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BIOLOGIA DE PLASMIDOS

  JUAN CARLOS MUNEVAR N
 GENETICA MOLECULAR MICROBIANA



                             1
PLASMIDOS

• La primera demostración de INFORMACION TRANFERIBLE
                    entre bacterias (1940)
                             Lederburg & Tatum

                       • DNA extracromosomal
                       asociado con transferencia de
                       resistencia múltiple a antibióticos
                       en las bacterias. (1960)
                       Watanabe, Falkow y Rownd


                                                       2
PLASMIDOS
• Los plásmidos son moléculas de ADN citoplásmico
     descubiertas en Japón en los años 1955-60.
   • Aisladas de enterobacterias multiresistentes
     (Shigellas SCTSu) responsables de diarreas.

       » Moléculas de ADN circular de doble
       cadena, citoplásmicos.
       » Poseen replicación autónoma
       » Poseen una talla variable (0.5 -500 Kb)

                                                    3
DEFINICION
• Replicones extracromosomales presentes en bacterias
Gram +/Gram -, así como en algunas levaduras y hongos
• La mayoría son moléculas de ADN doble cadena,
circulares.
• Se han aislado plásmidos líneales, como intermediarios
 durante la replicación en ciertas Gram +
        » ESTA DEFINICION INCLUYE:
        - formas replicativas de colifagos filamentosos
        - estado profago de algunos fagos temperados (P1)

                                                            4
PLASMIDOS
      EN LA NATURALEZA:
        • Varían en estructura, tamaño.
        • Modo de replicación.
        • Número de copias por bacteria.
        • Capacidad de propagarse en diferentes
          bacterias
        • Transferencia entre especies bacterianas.
        • Características que poseen.

Se han identificado plásmidos líneales en Gram+ y Gram-

                                                      5
PLASMIDOS
     • Los plásmidos median numerosas propiedades que
       permiten una mejor adaptación de las bacterias.
  ⇒ Indispensables para el metabolismo normal de la célula.

                                P por plásmido, 2 ó 3 letras
                                según las combinaciones y
                                una cifra:
                                • pSC 102; pIP 15; pUD 12


» El modo de transmisión natural se efectúa normalmente
   de una célula a otra generalmente por conjugación.
                                                            6
•Pueden ser visualizados por microscopia electrónica o
        por electrofóresis en gel de agarosa.




   • Se pueden cortar por diversas endonucleasas,
  razón por la cual pueden ser caracterizados según
                su perfil de restricción.
                                                      7
ESTRUCTURA
• ADN circular de doble cadena
de 2696 pb.
• Fueron construidos por
recombinación de un fragmento
de PBR 322 (2250 pb) y uno de
M13 doble cadena (446 pb)
• El ADN PBR 322 contiene el
gen ampr y el ADN de M13 tiene
el promotor del gen Lac Z
•Después del promotor del gen lac Z viene una región denominada
sitio de clonación múltiple (polylinker).
• Seguido de la secuencia de la parte NH2 del gen de βgalactosidasa
                                                                  8
•Si el polylinker es hidrolizado por una de las enzimas
de restricción, puede recibir una secuencia de ADN ligada por
recombinación


• En este caso se interrumpe la expresión del péptido
complementario de la β Galactosidasa, la bacteria no podrá
digerir X- gal
                       No tomarán el color azul característico


                • Solo permanecerán las colonias blancas
                        resistentes a la ampicilina


                                                                 9
•ADN circular, doble cadena de
                                     4361 pb.
                                     •El nucleótido 1 se situa en medio
                                     del sitio de restricción EcoR I
                                     • Posee un origen de replicación
                                     (2535).

                                     • Un gen tetr (86 – 1276) y un
                                     gen (ampr 4153 – 3293)


• El gen ampr codifica para una Beta-lactamasa (286 a.a.)
• Posee numerosos sitios de restricción. Muchos de estos sitios son
únicos permitiendo obtener ADN líneal: gen BamH I (375)


                                                                10
•La digestión por BamI permite recombinar el vector con un
fragmento de digestión BamI del ADN a clonar.
• La ligasa del bacteriofago T4 permite recircularisar el ADN
del plásmido.



