Este documento propone una extensión de la estructura BIDS (Brain Imaging Data Structure) llamada MIDS (Medical Imaging Data Structure) para organizar datos de imágenes médicas de manera estandarizada. MIDS mantiene la simplicidad de BIDS pero amplía la información requerida para no limitarse a imágenes cerebrales. La estructura propuesta incluye carpetas para imágenes anatómicas, de difusión, funcionales y no clasificadas, así como archivos para identificar participantes, sesiones e información de las imágenes.

1. Medical Imaging Data Structure
Una extensión del BIDS - Brain Imaging Data Structure
Maria de la Iglesia Vayá
d e l a i g l e s i a _ m a r @ g va . e s
Jose Manuel Saborit Torres
j o s a t o r 2 @ g m a i l . c o m
Jhon Jairo Saenz Gamboa
j s a e n z @ c i p f. c o m
1

2. Introducción: Ingesta de imágenes medicas
Arterias – HSJ de Alicante
Win 1 RA600
10.192.66.40
Win 2 RA600
10.192.66.45
Win 3 RA600
10.192.66.47
E: E: E:
Linux CTP – ANONIMIZADOR - CEIBANON
10.192.66.xx
Disco linux & visibilidad de las unidades E: vía samba
vpn.san.gva.es
BIMCV
GVA - CIPF
A
B
DESCOMPRESION, LIMPIEZA, ANONIMIZACIÓN
3

3. Introducción:
Ingesta de imágenes medicas
4

4. Introducción:
Ingesta de imágenes medicas
¿Que estructura deberíamos utilizar en Big Data? 5

5. XNAT
XNAT es una aplicación web de
código abierto que permite
tareas de gestión, productividad
y seguridad de las imágenes.
Tiene soporte como repositorio
de imágenes medicas y sus
respectivos datos médicos.
Ofrece una estructura estándar
para repositorios de imágenes
médicas.
6

6. Estructura de Datos Actual en XNAT
7
1. Id del proyecto
2. Id del sujeto
3. Id de la sesión
4. Id de la imagen
5. Tipo de imagen
6. Archivo con la imagen

7. Estructura BIDS
Estructura sencilla
Hay herramientas para
crear directorios con
formato BIDS a partir de
imágenes DICOM
PROBLEMA: Sólo se
especifica para imágenes
RM cerebral
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8. MIDS: una extensión de BIDS
9
Pretende no limitar su uso a un
tipo de imagen.
No pierde la esencia BIDS
Se especifica y amplia toda la
información requerida en
archivos localizados

9. MIDS:
Una extensión de BIDS
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1. Id del proyecto
2. Fichero participants.csv
3. Grupo de control
4. Id del Sujeto
5. Fichero participant.json
6. Id de sesión
7. Carpeta imágenes anatómicas
8. Información de la imagen
9. Imagen
10. Carpeta imágenes de difusión
11. Carpeta imágenes funcionales
12. Carpeta no clasificados

10. Medical Imaging Data Structure
Una extensión del BIDS - Brain Imaging Data Structure
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Gracias por vuestra atención