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de la Vidade la Vida
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condiciones adecuadas para lacondiciones adecuadas para la
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Síntesis de PMO:Síntesis de PMO:
Elementos Biogenéticos:Elementos Biogenéticos: C, H, O, N, P, SC, H, O, N, P, S
HCHOHCHOHCHOHCHO
Moléculas reactivasMoléculas reactivas
Solución diluida de MonómerosSolución diluida de Monómeros
Aporte MeteóricoAporte Meteórico
Mecanismos deMecanismos de
concentración:concentración: Adsorción sobreAdsorción sobre
mineralesminerales
AutoensambleAutoensamble secadosecado
Películas adsorbidasPelículas adsorbidas VesículasVesículas Películas sobre superficiesPelículas sobre superficies
AgregadosAgregados
molecularesmoleculares
Polimerización:Polimerización:
Agentes condensantesAgentes condensantes
EnergíaEnergía EnergíaEnergía
MonómerosMonómeros
Encapsulación:Encapsulación:
PolímerosPolímerosM en C RafaelM en C Rafael
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Nebulosas moleculares y MeteoritosNebulosas moleculares y Meteoritos
Fuentes externas de compuestos orgánicosFuentes externas de compuestos orgánicos
Meteorito AllendeMeteorito Allende
Nebulosa NGC 2170Nebulosa NGC 2170
Cometa HartleyCometa Hartley
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Primera evidencia de Materia OrgánicaPrimera evidencia de Materia Orgánica
meteórica en material lunar (Apollo 17)meteórica en material lunar (Apollo 17)
Thomas-Kerprta, KL et al (2014)Thomas-Kerprta, KL et al (2014) Organisc matter on the Earth's MoonOrganisc matter on the Earth's Moon Geochim et Cosmochim ActaGeochim et Cosmochim Acta 134,1-15134,1-15
Espectrometría de R-XEspectrometría de R-X
Microscopía electrónica deMicroscopía electrónica de
Barrido (emisión de campo)Barrido (emisión de campo)
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¿Cuál es la mayor objeción...¿Cuál es la mayor objeción...
de la sopa primigenía?de la sopa primigenía?
La falta de acoplamiento con una fuente de energía queLa falta de acoplamiento con una fuente de energía que
aleje del equilibrio termodinámicoaleje del equilibrio termodinámicoM en C RafaelM en C Rafael
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Las dos corrientes deLas dos corrientes de
la abiogénesisla abiogénesis
De: http://bytesizebio.net/page/23/De: http://bytesizebio.net/page/23/
➢
Replicador
(genética) Primero
➢
Metabolismo
Primero
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¿Qué fue primero el huevo o la Gallina?¿Qué fue primero el huevo o la Gallina?
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¿Qué fue primero el huevo o la Gallina?¿Qué fue primero el huevo o la Gallina?
El protista unicelular con alternancia de generacionesEl protista unicelular con alternancia de generaciones
n <---> 2nn <---> 2n
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Pues el RNA, idea loca sin sustento dePues el RNA, idea loca sin sustento de
los años 60s.los años 60s.M en C RafaelM en C Rafael
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La idea central de RNA WorldLa idea central de RNA World
Hubo un momento de la historia de la Vida,Hubo un momento de la historia de la Vida,
probablemente desde el surgimiento de ella misma, en laprobablemente desde el surgimiento de ella misma, en la
cuál el RNA almacenaba la información genética ycuál el RNA almacenaba la información genética y
catalizaba las reacciones del metabolismo.catalizaba las reacciones del metabolismo.
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¿Había evidencia del Mundo del RNA?¿Había evidencia del Mundo del RNA?
Habían hechos biológicos extraños, no evidentes y deHabían hechos biológicos extraños, no evidentes y de
excesiva complejidad sin explicación en el contextoexcesiva complejidad sin explicación en el contexto
teórico previo, pero que no habían llamado lateórico previo, pero que no habían llamado la
atención hasta el descubrimiento de la primeratención hasta el descubrimiento de la primer
ribozima.ribozima.
La ribozima deLa ribozima de TetrahymenaTetrahymena catalizacataliza
el corte y empalme de si misma delel corte y empalme de si misma del
RNA pre-ribosomal.RNA pre-ribosomal.
11erer
ejemplo de intrón autoeliminable.ejemplo de intrón autoeliminable.
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Transcripción de DNA
Ver: http://www.nature.com/nrg/multimedia/rnai/animation/index.htmlM en C RafaelM en C Rafael
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Traducción de mRNA
Subunidad mayorSubunidad mayorProteínaProteína
nacientenaciente
mRNAmRNA
tRNA-aatRNA-aa
entranteentrante
Subunidad menorSubunidad menor
Ver: http://www.nature.com/nrg/multimedia/rnai/animation/index.htmlM en C RafaelM en C Rafael
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¿Cómo se fabrican los desoxirribonucleótidos?¿Cómo se fabrican los desoxirribonucleótidos?
CDPCDPCDPCDP
GDPGDPGDPGDP
ADPADPADPADP
ddCDPCDPddCDPCDP
ddGDPGDPddGDPGDP
ddADPADPddADPADP
ddCTPCTPddCTPCTP
ddGTPGTPddGTPGTP
ddATPATPddATPATP
Nucleósido-
difosfatocinasa
ATPATP ADPADP
ATPATP ADPADP
ATPATP ADPADP
ddUMPUMPddUMPUMP ddTMPTMPddTMPTMP
TimidilatosintasaTimidilatosintasa
NADPHNADPH
ddTTPTTPddTTPTTP
ATPATP ADPADP
NADP+NADP+
THFTHF
SerSer GlyGly
RNRRNR
RNRRNR
RNRRNR
M en C RafaelM en C Rafael
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¡La Timina del DNA se fabrica a partir de U!¡La Timina del DNA se fabrica a partir de U!