•Las células transfectadas con este plásmido recombinante
replicaran este plásmido durante su crecimiento

• Sin embargo, esas células no expresaran mas el gen tetr, pero
permanecen resistentes a la ampicilina.
• Esto permite seleccionarlas y aislar el ADN del plásmido clonado


                                                                  11
PROPIEDADES BIOLOGICAS
RESISTENCIA        METABOLISMO
 Antibióticos       Aminoácidos
 Antisépticos       Carbohidratos
 Metales iónicos    Hidrocarburos
 Irradiación


                      Resistencia al huésped     Otras
                       Factores de adherencia Replicación
                       Exotoxinas             Movilización
                       Factor invasivo       Incompatibilidad
                       Oncogénesis
                                                       12
PROPIEDADES BIOLOGICAS
Los plásmidos poseen genes que especifican
funciones distintas:
• Resistencia a antibióticos.
• Resistencia a metales pesados.
• Sensibilidad a mutagénos.
• Sensibilidad/resistencia a fagos
• Producción de enzimas de restricción
• Síntesis de aminoácidos raros.
• Producción de toxinas.
• Determinación de la virulencia
• Catabolismo de moléculas orgánicas complejas.
• Capacidad de formar relaciones simbióticas
• Habilidad de transferir ADN entre distintas especies   13
PROPIEDADES BIOLOGICAS
• La adición de esas propiedades se deben a
  una misma cepa.
• La adquisición de una o varios caracteres
metabólicos:
          Producción de SH2 (E. Coli)
         Producción de lisin decarboxilasa (Proteus)
         Utilización de hidrocarburos (tolueno, xilol)

        PLASMIDOS SIN FUNCION CONOCIDA
            SE DENOMINAN CRIPTICOS                 14
La transmisión de una célula a otra se efectúa
a menudo por conjugación.
   (codifican pilis sexuales)
Se presenta también transformación, pero
frecuentemente sin especificidad del huésped.
DIFUSION A OTRAS BACTERIAS.

      Difusión plasmidica en diversos grupos




                                               15
CLASIFICACION

   Primeros sistemas de clasificación:

1. Capacidad de plásmidos de transferir información
genética por conjugación.
2. Funciones especializadas codificadas por plásmidos.
3. Número de copias.
4. Capacidad de sobrevivir en diferentes bacterias.
5. Tipo de replicones*

                                                      16
CLASIFICACION
• DEBIDO AL ELEVADO NUMERO DE COMBINACIONES DE
    CARACTERES Y AL RIESGO DE UNA “EPIDEMIA”
              ⇒ CLASIFICACION (1970)
  en grupos o clases de incompatibilidad (Inc)
                      Pertenecen a un mismo grupo
                           hay EXCLUSION




                          Este clasificación dio origen al
                          descubrimiento de genes móviles

                                                    17
CLASIFICACION
   INCOMPATIBILIDAD
FALLA DE 2 PLASMIDOS DE SER HEREDADOS DE
FORMA ESTABLE EN LA MISMA LINEA CELULAR
                      (sin presión selectiva)

   La incapacidad de coexistir es consecuencia del hecho de
compartir elementos comunes de funciones heredadas
     La Inc nos da una idea de la estrecha relación entre los
 plásmidos.
        Se relacionaron como   grupos de incompatibilidad
                                                          18
REPLICACION
    Para la conservación de plásmidos estables se
 necesitan funciones codificadas por el huésped y por los
 plásmidos.

     La capacidad del plásmido de regular el inicio de su
 replicación a partir de un origen específico (ori)
     El inicio de la replicación del plásmido es especifico de
la molécula y de importancia para:
                                        1. Proceso de propagación
                                        2. Número de copias.
                                        3. Incompatibilidad



                                                                 19
REPLICACION
  Los mecanismos moleculares que regulan el número
de copias poseen la capacidad de corregir los cambios:
                    1. Del número de copias causados por la división
celular

                    2. Por la introducción de ADN plasmídico
                Los replicones plasmídicos contienen:
          • 1 o varios ori
          • 1 o más elementos reguladores
                                    Fragmento de ADN de +/- 3
          Kb.
          • Gen que codifica una proteína o una molécula de ARN

                                                                       20
Varios ori de plásmidos siguen el mecanismo molecular
                utilizado por oriC (E. Coli)


     Se necesita de una proteína codificada específica a ori de
 plásmidos, o un transcrito

   Esa proteína de replicación actúa en ori, sola o junto con
DNaA (proteína de inicio de la replicación para el cromosoma)

      La replicación de algunos plásmidos requiere de enzimas
      celulares normales : DNA poli I,         IHF,
                           damMetilasas,       Hsp.


