BIOLOGIA ORAL
• JUAN CARLOS MUNEVAR.
• Odontólogo
•   PROFESOR ASOCIADO
•   Unidad de Investigación Básica Oral. U.I.B.O
•   UNIVERSIDAD EL BOSQUE.
•   Postgrado en Biología Oral. MSc
•   Maestría en Ciencias Básicas Biomédicas
•   D.E.A Biología Ósea.
•   Especialista en Bioética
•   Especialista en Docencia Universitaria.
REPLICACION DEL ADN


1.   Modelos de Replicación del ADN: Experimento de Meselson-Stahl

2.   Síntesis y elongación del ADN

3.   ADN polimerasas

4.   Origen e iniciación de la replicación del ADN

5.   Replicación del Telómero




© Dr. Juan Carlos Munévar Niño
Modelos de replicación del ADN




                © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
1958: Experimento de Matthew Meselson & Frank Stahl

       Centrifugación en gradientes de densidad




© Dr. Juan Carlos Munévar Niño
1958: Experimento de Matthew Meselson & Frank Stahl

Modelo Semiconservativo de replicación del ADN




                         © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
1955: Arthur Kornberg

Trabajo con E. coli.
Descubrió los mecanismos de Síntesis de ADN.

Se requieren 4 componentes:

1.   dNTPs: dATP, dTTP, dGTP, dCTP
     (deoxiribonucleósidos 5’-trifosfatos)
     (azúcar-base + 3 fosfatos)

2.   Cebador de ADN

3.   ADN polimerasa (enzima de Kornberg)

4.   Mg   2+   (optimiza la actividad de la ADN polimerasa)




               1959: Arthur Kornberg (Stanford University) & Severo Ochoa (NYU)

                                   © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
3 aspectos principales en la reacción de síntesis de ADN:

1.   La ADN polimerasa I cataliza la formación de enlaces fosfodiester entre
     3’-OH de la desoxirribosa (sobre el último nucleótido) y el carbono 5’
     del dNTP.

•    La energía para esta reacción proviene de la liberación de 2 de 3
     fosfatos del dNTP.

2.   La ADN polimerasa “localiza” el dNTP complementario correcto en cada
     etapa durante el proceso de elongación.

•    Tasa ≤ 800 dNTPs/segundo
•    Baja tasa de error!

3.   La dirección de síntesis es 5’ hacia 3’




                                                             ADN polimerasa
                    © Dr. Juan Carlos Munévar Niño           Protein Data Bank
Elongación del ADN




                     © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
Elongación del ADN




                     © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
Tipos diferentes de ADN polimerasa
Polimerasa    Polimerización (5’-3’)        Exonucleasa (3’-5’)   Exonucleasa (5’-3’)   No Copias

I             Si                            Si                    Si                    400

II            Si                            Si                    No                    ?

III           Si                            Si                    No                    10-20




•Actividad exonucleasa 3’ - 5’= Capacidad de remover nucleótidos desde el
                                extremo 3’ de la cadena

      •Importante capacidad de corrección de errores

      •Tasa de mutaciones sin la capacidad de corrección es 1 x 10-6

      •Con capacidad de corrección la tasa es 1 x 10-9 (1000-veces menos)

•La actividad exonucleasa funciona en la replicación y reparación del ADN.



                                       © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
Enzimas eucariotas:
5 ADN polimerasas en mamíferos.

1.   Polimerasa      (alfa): nuclear, replicación de ADN.

2.   Polimerasa    (beta): nuclear, reparación de ADN.

3.   Polimerasa    (gamma): mitocondria, síntesis de ADN, corrección de errores

4.   Polimerasa    (delta): nuclear, replicación de ADN, corrección de errores

5.   Polimerasa      (épsilon): nuclear, reparación de ADN (?),   corrección de errores


•    Polimerasas diferentes para el núcleo y el ADNmt

•    Algunas polimerasas corrigen errores; otras no.

•    Algunas polimerasas se emplean durante la replicación; otras para
     reparación.

•    Las polimerasas varían entre las especies.
                                                             © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
Origen de replicación (ej, procariotas):

   Empieza con la desnaturalización de la doble hélice en cadenas
    sencillas dejando expuestas las bases.

   Se constituye una burbuja de replicación desde la cual se desencadena
    la síntesis de ADN en ambas direcciones.




