PRÁCTICA DE SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAP GENECON DATOS DEL ARTICULO CIENTIFICO "AISLAMIENTO DE BACTERIAS CON POTENCIAL BIORREMEDIADOR Y ANALISIS DE COMUNIDADES BACTERIANAS DE ZONA IMPACTADA POR PETROLEO EN CONDORCANQUI - AMAZONAS - PERÚ.
Simulación de Electroforesis en Gel de Agarosa utilizando el programa Snap GeneBrayan Chipana
SnapGene proporciona una forma sencilla y segura de planificar, visualizar y documentar los procedimientos diarios de biología molecular. El software tiene una interfaz intuitiva que puede realizar visualización de secuencias de ADN, anotación de secuencias, edición de secuencias, clonación, visualización de proteínas y simulación de métodos de clonación comunes.
Es un software de clonación que ayudas en planear y simulando manipulaciones de ADN.
Nos serviría para la aplicación de diversos puntos que tratemos referente a la ingeniería ambiental, como por ejemplo el ADN, ARN, NUCLEOTIDOS, entre otros.
Informe ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS DE ADN Y GENERACIÓN DE ÁRBOL FILOGENÉTIC...MariansSnairamLC
La comparación de secuencias es una de las actividades fundamentales en el análisis bioinformático. Es un primer paso hacia el análisis estructural y funcional de nuevas secuencias descubiertas.
Se efectuó el alineamiento y la filogenia de treinta secuencias del GEN 16s rRNA mediante la aplicación de software libre MEGA: Análisis de Genética Evolutiva Molecular la cual permitió mostrar la historia evolutiva generando un árbol optimo con 30 secuencias de nucleótidos.
El software de análisis de genética evolutiva molecular (MEGA) implementa muchos métodos y herramientas analíticos para
filogenómica y filomedicina. Aquí, informamos una transformación de MEGA para permitir el uso multiplataforma en
Sistemas operativos Microsoft Windows y Linux. MEGA X no requiere software de virtualización o emulación y
proporciona una experiencia de usuario uniforme en todas las plataformas. MEGA X también se ha actualizado para utilizar múltiples sistemas informáticos.
núcleos para muchos análisis evolutivos moleculares. MEGA X está disponible en dos interfaces (gráfica y línea de comandos) y
se puede descargar de www.megasoftware.net de forma gratuita
Simulación de Electroforesis en Gel de Agarosa utilizando el programa Snap GeneBrayan Chipana
SnapGene proporciona una forma sencilla y segura de planificar, visualizar y documentar los procedimientos diarios de biología molecular. El software tiene una interfaz intuitiva que puede realizar visualización de secuencias de ADN, anotación de secuencias, edición de secuencias, clonación, visualización de proteínas y simulación de métodos de clonación comunes.
Es un software de clonación que ayudas en planear y simulando manipulaciones de ADN.
Nos serviría para la aplicación de diversos puntos que tratemos referente a la ingeniería ambiental, como por ejemplo el ADN, ARN, NUCLEOTIDOS, entre otros.
Informe ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS DE ADN Y GENERACIÓN DE ÁRBOL FILOGENÉTIC...MariansSnairamLC
La comparación de secuencias es una de las actividades fundamentales en el análisis bioinformático. Es un primer paso hacia el análisis estructural y funcional de nuevas secuencias descubiertas.
Se efectuó el alineamiento y la filogenia de treinta secuencias del GEN 16s rRNA mediante la aplicación de software libre MEGA: Análisis de Genética Evolutiva Molecular la cual permitió mostrar la historia evolutiva generando un árbol optimo con 30 secuencias de nucleótidos.