                                                             21
BACTERIAS GRAM (-)                       BACTERIAS GRAM (+)

Replicación idéntica a la cromosomal
- Inicio en un ori especifico.             Replicación por mecanismo de
                                        CIRCULO RODANTE (ØX174)
- Replicación bidireccional
     completando el círculo.               - Intermediario específico
                                           - Plásmidos de ADN monocatenario
- Intermediario en theta.
                                           - Plásmido líneal se replican:
- Enzimas del huésped responsables
    de la replicación del plásmido         * Unión de la proteína a 5’ de cada
                                               cadena utilizada para iniciar la
* Los genes del plásmido:                      síntesis de ADN.
     + Control temporal del inicio de
     la replicación                      El número de copias controlado por:
                                          El número de copias controlado por:
                                         1. Genes del plásmido
                                          1. Genes del plásmido
     + Reparto de copias de plásmidos    2. Interacciones huésped/plásmido
                                          2. Interacciones huésped/plásmido
                                                                            22
MANTENIMIENTO
     La replicación no es suficiente para que los
  plásmidos constituyan una línea celular genéticamente
  estable
      Conservar las funciones de los plásmidos desempeña un
     papel esencial para mantener ESTABLES los caracteres
                          hereditarios.
                                 ••Sistemas que asesinan
                                    Sistemas que asesinan
••Reparto equitativo de copias
  Reparto equitativo de copias   bacterias sin plásmidos
                                  bacterias sin plásmidos
•• Sistemas antiagregamiento
   Sistemas antiagregamiento     ••Sistemas de recombinación
                                    Sistemas de recombinación
                                 especifica según el sitio.
                                  especifica según el sitio.

                                                            23
PARTICION

   El mecanismo de reparto involucra el reconocimiento de
pares de moléculas de plásmidos seguidos por un proceso
activo de separación de los miembros del par hacia los lados
opuestos de la membrana de la célula en división.

      PLASMIDOS F y P1 (Número de copias = 1))
   • Rápida generación de líneas celulares sin plásmidos.

   • IMPORTANCIA DE LOS SISTEMAS DE PARTICION.

        Los sistemas de reparto están codificados por los
     plásmidos, aunque se necesitan las funciones celulares

                                                              24
FUNCIONES ESPECIALIZADAS
Los plásmidos codifican funciones que dotan a las bacterias de
 atributos que las hacen relevantes para la medicina, para el
medio ambiente, en el sector industrial, en el sector agrícola.



    Resistencia a antibióticos y metales pesados
        Factores de virulencia (seroresistencia,adhesividad)
                  Metabolismo de compuestos orgánicos

                         Fijación biológica de nitrógeno.

                              Formación de tumores en plantas.

                                  Producción de compuestos tóxicos en larvas

                                                                     25
CONCLUSIONES
 Los plásmidos son elementos extracromosomales
encontrados en una gran variedad de bacterias.
 Los plásmidos pueden codificar funciones esenciales
para la célula hospedera que las dotan de atributos especiales.
 Para la conservación de plásmidos estables son necesarias
funciones codificadas por la célula huésped y los plásmidos
 Para mantener estables los caracteres hereditarios una
función se relaciona con la partición equitativa de plásmidos
 Existen otros mecanismos para aumentar su estabilidad;
sistemas de recombinación específicos según el sitio,
sistemas antiagregamiento,
sistemas que asesinan a las células hijas sin plásmidos.
                                                           26
BIBLIOGRAFIA

