El documento describe los procesos de expresión génica de transcripción y traducción en células eucariotas. La transcripción convierte el ADN en ARN mensajero en el núcleo. La traducción ocurre en el citosol y utiliza el ARN mensajero, ribosomas, ARN de transferencia y factores asociados para sintetizar proteínas siguiendo el código genético. Algunas proteínas se dirigen al retículo endoplasmático rugoso para su procesamiento y modificaciones posteriores a la traducción
4. El código Genético
Las instrucciones para ensamblar aminoácidos y formar
proteínas codificadas en el DNA
Anticodón (tRNA) aminoácido Anticodón (tRNA) aminoácido Anticodón (tRNA) aminoácido Anticodón (tRNA) aminoácido
UUU Lys CUU Glu GUU Gln AUU STOP
UUG Asn CUG Asp GUG His AUG Tyr
UUC Lys CUC Glu GUC Gln AUC STOP
UUA Asn CUA Asp GUA His AUA Tyr
UGU Thr CGU Ala GGU Pro AGU Ser
UGG Thr CGG Ala GGG Pro AGG Ser
UGC Thr CGC Ala GGC Pro AGC Ser
UGA Thr CGA Ala GGA Pro AGA Ser
UCU Arg CCU Gly GCU Arg ACU STOP
UCG Ser CCG Gly GCG Arg ACG Cys
UCC Arg CCC Gly GCC Arg ACC Trp
UCA Ser CCA Gly GCA Arg ACA Cys
UAU Ile CAU Val GAU Leu AAU Leu
UAG Ile CAG Val GAG Leu AAG Phe
UAC Met CAC Val GAC Leu AAC Leu
UAA Ile CAA Val GAA Leu AAA Phe
5. Componentes moleculares de la
Traducción
Una célula traduce un mensaje del mRNA a proteínas con
la ayuda del RNA de transferencia (tRNA)
Los tRNA transfieren aminoácidos al polipéptido en
crecimiento en un ribosoma
La Traducción es un proceso complejo
Bioquímico
Mecánico
7. Figura 1.15
Sitio de
enlace del
aminoácido
3′
5′
Puentes
de H.
Anticodón
(a) Estructura bi-dimensional (b) Estructura tri-dimensional
(c) Símbolo usado
en esta ppt
Anticodón Anticodón
3′ 5′
Puentes
de H.
Sitio de
enlace del
aminoácido
5′
3′
A A G
8. La Traducción requiere de dos pasos
Primero: Un encaje correcto entre un tRNA y un
aminoácido, catalizado por la enzima aminoacil-tRNA
sintetasa
Segundo: Un encaje correcto entre el Anticodón (tRNA) y
un codón de mRNA
11. aminoacil-tRNA
sintetasa (enzima)
aminoácido
P P P Adenosina
ATP
P
P
P
P
Pi
i
i
Adenosina
tRNA
AdenosinaP
tRNA
AMP
Modelo computacional
Aminoácido
aminoacil-tRNA
sintetasa
Figura 1.16-3
https://www.youtube.com/watch?v=0B-CFLNAnX8
12. aminoacil-tRNA
sintetasa (enzima)
aminoácido
P P P Adenosina
ATP
P
P
P
P
Pi
i
i
Adenosina
tRNA
AdenosinaP
tRNA
AMP
Modelo computacional
Aminoácido
aminoacil-tRNA
sintetasa
aminoacil tRNA
(“tRNA cargado”)
Figura 1.16-4. Ver notas
del orador
13. Ribosomas
Los ribosomas facilitan el acople específico de los
anticodones de tRNA con los codones del mRNA en la
síntesis de proteínas
Las dos subunidades ribosómicas (grande y pequeña)
están hechas de proteínas y RNA ribosómico (rRNA)
Los ribosomas Bacterianos y de eucariotas son algo
similares, pero tienen diferencias significativas: algunos
antibióticos tienen como blanco específico a ribosomas
bacterianos sin dañar a los ribosomas de eucariotas
14. Moléculas
de tRNA
polipéptido
creciente Tunel de
salida
E P
A
Subunidad
grande
Subunidad
pequeña
mRNA
5′
3′
(a) Modelo computacional de ribosoma
tunel de salida
Amino
ácido
terminal
Sitio A (Sitio de unión
Aminoacil-tRNA)
Subunidad
pequeña
Subunidad
grande
E P A
mRNA
E
sitio P (Peptidil-tRNA
binding site)
Sitio de
Unión del
mRNA
(b) Modelo esquemático mostrando los sitios de unión
Sitio E
(Sitio de
Salida
Exit)
(c) Modelo esquemático con mRNA y tRNA
5′ codones
3′
tRNA
Polipéptido
creciente
Nuevo
aminoácido
que se unirá
a la cadena
de
Polipéptido
Figura 1.17
15. Un ribosoma tiene tres sitios de unión para tRNA
El Sitio A recibe al tRNA que transporta el aminoácido a
añadir a la cadena
El Sitio P mantiene al tRNA que tiene la cadena
polipeptídica creciente
El Sitio E es el de salida, donde el tRNAs descargado
abandona al ribosoma
16. Síntesis de un polipéptido
Los tres estados de la Traducción
Iniciación
Elongación
Terminación
Los tres estados requieren “factores” proteicos que ayudan
en el proceso de traducción.
