Los equipos e instrumentos de laboratorio de microbiología incluyen asas de siembra para sembrar en medios sólidos, espátulas para realizar siembras, matraces Erlenmeyers para preparar soluciones, tubos de ensayo para diluciones y cultivos, placas Petri para cultivos e incubadoras para proporcionar la temperatura adecuada para el crecimiento microbiano. Otros equipos importantes son los microscopios ópticos, cabinas de flujo laminar para trabajar en condiciones estériles, autoclaves para esteril