MICROARREGLOS DE DNA
  UNA HERRAMIENTA
   PARA DETECCIÓN
    Y DIAGNÓSTICO
Que es un microarreglo??
Uso principal de los          Glucosa
Microarreglos de DNA


             2 hr + Glucosa             2 hr + Etanol




         RNA total                           RNA total
                   Cy3                                  Cy5

           cDNA                                 cDNA
Cy3




                                  Alexa555




                                   Cy5
Síntesis de cDNA

Incorporación
                                   Alexa647
indirecta de marca fluorescente
PREHIBRIDIZACIÓN




AISLAMIENTO
DE RNA TOTAL



 SÍNTESIS Y
 MARCADO        HIBRIDIZACIÓN
  DE cDNA




                  LAVADO


                  LECTURA
Cy3 + Cy5
http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html
GENE EXPRESSION PATTERNS OF
      BREAST CARCINOMAS
DISTINGUISH TUMOR SUBCLASSES
   WITH CLINICAL IMPLICATIONS




Therese Sørliea, et al.
PNAS September 11, 2001 vol. 98 no. 19 10869–10874
Arreglo para genes específicos
Ejemplo de hibridización de un chip
diagnóstico para clasificar pacientes
por su firma genética para una patología
MICROARREGLOS DE DNA
   PARA DETECCIÓN
    DE PATÓGENOS
Diseño de sondas
     DNA genómico E. coli
5´                                             3´



                                     sonda

     DNA genómico C. jeyuni
5´                                             3´



                                     sonda

     DNA genómico L. monocitogenes
5´                                             3´



                                     sonda


     DNA genómico Salmonella spp
5´                                             3´



                                     sonda
Obtención de DNA marcado
     DNA genómico E. coli
5´                                                 3´




     DNA genómico C. jeyuni
5´                                                 3´




     DNA genómico L. monocitogenes
5´                                                 3´




     DNA genómico Salmonella spp
5´                                                 3´




                                   Hibridización
Ejemplo de hibridización de chip diagnóstico para clasificar bacterias por su firma genética




 Formato de chip de 16 retículas
MICROARREGLOS DE DNA
   PARA DETECCIÓN
      DE OGMs
ORGANISMO                                                    TRANSGEN           ORGANISMO




                                                                                                      BAJA
 Exploración – tamizaje




                                                                                                             Especificidad del blanco
(determinar si el promotor o el terminador están presentes)


 Blanco específico del Gen



 Construcción específica

 (no importa la combinación de primers hay que asegurar que esta la construcción)



  Blanco específico

 (hay que asegurar que el evento esta inserto en la planta de acuerdo a los expedientes de los
 desarrolladores, las secuencias que ellos proporcionan)
                                                                                                      ALTA
ORGANISMO                      TRANSGEN          ORGANISMO




Organismo y/o Evento 01

Organismo y/o Evento 02

Organismo y/o Evento 03

Organismo y/o Evento 04

Organismo y/o Evento 05




                                                         2.5 mm
Organismo y/o Evento 06

Organismo y/o Evento 07

Organismo y/o Evento 08

Organismo y/o Evento 09

Organismo y/o Evento 10

                                   2.5 mm


                          PRUEBA            DUPLICADO
Maíz-Control                                     Maíz-MON863-5


                    O   P     A Tg Tr   O   P   A Tg Tr
Maíz, MON-00810-6                                         B. thuringensis s. kur-cry1AB

Maíz, MON-00603-6                                         Agrobacterium sp-CP4 cp4

Maíz, MON-00863-5                                         B. thuringensis s. kum-cry3Bb1

Maíz, MON-00863-5                                         E. coli-ntpII

Maíz, DAS-01507-1                                         B. thuringensis v. Aiz-cry1F

Maíz, DAS-01507-1                                         S. viridochromognes-pat

Soya, MON-04032-6                                         Agrobacterium sp-5eno3P

Soya, MON-04032-6                                         E. coli-ntpII

Soya, DP-356043-5                                         B. licheniformis-gat4601

Soya, DP-356043-5                                         Glycine max-gm-hra




                            PRUEBA          DUPLICADO
Hasta 1000 sondas por arreglo

16 muestras individuales

Idénticas condiciones de:
 Hibridización
 Lavado
 Lectura

Desventajas; se deben procesar
las 16 muestras al mismo tiempo
Prototipo visual para la distribución de sondas
en microarreglos para detección y diagnóstico
Formatos de chip múltiple, para la prueba simultanea de muestras




1000 sondas
16 muestras individuales




                               1000 sondas
                               96 muestras individuales
UNIDAD DE MICROARREGLOS DE DNA



                                   UNAM
          INSTITUTO DE FISIOLOGÍA CELULAR
          Ciudad Universitaria D.F. AP70242. CP04510
          Tel. 56225753 FAX 56225630
          e-mail jramirez@ifc.unam.mx
 http://microarrays.ifc.unam.mx/

