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GENÉTICA MOLECULAR DE EUCARIONTES
                    SÍNTESIS DEL DNA

♣ La capacidad de reproducirse es
fundamental para todas las especies


♣     Organismos-reproducción,  células-
división   celular,  material  genético-
duplicación). En DNA es un proceso de
duplicación


♣ Moléculas DNA = material genético
(contiene información para su propia
duplicación, pero carece de la capacidad
para ejecutar la actividad por sí misma)
5’   3’
               Duplicación del DNA
Watson y Crick (1953)
   ♠Formulan estructura del DNA. Modelo de doble
   hélice (naturaleza antiparalela)
   ♠Reglas de apareamiento de las bases (A-T, G-C)
   ♠ Las dos cadenas de DNA son complementarias →
   cada cadena puede servir como templado o plantilla
   para construir la otra cadena
   ♠Propuesta de duplicación (H-H mantienen unida la
   doble cadena, débiles, duplicación = separación de la
   doble cadena = zipper → semiconservadora
√


Cada célula hija recibe una       Una célula hija sólo contiene la
mitad de la estructura            doble cadena conservada en su
original                          totalidad y la otra cél. hija sólo
                                  contiene       DNA          recién
                                  sintetizado



                              Las células hijas contienen
                              dobles    cadenas    ambas
                              compuestas de fragmentos
                              DNA viejo y nuevo
Experimento de Meselson-Stahl:
Crecen E. coli en medio rico con 15N (Marca DNA con 15N, más denso)
Cambian bact. a medio normal con 14N por diferentes tiempos→ DNA
Someten DNA a ultracentrifugación en un gradiente de CsCl

     DNA 14 N ligero
  DNA 14 N 15 N híbrido
     DNA 15 N pesado




♦ La duplicación del DNA es de una manera semiconservadora. Cuando
las cadenas progenitoras se separan, cada una sirve como templado para
hacer una nueva cadena complementaria.
Duplicación de células bacterianas:
Bifurcación de la duplicación y duplicación
bidireccional
•   Naturaleza   circular   de   cromosomas
bacterianos
• Patrón de duplicación con estructura theta     ORIGEN

(θ): 3 DNA, uno es la porción no duplicada,
los otros dos moléculas hijas en proceso de
formación
•La    duplicación comienza en un sitio
específico = origen Corresponde a un sitio
donde se abre la doble cadena y se incorporan
nucleótidos a las cadenas nuevas (unión de
proteínas), alejándose del origen y en ambas
direcciones     (bidireccional).  Donde     se
encuentran, es el punto donde la duplicación
concluye.
• Bifurcaciones de duplicación: puntos donde
se unen el par de segmentos duplicados con los
no duplicados.
PROPIEDADES DE LAS DNA POLIMERASAS
♣ Enzimas que construyen nuevas cadenas de DNA
♣ Requiere DNA y cuatro trifosfatos de desoxirribonucleótido (dTTP,
dATP, dCTP y dGTP)
♣ Requiere una cadena plantilla de DNA y una cadena iniciadora (a la cual
pueda añadir nucléotidos)
♣Las DNA polimerasas sólo añaden nucleótidos al extremo 3’de la cadena
(cadena iniciadora)
♣Sólo es capaz de sintetizar DNA de 5’→ 3’
♣ Se desplazan a lo largo de una sola cadena de DNA leyendo cada
nucleótido de la plantilla e incorporando un nucleótido complementario
sobre el extremo de la cadena que se ensambla
♣ E de Kornberg (DNA pol I). DNA pol II y III (400: 40:10 copias/cél)
♣DNA pol III es principal en incorporar más nucleótidos en la duplicación
♣ *Cómo se inicia la DUPLICACIÓN de una nueva cadena?
Duplicación Semidiscontinua
       Crecimiento de la nueva cadena
  (polimerización) 5’→3’ (incorporación de
              nucleótidos en 3’)
♦Una cadena crece hacia la bifurcación de la
duplicación y la otra crece alejándose
♦Conforme la cadena se va abriendo, se
exponen nuevas regiones de DNA para
replicar
♦La única forma de replicar el DNA de la
nueva región (c. aleja) es reiniciando la
síntesis en la bifurcación, esto ocurre una y
otra vez (piezas cortas de DNA = fragmentos
de Okazaki, eventualmente se unen por DNA
ligasa)⇒      duplicación    del   DNA     es
semidiscontinua. Una cadena se replica
continuamente (cadena adelantada) en
dirección de la bifurcación y la otra
discontinuamente en dirección opuesta
(cadena retrasada)* Cómo i, no hay 3’?
RNA polimerasa (primasa) construye un primer (peq pieza de RNA que
proporciona el extremo libre necesario para que inicie la replicación del
DNA) = iniciador corto que se extiende por la acción de la DNA pol y que
permite iniciar la síntesis de los fragmentos de Okazaki
Se eliminan los iniciadores de RNA, se rellena con DNA y se sella




