Las líneas de investigación de la UNEFA tienen como objetivo orientar a la comunidad para lograr conocimientos que contribuyan al desarrollo humanístico, económico y socio-cultural. Están estructuradas por coordinadores, docentes y grupos de investigación reconocidos en la institución. Los miembros de las líneas, ya sean estudiantes, profesores u otros investigadores, deben cumplir con funciones como desarrollar proyectos de investigación y divulgar resultados.