 5
4. METODOLOGIA ................................................................................................... 6
5. RESULTADOS ......................................................................................................11
6. CONCLUSIONES ................................................................................................ 12
7. BIBIOLOGRAFIA................................................................................................ 12

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1. INTRODUCCIÓN
En el presente informe sobre el trabajo practico sobre la utilización del
Software SnapGene, se hizo una pequeña recolecta de datos como base
teórica, que se tomo en cuenta al momento de la realización de la práctica, por
lo cual decimos que SnapGene es una herramienta útil para la visualización
de las secuencias de ADN y entre otros. Por otro lado, tenemos al gen de
agarosa que en relación con la aplicación este se puede realizar dentro del
software siguiente de una serie de pasos partiendo de una secuencia inicial.
Por tal razón el objetivo principal de este trabajo practico fue realizar e
interpretar lo resultados arrojados por el Software SnapGene luego de
importar los datos de la secuencia en formato fasta y tener un gel de agarosa.
2. OBJETIVO
Realizar un informe con respecto a la práctica realizada en el curso de
biotecnología aplicando el software SnapGene para unas secuencias de ADN
de un artículo de interés para un gel de agarosa.

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3. MARCO TEORICO
3.1.SnapGene
SnapGene es un software fácil de usar para la visualización de ADN,
clonación molecular y edición de secuencias. Además de importar archivos de
usuario desde otros programas de software (como Vector NTI), múltiples
vectores de clonación de ADN, plásmidos, cebadores, sondas e incluso
pequeños genomas están disponibles para descargar usando este software.
Se encuentran características comunes en su secuencia de ADN utilizando
la extensa base de datos que posee. Proporciona ventanas elegantes y ricas en
información para simular una variedad de métodos comunes de clonación y
PCR.
Las secuencias se pueden exportar en formato GenBank o FASTA y por
consiguiente se puede crear una secuencia, mapa o imagen de gel a formatos
estándar para usar con otro software.
Fuente: SnapGene

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3.2.Electroforesis
La electroforesis es una técnica que se utiliza de forma generalizada en la
que, fundamentalmente, se aplica corriente eléctrica a moléculas biológicas,
ya sean ADN, proteínas o ARN, entre otras; y se separan en función de si son
más grandes o pequeñas.
Se utiliza en una gran variedad de aplicaciones como en medicina forense
para determinar la identidad de las personas que puedan haber participado en
un delito, mediante la vinculación de su patrón de ADN a uno que esté en una
base de datos.
Una electroforesis se realiza generalmente en una especie de caja que tiene
una carga positiva en un extremo y una carga negativa en el otro. Y como todos
aprendimos en las clases de física, cuando se pone una molécula cargada en
un entorno así, las moléculas negativas van a la carga positiva, y viceversa. Al
analizar las proteínas en un gel, en una de estas cajas, por lo general se toma
la proteína completa para ver lo grande que es. Cuanto más corta, más migran
en el gel, de modo que las proteínas pequeñas terminarán en la parte inferior
del gel, porque han ido más lejos, y las más grandes terminarán quedándose
en la parte superior.
En el caso del ADN, el ADN es una molécula muy larga, así que no se
puede hacer un gel de una molécula entera de ADN de una célula. Es tan
grande que nunca se metería en el gel, así que lo que hacen los científicos es
cortar el ADN con cosas como las enzimas de restricción, que cortan el ADN
en pedazos más manejables, y entonces esas piezas, dependiendo de lo grande
que sean, migran más o menos por el gel y terminan más arriba o más abajo.

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3.3.Agarosa
La agarosa es un polisacárido que se aísla y se purifica del agar o de las
algas marinas que contienen agar. Es un polímero natural consistente en
unidades alternas de β-D-galactosa y 3,6-anhidro-L-galactosa de agarobiosa
en su estructura química. El polímero lineal agarosa forma cadenas, que crean
fibras flexibles y dan lugar a una red de canales con diámetros comprendidos
entre 50 nm y 200 nm, dependiendo de la cantidad de agarosa utilizada.
La agarosa es inocua y tiene diversas propiedades y especificaciones que
la hacen útil como gelificante en muchas aplicaciones, como la electroforesis
de ácidos nucleicos, las técnicas de inmunodifusión, las placas de gel o
recubrimientos de las células en cultivos de tejidos, los medios de cultivo
celular, la cromatografía en gel, la cromatografía por afinidad y la
cromatografía de intercambio iónico. La electroforesis en gel es una técnica
de uso habitual en los laboratorios de biología para extraer las moléculas
biológicas en función de su tamaño, como en la separación y la detección de
ADN.
3.3.1. PROPIEDADES FUNDAMENTALES DE LAAGAROSA
• Contenido de sulfato
• Fuerza de gel
• Punto de gelificación
• Electro endósmosis (EEO):