Ver: http://themedicalbiochemistrypage.org/nucleotide-metabolism.phpM en C RafaelM en C Rafael
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La mayoría de los procesos celulares requierenLa mayoría de los procesos celulares requieren
ribonucleótidos como fuente de energíaribonucleótidos como fuente de energía
Ver: http://themedicalbiochemistrypage.org/nucleotide-metabolism.php
ATPATP
GTPGTP
UTPUTP
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Coenzimas como fósiles molecularesCoenzimas como fósiles moleculares
sobrevivientes del Mundo del ARNsobrevivientes del Mundo del ARN
NADNAD++
(forma oxidada)(forma oxidada)
Coenzima ACoenzima A
Otras coenzimas nucleotídicas: NADP, FAD, FMN y Vitamina BOtras coenzimas nucleotídicas: NADP, FAD, FMN y Vitamina B1212
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Deshidrogenasas que usan NADDeshidrogenasas que usan NAD++
ó NADPó NADP++
• Isocitrato deshidrogenasaIsocitrato deshidrogenasa
• A-cetoglutarato deshidrogenasaA-cetoglutarato deshidrogenasa
• Glucosa-6-fosfatodeshidrogenasa (NADPGlucosa-6-fosfatodeshidrogenasa (NADP++
))
• Malato deshidrogenasaMalato deshidrogenasa
• Glutamato deshidrogenasa (uno u otro)Glutamato deshidrogenasa (uno u otro)
• Gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasaGliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa
• Lactato deshidrogenasaLactato deshidrogenasa
• Alcohol deshidrogenasaAlcohol deshidrogenasa
M en C RafaelM en C Rafael
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Coenzimas como fósiles molecularesCoenzimas como fósiles moleculares
sobrevivientes del Mundo del ARNsobrevivientes del Mundo del ARN
FADFAD
RiboflavinaRiboflavina
(B(B22))
FMNFMN
M en C RafaelM en C Rafael
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Coenzimas como fósiles molecularesCoenzimas como fósiles moleculares
sobrevivientes del Mundo del ARNsobrevivientes del Mundo del ARN
Cianocobalamina (BCianocobalamina (B1212))
Fosfato de piridoxal (BFosfato de piridoxal (B66))
PLPPLP M en C RafaelM en C Rafael
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Coenzimas como fósiles molecularesCoenzimas como fósiles moleculares
sobrevivientes del Mundo del ARNsobrevivientes del Mundo del ARN
Ácido Fólico (B9)Ácido Fólico (B9) Biotina (B7)Biotina (B7)
M en C RafaelM en C Rafael
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Coenzimas como fósiles molecularesCoenzimas como fósiles moleculares
sobrevivientes del Mundo del ARNsobrevivientes del Mundo del ARN
Ácido LipoicoÁcido Lipoico
M en C RafaelM en C Rafael
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Coenzimas como fósiles molecularesCoenzimas como fósiles moleculares
sobrevivientes del Mundo del ARNsobrevivientes del Mundo del ARN
TiaminaTiamina M en C RafaelM en C Rafael
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RNAsa MRPRNAsa MRP
Procesamiento de RNA requiereProcesamiento de RNA requiere RNARNA
RibosomaRibosomaRibosomaRibosoma
TranscritoTranscrito
Primario de RNAPrimario de RNA
Procesamiento de RNAProcesamiento de RNA
RNA maduroRNA maduro
RNAsa PRNAsa P
snoRNAssnoRNAs
snRNAssnRNAs
Pre-RNAPre-RNAtt
Pre-RNAPre-RNArr
Pre-RNAPre-RNAmm
RNRNAAtt
RNARNArr
RNARNAmm M en C RafaelM en C Rafael
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Procesamiento de RNAProcesamiento de RNAtt
Transcrito 1°Transcrito 1°
RNAsa PRNAsa P
5’5’ 3’3’
RNAsa DRNAsa D
Corte porCorte por
RNAsa PRNAsa P
y Dy D
3’3’5’5’
Corte yCorte y
empalmeempalme
3’3’5’5’
AdiciónAdición
De CCADe CCA
3’3’
5’5’
Modificación de basesModificación de bases
RNARNAtt maduromaduro
3’3’
5’5’
Brazo del anti-codónBrazo del anti-codón
Brazo DBrazo D
Brazo aceptorBrazo aceptor
Brazo TBrazo TψψCC
Brazo extraBrazo extra
M en C RafaelM en C Rafael
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Procesamiento de RNAProcesamiento de RNAtt
RNARNAtt maduromaduro
3’3’
5’5’
Brazo del anti-codónBrazo del anti-codón
Brazo DBrazo D
Brazo extraBrazo extra
M en C RafaelM en C Rafael
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RNAsa PRNAsa P
RNA PRNA PProteínaProteína
auxiliarauxiliar
tRNA
inmaduro
Fellman, M 2010 Molecular Fossil http://www.northwestern.edu/newscenter/stories/2010/11/rna-structure-mondragon.htmlM en C RafaelM en C Rafael
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Función de la Partícula deFunción de la Partícula de
reconocimiento de señal (SRP)reconocimiento de señal (SRP)
Nagai, K et al (2003) Structure, function and evolution of the SRP-EMBO 22(14):3478-85M en C RafaelM en C Rafael
Govea VillaseñorGovea Villaseñor
Estructura 2Estructura 2aa
del RNA de la SRPdel RNA de la SRP
Nagai, K et al (2003) Structure, function and evolution of the SRP-EMBO 22(14):3478-85M en C RafaelM en C Rafael
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Estructura de la SRP de los 3 DominiosEstructura de la SRP de los 3 Dominios
Nagai, K et al (2003) Structure, function and evolution of the SRP-EMBO 22(14):3478-85M en C RafaelM en C Rafael
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SpliceosomeSpliceosome
ElEl espliciosomaespliciosoma es un complejo RNP eucariótico que lleva aes un complejo RNP eucariótico que lleva a
cabo el corte y empalme del transcrito primario durante sucabo el corte y empalme del transcrito primario durante su
transformación en mRNAtransformación en mRNA
Will, CL & R Rührmann (2010)Will, CL & R Rührmann (2010) Spliceosome structure and functionSpliceosome structure and function--Cold Spring Harb PerspectCold Spring Harb Perspect BiolBiol-2-2
5 snRNA5 snRNA
U1U1
U2U2
U4U4
U5U5
U6U6
Más de 50Más de 50
proteínasproteínas
durante eldurante el
ciclo deciclo de
corte ycorte y
empalmeempalme
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La Replicación del ADN necesita ARNLa Replicación del ADN necesita ARN
5’5’
5’5’3’3’
3’3’
Cadena líderCadena líder
CadenaCadena
retrasadaretrasada
Fragmento de Okasaki (Fragmento de Okasaki (RNARNA++DNADNA)=)=
3’3’
5’5’
5’5’
3’3’
La replicación del DNA eucariótico siempre falla en copiarLa replicación del DNA eucariótico siempre falla en copiar
los extremos 3' del templado de las cadena retrasadas.los extremos 3' del templado de las cadena retrasadas.
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Los extremos de los cromosomas eucarióticosLos extremos de los cromosomas eucarióticos
se reparan con...se reparan con...
