bioinfomratica

1. TALLER 2. BIOINFORMATICA
Dorys Lenith Viviescas Ortiz.
1. Realice unarevisiónde laliteraturae identifique ungencon surespectivaproteína,que se
de interés debido a una mutación que pueda causar un cambio positivo o negativo en su
funcionamiento.
REFERENCE SOURCE ORGANISM
NC_010076.1 cry11AA pesticidial crystal protein
cry11AA [ Bacillus thuringiensisserovar
israelensis ]]
2. Busque el gen de su interés en la base de datos del NCIB y responda:
a. Secuencia de ADN
ATGGAAGATAGTTCTTTAGATACTTTAAGTATAGTTAATGAAACAGACTTTCCATTATATAATAATTATA
CCGAACCTACTATTGCGCCAGCATTAATAGCAGTAGCTCCCATCGCACAATATCTTGCAACAGCTATAGG
GAAATGGGCGGCAAAGGCAGCATTTTCAAAAGTACTATCACTTATATTCCCAGGTTCTCAACCTGCTACT
ATGGAAAAAGTTCGTACAGAAGTGGAAACACTTATAAATCAAAAATTAAGCCAAGATCGAGTCAATATAT
TAAACGCAGAATATAGGGGGATTATTGAGGTTAGTGATGTATTTGATGCGTATATTAAACAACCAGGTTT
TACCCCTGCAACAGCCAAGGGTTATTTTCTAAATCTAAGTGGTGCTATAATACAACGATTACCTCAATTT
GAGGTTCAAACATATGAAGGAGTATCTATAGCACTTTTTACTCAAATGTGTACACTTCATTTAACTTTAT
TAAAAGACGGAATCCTAGCAGGGAGTGCATGGGGATTTACTCAAGCTGATGTAGATTCATTTATAAAATT
ATTTAATCAAAAAGTATTAGATTACAGGACCAGATTAATGAGAATGTACACAGAAGAGTTCGGAAGATTG
TGTAAAGTCAGTCTTAAAGATGGATTGACGTTCCGGAATATGTGTAATTTATATGTGTTTCCATTTGCTG
AAGCCTGGTCTTTAATGAGATATGAAGGATTAAAATTACAAAGCTCTCTATCATTATGGGATTATGTTGG
TGTCTCAATTCCTGTAAATTATAATGAATGGGGAGGACTAGTTTATAAGTTATTAATGGGGGAAGTTAAT
CAAAGATTAACAACTGTTAAATTTAATTATTCTTTCACTAATGAACCAGCTGATATACCAGCAAGAGAAA
ATATTCGTGGCGTCCATCCTATATACGATCCTAGTTCTGGGCTTACAGGATGGATAGGAAACGGAAGAAC
AAACAATTTTAATTTTGCTGATAACAATGGCAATGAAATTATGGAAGTTAGAACACAAACTTTTTATCAA
AATCCAAATAATGAGCCTATAGCGCCTAGAGATATTATAAATCAAATTTTAACTGCGCCAGCACCAGCAG
ACCTATTTTTTAAAAATGCAGATATAAATGTAAAGTTCACACAGTGGTTTCAGTCTACTCTATATGGGTG
GAACATTAAACTCGGTACACAAACGGTTTTAAGTAGTAGAACCGGAACAATACCACCAAATTATTTAGCA
TATGATGGATATTATATTCGTGCTATTTCAGCTTGCCCAAGAGGAGTCTCACTTGCATATAATCACGATC
TTACAACACTAACATATAATAGAATAGAGTATGATTCACCTACTACAGAAAATATTATTGTAGGGTTTGC
ACCAGATAATACTAAGGACTTTTATTCTAAAAAATCTCACTATTTAAGTGAAACGAATGATAGTTATGTA
ATTCCTGCTCTGCAATTTGCTGAAGTTTCAGATAGATCATTTTTAGAAGATACGCCAGATCAAGCAACAG
ACGGCAGTATTAAATTTGCACGTACTTTCATTAGTAATGAAGCTAAGTACTCTATTAGACTAAACACCGG
GTTTAATACGGCAACTAGATATAAATTAATTATCAGGGTAAGAGTACCTTATCGCTTACCTGCTGGAATA
CGGGTACAATCTCAGAATTCGGGAAATAATAGAATGCTAGGCAGTTTTACTGCAAATGCTAATCCAGAAT
GGGTGGATTTTGTCACAGATGCATTTACATTTAACGATTTAGGGATTACAACTTCAAGTACAAATGCTTT
ATTTAGTATTTCTTCAGATAGTTTAAATTCTGGAGAAGAGTGGTATTTATCGCAGTTGTTTTTAGTAAAA
GAATCGGCCTTTACGACGCAAATTAATCCGTTACTAAAGTAG

2. b. Secuencia de aminoácidos de la proteína correspondiente:
MSESKTNEEQNEYKMKEVSELTGLSNDLLRVYEEEFNLQINRTNGGHRRYTEDDINKFISIKKKIQEQNW
SYKKVRSWLNGDELPVALEEHQVKTNLEKKVEYQTELIQDLTEKLDQSIKLQVEMVKQMHELKTEKQELE
QIVARRNQDLIDTLIQEKRKERQERIVTESKKSFLQKIFGK
c. ¿La proteína tiene estructura 3D definida?
No tiene estructura 3D definida
3. Para la proteínade interésrealice el análisisde dominios utilizando la base de datos CDD.
4. De la base de datos CDART obtenga el grafico resultante e indique:
a. Número de arquitecturas de dominio resultantes
Total de arquitecturas: 1458 como se muestra en la figura

3. b. Para la misma salida, indique cuantas proteínas presentan la misma arquitectura de
dominio.
Las proteinas que presentan la misma arquitectura de domino es 296.892
5. Utilizando la base de datos Pfam indique los dominios resultantes y obtenga la
representación HMMlogo de su proteína de interés.
 No se encuentra dominos solo aparecen familias, como se muestra en la imagen.
 Representación HMM

4. 6. Utilizando la herramienta web interPro identifique.
a. Los dominios de su proteína
b. Las anotaciones de residuos (si las hay)
c. El proceso biológico (si la hay)

5. d. La función molecular (si la hay)
e. El componente celular (si lo hay)
7. Utilice el servidor I-TASSER para predecir la posible estructura 3D de su proteína.
8. Analice la calidad de la estructura 3d obtenida por I-TASSER.
Verify 3D

6. 9. Herramientas bioinformáticas implementadas en la micropropagación.
Artículos:
1. Biotechnologyandcropimprovement (https://www.scopus.com/record/display.uri?eid=2-
s2.0-77951672587&origin=resultslist&sort=plf-
f&src=s&st1=vegetable+micropropagation+zea+mays&st2=&sid=bc028510b0dd985531e1f
6a35b023776&sot=b&sdt=b&sl=50&s=TITLE-ABS-
KEY%28vegetable+micropropagation+zea+mays%29&relpos=0&citeCnt=16&searchTerm=)
2. Libro bioinformativ
 La caracterizaciónmolecularde lasplantasresultantesde losprocesosdemicropropagación
u otros procesos empleando marcadores informativos, seleccionados y combinados.
 Identificación de proteínas
 Validar el carácter clonal de las plantas obtenidas en la micropropagación vegetal.