 Madigan, Martinko and Parker. Brock Biology
of Microorganisms. 9ª edición. 1999.
 Tomalsky M, Actis L, Crosa Jorge. Plasmids.
Enciclopedia of Microbiology, 1992. Volumen 3, 431- 442.
 Feinbaum Rhonda. Vectors derived from plasmids. Current
Protocols in molecular biology. Seccion II. Unidad 1.5. 1998.
 Alberts B, Bray, Lewis, Raff. Watson J. Molecular biology of
the cell. 3a edición. 1999. Capítulo 6.
 http://www.ncbi.nlm.nih.gov


                                                                 27

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BIOLOGIA DE PLASMIDOS

  • 1. BIOLOGIA DE PLASMIDOS JUAN CARLOS MUNEVAR N GENETICA MOLECULAR MICROBIANA 1
  • 2. PLASMIDOS • La primera demostración de INFORMACION TRANFERIBLE entre bacterias (1940) Lederburg & Tatum • DNA extracromosomal asociado con transferencia de resistencia múltiple a antibióticos en las bacterias. (1960) Watanabe, Falkow y Rownd 2
  • 3. PLASMIDOS • Los plásmidos son moléculas de ADN citoplásmico descubiertas en Japón en los años 1955-60. • Aisladas de enterobacterias multiresistentes (Shigellas SCTSu) responsables de diarreas. » Moléculas de ADN circular de doble cadena, citoplásmicos. » Poseen replicación autónoma » Poseen una talla variable (0.5 -500 Kb) 3
  • 4. DEFINICION • Replicones extracromosomales presentes en bacterias Gram +/Gram -, así como en algunas levaduras y hongos • La mayoría son moléculas de ADN doble cadena, circulares. • Se han aislado plásmidos líneales, como intermediarios durante la replicación en ciertas Gram + » ESTA DEFINICION INCLUYE: - formas replicativas de colifagos filamentosos - estado profago de algunos fagos temperados (P1) 4
  • 5. PLASMIDOS EN LA NATURALEZA: • Varían en estructura, tamaño. • Modo de replicación. • Número de copias por bacteria. • Capacidad de propagarse en diferentes bacterias • Transferencia entre especies bacterianas. • Características que poseen. Se han identificado plásmidos líneales en Gram+ y Gram- 5
  • 6. PLASMIDOS • Los plásmidos median numerosas propiedades que permiten una mejor adaptación de las bacterias. ⇒ Indispensables para el metabolismo normal de la célula. P por plásmido, 2 ó 3 letras según las combinaciones y una cifra: • pSC 102; pIP 15; pUD 12 » El modo de transmisión natural se efectúa normalmente de una célula a otra generalmente por conjugación. 6
  • 7. •Pueden ser visualizados por microscopia electrónica o por electrofóresis en gel de agarosa. • Se pueden cortar por diversas endonucleasas, razón por la cual pueden ser caracterizados según su perfil de restricción. 7
  • 8. ESTRUCTURA • ADN circular de doble cadena de 2696 pb. • Fueron construidos por recombinación de un fragmento de PBR 322 (2250 pb) y uno de M13 doble cadena (446 pb) • El ADN PBR 322 contiene el gen ampr y el ADN de M13 tiene el promotor del gen Lac Z •Después del promotor del gen lac Z viene una región denominada sitio de clonación múltiple (polylinker). • Seguido de la secuencia de la parte NH2 del gen de βgalactosidasa 8
  • 9. •Si el polylinker es hidrolizado por una de las enzimas de restricción, puede recibir una secuencia de ADN ligada por recombinación • En este caso se interrumpe la expresión del péptido complementario de la β Galactosidasa, la bacteria no podrá digerir X- gal No tomarán el color azul característico • Solo permanecerán las colonias blancas resistentes a la ampicilina 9
  • 10. •ADN circular, doble cadena de 4361 pb. •El nucleótido 1 se situa en medio del sitio de restricción EcoR I • Posee un origen de replicación (2535). • Un gen tetr (86 – 1276) y un gen (ampr 4153 – 3293) • El gen ampr codifica para una Beta-lactamasa (286 a.a.) • Posee numerosos sitios de restricción. Muchos de estos sitios son únicos permitiendo obtener ADN líneal: gen BamH I (375) 10