Ver: http://www.public.asu.edu/~jchen61/ChenLab/Research.html
Una Retrotranscriptasa dependiente de su propio primer deUna Retrotranscriptasa dependiente de su propio primer de
RNA, la Telomerasa una RNP asociada a diferentes proteínas enRNA, la Telomerasa una RNP asociada a diferentes proteínas en
distintos linajesdistintos linajes
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Splicing (corte y empalme)Splicing (corte y empalme)
PyPy8080NPyNPy8080PyPy8787PuPu7575APyAPy9595GUGU
AGAG
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RiboswitchRiboswitch
Ver: http://www.powershow.com/view/14cd2-OTJiY/Riboswitches_powerpoint_ppt_presentation
Los Riboswitch son elementos eubacterianos que controlan, enLos Riboswitch son elementos eubacterianos que controlan, en
ciscis, el fin de la transcripción o evitan la traducción en función de, el fin de la transcripción o evitan la traducción en función de
la presencia o ausencia de ligandos (metabolitos diversos)la presencia o ausencia de ligandos (metabolitos diversos)
Los Riboswitch NO necesitan proteínasLos Riboswitch NO necesitan proteínas
para funcionarpara funcionar
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RNA Interference (RNAi)RNA Interference (RNAi)
Ver: http://www.nature.com/nrg/multimedia/rnai/animation/index.html
Los siRNAs y miRNAs son centrales a la interferencia de laLos siRNAs y miRNAs son centrales a la interferencia de la
traducción de mRNAs mediante el corte guiado del mensajerotraducción de mRNAs mediante el corte guiado del mensajero
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CrRNA y Sistema CRISP/CASCrRNA y Sistema CRISP/CAS
(clustered regularly(clustered regularly
interspaced short palindromicinterspaced short palindromic
repeats)repeats)
Es un sistema inmuneEs un sistema inmune
adaptativo en prokariotesadaptativo en prokariotes
basado en la restricciónbasado en la restricción
de DNA guiado por RNAde DNA guiado por RNA
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La Misteriosa RNP Cripta (Vault)La Misteriosa RNP Cripta (Vault)
Ver:Ver: http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=114http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=114 yy
De función desconocida, hay 100 mil en cada una de nuestrasDe función desconocida, hay 100 mil en cada una de nuestras
célulascélulas
13MDa13MDa
26 a 3526 a 35
nm denm de
∅∅
3 proteínas3 proteínas
1 RNA1 RNA
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Participación Polifacética delParticipación Polifacética del
RNARNA

Almacenamiento de información genéticaAlmacenamiento de información genética

Catálisis, tanto como enzima, comoCatálisis, tanto como enzima, como
coenzima.coenzima.

Regulación de la expresión genéticaRegulación de la expresión genética

Reparación de los cromosomasReparación de los cromosomas

Defensa inmune...Defensa inmune...
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¿La síntesis abiótica pudo producir¿La síntesis abiótica pudo producir
ribosa y bases nitrogenadas?ribosa y bases nitrogenadas?
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El problema de laEl problema de la
síntesis de nucleótidossíntesis de nucleótidos
Producir azúcares y basesProducir azúcares y bases
nitrogenadas ennitrogenadas en
condiciones abióticas escondiciones abióticas es
fácil, no así lograr unirlosfácil, no así lograr unirlos
en nucleótidosen nucleótidos
Buratovich, MA (2011)Buratovich, MA (2011) Recent advances on the origin of lifeRecent advances on the origin of life Reports NCSReports NCSE 31.1,1.1E 31.1,1.1
Pero, con reactivos plausibles
como prebióticos sin unir
ribosa y BN se forma un
nucleótido cíclico
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¿Pudo el RNA catalizar su¿Pudo el RNA catalizar su
propia síntesis?propia síntesis?
Experimentos deExperimentos de
evolución artificial hanevolución artificial han
obtenido algunasobtenido algunas
ribozimas relevantesribozimas relevantes
Joyce, GF (2002) the antiquity of RNA-based evolution-nature-418-214-02Joyce, GF (2002) the antiquity of RNA-based evolution-nature-418-214-02
Pero, aún falta obtener ribozimas
que catalicen reacciones que,
incluso ocurren abióticamente
con relativa facilidad, como a, b, c
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la Vidala Vida
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ABIÓTICAABIÓTICA
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CatálisisdeCatálisisde
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Los experimentos de evolución artificialLos experimentos de evolución artificial
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Parece factible, por tanto que elParece factible, por tanto que el
RNA haya sido el primer polímeroRNA haya sido el primer polímero
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Prueba de la existencia de un Mundo de ARNPrueba de la existencia de un Mundo de ARN
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30S30S 50S50S
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CC22-C-C55
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son vías acestrales?son vías acestrales?
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del Hadeano o deldel Hadeano o del
ArqueanoArqueano
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Pero, con reactivos
plausibles como prebióticos
siguiendo la termodinámica
y la selección de mayor
estabilidad cinética
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Más probablemente ocurrió enMás probablemente ocurrió en
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del océano primitivo o en lasdel océano primitivo o en las
formadas en cráteres de impactoformadas en cráteres de impacto
del HLBdel HLB
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Pero, siempre como propuso
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Teorias Modernas sobre el origen de la Vida

  • 1. Teorías Modernas Sobre el OrigenTeorías Modernas Sobre el Origen de la Vidade la Vida M en C Rafael Govea VillaseñorM en C Rafael Govea Villaseñor Versión 1.0