                                                             ~245 pb en E. coli




                            © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
Inicio de la replicación, principales elementos:
   Los segmentos de ADN de cadena sencilla se denominan cadenas patrón
    “template strand”

   La Girasa (un tipo de topoisomerasa) relaja el ADN superenrollado

   Las proteínas Iniciadoras y la helicasa se unen al ADN en la horquilla de
    replicación, y el desenrollamiento de ADN utilizan energía derivada del
    ATP (trifosfato de adenosina).
    (La Hidrolisis de ATP causa un cambio de configuración de la ADN helicasa)

   La ADN primasa se une a la helicasa formando el primosoma (la primasa
    es necesaria para la síntesis),

   La Primasa sintetiza un corto primer de ARN de 10-12 nucleótidos, al cual
    la ADN polimerasa III incorpora nucleótidos.

   La Polimerasa III incorpora nucleótidos 5’ - 3’ en ambas cadenas
    comenzando en el cebador o primer de ARN.

   El cebador o primer de ARN es removido y reemplazado con ADN por la
    polimerasa I, y el espacio es sellado por la ADN ligasa.

   Las proteínas “Single-stranded DNA-binding” (SSB) estabilizan el molde
    de cadena sencilla de ADN durante el proceso.
Modelo de replicación in E. coli




                        © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
La replicación del ADN es continua en la cadena patrón “leading strand” y
semidiscontinua sobre la cadena retardada “lagging strand”:

El relajamiento y desenrollamiento de una sola cadena de ADN en la burbuja
de replicación procede en una sola dirección

Las 2 cadenas de ADN son de polaridad opuesta, y la ADN polimerasa solo
sintetiza ADN en dirección 5’ a 3’.


Solución: El ADN ES SINTETIZADO EN DIRECCIONES OPUESTAS SOBRE CADA
MOLDE

   •Cadena patrón     síntesis 5’ hacia 3’ en la dirección del movimiento
                      de la burbuja de replicación.

                      síntesis continua

                      requiere un solo primer de ARN

   •Cadena Retardada sintesís 5’ hacia 3’ en la dirección opuesta.

                      semidiscontinua (no continua)

                      requiere varios primers de ARN; EL ADN es
                      sintetizado en fragmentos cortos.
                            © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
El ADN superenrollado es relajado por la girasa y desenrollado por
Helicasa y proteínas:

           5’   Proteínas SSB
                       Fragmentos de Okazaki
                         1             ATP

      Polimerasa III          2
                                              Helicasa
     Cadena retardada               3             +
                                        Proteínas Iniciadoras


                                                                       3’
                           primasa                                    PARES DE BASES

                       Polimerasa III                                  5’

                                                 El primer de ARN es reemplazado por
                                                 la ADN Pol I y los espacios son
                                                 sellados por ligasas

                            Cadena molde
  Primer ARN


           3’
                             © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
Modelo de replicación del ADN




Peter J. Russell, Genetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings.
La ADN ligasa sella los espacios entre los fragmentos de
Okazaki con un enlace fosfodiéster




                     © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
Modelo de replicación del ADN




Peter J. Russell, Genetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings.
Modelo de replicación del ADN




Peter J. Russell, Genetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings.
Replicación del ADN en eucariotas:
Copiar cada cromosoma eucariotico durante la fase S del ciclo celular
presenta algunos desafíos:
Puntos de control “checkpoints” en el
   sistema

1.   Las células deben estar preparadas
     y el medio ambiente debe ser
     favorable.

2.   La Célula no entra a MITOSIS hasta
     que todo el ADN este replicado.

3.   Los cromosomas también deben
     estar unidos al huso mitótico para
     que se efectúe la mitosis.

4.   Los Checkpoints en el sistema
     incluyen proteínas llamadas ciclinas
     y enzimas denominadas cinasas
     dependientes de ciclinas “cyclin-
     dependent kinases” (Cdks).

                              © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
•   Cada cromosoma eucariótico es una doble hélice de ADN lineal

•   En Promedio ~108 pares de bases de longitud

•   Con una tasa de replicación de 2 kb/minuto, la replicación de 1
    cromosoma humano requiere ~35 días.

•   Solución ---> la replicación del ADN comienza en varios sitios diferentes
    de manera simultanea.



                                                         Las tasas son especificas
                                                               de las células!
Horquillas de Replicacion visibles en Drosophila




                      © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
Que sucede con los extremos (o telómeros) en los cromosomas lineales?