DNA girasa (topoisomerasa) “eslabón giratorio” desdobla ambas
cadenas de DNA liberando tensión durante la duplicación
Helicasa: desenrolla la doble cadena de DNA rompiendo los H-H (ATP). Varias.
Relacionada con primasa (primosoma)




Proteínas enlazadoras de cadena sencilla de DNA: sólo se unen a DNA de
cadena sencilla, lo mantienen extendido evitando que se enrrolle nuevamente
Estructura y función de las DNA
polimerasas (procariotas)


♠Polimerización de la cadena de DNA
DNA polimerasa III (replicasa):
    ♣≈ 9 subunidades dif: α subunidad
    catalítica, (β, ε, θ, τ, δ, δ’, χ, Ψ)
    ♣ Subunidad β (no catalítica):mantiene
    asocia a la E con el DNA,
    desplazamiento (pinzas deslizantes)
DNA polimerasa II: reparación
DNA polimerasa I:
    ♣ Reparación del DNA
    ♣ Elimina iniciadores de RNA (5’-
    Okazaki)
♠Actividad de exonucleasa: descompone ác. nucléicos
(eliminando nucléotidos teminales o en extremos). DNA/RNA.
Exonucleasas 5’→ 3’ y 3’→ 5’, DNA pol I.




                                   3’→ 5’
♠Control de la fidelidad de la duplicación
- Un error durante la duplicación produce una mutación (selección
de nt incorrecto 105-106 nt incorporados) *Cómo se mantiene baja
la tasa de mutaciones?
♦   Interacción de la maquinaria de duplicación con la
   actividad de Exonucleasa 3’→ 5’
   - En incorporación de nt erróneo
   - Se detiene pol III para dar t
   - Actúa Exo 3’→ 5’
   - Elimina 99 % errores (tasa 10-8)




Fragmentos Klenow: contienen regiones
de la polimerasa y exonucleasa
Diferencias en la duplicación de eucariotas y procariotas:
• Mecanismos similares
• Proteínas semejantes
• Cinco DNA polimerasas     eucariotas: α-relacionada con primasa, β-
reparación del DNA, δ-como ligasa, γ-duplica DNA mitocondrial y ε-
duplicación del DNA nuclear
• Alargamiento de DNA 5’→ 3’
• Ninguna síntesis i sin iniciador
• DNA pol’s tienen act. exonucleasa 3’→5’ ∴ alta fidelidad de la duplicación
• A dif. de procariortes (en un solo sitio), en eucariotas duplicación i
simultaneamente en muchos sitios del cromosoma *(Replicones = peq.
porciones replicadas).


                                       Locus del gen de b-globina



                                                β -Talasemia: Hb anormal
•Maquinaria de replicación localizada en sitios llamados loci

• Se activan en la fase S del ciclo celular. Se duplica una sola
vez durante cc ∴Mec. de restricción de la replicación



• Regulación de la replicación: estado de compactación (+
compactas = heterocromatina, últimas. Eucromatina
replicación temprana)



•Qué pasa después de la duplicación del DNA? DNA nuevo se
asocia rápidamente al nucleosoma (DNA-histonas)
REPARACIÓN DEL DNA
•  DNA, molécula muy susceptible al daño ambiental
(radiación ionizante lo rompe, comp. químicos alteran
su estructura, UV genera dímeros de timina) →
lesiones, si no se reparan generan mutación pasa de una
generación a otra (impiden transcripción, duplicación,
conducen inf. maligna, acelerar envejecimiento de un
organismo)


•   Consecuencias drásticas. Para evitar una alta
frecuencia de lesiones o mutaciones ∴ Sistemas de
reparación del DNA (procariotes y eucariotes). Tres
principales sistemas de reparación de DNA:
Reparación por escisión de nucleótidos (REN): Elimina una
   parte de la cadena de DNA (nucleótidos = varias bases) que contiene la
   lesión




♣Dos vías: “preferencial” (repara genes que se transcriben activamente), otra
(corrige el resto del genoma)
U