  • 2. El acuerdo de losEl acuerdo de los investigadores de lainvestigadores de la abiogénesisabiogénesis En algún momento de laEn algún momento de la historia de la Tierra hubohistoria de la Tierra hubo condiciones adecuadas para lacondiciones adecuadas para la síntesis abiótica desíntesis abiótica de compuestos químicoscompuestos químicos orgánicosorgánicos M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 3. Teoría StandartTeoría Standart ✔ Se basaba fundamentalmente en los conocimientos deSe basaba fundamentalmente en los conocimientos de astronomía, geología y química del siglo XIX y parte del XX.astronomía, geología y química del siglo XIX y parte del XX. ✔ Asume la idea de una atmósfera fuertemente reducida enAsume la idea de una atmósfera fuertemente reducida en la Tierra primitiva. No validada en la actualidad.la Tierra primitiva. No validada en la actualidad. ✔ Supone correctamente el efecto de diversas fuentes deSupone correctamente el efecto de diversas fuentes de energía en la síntesis de compuestos orgánicos.energía en la síntesis de compuestos orgánicos. ✔ Dejaba de lado el factor dilución en las reacciones deDejaba de lado el factor dilución en las reacciones de condensación para formar los polímeros (proteínas)condensación para formar los polímeros (proteínas) De modo que la sopa primigenia, segúnDe modo que la sopa primigenia, según Haldane, probablemente es un callejón sinHaldane, probablemente es un callejón sin salidasalidaM en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 4. Origen de la VidaOrigen de la Vida HCNHCNHCNHCN Deamer, D W, 1997Deamer, D W, 1997 Síntesis de PMO:Síntesis de PMO: Elementos Biogenéticos:Elementos Biogenéticos: C, H, O, N, P, SC, H, O, N, P, S HCHOHCHOHCHOHCHO Moléculas reactivasMoléculas reactivas Solución diluida de MonómerosSolución diluida de Monómeros Aporte MeteóricoAporte Meteórico Mecanismos deMecanismos de concentración:concentración: Adsorción sobreAdsorción sobre mineralesminerales AutoensambleAutoensamble secadosecado Películas adsorbidasPelículas adsorbidas VesículasVesículas Películas sobre superficiesPelículas sobre superficies AgregadosAgregados molecularesmoleculares Polimerización:Polimerización: Agentes condensantesAgentes condensantes EnergíaEnergía EnergíaEnergía MonómerosMonómeros Encapsulación:Encapsulación: PolímerosPolímerosM en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 5. Nebulosas moleculares y MeteoritosNebulosas moleculares y Meteoritos Fuentes externas de compuestos orgánicosFuentes externas de compuestos orgánicos Meteorito AllendeMeteorito Allende Nebulosa NGC 2170Nebulosa NGC 2170 Cometa HartleyCometa Hartley M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 6. Primera evidencia de Materia OrgánicaPrimera evidencia de Materia Orgánica meteórica en material lunar (Apollo 17)meteórica en material lunar (Apollo 17) Thomas-Kerprta, KL et al (2014)Thomas-Kerprta, KL et al (2014) Organisc matter on the Earth's MoonOrganisc matter on the Earth's Moon Geochim et Cosmochim ActaGeochim et Cosmochim Acta 134,1-15134,1-15 Espectrometría de R-XEspectrometría de R-X Microscopía electrónica deMicroscopía electrónica de Barrido (emisión de campo)Barrido (emisión de campo) M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 7. ¿Cuál es la mayor objeción...¿Cuál es la mayor objeción... de la sopa primigenía?de la sopa primigenía? La falta de acoplamiento con una fuente de energía queLa falta de acoplamiento con una fuente de energía que aleje del equilibrio termodinámicoaleje del equilibrio termodinámicoM en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 8. Las dos corrientes deLas dos corrientes de la abiogénesisla abiogénesis De: http://bytesizebio.net/page/23/De: http://bytesizebio.net/page/23/ ➢ Replicador (genética) Primero ➢ Metabolismo Primero M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 9. ¿Qué fue primero el huevo o la Gallina?¿Qué fue primero el huevo o la Gallina? M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 10. ¿Qué fue primero el huevo o la Gallina?¿Qué fue primero el huevo o la Gallina? El protista unicelular con alternancia de generacionesEl protista unicelular con alternancia de generaciones n <---> 2nn <---> 2n M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 11. ¿Qué fue primero el DNA o la Proteína?¿Qué fue primero el DNA o la Proteína? Pues el RNA, idea loca sin sustento dePues el RNA, idea loca sin sustento de los años 60s.los años 60s.M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 12. La idea central de RNA WorldLa idea central de RNA World Hubo un momento de la historia de la Vida,Hubo un momento de la historia de la Vida, probablemente desde el surgimiento de ella misma, en laprobablemente desde el surgimiento de ella misma, en la cuál el RNA almacenaba la información genética ycuál el RNA almacenaba la información genética y catalizaba las reacciones del metabolismo.catalizaba las reacciones del metabolismo. M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 13. ¿Había evidencia del Mundo del RNA?¿Había evidencia del Mundo del RNA? Habían hechos biológicos extraños, no evidentes y deHabían hechos biológicos extraños, no evidentes y de excesiva complejidad sin explicación en el contextoexcesiva complejidad sin explicación en el contexto teórico previo, pero que no habían llamado lateórico previo, pero que no habían llamado la atención hasta el descubrimiento de la primeratención hasta el descubrimiento de la primer ribozima.ribozima. La ribozima deLa ribozima de TetrahymenaTetrahymena catalizacataliza el corte y empalme de si misma delel corte y empalme de si misma del RNA pre-ribosomal.RNA pre-ribosomal. 11erer ejemplo de intrón autoeliminable.ejemplo de intrón autoeliminable. M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 14. Transcripción de DNA Ver: http://www.nature.com/nrg/multimedia/rnai/animation/index.htmlM en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 15. Traducción de mRNA Subunidad mayorSubunidad mayorProteínaProteína nacientenaciente mRNAmRNA tRNA-aatRNA-aa entranteentrante Subunidad menorSubunidad menor Ver: http://www.nature.com/nrg/multimedia/rnai/animation/index.htmlM en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 16. ¿Cómo se fabrican los desoxirribonucleótidos?¿Cómo se fabrican los desoxirribonucleótidos? CDPCDPCDPCDP GDPGDPGDPGDP ADPADPADPADP ddCDPCDPddCDPCDP ddGDPGDPddGDPGDP ddADPADPddADPADP ddCTPCTPddCTPCTP ddGTPGTPddGTPGTP ddATPATPddATPATP Nucleósido- difosfatocinasa ATPATP ADPADP ATPATP ADPADP ATPATP ADPADP ddUMPUMPddUMPUMP ddTMPTMPddTMPTMP TimidilatosintasaTimidilatosintasa NADPHNADPH ddTTPTTPddTTPTTP ATPATP ADPADP NADP+NADP+ THFTHF SerSer GlyGly RNRRNR RNRRNR RNRRNR M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 17. ¡La Timina del DNA se fabrica a partir de U!