Los microorganismos de agua estancada incluyen protozoos, algas, hongos y bacterias unicelulares que no pueden verse a simple vista y deben observarse con microscopios. Son organismos esenciales para la vida debido a su diversidad y presencia global. Algunos de los microorganismos más estudiados son los protozoos como las amebas, así como varios tipos de algas, hongos y bacterias.