El modelo pedagógico Amigoniano se centra en la formación integral de la persona a través de la educación del corazón. Sus metas incluyen la autonomía, la libertad y el respeto. Se basa en un desarrollo holístico, vivencial y contextualizado, con contenidos formativos e integrales. Utiliza métodos reflexivos, graduales y misericordiosos. La relación maestro-estudiante es cariñosa y familiar, y la evaluación es integral y formativa.