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¿Qué es la Química Cuántica
y para que sirve?
Óscar Gálvez González
¿Qué vamos a ver hoy?
La historia de la química cuántica,
que es la historia de la mecánica cuántica,
que es la historia de lo muy pequeño,
que es la historia del átomo
Fundamentos experimentales y
“matemáticos” de la química cuántica
Algunas aplicaciones “hechas” aquí…
Definición
La Química Cuántica es una rama de la
Química, principalmente teórica, en la que a
través de modelos se describe el
comportamiento fundamental de la materia
a una escala atómica o molecular
Átomo“Molécula”Materia
Entender el comportamiento de la materia y sus propiedades
desde sus “primeros principios” (desde la raíz “ab initio”)
En 1867 Friedrich August Kekulé von Stradonitz dijo:
“ Espero que algún día podamos encontrar la explicación
físico-química para eso que llamamos átomos, y seamos
así capaz de explicar sus propiedades”
Un sueño científico
A. Kekulé
1829-1896
Imaginemos que por ejemplo…
Que sin necesidad de “experimentos” sepamos si el oxígeno y el hidrógeno
reaccionarían para formar algún tipo de molécula. Que podamos saber la geometría,
forma y diferentes propiedades de esa molécula. Que sepamos si esa molécula se
agrega con otras y da algún tipo de sustancia. Que sepamos si esa posible sustancia
es un gas, líquido o sólido y en que condiciones….
Una proteína que se encuentra en un agente extraño (una bacteria, un virus…). Que
podemos conocer su estructura y que función realiza. Que podamos probar y
encontrar una molécula que la inhabilite en el caso de que haga algo malo. Y que todo
eso lo podamos hacer sin experimentos, ni poner en riesgo vidas….
Tenemos un material y queremos mejorarlo, haciéndolo más duro, más
flexible, mejor conductor eléctrico, más resistente al calor… Pero sin
experimentos costosos , claro.
En 1929, Dirac dijo, “Las leyes físicas necesarias para
la utilización de modelos matemáticos que nos den
cuenta del todo en Química, están ya comprendidas,
ahora la dificultad es que la aplicación exacta de
esas leyes nos lleva a ecuaciones demasiado
complejas para poder resolverlas”
P.A.M. Dirac
(1902-1984)
1933 P. Nobel de Física
Y una pesadilla…
No nos desesperemos, las aproximaciones están para usarlas…
¿Estaba todo entendido?
Física Clásica
Gravitación ElectromagnetismoElectrostática Óptica
Y empezaron los problemas….
S-XIX
“Átomo”
Componente último e indivisible de la materia
Un poco de historia
Finales S-XIX y primeros del S-XX
La historia del átomo y del mundo cuántico
- Rayos Catódicos y modelo de J.J. Thomson
- Radiación del Cuerpo Negro
- Espectros atómicos
- Experimento y modelo de Rutherford
- Átomo de Bohr Primer Modelo que “funciona”
1rosProblemas a la F. Clásica
- Efecto Fotoeléctrico
Radiación del Cuerpo Negro
Longitud de onda l (nm)
Teoría clásica
r(l)
Catástrofe UV
Objeto Físico ideal que absorbe
toda la radiación que le llega y
la emite en función de su
temperatura: El color de los
objetos incandescentes
Algo no funciona…
𝐸 = ℎ𝜈 ℎ = 6,6260755.10−34
𝐽. 𝑠
  r dcteTd 2

  

r  d
e
h
cted
Tk
h
B
2
1

Clásico
cte Planck
Cuántico
Max Planck, 1900: La energía, como la materia, es discontínua
Radiación del Cuerpo Negro
Max Karl Ernst Ludwig Planck
1858-1947
2.434612∞
Frecuencia (Hz) x 1011
1918 P. Nobel de Físicas
Espectros Atómicos
Lámpara de He
Rendija
Prisma
Placa fotográfica
Espectros de Líneas
(sólo emiten luz a longitudes de onda específicas)
Espectro del Hidrógeno
Serie de Balmer (n1=2)
1
𝜆
= 𝑅 𝐻
1
𝑛1
2 −
1
𝑛2
2
RH=10.973.758,306 m
Parámetro puramente empírico
Modelos atómicos (I)
J.J. Thomson Átomo Divisible. Modelo del “Pudin de Pasas”
E. Rutherford
Valor encontrado m/q
- Núcleo 99,9 % masa (protones + neutrones)
- Núcleo 4.000 veces menos que el Átomo
- Electrones orbitando alrededor
m(e-)= 9,109382 ×10−31 kg, q(e-)= −1.602176×10-19 C
Problemas
- Toda la carga positiva (protones) concentrada. Rutherford
propuso la existencia del neutrón.
