Los microorganismos como bacterias y hongos juegan un papel importante en la agricultura al degradar la materia orgánica y participar en ciclos de nutrientes en el suelo, lo que contribuye a la fertilidad del suelo. Muchos microorganismos viven cerca de las raíces de las plantas y ayudan a estimular el crecimiento de las plantas absorbiendo nutrientes y protegiéndolas de patógenos. Los científicos estudian estas comunidades microbianas en busca de microorganismos beneficiosos que puedan