La planificación de Aprendo en Casa para secundaria es flexible y está diseñada para ajustarse a lo largo del año escolar en función de las necesidades de los estudiantes. Propone experiencias de aprendizaje sobre temas como ciudadanía, trabajo, salud ambiental y logros del Perú durante 9 semanas para cada ciclo, las cuales son implementadas por los docentes considerando el contexto de sus alumnos.