Los microorganismos del suelo desempeñan funciones vitales como descomponer la materia orgánica y los residuos de plantas y animales para liberar nutrientes que pueden ser absorbidos por las plantas, fijar nitrógeno atmosférico y solubilizar fósforo y otros nutrientes minerales para hacerlos disponibles a las plantas. Incluyen bacterias, hongos, actinomicetos, algas y protozoos, que juegan un papel fundamental en los ciclos de nutrientes y la fertilidad del suelo.