- Según la física clásica, una partícula cargada (los e-) girando
alrededor de los núcleos, radiaría y perdería energía,
cayendo al núcleo en ~ 10-10 s.
J.J. Thomson
1856-1940
1906 P. Nobel de Física
Ernest Rutherford
1871-1937
1908 P. Nobel de Química
Descubrimiento del electrón
Descubrimiento del núcleo
Modelo Planetario
Átomo de Bohr (I)
Las ideas cuánticas se abren paso
Hace uso del conocimiento existente: Modelo Rutherford, Planck y efecto fotoeléctrico de Einstein
Postulados
1. Los electrones describen órbitas circulares en torno al
núcleo del átomo sin radiar energía (orbitas estacionarias)
Fculombiana = Fcentrífuga
2. No todas las órbitas para electrón están permitidas, tan solo se
puede encontrar en órbitas cuyo radio cumpla que el momento
angular del electrón sea un múltiplo entero de ћ=h/2p o, como
veremos después, que la longitud de la circunferencia sea múltiplo de
la “longitud de onda” del electrón: ondas estacionarias)
𝐸 𝑛 = −
𝑐𝑡𝑒 𝑒
ћ2
1
𝒏2
3. El electrón sólo emite o absorbe energía en los saltos de una órbita permitida a otra. En dicho cambio
emite o absorbe un fotón cuya energía es la diferencia de energía entre ambos niveles: Efotón = h = Eni-Enf
1
𝜆
= ν = 𝑐𝑡𝑒𝐵𝑜ℎ𝑟
1
𝑛 𝑓
2 −
1
𝑛𝑖
2
Átomo de Bohr (II)
Niels Bohr
1885-1962
1922 P. Nobel de Física
Aplicación en el átomo de Hidrógeno: 1 protón + 1 electrón
𝐸0−𝐵𝑜ℎ𝑟 = −13.607 eV 𝐸0−𝑒𝑥𝑝𝑒𝑟𝑖𝑚𝑒𝑛𝑡𝑎𝑙 = −13.598 eV
1
𝜆
= ν = 𝑐𝑡𝑒𝐵𝑜ℎ𝑟
1
𝑛 𝑓
2 −
1
𝑛𝑖
2
Y la expresión para la diferencia de niveles para el H, coincidía
con la obtenida por los espectroscopistas
cteBohr= 1.09736882x107 m RH = 1.0973758306x107 m
• Se aplica con éxito a hidrogenoides (sólo 1 e-), por ejemplo: H, He+, Li2+, Be3+
• No funciona para átomos polielectrónicos. En espectros
realizados para otros átomos se observaba que electrones de un
mismo nivel energético tenían energías ligeramente diferentes.
• No da cuenta de los multipletes atómicos
descubiertos por Miguel A. Catalán.
Miguel A. Catalán
1894-1957
1
𝜆
= 𝑅 𝐻
1
𝑛1
2
−
1
𝑛2
2
Problemas
Let’s do quantum!!!
Aunque antes de empezar con el “meollo”…
Dualidad Onda-Partícula
• Una partícula ocupa un lugar en el espacio y tiene masa en reposo.
• Una onda se extiende en el espacio
caracterizándose por tener una velocidad
definida y masa nula.
Louis Victor De Broglie
(1892-1987)
1929 P. Nobel de Física
l=
ℎ
𝑚𝑣
Ecuación de De Broglie: Longitud de la Onda asociada a la Materia
“Toda la materia presenta
características tanto ondulatorias
como corpusculares comportándose de
uno u otro modo dependiendo del
experimento específico”
Fulereno, C60 = 1.195x10-24 kg. es el
mayor objeto en el que se ha observado
su onda asociada (1990)
Principio de Indeterminación
∆𝑥∆𝑝 𝑥 ≥
ћ
2
Werner Heisenberg
(1901-1976)
1932 P. Nobel de Física
El principio de incertidumbre establece la
imposibilidad de que determinados pares de
magnitudes físicas sean conocidas con precisión
arbitraria, por ejemplo: posición y velocidad
px= m∙vx
Una forma de verlo: la medida siempre acabará perturbando el
propio sistema de medición
En la realidad: El pequeño valor de ћ impide que la indeterminación
se observe macroscópicamente
La física deja de ser determinista: el futuro es
incierto
VOLVEMOS A LOS MODELOS ATÓMICOS
Ahora teniendo en cuenta estas nuevas ideas…
Modelo Ondulatorio del Átomo
Las partículas tienen un comportamiento como ondas con l=h/p
¿Cual es la ecuación de ondas?
