El mesencéfalo mide aproximadamente 2 cm de largo y conecta el puente con el prosencéfalo. Presenta la fosa interpeduncular en su cara anterior y los cuatro colículos en su superficie posterior. Internamente contiene los pedúnculos cerebrales, la sustancia negra, y el acueducto cerebral, el cual conecta los ventrículos tercero y cuarto.