El virrey era la máxima autoridad del virreinato del Perú y concentraba todos los poderes políticos, administrativos, militares y religiosos. El Consejo de Indias en España se encargaba de administrar los asuntos coloniales y nombrar a las principales autoridades de los virreinatos. El rey de España era la autoridad suprema de sus colonias en América aunque no las conocía directamente. La Real Audiencia apoyaba al virrey y era el máximo tribunal de justicia del virreinato.