Reparación por escisión de bases
(REB): Elimina las bases alteradas
que provocan deformaciones menores
en la hélice del DNA
♠ DNA glucosilasa (uracilo DNA
glucosilasa= muy conservada) elimina la
base por desdoblamiento del enlace
glucosídico que la sostiene al azucar.
Varias, específicas para el tipo de base
♠ El fosfato de ribosa decapitado se
elimina por una endonucleasa
♠ Fosfodiesterasa amplía la abertura
♠ DNA pol III llena                        C


♠DNA ligasa sella


                                           C
Reparación de inserciones
erróneas: eliminan bases no
coincidentes        (distorsión
geométrica), insertadas por la
DNA       polimerasa,      que
escaparon a la acción de
endonucleasas




• Puesto que en muchos
eucariotes no hay metilación
del DNA se cree que existe
otro mecanismo
Deficiencias en la REN en el
humano:
- Xeroderma pigmentosa: enf. genética
recesiva, deficiente sistema de reparación
del DNA, incapaz de eliminar segmentos de
DNA      dañados     por    UV    (persona
hipersensible a la luz solar) ⇒ riesgo de
cáncer cutáneo
- Síndrome de Cockayne (SC): trastorno
hereditario, sensibilidad a luz, disfunción
neurológica (desmielinización de las
neuronas), anormalides del desarrollo.
Problema en la vía preferencial de
reparación del DNA de transcripción activa
- Escisión normal: no todas las lesiones se
corrigen probabilidad de cáncer cutáneo:
cél. basales y escamosas (comunes, en cél.
de la piel, no se propaga), melanoma
maligno (mortal, en cél. pigmentadas =
lunar, en aumento, más riesgo piel blanca)
RECOMBINACIÓN GENÉTICA:
♣ Los organismos frecuentemente tienen combinaciones de alelos (par de
genes del padre y madre que pueden ser iguales o no)
♣ Puede ocurrir por entrecruzamiento: Recombinación genética
(revolver genes): Reordenamiento al azar de los genes sobre los
cromosomas ∴ disrupción de uniones. Ocurre durante la meiosis como
resultado de la separación y reunión de segmentos de cromosomas
homólogos.
♣ Nuevas combinaciones pueden permitir adaptación
♣ Proceso importante en la reparación del DNA
Recombinación puede ser de tres tipos:
1.- Recombinación homóloga: más común, depende de grandes sec.
similares entre DNA participantes (homólogas), ocurre en meiosis.
2.- Recombinación sitio específica: depende de pequeñas sec. similares
entre los DNAs e involucra las mismas regiones
3.- Transposición: el mov. de elementos de DNA de un locus a otro
requiere sec. similares entre los DNAs (recombinación ilegítima)