La ADN polimerasa/ligasa no rellena el espacio en el extremo del
cromosoma después de la remoción del cebador de ARN. De ese modo los
cromosomas se reducen al final de cada replicación!

Solución:
1.   Las eucariotas poseen secuencias          repetidas   en   tándem   en   los
     extremos de sus cromosomas.

2.   La Telomerasa (compuesta de proteína y ARN complementario a la
     repetición del telomero) se acopla a la repetición terminal del
     telómero y cataliza la incorporación de nuevas repeticiones.

3.   Compensación mediante alargamiento del cromosoma.

4.   La ausencia o mutación de la actividad telomerasa resulta en el
     acortamiento del cromosoma y división celular limitada.

                        © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
Síntesis de ADN telomérico por la ARN telomerasa




Peter J. Russell, Genetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings.
Etapa Final – Ensamble en Nucleosomas:

•   A medida que el ADN se desenrolla los nucleosomas deben
    desensamblarse.

•   Las Histonas y las proteínas asociadas a la cromatina deben duplicarse
    mediante nueva síntesis de proteínas.

•   El ADN recién replicado se ensambla en nucleosomas casi de inmediato.

•   Las proteínas chaperonas de las histonas controlan el ensamble.




      © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
ADN POLIMERASAS
• Topoisomerasas: pueden producir o eliminar nudos o
  enlaces en una hélice.
• Helicasas: son enzimas que rompen los puentes de
  hidrógeno que mantienen unidas las dos cadenas de la doble
  hélice.
• La ADN Pol III es la enzima que realiza la mayoría de la
  replicación del DNA. Complejo enzimático que lleva a cabo la
  replicación es un multímero denominado Holoenzima de
  DNA Pol III que posee muchas cadenas o subunidades
  polipeptídicas
• A la ADN Pol II se la asigna exclusivamente una función
  reparadora, pero muchas de sus características y el papel que
  juega en la replicación del DNA, si es que juega alguno, son
  desconocidas.
• La ADN Pol I tiene un papel reparador, retira los cebadores
  con su actividad exonucleasa 5'- 3' y rellena el espacio con su
  actividad polimerasa 5'- 3'.
© Dr. Juan Carlos Munévar Niño
http://www.seinan-gu.ac.jp/~djohnson/DNARepl.htmel




http://oak.cats.ohiou.edu/~ballardh/pbio475/Heredity/DNA-replication.JPG
Gracias!
    RAPID LEARNING