Y si pensamos que el átomo los e- (que son
onda-partículas) se mueven en ondas
estacionarias, en un potencial esférico creado
por el núcleo ¿cuál sería su ecuación?…
𝑑2Ψ
𝑑𝑥2
= −
2𝜋
𝜆
2
Ψ
Ψ = 𝐴0 𝑐𝑜𝑠
2𝜋
𝜆
𝑥Y una función de onda, solución de esta ecuación es:
La ecuación de onda clásica es:
Por ejemplo para una onda estacionaria
clásica del tipo de cuerda vibrante:
Modelo Ondulatorio de la Materia: el Átomo
Ecuación de Schrödinger
Teniendo en cuenta la conservación de la energía y que l=h/p , llegamos a:
−
ћ2
2𝑚
𝑑2
Ψ
𝑑𝑥2
+ 𝑉Ψ = 𝐸Ψ
Erwin Schrödinger
(1887-1961)
1933 P. Nobel de Física
La ecuación de Schrödinger es la ecuación de las ondas materiales que
se asocian a las partículas
 es La función de ondas es una función de las coordenadas del sistema (por
ejemplo un electrón), no es necesariamente real y no se atribuye significado
especial. Toda la información sobre el sistema está contenida en ella.
V representa la energía potencial a la que está sometida la partícula en
cada punto del espacio (por ejemplo al Potencial de Coulomb, en el
caso de los átomos)
E es la Energía del sistema
𝐻 = −
ћ2
2𝑚
𝑑2
𝑑𝑥2
+ 𝑉(𝑥)Si definimos: como el Hamiltoniano del sistema (W.R. Hamilton, 1805-1865), tenemos:
Solución para el átomo H (I)
𝐻Ψ = 𝐸Ψ
𝐻 = −𝑇 + 𝑉
𝑉 Operador energía potencial electrostático de Coulomb (Z=1)
Realizando un cambio a coordenadas esféricas se puede llegar a la.. SOLUCIÓN EXACTA
Ψ 𝑟, 𝜃, 𝜙 = 𝑅 𝑛𝑙 𝑟 𝑌𝑙
𝑚 𝑙
𝜃, 𝜙
𝑌𝑙
𝑚 𝑙
𝜃, 𝜙 =
1
2𝜋
𝑁𝑙𝑚 𝑃𝑙
𝑚
𝑐𝑜𝑠𝜃 𝒆𝒊𝒎𝝓
𝑅 𝑛𝑙 𝑟 = −
2𝑍
𝑛𝑎0
3
𝑛 − 𝑙 − 1 !
2𝑛 𝑛 + 𝑙 ! 3
𝑒−𝜌 2
𝜌 𝑙
𝐿 𝑛+1
2𝑙+1
𝜌
𝑃𝑙
𝑚
Polinomio Asociado de Legendre
1
2𝜋
𝑁𝑙𝑚 Constante de Normalización
Armónicos Esféricos
Exacta, pero muy complicada
𝑇 Operador energía cinética (movimiento)
Solución para el átomo H (II)
La solución depende de 3 números enteros: n, l y ml
ˆ ( , , ) ( ) ( , )lm
nl lH E r R r Y       
Números Cuánticos
La solución exacta de la ecuación de Schrödinger para el átomo de hidrógeno
son los orbitales atómicos, asi llamados en recuerdo de las órbitas de Bohr
n=1,2,3…
l=1,2,3…n-1
ml=±1,±2,±3…,±l
Misma expresión que Bohr
Éxito de la teoría, reproduce el átomo de H…, y mucho más…
𝐸 𝑛 = −
𝑐𝑡𝑒 𝑒
ћ2
1
𝒏2
Interpretación de Copenhague
Max Born
(1882-1970)
1954 P. Nobel de Física
 es La función de ondas de las coordenadas del sistema (todos los electrones). Tiene
toda la información del sistema, y si la conocemos podemos predecir todas las
propiedades (energía, geometría, reactividad, etc….)
Interpretación de Copenhague, hecha por: Bohr, Born, Heisenberg y otros durante una
conferencia realizada en Como, Italia.