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Genética molecular i

  • 1. GENÉTICA MOLECULAR DE EUCARIONTES SÍNTESIS DEL DNA ♣ La capacidad de reproducirse es fundamental para todas las especies ♣ Organismos-reproducción, células- división celular, material genético- duplicación). En DNA es un proceso de duplicación ♣ Moléculas DNA = material genético (contiene información para su propia duplicación, pero carece de la capacidad para ejecutar la actividad por sí misma)
  • 2. 5’ 3’ Duplicación del DNA Watson y Crick (1953) ♠Formulan estructura del DNA. Modelo de doble hélice (naturaleza antiparalela) ♠Reglas de apareamiento de las bases (A-T, G-C) ♠ Las dos cadenas de DNA son complementarias → cada cadena puede servir como templado o plantilla para construir la otra cadena ♠Propuesta de duplicación (H-H mantienen unida la doble cadena, débiles, duplicación = separación de la doble cadena = zipper → semiconservadora
  • 3. √ Cada célula hija recibe una Una célula hija sólo contiene la mitad de la estructura doble cadena conservada en su original totalidad y la otra cél. hija sólo contiene DNA recién sintetizado Las células hijas contienen dobles cadenas ambas compuestas de fragmentos DNA viejo y nuevo
  • 4. Experimento de Meselson-Stahl: Crecen E. coli en medio rico con 15N (Marca DNA con 15N, más denso) Cambian bact. a medio normal con 14N por diferentes tiempos→ DNA Someten DNA a ultracentrifugación en un gradiente de CsCl DNA 14 N ligero DNA 14 N 15 N híbrido DNA 15 N pesado ♦ La duplicación del DNA es de una manera semiconservadora. Cuando las cadenas progenitoras se separan, cada una sirve como templado para hacer una nueva cadena complementaria.
  • 5. Duplicación de células bacterianas: Bifurcación de la duplicación y duplicación bidireccional • Naturaleza circular de cromosomas bacterianos • Patrón de duplicación con estructura theta ORIGEN (θ): 3 DNA, uno es la porción no duplicada, los otros dos moléculas hijas en proceso de formación •La duplicación comienza en un sitio específico = origen Corresponde a un sitio donde se abre la doble cadena y se incorporan nucleótidos a las cadenas nuevas (unión de proteínas), alejándose del origen y en ambas direcciones (bidireccional). Donde se encuentran, es el punto donde la duplicación concluye. • Bifurcaciones de duplicación: puntos donde se unen el par de segmentos duplicados con los no duplicados.
  • 6. PROPIEDADES DE LAS DNA POLIMERASAS ♣ Enzimas que construyen nuevas cadenas de DNA ♣ Requiere DNA y cuatro trifosfatos de desoxirribonucleótido (dTTP, dATP, dCTP y dGTP) ♣ Requiere una cadena plantilla de DNA y una cadena iniciadora (a la cual pueda añadir nucléotidos) ♣Las DNA polimerasas sólo añaden nucleótidos al extremo 3’de la cadena (cadena iniciadora) ♣Sólo es capaz de sintetizar DNA de 5’→ 3’ ♣ Se desplazan a lo largo de una sola cadena de DNA leyendo cada nucleótido de la plantilla e incorporando un nucleótido complementario sobre el extremo de la cadena que se ensambla ♣ E de Kornberg (DNA pol I). DNA pol II y III (400: 40:10 copias/cél) ♣DNA pol III es principal en incorporar más nucleótidos en la duplicación ♣ *Cómo se inicia la DUPLICACIÓN de una nueva cadena?
  • 7. Duplicación Semidiscontinua Crecimiento de la nueva cadena (polimerización) 5’→3’ (incorporación de nucleótidos en 3’) ♦Una cadena crece hacia la bifurcación de la duplicación y la otra crece alejándose ♦Conforme la cadena se va abriendo, se exponen nuevas regiones de DNA para replicar ♦La única forma de replicar el DNA de la nueva región (c. aleja) es reiniciando la síntesis en la bifurcación, esto ocurre una y otra vez (piezas cortas de DNA = fragmentos de Okazaki, eventualmente se unen por DNA ligasa)⇒ duplicación del DNA es semidiscontinua. Una cadena se replica continuamente (cadena adelantada) en dirección de la bifurcación y la otra discontinuamente en dirección opuesta (cadena retrasada)* Cómo i, no hay 3’?
  • 8. RNA polimerasa (primasa) construye un primer (peq pieza de RNA que proporciona el extremo libre necesario para que inicie la replicación del DNA) = iniciador corto que se extiende por la acción de la DNA pol y que permite iniciar la síntesis de los fragmentos de Okazaki Se eliminan los iniciadores de RNA, se rellena con DNA y se sella DNA girasa (topoisomerasa) “eslabón giratorio” desdobla ambas cadenas de DNA liberando tensión durante la duplicación
  • 9. Helicasa: desenrolla la doble cadena de DNA rompiendo los H-H (ATP). Varias. Relacionada con primasa (primosoma) Proteínas enlazadoras de cadena sencilla de DNA: sólo se unen a DNA de cadena sencilla, lo mantienen extendido evitando que se enrrolle nuevamente
  • 10. Estructura y función de las DNA polimerasas (procariotas) ♠Polimerización de la cadena de DNA DNA polimerasa III (replicasa): ♣≈ 9 subunidades dif: α subunidad catalítica, (β, ε, θ, τ, δ, δ’, χ, Ψ) ♣ Subunidad β (no catalítica):mantiene asocia a la E con el DNA, desplazamiento (pinzas deslizantes) DNA polimerasa II: reparación DNA polimerasa I: ♣ Reparación del DNA ♣ Elimina iniciadores de RNA (5’- Okazaki)