17. Figura 1.18
tRNA
Iniciador
mRNA
5′
5′
3′
Codón de inicio
Subunidad
Ribosómica
pequeña
mRNA
3′
Complejo de iniciación de la
traducción
5′ 3′
3′ U
U
A
A G
C
P
sitio P
i
+
GTP GDP
Met Met
Subunidad
Ribosómica
grande
E A
5′
Asociación de las subunidades
ribosómicas e Inicio de la Traducción
1 2
18. Elongación de la cadena
polipeptídica
Durante el estado de elongación, los aminoácidos son
añadidos uno a uno al aminoácido precedente en el
extremo C-terminal de la cadena creciente
Cada adición de un aminoácido involucra a proteínas
llamadas factores de elongación y este proceso ocurre
en tres pasos: reconocimiento del codón, formación
del enlace peptídico y translocación
La traducción procede a lo largo de mRNA en una
dirección 5′ a 3′
23. Terminación de la Traducción
La terminación ocurre cuando un codón stop del mRNA
alcanza el sitio A del ribosoma
El Sitio A acepta a una proteína llamada factor de
liberación
El factor de liberación provoca la adición de una
molécula de agua en vez de un aminoácido
Esta reacción libera al polipéptido y el complejo de
Traducción se separa
26. Figura 1.20-3 (ver notas del
orador)
factor de
liberación
codón stop
(UAG, UAA o UGA)
3′
5′
3′
5′
Polipéptido
libre
2 GTP
5′
3′
2 GDP + 2 iP
1 2 3
27. poliribosomas
Varios ribosomas pueden traducir simultáneamente a un
solo mRNA, formando un poliribosoma (o polisoma)
Los poliribosomas capacitan a una célula para sintetizar
muy rápidamente a muchas copias de un a polipéptido
29. Fig. 1. 22
RNA polimerasa
DNA
Poliribosoma
mRNA
0.25 µm
Dirección de la
transcripción
DNARNA
polimerasa
Poliribosoma
Polipéptido
(extremo
amino)
Ribosoma
mRNA (extremo 5)
La Transcripción y la traducción son concurrentes en procariotas:
Ocurre la traducción mientras se realiza la transcripción.
