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¿Por qué usar R y no otro?
Perspectiva desde la opinión
de un usuario asiduo (versión 2019)
Dr. Luis Alan Navarro Navarro
Catedrático CONACyT-El Colegio de Sonora
Centro de Estudios en Gobierno y Asuntos
Públicos (CEGAP)
alanphd.com
Octubre 28-29, 2019 Hermosillo, Sonora, México
¿Qué es “R”?
• R es un sistema para análisis estadísticos y gráficos creado
por Ross Ihaka y Robert Gentle-man 1996 (de ahí en
nombre de “R”).
• R se distribuye gratuitamente bajo los términos de la GNU
General Public License; su desarrollo y distribución son
llevados a cabo por varios estadísticos conocidos como el
Grupo Nuclear de Desarrollo de R (Paradis 2002).
Ventajas de R
• Es gratuito y está disponible en Internet para todos. Así
como su entorno de desarrollo integrado (IDE) Rstudio.
• Corre prácticamente en todos los sistemas operativos.
• Existen muchos tutoriales, foros de discusión y ayuda que
proveen siempre fórmulas y código que resuelve una gran
cantidad de problemas y retos. Todos creados libremente
por una extensa comunidad de usuarios y desarrolladores.
• Favorece el trabajo colaborativo. Es fácil compartir el
código pues es solo texto.
• Repetibilidad: Reproducir rutinas, volver a correrlas con
datos nuevos. A la vez, otros pueden replicar tu análisis y
revisarlo.
Referencia [1]
Referencia [2]
Referencia [3]
Ventajas de R (continuación)
• Existe una amplia y diversa red de colaboradores que
contribuyen a mejorar el programa que está en constante
evolución.
• Estimula el pensamiento crítico y sistémico en la solución
de problemas.
• La Programación Orientada a Objetos es una herramienta
que brinda muchas ventajas, comparada con los programas
de “correr la rutina e imprimir en papel (pantalla)”.
• Posee una amplio espectro de formas de presentar los
resultados. PDF, HTML, SVG, etc. Así como múltiples
extensiones de archivo.
Desventajas
• Se requiere de un buen nivel de inglés técnico, ya que la
gran mayoría de foros, tutoriales y publicaciones están en
este idioma.
• La curva de aprendizaje es lenta. Por otra parte, el
programa está en constante evolución. Algunos paquetes
dejan de actualizarse pero surgen otros con mayor
capacidad y rapidez analítica. Hay que estar actualizándose
constantemente.
• El usuario debe de entender muy bien la herramienta
estadística y metodológica que pretende aplicar en R.
• El escribir “código” asusta e intimida a muchos principiantes
sin experiencia en programación.
R tiene una curva de aprendizaje “lenta”
Referencia [4]
Desventajas (continuación)
• Hay que ser obstinado e insistente en la búsqueda de una
solución a un modelo o algoritmo que se está codificando
en R; a base de “prueba y error” y de buscar en todos los
recursos disponibles en Internet, pensando siempre que
“alguien” es probable que ya haya tenido el mismo problema
antes que tú.
• En ocasiones en poco lento. Especialmente en rutinas
complejas y con base de datos grandes. Es común dejar el
análisis corriendo por horas.
• El usuario a veces tarda en hacer la abstracción necesaria
para entender la Programación Orientada a Objetos. Por
ejemplo, una gráfica de caja que es a la vez “imagen” pero
puede declararse como “objeto”, lo mismo una salida de un
análisis de regresión, etc.
Desventajas (continuación)
• “Otro de los inconvenientes es que los códigos son
extremadamente sensibles a los errores tipográficos, por
lo que una simple coma, fuera de lugar interrumpe el
proceso de análisis generando mensajes de error” (Celis de
la Rosa y Labrada, 2014).
• Como muchos libros de “campismo” lo sugieren muchos se
pierden por qué dejan de creer/confiar en su brújula, como
lo sugiere este segmento de Kreps (2016):
• Lo mismo pasa con R. Los estudiantes “dudan” del
programa y dicen “no esta funcionando”, cuando lo que en
realidad tienen es un “error de dedo”.
Los paquetes
Los paquetes (“packages”)
• Son paquetes, librerías, extensiones, programas, etc., que
contienen funciones y bases de datos especializadas para
un tipo de análisis.
• Cuando abres R se carga una funcionalidad básica
(alrededor de 1,300 funciones).
• Una de las cosas que hacen a R excepcional es la
posibilidad de extender su funcionalidad instalando y
cargando nuevos paquetes o programas.