El software de análisis de genética evolutiva molecular (MEGA) implementa muchos métodos y herramientas analíticos para
filogenómica y filomedicina. Aquí, informamos una transformación de MEGA para permitir el uso multiplataforma en
Sistemas operativos Microsoft Windows y Linux. MEGA X no requiere software de virtualización o emulación y
proporciona una experiencia de usuario uniforme en todas las plataformas. MEGA X también se ha actualizado para utilizar múltiples sistemas informáticos.
núcleos para muchos análisis evolutivos moleculares. MEGA X está disponible en dos interfaces (gráfica y línea de comandos) y
se puede descargar de www.megasoftware.net de forma gratuita
Cuando un haz de luz atraviesa un medio que contiene un analito absorbente, su intensidad disminuye a medida que interacciona con el analito. En este sentido, en el estudio de un compuesto por espectrofotometría, el analito debe cumplir dos requisitos: a) que pueda absorber luz, y b) la absorción debe distinguirse de la de otras sustancias en la muestra. Para una disolución de analito a una concentración dada, cuanto mayor sea la trayectoria en el medio por el cual pasa la luz, más absorbentes habrá en la trayectoria y mayor será la atenuación. De manera similar, para una longitud de la trayectoria de la luz dada, cuanto mayor sea la concentración de los absorbentes, mayor será la atenuación. A este fenómeno se le conoce como la ley de Beer-Bouguer-Lambert, comúnmente conocida como ley de Beer.
Cuando un haz de luz atraviesa un medio que contiene un analito absorbente, su intensidad disminuye a medida que interacciona con el analito. En este sentido, en el estudio de un compuesto por espectrofotometría, el analito debe cumplir dos requisitos: a) que pueda absorber luz, y b) la absorción debe distinguirse de la de otras sustancias en la muestra. Para una disolución de analito a una concentración dada, cuanto mayor sea la trayectoria en el medio por el cual pasa la luz, más absorbentes habrá en la trayectoria y mayor será la atenuación. De manera similar, para una longitud de la trayectoria de la luz dada, cuanto mayor sea la concentración de los absorbentes, mayor será la atenuación. A este fenómeno se le conoce como la ley de Beer-Bouguer-Lambert, comúnmente conocida como ley de Beer.
SIMULACIÓN MOLECULAR DE ADN USANDO EL SOFTWARE SNAPGENE-CUELA CAMACHO AGUSTÍN...AgustnJuniorCuelaCam
SIMULACION DE ELECTROFOROSIS EN GEL AGAROSA UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAP GENE CON DATOS DEL ARTICULO CIENTIFICO “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas - Perú”
simulacion de electroforesis en Gel Agarosa mediante Software SnapGenekatlheen ale espinoza
La electroforesis puede separar fragmentos de ADN y ARN en función de su tamaño, poder visualizarlos mediante una sencilla tinción, y de esta forma determinar el contenido de ácidos nucleicos que se encuentra en una muestra, teniendo una estimación de su concentración y grado de entereza. Podemos además extraer del gel los fragmentos de ADN que sean de interés, para posteriormente utilizarlos en diferentes aplicaciones. Existen programas como el SnapGene que ayudan a simular estos procesos, para poder conocer anticipadamente los resultados de la manipulación que se realicen.
El SnapGene proporciona una forma sencilla y segura de planificar, visualizar y documentar los procedimientos diarios de biología molecular.
INFORME - “SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA CON EL SOFTWARE SNA...DayanaHerrera55
En la actualidad la historia de la Biotecnología ha ido evolucionando, hace siglos atrás descubrimos las enzimas y como poder verlas con ayuda del microscopio, sin embargo, en nuestra época desarrollamos instrumentos más motorizados, con más exactitud, mejor imagen y diagnóstico, lo que nos ayuda a tener una investigación a más a detalle sobre el ADN, siendo una de esas el software SnapGene.
SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAP GENECON DATOS DEL ARTICULO CIENTIFICO "AISLAMIENTO DE BACTERIAS CON POTENCIAL BIORREMEDIADOR Y ANALISIS DE COMUNIDADES BACTERIANAS DE ZONA IMPACTADA POR PETROLEO EN CONDORCANQUI - AMAZONAS - PERÚ.