Abuelo de Olivia Newton-John
2
| (x)| dx =1



||2 nos da la probabilidad de
encontrar al electrón, que es 1 o el
100% cuando se integra todo el
espacio
La solución de la ecuación no establece cómo se mueven las partículas,
sino la probabilidad de encontrarlas en un cierto intervalo, u otras
probabilidades de otras propiedades (p, L, etc…)
pero ¿qué significa?
Orbitales atómicos
n=1
l=1
ml=-1,0,1
n=1,2,3..
l=0
ml=0
Según los números cuánticos (n, l y ml) tienen diferentes formas: probabilidad de encontrar al
electrón. Pasamos de las orbitas circulares a una nube difusa con diferente forma
Un orbital atómico es una zona del espacio donde existe una alta probabilidad
(superior al 90%) de encontrar al electrón
l y ml hacen referencia al Momento angular total y a su componente Z: La forma del “orbital”
n: nos da el nivel de Energía del electrón
OTRA IDEA CUÁNTICA
Y para poder avanzar…
En la expresión mecano-cuántica no-relativista
la energía sigue dependiendo sólo de n aunque
Ψ depende de n,l y ml. No se
justifican los famosos dobletes del hidrógeno.
No todo estaba resuelto, incluso el átomo de H sigue sin estar bien entendido
El casi-incomprendido H
𝐸 𝑛 = −
𝑐𝑡𝑒 𝑒
ћ2
1
𝒏2
El Espin electrónico
Nuevo número cuántico introducido empíricamente por Uhlenbeck y Goudsmit
1925 y después aparece en la ecuación de Dirac: Spin del electrón.
Se confirma con el experimento de Stern-Gerlach
El espín o momento angular intrínseco se refiere a una propiedad física de
las partículas subatómicas, por la cual toda partícula elemental tiene un
momento angular intrínseco de valor fijo. Se trata de una propiedad
intrínseca de la partícula como lo es la masa o la carga eléctrica.
G. Uhlenbeck
(1900-1988)
S.A. Goudsmit
(1902-1978)
P.A.M. Dirac
(1902-1984)
1933 P. Nobel de Física
S=1/2, ms=±1/2
4 Números cuánticos: n, l, ml , ms
Visión clásica: no-real
Spinorbitales
( , , , ) ( ) ( , ) ( )
,
l
l s s
s
m
nlm m nl l m
m
r R r Y       
  


ml y ms se pueden acoplar y dan
lugar a dos niveles para el H
¡¡Se justifica los famosos dobletes del Hidrógeno!!
Nuestra función de onda ahora es…
Ahora hay 4 Números cuánticos: n, l, ml , ms
¿Y ahora que?
Todos este largo viaje nos ha llevado a entender perfectamente el átomo de H
Pero…, ¿valdrá esta teoría para el resto de átomos?
¿para las moléculas?
¿para los líquidos o los sólidos?
Así que… empecemos por el He
Al fin y al cabo la vida, es algo más que átomos de hidrógeno ….
Átomos Polielectrónicos (I)
La ecuación de Schrödinger funciona para el Hidrógeno, pero
todos los demás átomos tienen varios electrones…
En el Hamiltoniano (H), que contiene el potencial V del sistema
hay que tener en cuenta la repulsión electrónica
Y si eso lo tenemos en cuenta… Ya no se conoce la solución exacta a la ecuación
Estrategia: aproximación de orbitales hidrogenoides con alguna variedad
Núcleo
Electrones
se repelen
Electrones internos
irjr
ijr
H
Ù
= H1
Ù
+ H2
Ù
+ H12
Ù
Y proponemos una 12 en las que 1 y 2 serían
OA como los del hidrógeno pero con distinta Z
aunque la teoría no lo imposibilita…
H = E
Ahora el Hamiltoniano es:
Átomos Polielectrónicos (II)
La repulsión interelectrónica, H12, puede ser tenida en cuenta
cualitativamente si se considera que su efecto es el de amortiguar
(apantallar) la atracción nuclear (cada electrón siente una carga
efectiva, Zefec). Se evalúan los valores de Zefec
Los electrones mas “internos” apantallan más
eficazmente a los mas externos
Para átomos poliectrónicos
la energía ya no solo depende de n y ms
también de l y ml (están contenidos en Zefec)
𝐸 𝑛,𝑙,𝑚 𝑙,𝑚 𝑠
= −
1
2
𝐸ℎ
𝑍𝑖
efec
𝑛
2
𝑖
Configuración electrónica
F.H. Hund
(1896-1997)
• Podemos estimar la  de todos los
átomos
• Podemos conocer como se
distribuyen los e-
• Podemos predecir sus propiedades
(gases nobles, metales, iónicos..)
con gran exactitud
W. E. Pauli
(1900-1958)
1945 P. Nobel de Física
Éxito de la Teoría
la vida es algo más que átomos ….
