Las personas con síndrome de Down tienen un mayor riesgo de sufrir cardiopatías congénitas, alteraciones gastrointestinales como atresia esofágica o estenosis duodenal, y trastornos endocrinos como hipotiroidismo. También presentan con frecuencia trastornos de la visión como astigmatismo o cataratas, trastornos auditivos debido a la anatomía facial, y trastornos odontoestomatológicos por malposiciones dentarias.