  • 11. •La digestión por BamI permite recombinar el vector con un fragmento de digestión BamI del ADN a clonar. • La ligasa del bacteriofago T4 permite recircularisar el ADN del plásmido. •Las células transfectadas con este plásmido recombinante replicaran este plásmido durante su crecimiento • Sin embargo, esas células no expresaran mas el gen tetr, pero permanecen resistentes a la ampicilina. • Esto permite seleccionarlas y aislar el ADN del plásmido clonado 11
  • 12. PROPIEDADES BIOLOGICAS RESISTENCIA METABOLISMO Antibióticos Aminoácidos Antisépticos Carbohidratos Metales iónicos Hidrocarburos Irradiación Resistencia al huésped Otras Factores de adherencia Replicación Exotoxinas Movilización Factor invasivo Incompatibilidad Oncogénesis 12
  • 13. PROPIEDADES BIOLOGICAS Los plásmidos poseen genes que especifican funciones distintas: • Resistencia a antibióticos. • Resistencia a metales pesados. • Sensibilidad a mutagénos. • Sensibilidad/resistencia a fagos • Producción de enzimas de restricción • Síntesis de aminoácidos raros. • Producción de toxinas. • Determinación de la virulencia • Catabolismo de moléculas orgánicas complejas. • Capacidad de formar relaciones simbióticas • Habilidad de transferir ADN entre distintas especies 13
  • 14. PROPIEDADES BIOLOGICAS • La adición de esas propiedades se deben a una misma cepa. • La adquisición de una o varios caracteres metabólicos: Producción de SH2 (E. Coli) Producción de lisin decarboxilasa (Proteus) Utilización de hidrocarburos (tolueno, xilol) PLASMIDOS SIN FUNCION CONOCIDA SE DENOMINAN CRIPTICOS 14
  • 15. La transmisión de una célula a otra se efectúa a menudo por conjugación. (codifican pilis sexuales) Se presenta también transformación, pero frecuentemente sin especificidad del huésped. DIFUSION A OTRAS BACTERIAS. Difusión plasmidica en diversos grupos 15
  • 16. CLASIFICACION Primeros sistemas de clasificación: 1. Capacidad de plásmidos de transferir información genética por conjugación. 2. Funciones especializadas codificadas por plásmidos. 3. Número de copias. 4. Capacidad de sobrevivir en diferentes bacterias. 5. Tipo de replicones* 16
  • 17. CLASIFICACION • DEBIDO AL ELEVADO NUMERO DE COMBINACIONES DE CARACTERES Y AL RIESGO DE UNA “EPIDEMIA” ⇒ CLASIFICACION (1970) en grupos o clases de incompatibilidad (Inc) Pertenecen a un mismo grupo hay EXCLUSION Este clasificación dio origen al descubrimiento de genes móviles 17
  • 18. CLASIFICACION INCOMPATIBILIDAD FALLA DE 2 PLASMIDOS DE SER HEREDADOS DE FORMA ESTABLE EN LA MISMA LINEA CELULAR (sin presión selectiva) La incapacidad de coexistir es consecuencia del hecho de compartir elementos comunes de funciones heredadas La Inc nos da una idea de la estrecha relación entre los plásmidos. Se relacionaron como grupos de incompatibilidad 18
  • 19. REPLICACION Para la conservación de plásmidos estables se necesitan funciones codificadas por el huésped y por los plásmidos. La capacidad del plásmido de regular el inicio de su replicación a partir de un origen específico (ori) El inicio de la replicación del plásmido es especifico de la molécula y de importancia para: 1. Proceso de propagación 2. Número de copias. 3. Incompatibilidad 19
  • 20. REPLICACION Los mecanismos moleculares que regulan el número de copias poseen la capacidad de corregir los cambios: 1. Del número de copias causados por la división celular 2. Por la introducción de ADN plasmídico Los replicones plasmídicos contienen: • 1 o varios ori • 1 o más elementos reguladores Fragmento de ADN de +/- 3 Kb. • Gen que codifica una proteína o una molécula de ARN 20