30. Completando y marcando a la
proteína funcional
A menudo la Traducción no es suficiente para sintetizar
una proteína funcional
Las cadenas polipeptídicas son modificadas después de la
Traducción o marcadas en sitios específicos de la célula
31. Plegado de proteínas y
modificaciones Post-Traduccional
Durante y después de la síntesis, una cadena
polipeptídica se enrolla y pliega espontáneamente en su
forma tridimensional
Las Proteínas también pueden requerir modificaciones
post-Traduccionales antes de hacer su trabajo
Algunos polipéptidos son activados por enzimas que los
recortan
Otros polipéptidos se enlazan para formar las
subunidades de una proteína
32. Marcaje de polipéptidos en lugares
específicos
Hay dos poblaciones de ribosomas:
Los ribosomas libres (en el citosol)
Los ribosomas unidos (a la membrana de RER)
Los ribosomas libres mayoritariamente sintetizan
proteínas que funcionan en el citosol
Los ribosomas unidos al RER sintetizan proteínas del
sistema de endomembranas y proteínas que son
secretadas por la célula
Los ribosomas son idénticos y pueden cambiar de libres a
unidos a membrana
33. La síntesis de polipéptido siempre comienza en el
citosol
La síntesis termina en el citosol a menos que el
polipéptido en crecimiento sea marcado por un péptido
señal que dirige a la proteína al RE
Los polipéptidos destinados para el sistema de
endomembranas o para secreción son los que se
marcan con un péptido señal
34. Un partícula de reconocimiento de señal (SRP) se
une al péptido señal
El SRP lleva al péptido señal y a su ribosoma al RE
35. Figura 1.23a
Ribosoma
mRNA
Péptido
señal
Partícula de
reconocimiento
de señal
(SRP)
Proteína
receptora
del SRP Complejo de
translocación
CITOSOL
Péptido
señal
removido
Membrana
del RE
Proteína
RE:LUMEN
Mecanismo señal para el marcaje de proteínas en RE
La síntesis de
un polipéptido
comienza en un
ribosoma libre
en el citosol.
1 Un SRP se
une al péptido
señal y se para
por un momento
la síntesis
2 La SRP se une a una
proteína receptora en la
membrana del RE. Esta
proteína es parte de un
complejo proteico de
Translocación) que tiene un
poro y una enzima de clivaje
3 La SRP sale y el
polipéptido reanuda el
crecimiento, mientras se
transloca a través de la
membrana. (El péptido
señal permanece unido
a la membrana.)
4 Por lo general
una enzima
corta al péptido
señal.
5 El resto del
polipéptido sale
del ribosoma y se
pliega adquiriendo
la conformación
definitiva.
6
Los términos “silenciamiento génico” y “silenciamiento génico mediado por ARN” son utilizados habitualmente para describir el “apagado” de un determinado gen, y es un mecanismo general que ocurre durante la regulación de la expresión génica.
La expresión génica puede ser regulada tanto a nivel transcripcional como post transcripcional. El silenciamiento génico transcripcional (en inglés, Transcriptional Gene Silencing o TGS) es el resultado de la modificación del ADN o de las histonas presentes en la cromatina. Estas modificaciones crean un ambiente de heterocromatina alrededor de un cierto gen, que impide el acceso de la maquinaria transcripcional (factores de transcripción, ARN polimerasas, etc.) reprimiendo la expresión de dicho gen. El silenciamiento génico post transcripcional (en inglés, Post-Transcriptional Gene Silencing o PTGS), en cambio, es un mecanismo que implica la degradación de un ARN mensajero específico (ARNm). La destrucción de este ARNm impide su normal traducción y consecuentemente no se sintetiza la proteína correspondiente.
Tanto el TGS como el PTGS son mecanismos que se encuentran involucrados en la regulación de la expresión de genes endógenos que participan en los procesos celulares, así como también en las respuestas de las plantas a estreses bióticos y abióticos.
Figura 1.3 Overview: the roles of Transcripción y traducción in the flow of genetic information.
Figura 1.26 Un resumen de la Transcripción y traducción ien una célula eucariota.
Figura 1.14 Traducción: el concepto básico
A medida que un ribosoma se mueve a través de una molécula de mRNA se traducen los codones en aminoácidos, uno a uno. Los intérpretes son moléculas de tRNA, cada tipo con un anticodón específico en un extremo y un aminoácido correspondiente, en el otro. Un tRNA añade su carga de aminoácido a una cadena polipeptídica en crecimiento cuando el anticodón se une a un codón complementario sobre el mRNA.
Figura 1.15 La estructura del RNA de transferencia (tRNA).
(a)Las cuatro regiones de apareamiento de bases y los 3 bucles son característicos de todos los tRNA, igual que la secuencia de bases del sitio de fijación de aminoácidos en el extremo 3’. El triplete del anticodón es único para cada tipo de tRNA. (Los asteriscos indican las bases que fueron modificadas químicamente, una característica del tRNA.
(b) Los anticodones están escritos convencionalmente en la dirección 3’ a 5’, para alinearlos en forma adecuada con los codones escritos en la dirección 5’ a 3’.