La mycoplasmosis aviar es una enfermedad contagiosa de las aves causada por bacterias del género Mycoplasma. Esencialmente, afecta a aves como pollos, pavos y otras aves de corral, causando importantes pérdidas económicas en la industria avícola debido a la disminución en la producción de huevos y carne, así como a la mortalidad.
1891 - 14 de Julio - Rohrmann recibió una patente alemana (n° 64.209) para s...Champs Elysee Roldan
El concepto del cohete como plataforma de instrumentación científica de gran altitud tuvo sus precursores inmediatos en el trabajo de un francés y dos Alemanes a finales del siglo XIX.
Ludewig Rohrmann de Drauschwitz Alemania, concibió el cohete como un medio para tomar fotografías desde gran altura. Recibió una patente alemana para su aparato (n° 64.209) el 14 de julio de 1891.
En vista de la complejidad de su aparato fotográfico, es poco probable que su dispositivo haya llegado a desarrollarse con éxito. La cámara debía haber sido accionada por un mecanismo de reloj que accionaría el obturador y también posicionaría y retiraría los porta películas. También debía haber sido suspendido de un paracaídas en una articulación universal. Tanto el paracaídas como la cámara debían ser recuperados mediante un cable atado a ellos y desenganchado de un cabrestante durante el vuelo del cohete. Es difícil imaginar cómo un mecanismo así habría resistido las fuerzas del lanzamiento y la apertura del paracaídas.
1. “UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA”
“ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL”
TITULO:
“PRÁCTICA DE SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA
UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAP GENECON DATOS DEL ARTICULO
CIENTIFICO "AISLAMIENTO DE BACTERIAS CON POTENCIAL
BIORREMEDIADOR Y ANALISIS DE COMUNIDADES BACTERIANAS DE ZONA
IMPACTADA POR PETROLEO EN CONDORCANQUI - AMAZONAS – PERÚ”
CURSO:
Biotecnología
DOCENTE:
Hebert Soto Gonzales
ELABORADO POR:
Valeria Ampuero Herrera
CICLO:
VII
FECHA DE PRESENTACION:
29/10/2021
2. 1) INTRODUCCION
La electroforesis como termino en sí, se usa para poder describir la migración
de una partícula cargada bajo la influencia de un campo eléctrico. Diversas
moléculas importantes (aminoácidos, péptidos, proteínas, nucleótidos, ácidos
nucleicos) poseen grupos ionizables y existen en solución como especies, que
pueden ser aniones o cationes. Dichas especies se van a separar en relación a
su carga cuando se aplica un voltaje por medio de los electrodos.
La electroforesis es una técnica que se utiliza muy a menudo, la cual sirve para
separar moléculas o fragmentos de moléculas de ácidos nucleicos con polímeros
como poliacrilamida o agarosa. Estos geles se ponen alrededor en la cubeta de
electroforesis, sumergidos en un tampón de pH alrededor de 8.
Los geles actúan como un tamiz molecular y así permiten separar moléculas
cargadas en función de su tamaño y forma. Las moléculas de DNA de diferente
tamaño, van a emigrar de forma distinta en un gel de electroforesis.
Las moléculas que son más pequeñas que los poros se desplazaran a través de
él, por otro lado, las de mayor tamaño quedaran retenidas y las intermedias se
desplazaran con distinto grado de dificultad dependiendo de su tamaño.
En el presente informe se utilizará el programa SnapGene, el cual es un software
de clonación que ayuda en planear y simular las manipulaciones de ADN.
Dicho programa se puede lograr ver las múltiples vistas de una secuencia de
ADN. Además, se puede personalizar la visualización de los sitios de las
enzimas, características, primers, ORFs, colores de ADN, etc. El mapa puede
ser en formato circular o lineal.
Cabe resaltar que este programa se creó con la finalidad de facilitar el proceso
de las clonaciones en general.