¡La Timina del DNA se fabrica a partir de U! Ver: http://themedicalbiochemistrypage.org/nucleotide-metabolism.phpM en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 18. La mayoría de los procesos celulares requierenLa mayoría de los procesos celulares requieren ribonucleótidos como fuente de energíaribonucleótidos como fuente de energía Ver: http://themedicalbiochemistrypage.org/nucleotide-metabolism.php ATPATP GTPGTP UTPUTP M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 19. Coenzimas como fósiles molecularesCoenzimas como fósiles moleculares sobrevivientes del Mundo del ARNsobrevivientes del Mundo del ARN NADNAD++ (forma oxidada)(forma oxidada) Coenzima ACoenzima A Otras coenzimas nucleotídicas: NADP, FAD, FMN y Vitamina BOtras coenzimas nucleotídicas: NADP, FAD, FMN y Vitamina B1212 M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 20. Deshidrogenasas que usan NADDeshidrogenasas que usan NAD++ ó NADPó NADP++ • Isocitrato deshidrogenasaIsocitrato deshidrogenasa • A-cetoglutarato deshidrogenasaA-cetoglutarato deshidrogenasa • Glucosa-6-fosfatodeshidrogenasa (NADPGlucosa-6-fosfatodeshidrogenasa (NADP++ )) • Malato deshidrogenasaMalato deshidrogenasa • Glutamato deshidrogenasa (uno u otro)Glutamato deshidrogenasa (uno u otro) • Gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasaGliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa • Lactato deshidrogenasaLactato deshidrogenasa • Alcohol deshidrogenasaAlcohol deshidrogenasa M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 21. Coenzimas como fósiles molecularesCoenzimas como fósiles moleculares sobrevivientes del Mundo del ARNsobrevivientes del Mundo del ARN FADFAD RiboflavinaRiboflavina (B(B22)) FMNFMN M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 22. Coenzimas como fósiles molecularesCoenzimas como fósiles moleculares sobrevivientes del Mundo del ARNsobrevivientes del Mundo del ARN Cianocobalamina (BCianocobalamina (B1212)) Fosfato de piridoxal (BFosfato de piridoxal (B66)) PLPPLP M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 23. Coenzimas como fósiles molecularesCoenzimas como fósiles moleculares sobrevivientes del Mundo del ARNsobrevivientes del Mundo del ARN Ácido Fólico (B9)Ácido Fólico (B9) Biotina (B7)Biotina (B7) M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 24. Coenzimas como fósiles molecularesCoenzimas como fósiles moleculares sobrevivientes del Mundo del ARNsobrevivientes del Mundo del ARN Ácido LipoicoÁcido Lipoico M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 25. Coenzimas como fósiles molecularesCoenzimas como fósiles moleculares sobrevivientes del Mundo del ARNsobrevivientes del Mundo del ARN TiaminaTiamina M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 26. RNAsa MRPRNAsa MRP Procesamiento de RNA requiereProcesamiento de RNA requiere RNARNA RibosomaRibosomaRibosomaRibosoma TranscritoTranscrito Primario de RNAPrimario de RNA Procesamiento de RNAProcesamiento de RNA RNA maduroRNA maduro RNAsa PRNAsa P snoRNAssnoRNAs snRNAssnRNAs Pre-RNAPre-RNAtt Pre-RNAPre-RNArr Pre-RNAPre-RNAmm RNRNAAtt RNARNArr RNARNAmm M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 27. Procesamiento de RNAProcesamiento de RNAtt Transcrito 1°Transcrito 1° RNAsa PRNAsa P 5’5’ 3’3’ RNAsa DRNAsa D Corte porCorte por RNAsa PRNAsa P y Dy D 3’3’5’5’ Corte yCorte y empalmeempalme 3’3’5’5’ AdiciónAdición De CCADe CCA 3’3’ 5’5’ Modificación de basesModificación de bases RNARNAtt maduromaduro 3’3’ 5’5’ Brazo del anti-codónBrazo del anti-codón Brazo DBrazo D Brazo aceptorBrazo aceptor Brazo TBrazo TψψCC Brazo extraBrazo extra M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 28. Procesamiento de RNAProcesamiento de RNAtt RNARNAtt maduromaduro 3’3’ 5’5’ Brazo del anti-codónBrazo del anti-codón Brazo DBrazo D Brazo extraBrazo extra M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 29. RNAsa PRNAsa P RNA PRNA PProteínaProteína auxiliarauxiliar tRNA inmaduro Fellman, M 2010 Molecular Fossil http://www.northwestern.edu/newscenter/stories/2010/11/rna-structure-mondragon.htmlM en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 30. Función de la Partícula deFunción de la Partícula de reconocimiento de señal (SRP)reconocimiento de señal (SRP) Nagai, K et al (2003) Structure, function and evolution of the SRP-EMBO 22(14):3478-85M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 31. Estructura 2Estructura 2aa del RNA de la SRPdel RNA de la SRP Nagai, K et al (2003) Structure, function and evolution of the SRP-EMBO 22(14):3478-85M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 32. Estructura de la SRP de los 3 DominiosEstructura de la SRP de los 3 Dominios Nagai, K et al (2003) Structure, function and evolution of the SRP-EMBO 22(14):3478-85M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 33. SpliceosomeSpliceosome ElEl espliciosomaespliciosoma es un complejo RNP eucariótico que lleva aes un complejo RNP eucariótico que lleva a cabo el corte y empalme del transcrito primario durante sucabo el corte y empalme del transcrito primario durante su transformación en mRNAtransformación en mRNA Will, CL & R Rührmann (2010)Will, CL & R Rührmann (2010) Spliceosome structure and functionSpliceosome structure and function--Cold Spring Harb PerspectCold Spring Harb Perspect BiolBiol-2-2 5 snRNA5 snRNA U1U1 U2U2 U4U4 U5U5 U6U6 Más de 50Más de 50 proteínasproteínas durante eldurante el ciclo deciclo de corte ycorte y empalmeempalme M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 34. La Replicación del ADN necesita ARNLa Replicación del ADN necesita ARN 5’5’ 5’5’3’3’ 3’3’ Cadena líderCadena líder CadenaCadena retrasadaretrasada Fragmento de Okasaki (Fragmento de Okasaki (RNARNA++DNADNA)=)= 3’3’ 5’5’ 5’5’ 3’3’ La replicación del DNA eucariótico siempre falla en copiarLa replicación del DNA eucariótico siempre falla en copiar los extremos 3' del templado de las cadena retrasadas.los extremos 3' del templado de las cadena retrasadas. M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 35. Los extremos de los cromosomas eucarióticosLos extremos de los cromosomas eucarióticos se reparan con...se reparan con... Ver: http://www.public.asu.edu/~jchen61/ChenLab/Research.html Una Retrotranscriptasa dependiente de su propio primer deUna Retrotranscriptasa dependiente de su propio primer de RNA, la Telomerasa una RNP asociada a diferentes proteínas enRNA, la Telomerasa una RNP asociada a diferentes proteínas en distintos linajesdistintos linajes M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 36. Splicing (corte y empalme)Splicing (corte y empalme) PyPy8080NPyNPy8080PyPy8787PuPu7575APyAPy9595GUGU AGAG M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 37. RiboswitchRiboswitch Ver: http://www.powershow.com/view/14cd2-OTJiY/Riboswitches_powerpoint_ppt_presentation Los Riboswitch son elementos eubacterianos que controlan, enLos Riboswitch son elementos eubacterianos que controlan, en ciscis, el fin de la transcripción o evitan la traducción en función de, el fin de la transcripción o evitan la traducción en función de la presencia o ausencia de ligandos (metabolitos diversos)la presencia o ausencia de ligandos (metabolitos diversos) Los Riboswitch NO necesitan proteínasLos Riboswitch NO necesitan proteínas para funcionarpara funcionar M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 38. RNA Interference (RNAi)RNA Interference (RNAi) Ver: http://www.nature.com/nrg/multimedia/rnai/animation/index.html Los siRNAs y miRNAs son centrales a la interferencia de laLos siRNAs y miRNAs son centrales a la interferencia de la traducción de mRNAs mediante el corte guiado del mensajerotraducción de mRNAs mediante el corte guiado del mensajero