Let’s do Chemistry!!!
Y una vez que sabemos describir perfectamente los
átomos, podemos pensar que:
Muy pocas sustancias están, en condiciones estándar,
en estado atómico (gases nobles).., así que:
Moléculas
• Las moléculas se pueden considerar como una colección
de N núcleos y n electrones sometidos a las leyes de la MC.
• Las escalas temporales del movimiento de los dos tipos
de partículas son muy diferentes debido a las
diferencias de masas (los núcleos tienen masas
típicamente 1000 mayores que los electrones).
• Ambos tipos de partículas (núcleos y electrones) están en
movimientos y el tratamiento es extraordinariamente
complejo.
• En primera aproximación se puede considerar que el
movimiento de los e- se produce sobre una estructura de
núcleos con posiciones fijas. Esta idea se recoge en la
aproximación de Born-Oppenheimer
J. R. Oppenheimer
(1904-1967)
Aproximación de Born-Oppenheimer
ˆ ˆ ˆ ˆ ˆ ˆ( ) ( ) ( ) ( ) ( )N NN e ee eNH T V T V V    R R r r r,R
( , ) ( , ) ( )i i i
el  r R r R R
Simplificamos el problema.
La  de prueba son los Orbitales Moleculares se forman
como combinación lineal de orbitales atómicos, aunque
no todos contribuyen en igual medida…
Recordar: Los orbitales exteriores (y sus e-, los
llamados de “valencia”) nos dan la “Química”
Planteamos la Ec. De Schrödinger para la molécula H  E
Núcleos Como en el caso atómico
Fija
Orbitales Moleculares: caso H2
+
e-
Es razonable suponer que una combinación lineal de los orbitales de ambos
hidrógenos puede ser usada como función de prueba
   1 1A s B sN c A c B      
1g s  
*
1u s  
Enlazante
Antienlazante
Solución Aproximada
Se llena antes el de menor
energía (el Enlazante)
Nos predice el Enlace Químico
Slater y el método Hartree-Fock
1. Generamos la  global de prueba como producto antisimetrizado de las funciones
de onda (spin-orbitales) de cada electrón y átomo: determinante de Slater
2. Con esta prueba se calcula la interacción de cada electrón en el campo promedio (Zeff)
generado por todos los demás.
3. En cada cálculo de estos, se mejora la χ(xi) de cada electrón, que se usa como nueva
prueba total.
4. La nueva prueba total nos da un nuevo campo promedio (Zeff) a usar para cada e-.
5. Esto lo hacemos iterativamente hasta la convergencia de la energía, es decir, hasta que
tenemos la más baja. Teorema variacional: E(prueba)>E()
Se trata de un método general de aplicación para cualquier molécula
D. R. Hartree
(1897-1958)
V. Fock
(1898-1974)
J. C. Slater
(1900-1975)
La vida real del Químico Cuántico (I)
Cuantas más y mejor se ajusten a los “orbitales”, pues mejor
para la precisión del cálculo, aunque más costoso será
Buscar un compromiso: calidad-precio
Para representar los orbitales hidrogenoides podemos usar
diferentes aproximaciones. Vemos una:
Funciones Gaussianas más fácil de
calcular e integrar
Funciones Orbitales Hidrogenoides (parte radial)
Muchas son una buena aproximación, y
más rápida de calcular
La vida real del Químico Cuántico (II)
Debemos recordar que todos los métodos son aproximados, pero son ab initio
Métodos post-Hartree-Fock
La aprox es cada vez más compleja
Además H puede tener más y más términos para tener en cuenta otras correcciones
Los cálculos son cada vez más costosos
El método Hartree-Fock no es perfecto: No trata bien la disociación,
no trata bien la correlación electrónica. Los electrones no “sienten”
un campo homogéneo (Zeff), interactúan con otros e-
… pero a veces funcionan
Problemas
Generalización de los métodos de Cálculo
Muchos programas comerciales y gratuitos (algunos)
Hay que entender que hacen
J. A. Pople
(1925-2004)
1998 P. Nobel de Química
W. Kohn
(1923-)
La vida real del Químico Cuántico (III)
¿Será buena nuestra aproximación?
¿Funciona ?
La pregunta es….
