UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAP GENE

1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA
AMBIENTAL
ASIGNATURA
TEMA : PRÁCTICA DE SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN
GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAP GENE CON DATOS
DEL ARTICULO CIENTIFICO "AISLAMIENTO DE BACTERIAS CON
POTENCIAL BIORREMEDIADOR Y ANALISIS DE COMUNIDADES
BACTERIANAS DE ZONA IMPACTADA POR PETROLEO EN CONDORCANQUI
- AMAZONAS - PERÚ.
CURSO : BIOTECNOLOGIA
DOCENTE : DR. HEBERT HERNAN SOTO GONZALES
ALUMNO : AYRTON CESAR SOTO PAREDES
ILO - PERÚ
2021

2. 1. INTRODUCCIÓN
La electroforesis en geles de agarosa o poliacrilamida es una de las metodologías más
utilizadas en el laboratorio en todo lo relacionado con el trabajo con ácidos nucleicos.
Mediante la electroforesis podemos separar fragmentos de ADN y ARN en función de su
tamaño, visualizarlos mediante una sencilla tinción, y de esta forma determinar el
contenido de ácidos nucleicos de una muestra, teniendo una estimación de su
concentración y grado de entereza. Podemos además extraer del gel los fragmentos de
ADN que sean de interés, para posteriormente utilizarlos en diferentes aplicaciones.
La electroforesis en gel es una técnica utilizada para separar fragmentos de ADN (u otras
macromoléculas, como ARN y proteínas) por su tamaño y carga. La electroforesis
consiste en aplicar una corriente a través de un gel que contiene las moléculas de interés.
Con base en su tamaño y carga, las moléculas se desplazarán por el gel en diferentes
direcciones o a distintas velocidades, con lo que se separan unas de otras.
Como su nombre lo indica, en la electroforesis en gel participa un gel: un bloque de
material similar a la gelatina. Los geles para separar ADN suelen estar hechos de un
polisacárido llamado agarosa, que se consigue como hojuelas secas pulverizadas. Cuando
la agarosa se calienta en una solución amortiguadora (agua mezclada con algunas sales)
y deja enfriar, se forma un gel sólido ligeramente blando. A nivel molecular, el gel es una
matriz de moléculas de agarosa que se mantienen unidas por puentes de hidrógeno y que
forman pequeños poros.

3. 2. OBJETIVOS
Aislar e identificar cepas bacterianas con potencial biorremediador a partir de
agua y suelo amazónicos contaminados con petróleo y determinar sus
comunidades bacterianas por metagenómica
3. Materiales
▪ Word
▪ Carpeta
▪ SnapGene
▪ LAPTOP
▪ NCBI
4. PROCEDIMIENTO
Primero copiamos los códigos de accesión de agua contaminada y suelo
contaminado
A continuacion entramos a la página de NCBI para colocar los codigos copiados
y le cambiamos la opción y buscamos “Gene”

4. Nos aparecerá el resultado y verificamos si es el codigo que estamos buscando y
le damos click para entrar.
Para poder enviar a nuestra computadora y gurdarlas le damos click en “Send
to” la opción file y en formato FASTA.
Creamos una carpeta especialmente para poder guardar todas nuestras
secuencias realizadas

5. Abrimos el programa “SnapGene” y le damos click en New DNA para crear un
nuevo proyecto y abrimos todas nuestras secuencias.
Nos aparecera nuestro mapa genético lineal.
Tambien todas las secuencias y enzimas.

