La práctica de la medicina durante el siglo XV y XIX estuvo dividida teóricamente en dos repúblicas paralelas y complementarias: españoles e indios debían estar separados con sus propias leyes, autoridades, derechos y obligaciones. La división era también espacial: los españoles debían vivir en ciudades y los indios en sus pueblos o en reducciones. Pero esta división, aparentemente tan rígida, fue desvaneciéndose poco a poco con la aparición de los mestizos y de otras mezclas raciales (castas).