M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 39. CrRNA y Sistema CRISP/CASCrRNA y Sistema CRISP/CAS (clustered regularly(clustered regularly interspaced short palindromicinterspaced short palindromic repeats)repeats) Es un sistema inmuneEs un sistema inmune adaptativo en prokariotesadaptativo en prokariotes basado en la restricciónbasado en la restricción de DNA guiado por RNAde DNA guiado por RNA M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 40. La Misteriosa RNP Cripta (Vault)La Misteriosa RNP Cripta (Vault) Ver:Ver: http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=114http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=114 yy De función desconocida, hay 100 mil en cada una de nuestrasDe función desconocida, hay 100 mil en cada una de nuestras célulascélulas 13MDa13MDa 26 a 3526 a 35 nm denm de ∅∅ 3 proteínas3 proteínas 1 RNA1 RNA M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 41. Participación Polifacética delParticipación Polifacética del RNARNA  Almacenamiento de información genéticaAlmacenamiento de información genética  Catálisis, tanto como enzima, comoCatálisis, tanto como enzima, como coenzima.coenzima.  Regulación de la expresión genéticaRegulación de la expresión genética  Reparación de los cromosomasReparación de los cromosomas  Defensa inmune...Defensa inmune... M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 42. ¿La síntesis abiótica pudo producir¿La síntesis abiótica pudo producir ribosa y bases nitrogenadas?ribosa y bases nitrogenadas? M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 43. El problema de laEl problema de la síntesis de nucleótidossíntesis de nucleótidos Producir azúcares y basesProducir azúcares y bases nitrogenadas ennitrogenadas en condiciones abióticas escondiciones abióticas es fácil, no así lograr unirlosfácil, no así lograr unirlos en nucleótidosen nucleótidos Buratovich, MA (2011)Buratovich, MA (2011) Recent advances on the origin of lifeRecent advances on the origin of life Reports NCSReports NCSE 31.1,1.1E 31.1,1.1 Pero, con reactivos plausibles como prebióticos sin unir ribosa y BN se forma un nucleótido cíclico M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 44. ¿Pudo el RNA catalizar su¿Pudo el RNA catalizar su propia síntesis?propia síntesis? Experimentos deExperimentos de evolución artificial hanevolución artificial han obtenido algunasobtenido algunas ribozimas relevantesribozimas relevantes Joyce, GF (2002) the antiquity of RNA-based evolution-nature-418-214-02Joyce, GF (2002) the antiquity of RNA-based evolution-nature-418-214-02 Pero, aún falta obtener ribozimas que catalicen reacciones que, incluso ocurren abióticamente con relativa facilidad, como a, b, c M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 45. Estabilidad del enlace Fosfodiéster vs pHEstabilidad del enlace Fosfodiéster vs pH Bernhardt, H & WP Tate (2012)Bernhardt, H & WP Tate (2012) Primordial soup or vinagrette: did The RNA world evolve in acidic pPrimordial soup or vinagrette: did The RNA world evolve in acidic pHH Biol DirectBiol Direct 7:47:4 M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 46. Fuentes de energía prebióticaFuentes de energía prebiótica Deamer, D and L Weber (2010)Deamer, D and L Weber (2010) Bioenergetics and Life´s originsBioenergetics and Life´s origins--CSH-PBiol-CSH-PBiol- M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 47. Evolución de los Mundos deEvolución de los Mundos de la Vidala Vida SÍNTESISSÍNTESIS ABIÓTICAABIÓTICA M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 48. Evolución de los Mundos de la VidaEvolución de los Mundos de la Vida CatálisismineralCatálisismineral Copley, ShD; E Smith and HJ Morowitz (2007) The origin of the RNA world: coevolution of genes and metabolism Bioorg Chem 35-43043 M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 49. Evolución de los Mundos de la Vida 2Evolución de los Mundos de la Vida 2 Copley, ShD; E Smith and HJ Morowitz (2007) The origin of the RNA world: coevolution of genes and metabolism Bioorg Chem 35-43043 CatálisisdeCatálisisde pequeñaspequeñas moléculasmoléculas CatálisisdeCatálisisde cofactorescofactores enlazadosenlazados Evolución del sitio activoEvolución del sitio activo M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 50. Evolución de los Mundos de la Vida 3Evolución de los Mundos de la Vida 3 Copley, ShD; E Smith and HJ Morowitz (2007) The origin of the RNA world: coevolution of genes and metabolism Bioorg Chem 35-43043 CatálisisderibozimaspequeñasCatálisisderibozimaspequeñas Evolución del sitio activoEvolución del sitio activo
  • 51. ¿Los RNA podrían replicarse?¿Los RNA podrían replicarse? Cheng, K L & PJ Unrau 2010Cheng, K L & PJ Unrau 2010 Closing the circle, Replicating RNA with RNAClosing the circle, Replicating RNA with RNA--Cold Spring Harb Perspect BiolCold Spring Harb Perspect Biol-a002204-a002204 M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 52. ¿Los RNA podrían replicarse?¿Los RNA podrían replicarse? Cheng, K L & PJ Unrau 2010Cheng, K L & PJ Unrau 2010 Closing the circle, Replicating RNA with RNAClosing the circle, Replicating RNA with RNA--Cold Spring Harb Perspect BiolCold Spring Harb Perspect Biol-a002204-a002204 M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 53. ¿Los RNA podrían replicarse?¿Los RNA podrían replicarse? Cheng, K L & PJ Unrau 2010Cheng, K L & PJ Unrau 2010 Closing the circle, Replicating RNA with RNAClosing the circle, Replicating RNA with RNA--Cold Spring Harb Perspect BiolCold Spring Harb Perspect Biol-a002204-a002204 Los experimentos de evolución artificialLos experimentos de evolución artificial han producido RNApolimerasas dehan producido RNApolimerasas de procesividad, aún limitada (14 nt), peroprocesividad, aún limitada (14 nt), pero han clarificado la estructura modular dehan clarificado la estructura modular de las ribozimas conocidas.las ribozimas conocidas. Parece factible, por tanto que elParece factible, por tanto que el RNA haya sido el primer polímeroRNA haya sido el primer polímero autoreplicativoautoreplicativo M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 54. El metabolismo requiere CoenzimasEl metabolismo requiere Coenzimas Huang, F et al (2000)Huang, F et al (2000) RNA-catalyzed CoA, NAD y FAD synthesis from phosphopantheine, NMN and FMNRNA-catalyzed CoA, NAD y FAD synthesis from phosphopantheine, NMN and FMN BiochemBiochem 39,15548-1555539,15548-15555 Iso6Iso6 CoES7CoES7 CoES31CoES31 M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 55. Prueba de la existencia de un Mundo de ARNPrueba de la existencia de un Mundo de ARN previo al actualprevio al actual 30S30S 50S50S tRNAtRNA mmRRNNAA PéptidoPéptido nacientenaciente ProteínasProteínas ribosomalesribosomales M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 56. Hay acuerdo, El Mundo del RNA