La deficiencia mental puede deberse a múltiples causas como factores genéticos como el síndrome de Down o el síndrome del X frágil, enfermedades metabólicas como la fenilcetonuria, infecciones durante el embarazo como la rubéola, consumo de alcohol o drogas durante el embarazo como el trastorno del espectro alcohólico fetal, y lesiones cerebrales después del nacimiento por falta de oxígeno, traumatismos o desnutrición.