3. 2) OBJETIVOS:
2.1) OBJETIVO GENERAL:
Analizar el funcionamiento del software snap gene, evaluando los
datos del artículo científico “Aislamiento de bacterias con potencial
biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de zona
impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas –
Perú”
2.2) OBJETIVOS ESPECIFICOS:
Poner en práctica lo aprendido en clases usando el software Snap
Gene
Analizar el gen 16s y desarrollar un árbol genealógico
3) MARCO TEORICO:
3.1) SNAPGENE:
Es un programa de biología molecular utilizado para documentar
secuencias de ADN.
Proporciona herramientas que le permiten planificar, visualizar y
documentar todos sus procedimientos de biología molecular. La
herramienta de clonación In-Fusion del programa simula fusiones de genes
de sus fragmentos de ADN seleccionados. Mientras trabaja, SnapGene
resalta los sitios de restricción del ADN, marcando automáticamente los
sitios bloqueados por metilación, y le permite elegir o definir conjuntos de
enzimas personalizados.
Proporciona una serie de útiles herramientas de análisis de secuencias de
ADN y soporta una variedad de formatos de archivo comunes. SnapGene
es un gran recurso de laboratorio que le ayudará en su visualización y
análisis de secuencias de ADN.
4. 3.2) ELECTROFORESIS:
La electroforesis en gel es una técnica utilizada para separar fragmentos de
ADN (u otras macromoléculas, como ARN y proteínas) por su tamaño y
carga. La electroforesis consiste en aplicar una corriente a través de un gel
que contiene las moléculas de interés. Con base en su tamaño y carga, las
moléculas se desplazarán por el gel en diferentes direcciones o a distintas
velocidades, con lo que se separan unas de otras.
Todas las moléculas de ADN tienen la misma cantidad de carga por masa.
Debido a esto, la electroforesis en gel separa los fragmentos de ADN
únicamente por su tamaño. La electroforesis nos permite ver cuántos
fragmentos diferentes de ADN están presentes en una muestra y cuán
grandes son unos con respecto a otros.
3.3) AGAROSA:
La agarosa es uno de los componentes principales del agar y, partiendo de
este como material base, se obtiene, a través de un método de purificación
bastante complejo. Este producto natural forma una matriz inerte y, no
tóxica, que supone una herramienta indispensable en gran cantidad de
técnicas de biología molecular, bioquímica y biología celular.
El uso más extendido de la agarosa es para construir geles que permitan
separar moléculas mediante electroforesis (según la movilidad de éstas en
un campo eléctrico).
3.4) ADN:
El ADN, o ácido desoxirribonucleico, es el material que contiene la
información hereditaria en los humanos y casi todos los demás organismos.
Casi todas las células del cuerpo de una persona tienen el mismo ADN. La
mayor parte del ADN se encuentra en el núcleo celular (o ADN nuclear),
5. pero también se puede encontrar una pequeña cantidad de ADN en las
mitocondrias (ADN mitocondrial o ADNmt).
Una propiedad importante del ADN es que puede replicarse o hacer copias
de sí mismo. Cada hebra de ADN en la doble hélice puede servir como
patrón para duplicar la secuencia de bases. Esto es fundamental cuando
las células se dividen, porque cada nueva célula necesita tener una copia
exacta del ADN presente en la célula antigua.
3.5) ARN:
El ácido ribonucleico (ARN) es una molécula similar a la de ADN. A
diferencia del ADN, el ARN es de cadena sencilla. Una hebra de ARN tiene
un eje constituido por un azúcar (ribosa) y grupos de fosfato de forma
alterna. Unidos a cada azúcar se encuentra una de las cuatro bases adenina
(A), uracilo (U), citosina (C) o guanina (G). Hay diferentes tipos de ARN en
la célula: ARN mensajero (ARNm), ARN ribosomal (ARNr) y ARN de
transferencia (ARNt). Más recientemente, se han encontrado algunos ARN
de pequeño tamaño que están involucrados en la regulación de la expresión
génica.