debió existirHay acuerdo, El Mundo del RNA debió existir Bada, JL and A Lazcano (2003)Bada, JL and A Lazcano (2003) Prebiotic soup-revisiting the Miller experimentPrebiotic soup-revisiting the Miller experiment Sc.Sc. 300, 745-6300, 745-6 Bada, JL 2013Bada, JL 2013 New insights into prebiotic chemistry from Stanley Miller's spark discharge experimentsNew insights into prebiotic chemistry from Stanley Miller's spark discharge experimentsM en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 57. Hay acuerdo, ElHay acuerdo, El Mundo del RNAMundo del RNA debió de existirdebió de existir Kooning, EV et al (2006)Kooning, EV et al (2006) The ancient Virus World and evolution of cellsThe ancient Virus World and evolution of cells Biol DirectBiol Direct I:29 doi:10.1186/I:29 doi:10.1186/1745-6150-1-291745-6150-1-29 El origen de la Vida pudoEl origen de la Vida pudo resultar del surgimiento deresultar del surgimiento de la primera replicasa hechala primera replicasa hecha de RNA, pero esa aún no lode RNA, pero esa aún no lo sabemossabemos M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 58. Hipótesis del Origen AutotróficoHipótesis del Origen Autotrófico EnergíaEnergíaEnergíaEnergía Edwards M (1998)Edwards M (1998) From a soup or a seed? Pyritic metabolic Complexes in The Origin of LifeFrom a soup or a seed? Pyritic metabolic Complexes in The Origin of Life TREE,TREE, 13(5):178-8113(5):178-81 Química (Redox)Química (Redox) LuzLuz FuenteFuente SumideroSumidero EnergíaEnergíaEnergíaEnergía CalorCalor M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 59. Teoría de abiogénesis en Ventosas SubmarinasTeoría de abiogénesis en Ventosas Submarinas Martin, W et al (2008)Martin, W et al (2008) Hydrothermal vents and the origin of lifeHydrothermal vents and the origin of life Nature Review MicrobiolNature Review Microbiol 6, 805-146, 805-14M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 60. Otras ventosas hidrotermales y abiogénesisOtras ventosas hidrotermales y abiogénesis Cockel ChS (2006)Cockel ChS (2006) The origin and emergence of life under impactThe origin and emergence of life under impact Phil Trans Royal Soc BPhil Trans Royal Soc B 361, 1845-56361, 1845-56 HBLHBL M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 61. Ventosas comoVentosas como reactores para lareactores para la abiogénesisabiogénesis Martin, W & MJ Russell (2003)Martin, W & MJ Russell (2003) On the origin of cellsOn the origin of cells Phil. Trans. R. Soc. Lond BPhil. Trans. R. Soc. Lond B-358, 59-85-358, 59-85 SerpentinizaciónSerpentinización M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 62. Serpentinización de las rocas del fondo marinoSerpentinización de las rocas del fondo marino Martin, W et al (2008)Martin, W et al (2008) Hydrothermal vents and the origin of lifeHydrothermal vents and the origin of life Nature Rev MicrobiolNature Rev Microbiol 6(11)805-146(11)805-14 La serpentinización es la conversión de mineralesLa serpentinización es la conversión de minerales (enstatita, olivina, fayalita...) a serpentina(enstatita, olivina, fayalita...) a serpentina La reacción implica la reducción deLa reacción implica la reducción de HH22O y COO y CO22 por lospor los iónes ferrosos (iónes ferrosos (FeFe2-2- ) produciendo magnetita,) produciendo magnetita, HH22 yy CHCH44 (FeMg)(FeMg)22SiOSiO44 + H+ H22O + CO + C →→ MgMg33SiOSiO55(OH)(OH)44 ++ Mg(OH)Mg(OH)22 + Fe+ Fe33OO44 ++ HH22↑↑++ CHCH44↑↑++ CC22-C-C55 6Fe6Fe22SiOSiO44 + 2H+ 2H22O + COO + CO22 →→ 6SiO6SiO22 + 4Fe+ 4Fe33OO44 ++ CHCH44↑↑ Russell, MJ; W Nitschke and E Branscomb (2013)Russell, MJ; W Nitschke and E Branscomb (2013) The inevitable journey to beingThe inevitable journey to being Phil. Trans. R. Soc. B 368Phil. Trans. R. Soc. B 368-20120254-20120254 M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 63. Ventosas como reactores para la abiogénesisVentosas como reactores para la abiogénesis Martin, W & MJ Russell 2007Martin, W & MJ Russell 2007 On the origin of biochemistry at an alkakaline hydrothermal ventOn the origin of biochemistry at an alkakaline hydrothermal vent Phil. Trans. R. Soc. BPhil. Trans. R. Soc. B-1887-926-1887-926 SerpentinizaciónSerpentinización Fosforilación aFosforilación a nivel de sustratonivel de sustrato M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 64. Ventosas como reactores para la abiogénesisVentosas como reactores para la abiogénesis Martin, W & MJ Russell 2007Martin, W & MJ Russell 2007 On the origin of biochemistry at an alkakaline hydrothermal ventOn the origin of biochemistry at an alkakaline hydrothermal vent Phil. Trans. R. Soc. BPhil. Trans. R. Soc. B-1887-926-1887-926 SerpentinizaciónSerpentinización Captura de EnergíaCaptura de Energía quimiosmóticaquimiosmótica M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 65. Ventosas como reactores para la abiogénesisVentosas como reactores para la abiogénesis Martin, W & MJ Russell 2007Martin, W & MJ Russell 2007 On the origin of biochemistry at an alkakaline hydrothermal ventOn the origin of biochemistry at an alkakaline hydrothermal vent Phil. Trans. R. Soc. BPhil. Trans. R. Soc. B-1887-926-1887-926 SerpentinizaciónSerpentinización Generación de EnergíaGeneración de Energía quimiosmóticaquimiosmótica M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 66. Formación de losFormación de los dos linajes, segúndos linajes, según Martin y RussellMartin y Russell Martin, W & MJ Russell (2003)Martin, W & MJ Russell (2003) On the origin of cellsOn the origin of cells Phil. Trans. R. Soc. Lond BPhil. Trans. R. Soc. Lond B-358, 59-85-358, 59-85M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 67. ReaccionesReacciones termodinamicamentetermodinamicamente posibles c/Acetil-Pposibles c/Acetil-P Martin, W & MJ Russell 2007Martin, W & MJ Russell 2007 On the origin of biochemistry at an alkakaline hydrothermal ventOn the origin of biochemistry at an alkakaline hydrothermal vent Phil. Trans. R. Soc. BPhil. Trans. R. Soc. B-1887-926-1887-926 M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 68. Paralelismo de víasParalelismo de vías metabólicas y lametabólicas y la síntesis de CHsíntesis de CH44 sinsin enzimasenzimas Martin, W et al (2008)Martin, W et al (2008) Hydrothermal vents and the origin of lifeHydrothermal vents and the origin of life Nature Rev MicrobiolNature Rev Microbiol 6(11):805-146(11):805-14 Fijación de COFijación de CO22 porpor la CoA (víala CoA (vía Wood-Ljungdahl)Wood-Ljungdahl) ¿La Acetogénesis y¿La Acetogénesis y la Metanogénesisla Metanogénesis son vías acestrales?son vías acestrales? M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 69. Acetogénesis yAcetogénesis y Metanogénesis,Metanogénesis, datos filogenéticosdatos filogenéticos Fijación de COFijación de CO22 porpor la CoA (víala CoA (vía Wood-Ljungdahl)Wood-Ljungdahl) ¿La Acetogénesis y¿La