Para que los sanitarios escolares estén limpios y funcionen adecuadamente, es necesario mantenerlos en buen estado mediante el uso correcto y evitando atoros y desperdicios de agua, ya que la falta de limpieza puede traer consecuencias negativas para la salud. Se requiere el mantenimiento regular de los sanitarios convencionales que usan redes de desagüe y de los no convencionales como letrinas en zonas rurales.