En las anomalías cromosómicas numéricas se afecta el número de cromosomas. Las alteraciones cromosómicas numéricas más comunes incluyen la trisomía del cromosoma 21 (síndrome de Down), la trisomía del cromosoma 18, y la trisomía del cromosoma 13 (síndrome de Patau). También se ven afectados los cromosomas sexuales, dando lugar al síndrome de Klinefelter (XXY), síndrome de Turner (X0), y síndrome del doble Y