La institución educativa José Antonio Aguilera implementa diversas tendencias pedagógicas como el aprendizaje basado en proyectos y el aprendizaje flexible. El aprendizaje basado en proyectos involucra a los estudiantes en proyectos transversales y de aula relacionados con temas como la democracia y el medio ambiente. El aprendizaje flexible le permite a los estudiantes mayor autonomía sobre cómo, cuándo y dónde aprender según sus necesidades individuales. La institución concluye que la intercalación de diferentes