Acetogénesis y la Metanogénesisla Metanogénesis son vías acestrales?son vías acestrales? Nitsche, W & MJ Russell 2013Nitsche, W & MJ Russell 2013 Beating the acetyl coaenzyme A-pathway to the origin of lifeBeating the acetyl coaenzyme A-pathway to the origin of life RSTBRSTB DOI: 10.1098/rstb.DOI: 10.1098/rstb. M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 70. Posición de Acetógenos y metanógenos en el AdVPosición de Acetógenos y metanógenos en el AdV Nitsche, W & MJ Russell 2013Nitsche, W & MJ Russell 2013 Beating the acetyl coaenzyme A-pathway to the origin of lifeBeating the acetyl coaenzyme A-pathway to the origin of life RSTBRSTB DOI: 10.1098/rstb.DOI: 10.1098/rstb. Fijación de COFijación de CO22 por la CoA sin Quinonaspor la CoA sin Quinonas M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 71. Aún no sabemos cómo se formó el EubionteAún no sabemos cómo se formó el Eubionte Pudo ser en las zonasPudo ser en las zonas intermarea de la Tierraintermarea de la Tierra del Hadeano o deldel Hadeano o del ArqueanoArqueano Westall, F et al 2013Westall, F et al 2013 Habitability on Mars from a microbial point of viewHabitability on Mars from a microbial point of view AstrbiolAstrbiol 13(9)13(9) Pero, con reactivos plausibles como prebióticos siguiendo la termodinámica y la selección de mayor estabilidad cinética M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 72. Aún no sabemos cómo se formó el EubionteAún no sabemos cómo se formó el Eubionte Más probablemente ocurrió enMás probablemente ocurrió en zonas hidrotermales del fondozonas hidrotermales del fondo del océano primitivo o en lasdel océano primitivo o en las formadas en cráteres de impactoformadas en cráteres de impacto del HLBdel HLB Westall, F et al 2013Westall, F et al 2013 Habitability on Mars from a microbial point of viewHabitability on Mars from a microbial point of view AstrbiolAstrbiol 13(9)13(9) Pero, siempre como propuso Oparin, extendiendo los mecanismos evolutivos más allá de la Vida misma por selección de la mayor estabilidad cinética. M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor
  • 73. El origen de la Vida según OparinEl origen de la Vida según Oparin M en C Rafael Govea VillaseñorM en C Rafael Govea Villaseñor
  • 74. El origen de la Vida según Oparin 2El origen de la Vida según Oparin 2 M en C Rafael Govea VillaseñorM en C Rafael Govea Villaseñor
  • 75. El origen de la Vida según Oparin 3El origen de la Vida según Oparin 3 Oparin, AI y KL Gladiling (1980)Oparin, AI y KL Gladiling (1980) La evolución del autoensamblaje de los probiontes.La evolución del autoensamblaje de los probiontes. Trad. De la versión inglesa.Trad. De la versión inglesa. EnEn Homenaje a Oparin UAMI.Homenaje a Oparin UAMI.Mex.1983 pp 249-265Mex.1983 pp 249-265 M en C RafaelM en C Rafael Govea VillaseñorGovea Villaseñor

Notas del editor

  1. Spliceosomal Complexes http://walz.med.harvard.edu/Research/Spliceosomal_Complexes/ The spliceosome is a multi-protein/RNA complex that catalyzes excision of introns from pre-mRNA. Five snRNA molecules (U1, U2, U4, U5, and U6) entwined in conserved protein complexes play key roles in the pre-mRNA processing reaction. These snRNA/protein complexes are referred to as small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs). The five snRNP subunits are thought to assemble on conserved elements within the intron in a regulated manner, undergo extensive structural rearrangements, and form the active spliceosome. Proteins not stably associated with snRNPs participate in the many rearrangements that occur during the splicing reaction and still additional accessory factors, operating primarily in higher eukaryotes, regulate splice site selections that can result in a diversity of gene products from a single gene. One model of pre-mRNA splicing, derived from in vitro assays, posits that the spliceosome is assembled in a step-wise fashion. In this model spliceosome assembly begins with the recognition of the 5’ splice site and branch point sequences of the pre-mRNA by the U1 snRNP and the U2 snRNP, respectively (Complex A). After binding of the U4/U6.U5 tri-snRNP, the U4/U6 snRNA duplex is replaced by a U2/U6 snRNA duplex (Complex B). Furthermore, the U1 snRNA base pairing at the 5’ splice site is disrupted and exchanged for base pairing between the 5’ splice site and the U6 snRNA. The subsequent release of the U1 and U4 snRNPs marks the transition from an inactive to an active spliceosome composed of the U5 and U2/U6 snRNPs (Complex B* and C). 5’ splice site cleavage and lariat formation, followed by 3’ splice site cleavage and exon ligation, occur within the activated spliceosome. The dynamic nature of the pre-mRNA splicing reaction has hampered progress in analyzing the structure of the spliceosome.Despite the complexity of the spliceosome, steady progress has been made in identifying its constituents. In the yeasts,Saccharomyces cerevisiae and Schizosaccharomyces pombe, splicing factors were first identified genetically and called prp for pre-mRNA processing factors. Conditionally lethal prp mutants were isolated based on the accumulation of pre-mRNA when cells were shifted to a restrictive temperature. Subsequent complementation cloning and DNA sequence analysis revealed the identities of these factors. Identification of a multitude of proteins co-purifying with snRNAs has been another fruitful approach to identify splicing factors. Recently, technical advances in epitope tagging and/or mass spectrometry have allowed more comprehensive identification of splicing factors and their regulators. The number of proteins now thought to be associated with the spliceosome is well over 50. The challenge for the future will be to learn how these many factors organize into a catalytic machine and to determine their role(s) in the splicing reaction.
  2. Las bases nitrogenadas son PMO son varias familias de los vastos compuestos heterociclos (ciclos simples o fusionados de 5 ó 6 vértices que incluyen heteroátomos (O, S, N) y dobles enlaces (comúnmente conjugados)) que incluyen N. Ejemplos: Pirroles, Piridinas, Indoles, etc. Las Purinas (2 heterociclos nitrogenados fusionados de 6 y 5 vértices) y las Pirimidinas (1 heterociclo nitrogenado de 6 vértices) son fundamentales para la síntesis de los nucleósidos, nucleótidos y ácidos nucleicos.
  3. Las bases nitrogenadas son PMO son varias familias de los vastos compuestos heterociclos (ciclos simples o fusionados de 5 ó 6 vértices que incluyen heteroátomos (O, S, N) y dobles enlaces (comúnmente conjugados)) que incluyen N. Ejemplos: Pirroles, Piridinas, Indoles, etc. Las Purinas (2 heterociclos nitrogenados fusionados de 6 y 5 vértices) y las Pirimidinas (1 heterociclo nitrogenado de 6 vértices) son fundamentales para la síntesis de los nucleósidos, nucleótidos y ácidos nucleicos.