(c) Para el apareamiento de sus bases, las cadenas del RNA deben ser antiparalelas, como en el DNA. Por ejemplo, el anticodón 3’-AAG-5’ se aparea con el codón 5’-UUC-3’.
Para la traducción exacta de un mensaje genético se requieren dos pasos de reconocimiento.
1º Debe haber una concordancia correcta entre un tRNA y un aminoácido. Un tRNA que se une a un codón del mRNA que especifica un determinado aminoácido debe transportar sólo ese aminoácido al ribosoma. Cada aminoácido se une al tRNA adecuado por medio de una enzima específica llamada aminoacil-tRNA-sintetasa. El sitio activo de cada tipo de esta enzima encaja sólo con una combinación específica de aminoácido y tRNA. Existen 20 aminoacil-tRNAsintetasas diferentes, una para cada aminoácido y cada sintetasa es capaz de unir todos los tRNA diferentes que codifican para ese aminoácido específico. La sintetasa cataliza el enlace covalente del aminoácido su tRNA en un proceso impulsado por la hidrólisis de ATP. El aminoacil tRNA resultante, también llamado aminoácido activado, se libera de la enzima y entrega su aminoácido a una cadena polipeptídica en crecimiento sobre un ribosoma.
2º El segundo paso de reconocimiento implica una correcta concordancia entre el anticodón del tRNA y un codón del mRNA. Si existiera una variedad de tRNA para cada uno de los codones del mRNA que especificara un aminoácido, habría 61 tRNA. En realidad hay solo alrededor de 45, lo que significa que algunos tRNA deben ser capaces de unirse a más de un codón. Esta versatilidad es posible porque las reglas del apareamiento de las bases entre la tercera base de un codón y la base correspondiente de un anticodón del tRNA no son tan estrictas como para los codones del DNA y mRNA. Por ejemplo, la base U en el extremo 5’ de un anticodón tRNA puede aparearse con A o con G en la tercera posición (en el extremo 3’) de un codón de mRNA. Esta relajación de las reglas de apareamiento de mbases se denomina TAMBALEO. El tambaleo explica por qué los codones sinónimos para un aminoácido pueden ser diferentes en su tercera base; pero, por lo general, no en las tras.
Figura 1.16 Una aminoacil-tRNA sintetasa catalizando la unión de un aminoácido específico a un tRNA.
1. Sitio activo que une el aminoácido y el ATP
Figura 1.16 Una aminoacil-tRNA sintetasa catalizando la unión de un aminoácido específico a un tRNA.
Sitio activo que une el aminoácido y el ATP
El ATP pierde dos grupos fosfato y une el aminoácido como AMP
Figura 1.16 Una aminoacil-tRNA sintetasa catalizando la unión de un aminoácido específico a un tRNA.
Sitio activo que une el aminoácido y el ATP
El ATP pierde dos grupos fosfato y une el aminoácido como AMP
El tRNA adecuado se une en forma covalente con el aminoácido y desplaza al AMP
Figura 1.16 Un aminoacil-tRNA sintetasa catalizando la unión de un aminoácido específico a un tRNA
Figura 1.16 Una aminoacil-tRNA sintetasa catalizando la unión de un aminoácido específico a un tRNA.
Sitio activo que une el aminoácido y el ATP
El ATP pierde dos grupos fosfato y une el aminoácido como AMP
El tRNA adecuado se une en forma covalente con el aminoácido y desplaza al AMP
La enzima libera al aminoácido activado (cargado)
Un aminoacil-tRNA sintetasa une un aminoácido específico al tRNA. La unión del tRNA y el aminoácido es un proceso endergónico que se produce a expensas de ATP. El ATP pierde dos grupos fosfato y se convierte en AMP.
Figura 1.17 La anatomía de un ribosoma en funcionamiento.