       ORAL BIOLOGY on line


                                   @munevarjuan
           JUAN CARLOS MUNEVAR N

Sintesís de ADN / Replicación

  • 1.
    BIOLOGIA ORAL • JUANCARLOS MUNEVAR. • Odontólogo • PROFESOR ASOCIADO • Unidad de Investigación Básica Oral. U.I.B.O • UNIVERSIDAD EL BOSQUE. • Postgrado en Biología Oral. MSc • Maestría en Ciencias Básicas Biomédicas • D.E.A Biología Ósea. • Especialista en Bioética • Especialista en Docencia Universitaria.
  • 2.
    REPLICACION DEL ADN 1. Modelos de Replicación del ADN: Experimento de Meselson-Stahl 2. Síntesis y elongación del ADN 3. ADN polimerasas 4. Origen e iniciación de la replicación del ADN 5. Replicación del Telómero © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 3.
    Modelos de replicacióndel ADN © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 4.
    1958: Experimento deMatthew Meselson & Frank Stahl Centrifugación en gradientes de densidad © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 5.
    1958: Experimento deMatthew Meselson & Frank Stahl Modelo Semiconservativo de replicación del ADN © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 6.
    1955: Arthur Kornberg Trabajocon E. coli. Descubrió los mecanismos de Síntesis de ADN. Se requieren 4 componentes: 1. dNTPs: dATP, dTTP, dGTP, dCTP (deoxiribonucleósidos 5’-trifosfatos) (azúcar-base + 3 fosfatos) 2. Cebador de ADN 3. ADN polimerasa (enzima de Kornberg) 4. Mg 2+ (optimiza la actividad de la ADN polimerasa) 1959: Arthur Kornberg (Stanford University) & Severo Ochoa (NYU) © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 7.
    3 aspectos principalesen la reacción de síntesis de ADN: 1. La ADN polimerasa I cataliza la formación de enlaces fosfodiester entre 3’-OH de la desoxirribosa (sobre el último nucleótido) y el carbono 5’ del dNTP. • La energía para esta reacción proviene de la liberación de 2 de 3 fosfatos del dNTP. 2. La ADN polimerasa “localiza” el dNTP complementario correcto en cada etapa durante el proceso de elongación. • Tasa ≤ 800 dNTPs/segundo • Baja tasa de error! 3. La dirección de síntesis es 5’ hacia 3’ ADN polimerasa © Dr. Juan Carlos Munévar Niño Protein Data Bank
  • 8.
    Elongación del ADN © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 9.
    Elongación del ADN © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 10.
    Tipos diferentes deADN polimerasa Polimerasa Polimerización (5’-3’) Exonucleasa (3’-5’) Exonucleasa (5’-3’) No Copias I Si Si Si 400 II Si Si No ? III Si Si No 10-20 •Actividad exonucleasa 3’ - 5’= Capacidad de remover nucleótidos desde el extremo 3’ de la cadena •Importante capacidad de corrección de errores •Tasa de mutaciones sin la capacidad de corrección es 1 x 10-6 •Con capacidad de corrección la tasa es 1 x 10-9 (1000-veces menos) •La actividad exonucleasa funciona en la replicación y reparación del ADN. © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 11.
    Enzimas eucariotas: 5 ADNpolimerasas en mamíferos. 1. Polimerasa  (alfa): nuclear, replicación de ADN. 2. Polimerasa  (beta): nuclear, reparación de ADN. 3. Polimerasa  (gamma): mitocondria, síntesis de ADN, corrección de errores 4. Polimerasa  (delta): nuclear, replicación de ADN, corrección de errores 5. Polimerasa  (épsilon): nuclear, reparación de ADN (?), corrección de errores • Polimerasas diferentes para el núcleo y el ADNmt • Algunas polimerasas corrigen errores; otras no. • Algunas polimerasas se emplean durante la replicación; otras para reparación. • Las polimerasas varían entre las especies. © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 12.
    Origen de replicación(ej, procariotas):  Empieza con la desnaturalización de la doble hélice en cadenas sencillas dejando expuestas las bases.  Se constituye una burbuja de replicación desde la cual se desencadena la síntesis de ADN en ambas direcciones. ~245 pb en E. coli © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 13.
    Inicio de lareplicación, principales elementos:  Los segmentos de ADN de cadena sencilla se denominan cadenas patrón “template strand”  La Girasa (un tipo de topoisomerasa) relaja el ADN superenrollado  Las proteínas Iniciadoras y la helicasa se unen al ADN en la horquilla de replicación, y el desenrollamiento de ADN utilizan energía derivada del ATP (trifosfato de adenosina). (La Hidrolisis de ATP causa un cambio de configuración de la ADN helicasa)  La ADN primasa se une a la helicasa formando el primosoma (la primasa es necesaria para la síntesis),  La Primasa sintetiza un corto primer de ARN de 10-12 nucleótidos, al cual la ADN polimerasa III incorpora nucleótidos.  La Polimerasa III incorpora nucleótidos 5’ - 3’ en ambas cadenas comenzando en el cebador o primer de ARN.  El cebador o primer de ARN es removido y reemplazado con ADN por la polimerasa I, y el espacio es sellado por la ADN ligasa.  Las proteínas “Single-stranded DNA-binding” (SSB) estabilizan el molde de cadena sencilla de ADN durante el proceso.
  • 14.
    Modelo de replicaciónin E. coli © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 15.