  • 21. Varios ori de plásmidos siguen el mecanismo molecular utilizado por oriC (E. Coli) Se necesita de una proteína codificada específica a ori de plásmidos, o un transcrito Esa proteína de replicación actúa en ori, sola o junto con DNaA (proteína de inicio de la replicación para el cromosoma) La replicación de algunos plásmidos requiere de enzimas celulares normales : DNA poli I, IHF, damMetilasas, Hsp. 21
  • 22. BACTERIAS GRAM (-) BACTERIAS GRAM (+) Replicación idéntica a la cromosomal - Inicio en un ori especifico. Replicación por mecanismo de CIRCULO RODANTE (ØX174) - Replicación bidireccional completando el círculo. - Intermediario específico - Plásmidos de ADN monocatenario - Intermediario en theta. - Plásmido líneal se replican: - Enzimas del huésped responsables de la replicación del plásmido * Unión de la proteína a 5’ de cada cadena utilizada para iniciar la * Los genes del plásmido: síntesis de ADN. + Control temporal del inicio de la replicación El número de copias controlado por: El número de copias controlado por: 1. Genes del plásmido 1. Genes del plásmido + Reparto de copias de plásmidos 2. Interacciones huésped/plásmido 2. Interacciones huésped/plásmido 22
  • 23. MANTENIMIENTO La replicación no es suficiente para que los plásmidos constituyan una línea celular genéticamente estable Conservar las funciones de los plásmidos desempeña un papel esencial para mantener ESTABLES los caracteres hereditarios. ••Sistemas que asesinan Sistemas que asesinan ••Reparto equitativo de copias Reparto equitativo de copias bacterias sin plásmidos bacterias sin plásmidos •• Sistemas antiagregamiento Sistemas antiagregamiento ••Sistemas de recombinación Sistemas de recombinación especifica según el sitio. especifica según el sitio. 23
  • 24. PARTICION El mecanismo de reparto involucra el reconocimiento de pares de moléculas de plásmidos seguidos por un proceso activo de separación de los miembros del par hacia los lados opuestos de la membrana de la célula en división. PLASMIDOS F y P1 (Número de copias = 1)) • Rápida generación de líneas celulares sin plásmidos. • IMPORTANCIA DE LOS SISTEMAS DE PARTICION. Los sistemas de reparto están codificados por los plásmidos, aunque se necesitan las funciones celulares 24
  • 25. FUNCIONES ESPECIALIZADAS Los plásmidos codifican funciones que dotan a las bacterias de atributos que las hacen relevantes para la medicina, para el medio ambiente, en el sector industrial, en el sector agrícola. Resistencia a antibióticos y metales pesados Factores de virulencia (seroresistencia,adhesividad) Metabolismo de compuestos orgánicos Fijación biológica de nitrógeno. Formación de tumores en plantas. Producción de compuestos tóxicos en larvas 25
  • 26. CONCLUSIONES  Los plásmidos son elementos extracromosomales encontrados en una gran variedad de bacterias.  Los plásmidos pueden codificar funciones esenciales para la célula hospedera que las dotan de atributos especiales.  Para la conservación de plásmidos estables son necesarias funciones codificadas por la célula huésped y los plásmidos  Para mantener estables los caracteres hereditarios una función se relaciona con la partición equitativa de plásmidos  Existen otros mecanismos para aumentar su estabilidad; sistemas de recombinación específicos según el sitio, sistemas antiagregamiento, sistemas que asesinan a las células hijas sin plásmidos. 26
  • 27. BIBLIOGRAFIA  Madigan, Martinko and Parker. Brock Biology of Microorganisms. 9ª edición. 1999.  Tomalsky M, Actis L, Crosa Jorge. Plasmids. Enciclopedia of Microbiology, 1992. Volumen 3, 431- 442.  Feinbaum Rhonda. Vectors derived from plasmids. Current Protocols in molecular biology. Seccion II. Unidad 1.5. 1998.  Alberts B, Bray, Lewis, Raff. Watson J. Molecular biology of the cell. 3a edición. 1999. Capítulo 6.  http://www.ncbi.nlm.nih.gov 27