Los ribosomas facilitan el acoplamiento específico de los anticodones del tRNA con los codones del mRNA durante la síntesis proteica. Un ribosoma, que es suficientemente grande para verse con un microscopio electrónico, está compuesto de dos subunidades, llamadas grande y pequeña. Las subunidades están compuestas de proteínas y rARN. En los eucariotas las subunidades se elaboran en el nucleolo. Se transcriben los genes del RNA ribosómico que se encuentran en el DNA de los cromosomas, se procesa el RNA y se ensambla con proteínas importadas desde el citoplasma. Las subunidades ribosómicas resultantes se exportan luego hacia el citoplasma a través de los poros nucleares. Tanto en procariontes como en eucariontes, las subunidades grande y pequeña se unen para formar un ribosoma funcional sólo cuando se fijan a una molécula de mRNA. Cerca de los dos tercios de la masa de un ribosoma es rRNA. Como la mayoría de las células contienen miles de ribosomas, el rRNA es el tipo más abundante de RNA.
Aunque similares en estructura y función, los ribosomas de eucariontes y procariontes, los de bacteria y arqueas son más pequeños y se diferencian en la composición molecular. Las diferencias son significativas desde el punto de vista médico ya que algunos antibióticos pueden inactivar a los ribosomas de bacterias pero no a los de humanos para sintetizar proteínas. Estos fármacos, como la tetraciclina y la estreptomicina, se usan para combatir infecciones bacterianas.
SITIO P o peptidil-tRNA: Contiene el tRNA que lleva la cadena polipeptídica en crecimiento.
SITIO A o aminoacil tRNA: contiene el tRNA portador del aminoácido que será añadido a continuación.
SITIO E: Los tRNA descargados abandonan el ribosoma desde este sitio.
El ribosoma contiene el tRNA y el mRNA muy próximos entre sí y ubica a los aminoácidos nuevos para ser fijados en el extremo carboxilo del polipéptido en crecimiento. Luego cataliza la formación de un enlace peptídico. A medida que el polipéptido se alarga, pasa a través de un túnel de salida de la subunidad grande el ribosoma. Cuando está completo, se libera hacia el citosol a través del túnel de salida.
Figura 1.18 El inicio de la traducción.
Una subunidad ribosómica pequeña se une a una molécula de mRNA. En una célula procariota, el sitio de unión del mRNA es esta subunidad reconoce una secuencia nucleotídica específica sobre el mRNA inmediatamente antes (río arriba) en dirección 5’ del codón de iniciación. Un tRNA iniciador, con el anticodón UAC, aparea sus bases con el codón de inicio, AUG. Este tRNA lleva el aminoácido metionina (Met)
La llegada de una subunidad ribosómica grande completa el complejo de iniciación. Las proteínas, llamadas factores de iniciación no se muestran en la diapositiva) se requieren para reunir a todos los componentes de la traducción. El GTP aporta la energía para el ensamblaje. El tRNA iniciador está en el sitio P, el sitio A está disponible para el tRNA que carga el aminoácido siguiente.
El extremo C-terminal (también conocido como carboxilo terminal, carboxi-terminal, extremo COOH o COOH-terminal) de una proteína o polipéptido es la región final de la cadena de aminoácidos que termina en un grupo carboxilo (-COOH). La convención para la escritura de péptidos es situar el extremo C-terminal a la derecha y escribir la secuencia desde el extremo N- al C-terminal.
Figura 1.19 Ciclo de elongación de la Traducción.
1. Reconocimiento del codón. El anticodón de un aminoacil tRNA entrante aparea sus bases con el codón complementario del mRNA en el sitio A. La hidrólisis del GTP aumenta la precisión y la eficiencia de este paso.
Figura 1.19 Ciclo de elongación de la Traducción.
Reconocimiento del codón. El anticodón de un aminoacil tRNA entrante aparea sus bases con el codón complementario del mRNA en el sitio A. La hidrólisis del GTP aumenta la precisión y la eficiencia de este paso.
Formación del enlace peptídico. Una molécula de rRNA (ribosima peptidil transferasa) de la subunidad grande cataliza la formación de un enlace peptídico entre el aminoácido nuevo en el sitio A y el extremo carboxilo del polipéptido en crecimiento en el sitio P. Este paso fija el polipéptido al tRNA en el sitio A.
Figura 1.19 Ciclo de elongación de la Traducción.
Reconocimiento del codón. El anticodón de un aminoacil tRNA entrante aparea sus bases con el codón complementario del mRNA en el sitio A. La hidrólisis del GTP aumenta la precisión y la eficiencia de este paso.