    La replicación delADN es continua en la cadena patrón “leading strand” y semidiscontinua sobre la cadena retardada “lagging strand”: El relajamiento y desenrollamiento de una sola cadena de ADN en la burbuja de replicación procede en una sola dirección Las 2 cadenas de ADN son de polaridad opuesta, y la ADN polimerasa solo sintetiza ADN en dirección 5’ a 3’. Solución: El ADN ES SINTETIZADO EN DIRECCIONES OPUESTAS SOBRE CADA MOLDE •Cadena patrón síntesis 5’ hacia 3’ en la dirección del movimiento de la burbuja de replicación. síntesis continua requiere un solo primer de ARN •Cadena Retardada sintesís 5’ hacia 3’ en la dirección opuesta. semidiscontinua (no continua) requiere varios primers de ARN; EL ADN es sintetizado en fragmentos cortos. © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 16.
    El ADN superenrolladoes relajado por la girasa y desenrollado por Helicasa y proteínas: 5’ Proteínas SSB Fragmentos de Okazaki 1 ATP Polimerasa III 2 Helicasa Cadena retardada 3 + Proteínas Iniciadoras 3’ primasa PARES DE BASES Polimerasa III 5’ El primer de ARN es reemplazado por la ADN Pol I y los espacios son sellados por ligasas Cadena molde Primer ARN 3’ © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 17.
    Modelo de replicacióndel ADN Peter J. Russell, Genetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings.
  • 18.
    La ADN ligasasella los espacios entre los fragmentos de Okazaki con un enlace fosfodiéster © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 19.
    Modelo de replicacióndel ADN Peter J. Russell, Genetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings.
  • 20.
    Modelo de replicacióndel ADN Peter J. Russell, Genetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings.
  • 21.
    Replicación del ADNen eucariotas: Copiar cada cromosoma eucariotico durante la fase S del ciclo celular presenta algunos desafíos: Puntos de control “checkpoints” en el sistema 1. Las células deben estar preparadas y el medio ambiente debe ser favorable. 2. La Célula no entra a MITOSIS hasta que todo el ADN este replicado. 3. Los cromosomas también deben estar unidos al huso mitótico para que se efectúe la mitosis. 4. Los Checkpoints en el sistema incluyen proteínas llamadas ciclinas y enzimas denominadas cinasas dependientes de ciclinas “cyclin- dependent kinases” (Cdks). © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 22.
    Cada cromosoma eucariótico es una doble hélice de ADN lineal • En Promedio ~108 pares de bases de longitud • Con una tasa de replicación de 2 kb/minuto, la replicación de 1 cromosoma humano requiere ~35 días. • Solución ---> la replicación del ADN comienza en varios sitios diferentes de manera simultanea. Las tasas son especificas de las células!
  • 23.
    Horquillas de Replicacionvisibles en Drosophila © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 24.
    Que sucede conlos extremos (o telómeros) en los cromosomas lineales? La ADN polimerasa/ligasa no rellena el espacio en el extremo del cromosoma después de la remoción del cebador de ARN. De ese modo los cromosomas se reducen al final de cada replicación! Solución: 1. Las eucariotas poseen secuencias repetidas en tándem en los extremos de sus cromosomas. 2. La Telomerasa (compuesta de proteína y ARN complementario a la repetición del telomero) se acopla a la repetición terminal del telómero y cataliza la incorporación de nuevas repeticiones. 3. Compensación mediante alargamiento del cromosoma. 4. La ausencia o mutación de la actividad telomerasa resulta en el acortamiento del cromosoma y división celular limitada. © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 25.
    Síntesis de ADNtelomérico por la ARN telomerasa Peter J. Russell, Genetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings.
  • 26.
    Etapa Final –Ensamble en Nucleosomas: • A medida que el ADN se desenrolla los nucleosomas deben desensamblarse. • Las Histonas y las proteínas asociadas a la cromatina deben duplicarse mediante nueva síntesis de proteínas. • El ADN recién replicado se ensambla en nucleosomas casi de inmediato. • Las proteínas chaperonas de las histonas controlan el ensamble. © Dr. Juan Carlos Munévar Niño
  • 27.
    ADN POLIMERASAS • Topoisomerasas:pueden producir o eliminar nudos o enlaces en una hélice. • Helicasas: son enzimas que rompen los puentes de hidrógeno que mantienen unidas las dos cadenas de la doble hélice. • La ADN Pol III es la enzima que realiza la mayoría de la replicación del DNA. Complejo enzimático que lleva a cabo la replicación es un multímero denominado Holoenzima de DNA Pol III que posee muchas cadenas o subunidades polipeptídicas • A la ADN Pol II se la asigna exclusivamente una función reparadora, pero muchas de sus características y el papel que juega en la replicación del DNA, si es que juega alguno, son desconocidas. • La ADN Pol I tiene un papel reparador, retira los cebadores con su actividad exonucleasa 5'- 3' y rellena el espacio con su actividad polimerasa 5'- 3'.
  • 28.
    © Dr. JuanCarlos Munévar Niño
  • 29.
  • 31.
    Gracias! RAPID LEARNING ORAL BIOLOGY on line @munevarjuan JUAN CARLOS MUNEVAR N