La estructura administrativa y financiera del GAD del cantón Macará consta de varios departamentos. En la gestión administrativa, el Director Administrativo coordina a departamentos como Talento Humano, Compras Públicas y Sistemas. En la gestión financiera, departamentos como Bodega, Presupuesto, Contabilidad, Rentas y Tesorería se encargan de las finanzas y recaudación de ingresos. Las personas que dirigen estos departamentos son designadas a través de entrevistas laborales o por el ejecutivo del GAD.