Microarreglos de DNA

  • 1.
    MICROARREGLOS DE DNA UNA HERRAMIENTA PARA DETECCIÓN Y DIAGNÓSTICO
  • 2.
    Que es unmicroarreglo??
  • 3.
    Uso principal delos Glucosa Microarreglos de DNA 2 hr + Glucosa 2 hr + Etanol RNA total RNA total Cy3 Cy5 cDNA cDNA
  • 4.
    Cy3 Alexa555 Cy5 Síntesis de cDNA Incorporación Alexa647 indirecta de marca fluorescente
  • 5.
    PREHIBRIDIZACIÓN AISLAMIENTO DE RNA TOTAL SÍNTESIS Y MARCADO HIBRIDIZACIÓN DE cDNA LAVADO LECTURA
  • 6.
  • 7.
  • 8.
    GENE EXPRESSION PATTERNSOF BREAST CARCINOMAS DISTINGUISH TUMOR SUBCLASSES WITH CLINICAL IMPLICATIONS Therese Sørliea, et al. PNAS September 11, 2001 vol. 98 no. 19 10869–10874
  • 9.
    Arreglo para genesespecíficos
  • 10.
    Ejemplo de hibridizaciónde un chip diagnóstico para clasificar pacientes por su firma genética para una patología
  • 11.
    MICROARREGLOS DE DNA PARA DETECCIÓN DE PATÓGENOS
  • 12.
    Diseño de sondas DNA genómico E. coli 5´ 3´ sonda DNA genómico C. jeyuni 5´ 3´ sonda DNA genómico L. monocitogenes 5´ 3´ sonda DNA genómico Salmonella spp 5´ 3´ sonda
  • 13.
    Obtención de DNAmarcado DNA genómico E. coli 5´ 3´ DNA genómico C. jeyuni 5´ 3´ DNA genómico L. monocitogenes 5´ 3´ DNA genómico Salmonella spp 5´ 3´ Hibridización
  • 14.
    Ejemplo de hibridizaciónde chip diagnóstico para clasificar bacterias por su firma genética Formato de chip de 16 retículas
  • 15.
    MICROARREGLOS DE DNA PARA DETECCIÓN DE OGMs
  • 16.
    ORGANISMO TRANSGEN ORGANISMO BAJA Exploración – tamizaje Especificidad del blanco (determinar si el promotor o el terminador están presentes) Blanco específico del Gen Construcción específica (no importa la combinación de primers hay que asegurar que esta la construcción) Blanco específico (hay que asegurar que el evento esta inserto en la planta de acuerdo a los expedientes de los desarrolladores, las secuencias que ellos proporcionan) ALTA
  • 17.
    ORGANISMO TRANSGEN ORGANISMO Organismo y/o Evento 01 Organismo y/o Evento 02 Organismo y/o Evento 03 Organismo y/o Evento 04 Organismo y/o Evento 05 2.5 mm Organismo y/o Evento 06 Organismo y/o Evento 07 Organismo y/o Evento 08 Organismo y/o Evento 09 Organismo y/o Evento 10 2.5 mm PRUEBA DUPLICADO
  • 18.
    Maíz-Control Maíz-MON863-5 O P A Tg Tr O P A Tg Tr Maíz, MON-00810-6 B. thuringensis s. kur-cry1AB Maíz, MON-00603-6 Agrobacterium sp-CP4 cp4 Maíz, MON-00863-5 B. thuringensis s. kum-cry3Bb1 Maíz, MON-00863-5 E. coli-ntpII Maíz, DAS-01507-1 B. thuringensis v. Aiz-cry1F Maíz, DAS-01507-1 S. viridochromognes-pat Soya, MON-04032-6 Agrobacterium sp-5eno3P Soya, MON-04032-6 E. coli-ntpII Soya, DP-356043-5 B. licheniformis-gat4601 Soya, DP-356043-5 Glycine max-gm-hra PRUEBA DUPLICADO
  • 19.
    Hasta 1000 sondaspor arreglo 16 muestras individuales Idénticas condiciones de: Hibridización Lavado Lectura Desventajas; se deben procesar las 16 muestras al mismo tiempo
  • 20.
    Prototipo visual parala distribución de sondas en microarreglos para detección y diagnóstico
  • 21.
    Formatos de chipmúltiple, para la prueba simultanea de muestras 1000 sondas 16 muestras individuales 1000 sondas 96 muestras individuales
  • 22.
    UNIDAD DE MICROARREGLOSDE DNA UNAM INSTITUTO DE FISIOLOGÍA CELULAR Ciudad Universitaria D.F. AP70242. CP04510 Tel. 56225753 FAX 56225630 e-mail jramirez@ifc.unam.mx http://microarrays.ifc.unam.mx/