• Estos paquetes están disponibles para los usuarios de R en
varios repositorios.
Los paquetes (“packages”) (continuación)
• No hay restricciones para que cualquier persona agregue un
paquete nuevo. Un paquete es una forma en la que puedes
compilar tu trabajo, análisis (funciones) y bases de datos.
• Instalar un paquete no hace que éste esté listo para ser
usado, hay que cargar el paquete a la sesión de trabajo.
• Los paquetes no ocurren en el vacío ni son independientes
uno de los otros. Es decir, éstos usan funciones de otros
paquetes.
Dependencias entre paquetes
Referencia [5]
Evolución de los paquetes (fecha liberación)
suman 15,500
Referencia [6]
¿Cómo saber qué paquete usar?
Un paquete consiste de
herramientas.
¿Qué análisis quieres hacer?
¿Cuál es tu base de datos?
Piensa, es muy seguro que
alguien ya tuvo ese problema
antes que tu, con suerte lo
resolvió y compartió su
experiencia en Internet.
! "
Ejemplo 1. Muestras de textura del suelo
• El polígono representa un predio.
• Las líneas son el “track” del GPS.
• Los números en círculo, puntos de
muestreo.
• Se tomaron muestras de suelo.
• Se determino, en el laboratorio del
Departamento de Agricultura y
Ganadería de la Universidad de
Sonora, las tres clases texturales:
arena, limo y arcilla.
• El equipo de trabajo buscamos una
forma practica de presentar la
información de texturas.
Fuente: Información propia.
Ejemplo 1. Muestras de textura del suelo
• Bueno, alguien antes que nosotros,
ya tuvo ese problema y lo resolvió
usando R.
• El programa se llama “soiltexture”
• El desarrollador es el Dr. Julien
Moeys https://www.slu.se/en/cv/
julien-moeys/
• Y gracias a su altruismo lo puso a
disposición de todos nosotros.
(Continuación)
Ejemplo 1. Muestras de textura del suelo
• Los puntos muestran gráficamente los grupos de textura de suelo
predominantes. “FrArA” que se lee “franco areno arcilloso”.
(Continuación)
Ejemplo 2. La red de caminos en un área
natural protegida en Álamos, Sonora
• La línea negra es el límite
del polígono del Área
Natural de Protección de
Flora y Fauna (APFF)
“Álamos Río Cuchijaqui”
• En rojo está la red de
caminos.
• Usé el paquete “maptools”
para elaborar una gráfica
con estos dos elementos.
Fuente: Información propia.
Ejemplo 3. ¿Cómo se distribuye la lluvia?
• Buscaba una forma rápida y
visual de mostrar al lector
cómo se distribuía la lluvia
en los meses del año y el
volumen de lluvia recibido.
• Lugar Ortiz, Guaymas,
Sonora.
• Utilice el paquete “plotrix”.
Fuente: Información propia.
Ejemplo 4. Se pueden combinar redes con
mapas
• R posee mucha capacidad
analítica para el análisis de
redes (sociales).
• Se hace una red, se
georeferencían los nodos,
se grafican sobre un mapa.
• Utilice los paquetes
“GISTools”, “igraph”,
“maptools”.
Fuente: Información propia.
Ejemplo 5. Es muy eficiente creando series de
tiempo
• La gráfica muestra las
lecturas a cada 10 minutos
de temperatura en una
estación automatizada
ubicada en la Costa de
Hermosillo.
• Se utilizó el paquete “zoo”.
Fuente: Información propia.
Múltiples bases de datos y disciplinas
Puedes importar datos de muchas fuentes
Referencia [7]
Referencia [8]
Referencia [9]
Referencia [10]
Referencia [11]
Referencia [12]
Referencia [13]
Conclusiones
• R es un programa que demanda mucho tiempo, pero invertirle vale
la pena.
• Las posibilidades son infinitas y sigue creciendo, cada vez se
relaciona con otras plataformas como Google Earth, Netlogo,
ArcGis, Python, etc.
• Atiende problemática específica. La mayoría de los científicos
proveen el artículo científico y las bases de datos con las que
puedes repetir el análisis.
• Usar R estimula la creatividad y la capacidad analítica del usuario.
• R está en constante mejore y evolución. Cada vez posee más
herramientas de análisis, es más rápido y se integra a otros
programas. También mejora los medios visuales (gráficas, mapas,
etc.) para representar datos.
Referencias y fuentes de imágenes
Celis de la Rosa Alfredo de Jesús y Vanessa Labrada Martagón (2014) Bioestadística (3era Edición) Editorial El Manual Moderno S.A. de C.V. México, D.F.