  • 11. ♠Actividad de exonucleasa: descompone ác. nucléicos (eliminando nucléotidos teminales o en extremos). DNA/RNA. Exonucleasas 5’→ 3’ y 3’→ 5’, DNA pol I. 3’→ 5’ ♠Control de la fidelidad de la duplicación - Un error durante la duplicación produce una mutación (selección de nt incorrecto 105-106 nt incorporados) *Cómo se mantiene baja la tasa de mutaciones?
  • 12. Interacción de la maquinaria de duplicación con la actividad de Exonucleasa 3’→ 5’ - En incorporación de nt erróneo - Se detiene pol III para dar t - Actúa Exo 3’→ 5’ - Elimina 99 % errores (tasa 10-8) Fragmentos Klenow: contienen regiones de la polimerasa y exonucleasa
  • 13. Diferencias en la duplicación de eucariotas y procariotas: • Mecanismos similares • Proteínas semejantes • Cinco DNA polimerasas eucariotas: α-relacionada con primasa, β- reparación del DNA, δ-como ligasa, γ-duplica DNA mitocondrial y ε- duplicación del DNA nuclear • Alargamiento de DNA 5’→ 3’ • Ninguna síntesis i sin iniciador • DNA pol’s tienen act. exonucleasa 3’→5’ ∴ alta fidelidad de la duplicación • A dif. de procariortes (en un solo sitio), en eucariotas duplicación i simultaneamente en muchos sitios del cromosoma *(Replicones = peq. porciones replicadas). Locus del gen de b-globina β -Talasemia: Hb anormal
  • 14. •Maquinaria de replicación localizada en sitios llamados loci • Se activan en la fase S del ciclo celular. Se duplica una sola vez durante cc ∴Mec. de restricción de la replicación • Regulación de la replicación: estado de compactación (+ compactas = heterocromatina, últimas. Eucromatina replicación temprana) •Qué pasa después de la duplicación del DNA? DNA nuevo se asocia rápidamente al nucleosoma (DNA-histonas)
  • 15.
  • 16. REPARACIÓN DEL DNA • DNA, molécula muy susceptible al daño ambiental (radiación ionizante lo rompe, comp. químicos alteran su estructura, UV genera dímeros de timina) → lesiones, si no se reparan generan mutación pasa de una generación a otra (impiden transcripción, duplicación, conducen inf. maligna, acelerar envejecimiento de un organismo) • Consecuencias drásticas. Para evitar una alta frecuencia de lesiones o mutaciones ∴ Sistemas de reparación del DNA (procariotes y eucariotes). Tres principales sistemas de reparación de DNA:
  • 17. Reparación por escisión de nucleótidos (REN): Elimina una parte de la cadena de DNA (nucleótidos = varias bases) que contiene la lesión ♣Dos vías: “preferencial” (repara genes que se transcriben activamente), otra (corrige el resto del genoma)
  • 18. U Reparación por escisión de bases (REB): Elimina las bases alteradas que provocan deformaciones menores en la hélice del DNA ♠ DNA glucosilasa (uracilo DNA glucosilasa= muy conservada) elimina la base por desdoblamiento del enlace glucosídico que la sostiene al azucar. Varias, específicas para el tipo de base ♠ El fosfato de ribosa decapitado se elimina por una endonucleasa ♠ Fosfodiesterasa amplía la abertura ♠ DNA pol III llena C ♠DNA ligasa sella C
  • 19. Reparación de inserciones erróneas: eliminan bases no coincidentes (distorsión geométrica), insertadas por la DNA polimerasa, que escaparon a la acción de endonucleasas • Puesto que en muchos eucariotes no hay metilación del DNA se cree que existe otro mecanismo
  • 20. Deficiencias en la REN en el humano: - Xeroderma pigmentosa: enf. genética recesiva, deficiente sistema de reparación del DNA, incapaz de eliminar segmentos de DNA dañados por UV (persona hipersensible a la luz solar) ⇒ riesgo de cáncer cutáneo - Síndrome de Cockayne (SC): trastorno hereditario, sensibilidad a luz, disfunción neurológica (desmielinización de las neuronas), anormalides del desarrollo. Problema en la vía preferencial de reparación del DNA de transcripción activa - Escisión normal: no todas las lesiones se corrigen probabilidad de cáncer cutáneo: cél. basales y escamosas (comunes, en cél. de la piel, no se propaga), melanoma maligno (mortal, en cél. pigmentadas = lunar, en aumento, más riesgo piel blanca)
  • 21. RECOMBINACIÓN GENÉTICA: ♣ Los organismos frecuentemente tienen combinaciones de alelos (par de genes del padre y madre que pueden ser iguales o no) ♣ Puede ocurrir por entrecruzamiento: Recombinación genética (revolver genes): Reordenamiento al azar de los genes sobre los cromosomas ∴ disrupción de uniones. Ocurre durante la meiosis como resultado de la separación y reunión de segmentos de cromosomas homólogos. ♣ Nuevas combinaciones pueden permitir adaptación ♣ Proceso importante en la reparación del DNA Recombinación puede ser de tres tipos: 1.- Recombinación homóloga: más común, depende de grandes sec. similares entre DNA participantes (homólogas), ocurre en meiosis. 2.- Recombinación sitio específica: depende de pequeñas sec. similares entre los DNAs e involucra las mismas regiones 3.- Transposición: el mov. de elementos de DNA de un locus a otro requiere sec. similares entre los DNAs (recombinación ilegítima)