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4. METODOLOGIA
a. Para la metodología se usó la aplicación de SnapGene y como datos se
tubo las secuencias obtenidas de los resultados del articulo titulado:
Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de
comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en
Condorcanqui – Amazonas – Perú. A continuación, se muestra la siguiente
tabla con las secuencias.
Fuente: Castillo Rogel
b. Luego de identificar las secuencias lo que se realizó fue ingresar a la
página oficial de National Center for Biotechnology Information (NCBI).
Fuente: NCBI

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c. En la barra buscadora pegamos una de las secuencias antes mostradas, y
le damos en “search” y nos aparecerá una pantalla similar a la siguiente;
Fuente: NCBI
d. Luego en esa pestaña presionamos la parte celeste donde muestran los
resultados con la finalidad de que nos lleve a una pestaña parecida a la
siguiente;
Fuente: NCBI
Fuente: NCBI

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e. Ya dentro de la pestaña mostrada en el paso anterior se procede a exportar
los datos en formato “Fasta” y para eso en la parte superior derecha
apretamos el apartado “Send To” y luego seleccionamos “File”, por otro
lado seleccionamos el formato Fasta, como se muestra a continuación;
Fuente: NCBI
f. Ya habiendo seleccionado todo lo anterior, descargamos nuestro archivo y
procedemos a abrir el software de SnapGene y le damos en “Open Files”.
Fuente: SnapGene

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g. Nos aparecerá nuestro explorador de archivos y seleccionamos el que
deseemos abrir en este caso el archivo en formato Fasta que descargamos,
luego nos saldrá una pantalla parecida a la siguiente;
Fuente: SnapGene
h. Ya dentro de SnapGene entramos a la pestaña de File y presionamos Save
as, y guardamos el archivo en formato SnapGene DNA.
Fuente: SnapGene

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i. Luego entramos al apartado de Tools y seleccionamos “Simulate Agarose
Gel…” y nos saldrá una pestaña emergente.
Fuente: SnapGene
j. En la nueva pestaña emergente nos pedirá que elijamos la secuencia de
ADN, por lo tanto, entramos a nuestra carpeta y seleccionamos lo que
guardamos en formato SnapGene DNA.
Fuente: SnapGene

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k. Al insertar nos saldrá como se muestra a continuación, y realizamos este
proceso con las demás secuencias hasta terminar todo.
Fuente: SnapGene
5. RESULTADOS
Los resultados finales de insertar todas las secuencias y cumpliendo con
el procedimiento establecido se obtiene que;
Fuente: SnapGene

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6. CONCLUSIONES
Según la información recolectada, y la metodología aplicada podemos
afirmar que; el software SnapGene conjunto a la pagina de NCBI, son
herramientas útiles para el manejo de secuencias; en este caso el gel de
agarosa, ya que los resultados obtenidos fueron favorables y de acuerdo a lo
planteado.
7. BIBIOLOGRAFIA
Electroforesis. (s/f). Genome.gov. Recuperado el 28 de mayo de 2023, de
https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Electroforesis
Castillo Rogel, R. T., Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional de
Piura, Piura Perú., More Calero, F. J., Cornejo La Torre, M.,
Fernández Ponce, J. N., Mialhe Matonnier, E. L., Empresa de
investigación y capacitación en Biotecnología Molecular, IncaBiotec
- Tumbes Perú, Cooperativa de trabajadores Biotecoop - Lima, Perú,
Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional de Piura, Piura Perú.,
& Empresa de investigación y capacitación en Biotecnología
Molecular, IncaBiotec - Tumbes Perú. (2020). Aislamiento de
bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades
bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en
Condorcanqui – Amazonas – Perú. Revista de Investigaciones
Altoandinas - Journal of High Andean Research, 22(3), 2015–2225.
https://doi.org/10.18271/ria.2020.656