Ihaka R. & Gentleman R. 1996. R: a language for data analysis and graphics. Journal of Computational and Graphical Statistics 5: 299–314
Kreps, E. (2016) Woodcraft. Read Books Ltd.
Paradis, E. (2002) R para principiantes. Traducido por: Jorge A. Ahumada. Documento disponible on-line: http://cran.r-project.org/doc/contrib/
rdebuts_es.pdf
R Development Core Team (2011). R: A language and environment fo statistical computing. R Foundation for Statistical Computing,Vienna, Austria. ISBN
3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org/
Referencia [1] Sistemas operativos http://communitysnowobs.org/tutorials/mac-win-linux/
Referencia [2] Icono colaboración https://www.onlinewebfonts.com/icon/461234
Referencia [3] Icono copiar y pegar https://icon-library.net/icon/copy-icon-png-1.html
Referencia [4] Imagen de curva tomada y adaptada de: http://malaher.org/2007/03/pet-peeve-learning-curve-misuse/
Referencia [5] Dependencia entre paquetes. https://www.datacamp.com/community/tutorials/r-packages-guide
Referencia [6] Datos para la gráfica tomados de: https://gist.github.com/daroczig/3cf06d6db4be2bbe3368
Referencia [7] Stata logotipo de: https://www.statanordic.com/ebook-details.html
Referencia [8] SPSS logotipo de: https://www.monash.edu/research-portal/vlab/applications/spss
Referencia [9] SAS logotipo de: https://tigerware.lsu.edu/Software/183/SAS#
Referencia [10] Excel logotipo de: https://www.cleverducks.com/2018/01/04/moving-your-office-opening-a-new-office-your-it-service-provider-is-a-
key-partner-in-the-process/excel-icon/
Referencia [11] HTML icono de: https://www.flaticon.com/free-icon/html-file_81970
Referencia [12] SHP icono de: http://geohipster.com/2017/10/09/shapefile-to-geohipster-80-of-successful-gis-work-is-having-a-good-folder-
structure/
Referencia [13] KML icono de: https://www.redgps.com/blog-noticias/exportacion-de-recorridos-en-kml-55
Fonts: “PlaytimeWithHotToddiesOblique”, “RoughTypewriter”, “Cisalpin LT Std”, “Permanent Marker”

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¿Por qué usar R y no otro? Perspectiva desde la opinión de un usuario asiduo (versión 2019)

  • 1. ¿Por qué usar R y no otro? Perspectiva desde la opinión de un usuario asiduo (versión 2019) Dr. Luis Alan Navarro Navarro Catedrático CONACyT-El Colegio de Sonora Centro de Estudios en Gobierno y Asuntos Públicos (CEGAP) alanphd.com Octubre 28-29, 2019 Hermosillo, Sonora, México
  • 2. ¿Qué es “R”? • R es un sistema para análisis estadísticos y gráficos creado por Ross Ihaka y Robert Gentle-man 1996 (de ahí en nombre de “R”). • R se distribuye gratuitamente bajo los términos de la GNU General Public License; su desarrollo y distribución son llevados a cabo por varios estadísticos conocidos como el Grupo Nuclear de Desarrollo de R (Paradis 2002).
  • 3. Ventajas de R • Es gratuito y está disponible en Internet para todos. Así como su entorno de desarrollo integrado (IDE) Rstudio. • Corre prácticamente en todos los sistemas operativos. • Existen muchos tutoriales, foros de discusión y ayuda que proveen siempre fórmulas y código que resuelve una gran cantidad de problemas y retos. Todos creados libremente por una extensa comunidad de usuarios y desarrolladores. • Favorece el trabajo colaborativo. Es fácil compartir el código pues es solo texto. • Repetibilidad: Reproducir rutinas, volver a correrlas con datos nuevos. A la vez, otros pueden replicar tu análisis y revisarlo. Referencia [1] Referencia [2] Referencia [3]
  • 4. Ventajas de R (continuación) • Existe una amplia y diversa red de colaboradores que contribuyen a mejorar el programa que está en constante evolución. • Estimula el pensamiento crítico y sistémico en la solución de problemas. • La Programación Orientada a Objetos es una herramienta que brinda muchas ventajas, comparada con los programas de “correr la rutina e imprimir en papel (pantalla)”. • Posee una amplio espectro de formas de presentar los resultados. PDF, HTML, SVG, etc. Así como múltiples extensiones de archivo.
