Los españoles descubrieron la isla de San Juan en 1493 y la rebautizaron como San Juan Bautista. Juan Ponce de León ordenó la construcción de una casa-fuerte en Caparra para protegerse de ataques. Entre los siglos XVI y XVII se construyeron varios castillos e instalaciones militares como El Morro, Castillo San Cristóbal y Fuerte San Juan de la Cruz para defender la isla. En 1521 se estableció el nuevo poblado de San Juan debido a las ventajas de su puerto.