6. Y finalmente tambien nos permite ver nuestro mapa circular del mapa genético.

7. 5. CONCLUSIONES
Se aislaron 13 cepas bacterianas de los géneros Klebsiella, Enterobacter,
Pseudomonas, Serratia, Acinetobacter, Proteus y Morganella, con potencial
degradador de hidrocarburos a partir de zonas contaminadas con crudo de
petróleo, que pueden ser utilizadas para la biorremediación de estos ambientes.
Así mismo el análisis metagenómico demostró que el petróleo influye en la
composición de la comunidad bacteriana favoreciendo la dominancia de OTU´s
tolerantes a los hidrocarburos de petróleo y que pueden metabolizarlo, agrupados
en los filos Proteobacteria, Bacteroidetes y Acidobacteria principalmente.
6. BIBLIOGRAFÍA
• Bolyen, E., Rideout, J. R., Dillon, M. R., Bokulich, N. A., Abnet, C. C.,
Al-Ghalith, G. A., Alexander, H., Alm, E. J., Arumugam, M., Asnicar, F.,
Bai, Y., Bisanz, J. E., Bittinger, K., Brejnrod, A., Brislawn, C. J., Brown,
C. T., Callahan, B. J., CaraballoRodríguez, A. M., Chase, J., … Caporaso,
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microbiome data science using QIIME 2. Nature Biotechnology, 37(8),
852-857. https:// doi.org/10.1038/s41587-019-0209-9.
• Costa, A. S., Romão, L. P. C., Araújo, B. R., Lucas, S. C. O., Maciel, S.
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• Hentati, O., Lachhab, R., Ayadi, M., & Ksibi, M. (2013). Toxicity
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2989-2998. https://doi. org/10.1007/s10661-012-2766-y.

8. CUESTIONARIO
¿INDIQUE DIFERENCIAS ENTRE EL ADN Y ARN?
El ARN o ácido ribonucleico es el otro tipo de ácido nucleico que posibilita la
síntesis de proteínas. Si bien el ADN contiene la información genética, el ARN es
el que permite que esta sea comprendida por las células. Está compuesto por una
cadena simple, al contrario del ADN, que tiene una doble cadena.
¿QUÉ ES EL SNAPGENE Y COMO NOS SERVIRIA EN INGENIERIA
AMBIENTAL?
SnapGene nos proporciona herramientas que nos permiten planificar, visualizar y
documentar todos los procedimientos de biología molecular. La herramienta de
clonación In-Fusion del programa simula fusiones de genes de sus fragmentos de
ADN seleccionados. Mientras trabaja, SnapGene resalta los sitios de restricción
del ADN, marcando automáticamente los sitios bloqueados por metilación, y nos
permite elegir o definir conjuntos de enzimas personalizados.
¿QUÉ ES EL GEN 16s Y PARA QUE TIPOS DE MICROORGANISMOS
SERIA UTIL?
El gen ARNr 16S ha demostrado ser de gran utilidad para describir y caracterizar
las comunidades microbianas marinas, especialmente los organismos no
cultivados. Las nuevas técnicas de secuenciación han contribuido al incremento
exponencial de registro de secuencias, aunque parciales, del ARNr 16S como
elemento de código de barras para microorganismos.
¿DESCRIBIR EL PROCESO DE ELECTROFORESIS PARA ADN?
La electroforesis es una técnica que emplean los cientificos en el laboratorio
utilizada para separar el ADN, el ARN, o moléculas o proteínas en base a su
tamaño y carga eléctrica. Se utiliza una corriente eléctrica para mover las
moléculas y que se separen a través de un gel.
¿QUÉ ES LA AGAROSA?
La agarosa un polímero natural, polisacárido formado por galactosas alfa y beta
que se extrae de las algas de los géneros Gellidium y Gracillaria. La agarosa es
soluble en agua a temperaturas superiores a los 65ºC, dependiendo del grado de
sustituciones hidroxietílicas de sus cadenas laterales.
¿QUÉ ES UN MARCADOR DE PESO MOLECULAR, CUALES SON SUS
TIPOS?
Son moléculas de ADN o de proteínas que permiten determinar por comparación
el tamaño de los fragmentos de ácidos nucleicos o proteínas contenidos en las
muestras sometidas a electroforesis.
Existen dos tipos de marcadores moleculares: los marcadores bioquímicos y
los marcadores de ADN.