  • 5. Desventajas • Se requiere de un buen nivel de inglés técnico, ya que la gran mayoría de foros, tutoriales y publicaciones están en este idioma. • La curva de aprendizaje es lenta. Por otra parte, el programa está en constante evolución. Algunos paquetes dejan de actualizarse pero surgen otros con mayor capacidad y rapidez analítica. Hay que estar actualizándose constantemente. • El usuario debe de entender muy bien la herramienta estadística y metodológica que pretende aplicar en R. • El escribir “código” asusta e intimida a muchos principiantes sin experiencia en programación.
  • 6. R tiene una curva de aprendizaje “lenta” Referencia [4]
  • 7. Desventajas (continuación) • Hay que ser obstinado e insistente en la búsqueda de una solución a un modelo o algoritmo que se está codificando en R; a base de “prueba y error” y de buscar en todos los recursos disponibles en Internet, pensando siempre que “alguien” es probable que ya haya tenido el mismo problema antes que tú. • En ocasiones en poco lento. Especialmente en rutinas complejas y con base de datos grandes. Es común dejar el análisis corriendo por horas. • El usuario a veces tarda en hacer la abstracción necesaria para entender la Programación Orientada a Objetos. Por ejemplo, una gráfica de caja que es a la vez “imagen” pero puede declararse como “objeto”, lo mismo una salida de un análisis de regresión, etc.
  • 8. Desventajas (continuación) • “Otro de los inconvenientes es que los códigos son extremadamente sensibles a los errores tipográficos, por lo que una simple coma, fuera de lugar interrumpe el proceso de análisis generando mensajes de error” (Celis de la Rosa y Labrada, 2014). • Como muchos libros de “campismo” lo sugieren muchos se pierden por qué dejan de creer/confiar en su brújula, como lo sugiere este segmento de Kreps (2016): • Lo mismo pasa con R. Los estudiantes “dudan” del programa y dicen “no esta funcionando”, cuando lo que en realidad tienen es un “error de dedo”.
  • 10. Los paquetes (“packages”) • Son paquetes, librerías, extensiones, programas, etc., que contienen funciones y bases de datos especializadas para un tipo de análisis. • Cuando abres R se carga una funcionalidad básica (alrededor de 1,300 funciones). • Una de las cosas que hacen a R excepcional es la posibilidad de extender su funcionalidad instalando y cargando nuevos paquetes o programas. • Estos paquetes están disponibles para los usuarios de R en varios repositorios.
  • 11. Los paquetes (“packages”) (continuación) • No hay restricciones para que cualquier persona agregue un paquete nuevo. Un paquete es una forma en la que puedes compilar tu trabajo, análisis (funciones) y bases de datos. • Instalar un paquete no hace que éste esté listo para ser usado, hay que cargar el paquete a la sesión de trabajo. • Los paquetes no ocurren en el vacío ni son independientes uno de los otros. Es decir, éstos usan funciones de otros paquetes.
  • 13. Evolución de los paquetes (fecha liberación) suman 15,500 Referencia [6]
  • 14. ¿Cómo saber qué paquete usar? Un paquete consiste de herramientas. ¿Qué análisis quieres hacer? ¿Cuál es tu base de datos? Piensa, es muy seguro que alguien ya tuvo ese problema antes que tu, con suerte lo resolvió y compartió su experiencia en Internet. ! "
  • 15. Ejemplo 1. Muestras de textura del suelo • El polígono representa un predio. • Las líneas son el “track” del GPS. • Los números en círculo, puntos de muestreo. • Se tomaron muestras de suelo. • Se determino, en el laboratorio del Departamento de Agricultura y Ganadería de la Universidad de Sonora, las tres clases texturales: arena, limo y arcilla. • El equipo de trabajo buscamos una forma practica de presentar la información de texturas. Fuente: Información propia.
  • 16. Ejemplo 1. Muestras de textura del suelo • Bueno, alguien antes que nosotros, ya tuvo ese problema y lo resolvió usando R. • El programa se llama “soiltexture” • El desarrollador es el Dr. Julien Moeys https://www.slu.se/en/cv/ julien-moeys/ • Y gracias a su altruismo lo puso a disposición de todos nosotros. (Continuación)
  • 17. Ejemplo 1. Muestras de textura del suelo • Los puntos muestran gráficamente los grupos de textura de suelo predominantes. “FrArA” que se lee “franco areno arcilloso”. (Continuación)
  • 18. Ejemplo 2. La red de caminos en un área natural protegida en Álamos, Sonora • La línea negra es el límite del polígono del Área Natural de Protección de Flora y Fauna (APFF) “Álamos Río Cuchijaqui” • En rojo está la red de caminos. • Usé el paquete “maptools” para elaborar una gráfica con estos dos elementos. Fuente: Información propia.