Formación del enlace peptídico. Una molécula de rRNA (ribosima peptidil transferasa) de la subunidad grande cataliza la formación de un enlace peptídico entre el aminoácido nuevo en el sitio A y el extremo carboxilo del polipéptido en crecimiento en el sitio P. Este paso fija el polipéptido al tRNA en el sitio A.
Translocación. El ribosoma transloca el tRNA del sitio A al sitio P. Se mueve al sitio E, donde se libera. El mRNA avanza con sus tRNA unidos, ubicando el siguiente cdón para ser traducido en el sitio A.
Figura 1.19 Ciclo de elongación de la Traducción.
Figura 1.20 La terminación de la Traducción.
Cuando un ribosoma alcanza un codón de terminación en el mRNA el sitio A del ribosoma acepta una proteína, llamada factor de liberación, en lugar de un tRNA.
Figura 1.20 La terminación de la Traducción.
Cuando un ribosoma alcanza un codón de terminación en el mRNA el sitio A del ribosoma acepta una proteína, llamada factor de liberación, en lugar de un tRNA.
El factor de liberación hidroliza el enlace entre el tRNA en el sitio P y el último aminoácido de la cadena polipeptídica. De este mdo se libera el polipéptido del ribosoma.
Figura 1.20 La terminación de la Traducción.
Cuando un ribosoma alcanza un codón de terminación en el mRNA el sitio A del ribosoma acepta una proteína, llamada factor de liberación, en lugar de un tRNA.
El factor de liberación hidroliza el enlace entre el tRNA en el sitio P y el último aminoácido de la cadena polipeptídica. De este modo se libera el polipéptido del ribosoma.
Se disocian las dos subunidades del ribosoma y los demás componentes de complejo.
Figura 1.21 poliribosomas.
Wikipedia
La partícula de reconocimiento de señal (en su sigla inglesa SRP, Signal Recognition Particle) es una ribonucleoproteína implicada en la destinación intracelular de proteínas, que fue descubierta y aislada por Peter Walter y sus colaboradores en 1980. Está formada por seis cadenas de polipéptidos unidas a una pequeña molécula de ARN y juega un rol fundamental en la síntesis de las proteínas que tienen como destino formar parte de la membrana celular, del lisosoma o ser exocitadas al medio externo, ya que permite que la traducción de estas continúe en el retículo endoplasmático rugoso, tras haberse iniciado en el citoplasma.
La partícula reconoce un péptido señal, compuesto por una secuencia de ocho o más aminoácidos hidrofóbicos en el centro. La región del SRP que reconoce este péptido señal está compuesta principalmente por metionina, dado que los residuos de estas no presentan ramificaciones, son flexibles, permitiendo que el SRP pueda reconocer señales hidrofóbicas de distinta secuencia.
Durante el proceso de traducción de ARNm en los ribosomas citoplasmáticos, la partícula se une a una región del péptido señal presente en la secuencia de péptidos que están polimerizando, parando el proceso de traducción. Esta pausa en la síntesis proteica permite que el SRP sea captado por un receptor ubicado en la membrana del retículo endoplasmático rugoso. Al ocurrir esto el complejo SRP-ribosoma es transferido a un translocador de proteínas que inserta el péptido en la bicapa lipídica, translocándolo en la membrana del retículo endoplasmático rugoso y continuando así su traducción.
Figura 1.23 El mecanismo de señal para dirigir proteínas al RE
La síntesis de polipéptidos comienza sobre un ribosoma libre en el citosol.
Un SRP se une al péptido señal deteniendo la síntesis momentáneamente
La SRP se une a una proteína receptora en la membrana del RE. Este receptor es parte de un complejo proteico (un complejo de translocación) que tiene un poro de membrana y una enzima de escisión de la señal.
La SRP se libera y el polipéptido retoma su crecimiento mientras se transloca a través del poro de membrana (el péptido señal permanece adherido a la membrana)
La enzima de escisión de la señal corta el péptido señal.
El resto del polipéptido ya terminado deja el ribosoma y se pliega hasta alcanzar su conformación final
Figura 1.26 Un resumen de la Transcripción y traducción en una célula eucariota.