3.6) GEN 16S:
El ARN ribosomal 16S (ARNr 16S o 16S rRNA) es el componente de la
subunidad menor (30S) de los ribosomas procariotas que se une a la
secuencia de Shine-Dalgarno. Los genes que lo codifican son conocidos
como genes del ARNr 16S, y se utilizan para la reconstrucción de filogenias
debido a sus bajas tasas de evolución.2 Carl Woese y George E. Fox fueron
dos de los pioneros que se basaron en las variaciones del 16S rRNA para
establecer filogenias.
6. 4) MATERIALES Y METODOS:
4.1) MATERIALES:
Software snap gene
Computadora
Software NCBI
4.2) METODOLOGIA:
a) En primer lugar deberemos descargar e instalar el programa SnapGene,
el cuallo encontramos en Google, hacemos clic en la segunda opcion:
b) Una vez hecho esto, nos cargara la página y haremos clic en la opción
“descargar libre”:
7. c) Ya que tenemos instalado el programa, comenzaremos a utilizarlo. Para
esto deberemos descargar los archivos que nos están proporcionando el
articulo antes mencionado.
d) En la siguiente ventana nos aparecerá la opción search en donde se
ingresarán los datos para poder descargarlos.
En la siguiente tabla se muestra los datos que deberemos de ingresar
en la opción search. Los cuales están ubicados en el Item “N° de
Accesion
8. e) Entonces para descargar seria de la siguiente manera, en forma de
ejemplo:
Se busca el dato, comenzaremos por el primero, según la tabla adjunta
anteriormente:
Despues saldrá asi:
9. Finalmente, hacemos clic en la opción Send to, en donde se
desplegará una ventana en la cual seleccionaremos la opción File,
después daremos clic en Create File.
e) Y asi con todoslos demás datos, una vez terminado de descargar todo,
vamos a trasladarlo al programa SnapGene.
10. f) Luego abrimos el programa SnapGene. En donde haremos clic en la
opción “Open” y se desplegaran más opciones, elegiremos la que dice
“Open Files” y saldrá una ventanita, en donde deberemos hacer clic en
la opción “OK”
g) Ya para terminar haremos clic en la opción “ Tools”, nueva,ente se
desplegaran distintas opciones, pero nosotros escogeremos la opción
“Simulate Agarose Gel”
11. h) Finalmente, seleccionaremos el archivo de su preferencia, cabe
resaltar que estaremos utilizando el 1.0% gel de agarosa.
5) RESULTADOS:
Después de colocar todos los datos de agua y suelo , se podrá observar cual
es el comportamiento de los nucleótidos.
12.
13. 6) CONCLUSIONES:
Podemos concluir entonces que el programa SnapGene es de mucha ayuda
respecto a los nucleótidos, puesto que es muy fácil y sencillo de manipular.
Otra característica que es importante mencionar es que se puede manipular
a través del computador como si estuviéramos en un laboratorio real, debido
a que podemos escoger la cantidad de agarosa que vamos a emplear.
7) BIBLIOGRAFIA:
Dröge, W., Broer I., & Pühler, A. (1992). Transgénic plants containing
the phosphinothricin-N-acetyltransferase gene metabolize the
herbicide l-phosphinothricin (glufosinate) differently from
untransformed plants. Planta. 187(1), 142-151.
Li, X., Li, S., Lang, Z., Zhang, J., Zhu, L., & Huang, D. (2013).
Chloroplast-targeted expression of the codon-optimized truncated
cry1Ah gene in transgénic tobacco confers a high level of protection
against insects. Plant Cell Reports, 32(8), 1299-1308.
Leemans, J., Botterman, J., De Block, M., Thompson, C., & Mouva, R.
(2006). US Patent No. US 7112665.