  • 19. Ejemplo 3. ¿Cómo se distribuye la lluvia? • Buscaba una forma rápida y visual de mostrar al lector cómo se distribuía la lluvia en los meses del año y el volumen de lluvia recibido. • Lugar Ortiz, Guaymas, Sonora. • Utilice el paquete “plotrix”. Fuente: Información propia.
  • 20. Ejemplo 4. Se pueden combinar redes con mapas • R posee mucha capacidad analítica para el análisis de redes (sociales). • Se hace una red, se georeferencían los nodos, se grafican sobre un mapa. • Utilice los paquetes “GISTools”, “igraph”, “maptools”. Fuente: Información propia.
  • 21. Ejemplo 5. Es muy eficiente creando series de tiempo • La gráfica muestra las lecturas a cada 10 minutos de temperatura en una estación automatizada ubicada en la Costa de Hermosillo. • Se utilizó el paquete “zoo”. Fuente: Información propia.
  • 22. Múltiples bases de datos y disciplinas
  • 23. Puedes importar datos de muchas fuentes Referencia [7] Referencia [8] Referencia [9] Referencia [10] Referencia [11] Referencia [12] Referencia [13]
  • 24. Conclusiones • R es un programa que demanda mucho tiempo, pero invertirle vale la pena. • Las posibilidades son infinitas y sigue creciendo, cada vez se relaciona con otras plataformas como Google Earth, Netlogo, ArcGis, Python, etc. • Atiende problemática específica. La mayoría de los científicos proveen el artículo científico y las bases de datos con las que puedes repetir el análisis. • Usar R estimula la creatividad y la capacidad analítica del usuario. • R está en constante mejore y evolución. Cada vez posee más herramientas de análisis, es más rápido y se integra a otros programas. También mejora los medios visuales (gráficas, mapas, etc.) para representar datos.
  • 25. Referencias y fuentes de imágenes Celis de la Rosa Alfredo de Jesús y Vanessa Labrada Martagón (2014) Bioestadística (3era Edición) Editorial El Manual Moderno S.A. de C.V. México, D.F. Ihaka R. & Gentleman R. 1996. R: a language for data analysis and graphics. Journal of Computational and Graphical Statistics 5: 299–314 Kreps, E. (2016) Woodcraft. Read Books Ltd. Paradis, E. (2002) R para principiantes. Traducido por: Jorge A. Ahumada. Documento disponible on-line: http://cran.r-project.org/doc/contrib/ rdebuts_es.pdf R Development Core Team (2011). R: A language and environment fo statistical computing. R Foundation for Statistical Computing,Vienna, Austria. ISBN 3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org/ Referencia [1] Sistemas operativos http://communitysnowobs.org/tutorials/mac-win-linux/ Referencia [2] Icono colaboración https://www.onlinewebfonts.com/icon/461234 Referencia [3] Icono copiar y pegar https://icon-library.net/icon/copy-icon-png-1.html Referencia [4] Imagen de curva tomada y adaptada de: http://malaher.org/2007/03/pet-peeve-learning-curve-misuse/ Referencia [5] Dependencia entre paquetes. https://www.datacamp.com/community/tutorials/r-packages-guide Referencia [6] Datos para la gráfica tomados de: https://gist.github.com/daroczig/3cf06d6db4be2bbe3368 Referencia [7] Stata logotipo de: https://www.statanordic.com/ebook-details.html Referencia [8] SPSS logotipo de: https://www.monash.edu/research-portal/vlab/applications/spss Referencia [9] SAS logotipo de: https://tigerware.lsu.edu/Software/183/SAS# Referencia [10] Excel logotipo de: https://www.cleverducks.com/2018/01/04/moving-your-office-opening-a-new-office-your-it-service-provider-is-a- key-partner-in-the-process/excel-icon/ Referencia [11] HTML icono de: https://www.flaticon.com/free-icon/html-file_81970 Referencia [12] SHP icono de: http://geohipster.com/2017/10/09/shapefile-to-geohipster-80-of-successful-gis-work-is-having-a-good-folder- structure/ Referencia [13] KML icono de: https://www.redgps.com/blog-noticias/exportacion-de-recorridos-en-kml-55 Fonts: “PlaytimeWithHotToddiesOblique”, “RoughTypewriter”, “Cisalpin LT Std”, “Permanent Marker”