(Dirac ya dijo en 1929,
que no sería fácil)
¿Qué podemos calcular hoy?
- Átomos o moléculas pequeñas (10 átomos)
Métodos post Hartree-Fock y H correguidos
- Moléculas medianas (10-100 átomos)
Métodos Hartree-Fock ó DFT
- Moléculas grandes y sólidos (100-1000 átomos)
Métodos DFT (OA o Ondas Planas, Pseudos)
- Moléculas muy grandes y líquidos (>1000 átomos)
Dinámica y Mecánica molecular: mecánica
clásica + campos de fuerza
Método Car-Parinello: quasi-cuántico
Precisión
CosteComputacional
P. Nobel Química 2013: M. Karplus, M. Levitt y A. Warshel
Casi todo, pero con diferentes aproximaciones
Aplicaciones
En 1867 Friedrich August Kekulé von Stradonitz dijo:
“ Espero que algún día podamos encontrar la explicación
físico-química para eso que llamamos átomos, y seamos
así capaz de explicar sus propiedades”
A. Kekule
1829-1896
El viejo sueño…
La química cuántica tiene aplicaciones en muchísimos campos:
Farmacología, bioquímica, botánica, tecnología de los alimentos,
ciencias de los materiales, química atmosférica, astroquímica, etc.
Se trata de una herramienta que se
puede usar en muchos campos
Actividad anti-HIV (I)
Inhibidores No Nucleósidos de la Transcriptasa Reversa (INNTR)
Inhiben el sitio activo de esta enzima que es la clave para la replicación del virus del HIV
TIBO HEPT
Ambos compuestos son altamente específicos y potentes inhibidores de la HIV-1
Transcriptasa Reversa y no de otras.
La evolución de estos compuestos dio lugar a fármacos actuales.
Su actividad depende de su compatibilidad con un sitio específico “hidrofóbico” de la
proteína. Este carácter hidrofóbico está relacionado con el valor del potencial
electrostático en la superficie…., y eso es algo que podemos calcular.
 
 

 '
'
( r
rr
r
rR
r d
`-
Z
)V
A A
A r
      ',...,,,...,,* 2121  rdrrrrrrNr NN

r
Potencial Electrostático Densidad electrónica
University of New Orleans, 2000
Actividad anti-HIV (II)
University of New Orleans, 2000
Predicción de actividad en
nuevos sustituyentes
Variabilidad del V + ó -
Separación de carga interna
Yodo en la Biosfera (I)
El papel del Cl y del Br en procesos atmosféricos (destrucción del ozono
en la estratosfera, en particular) se conoce bien. Menos se sabe del Yodo,
a pesar de su importancia atmosférica. Medidas recientes (2007-2008)
muestran grandes cantidades de óxidos de yodo en el litoral antártico que
son responsables de procesos de destrucción del ozono troposférico.
CSIC-UPM, 2010-2011
El Yodo en la atmósfera tiene un origen natural. Fitoplancton y algas son los
emisores. Cogen el I- (sal yodada) del mar y lo transforman en I2 y CHxI
liberándolo a la atmósfera
No se conoce el mecanismo. No se sabe cómo lo hacen…
¿Y eso interesa? → “Entendimiento, modelado y predicción”
I- + H2O2/O3/ROS → I2/I3
-/HOI + …
Necesita catálisis enzimática: VIPO (VanadiumIodoPerOxidase)
No se conoce su estructura (sí la secuencia), no se conoce el
proceso enzimático, pero… lo podemos intentar predecir
Yodo en la Biosfera (II)
Estructura de VIPO modelada a partir del gen de
Laminaria usando como molde la geometría
experimental de rayos X de VBrPO del alga parda
Ascophyllum nodosum
624 aminoácidos, 8240 átomos (con H)
Vanadato unido a His555
CSIC-UPM, 2010-2011
Mecánica Molecular: semi-clásico
Cálculo cuántico
Yodo en la Biosfera (III)
CSIC-UPM, 2010-2011
Potencial electrostático de Poisson-Boltzmann, basado en cálculos semi-cuánticos
OJO: I tiene 53 e-
Predicción del mecanismo ab initio Geometrías ab initio
Yodo en la Biosfera (IV)
CSIC-UPM, 2010-2011
Paso previo a la liberación de HOI
Tiempos de cálculo. GAUSSIAN09. Base aug-cc-pVTZ
Molécula Nº átomos Nº func.base Opt MP2 Freq MP2 Energía CCSD(T)
CH4 5 138 3 min 28 min 16 min
(e)-CH2ICOOH 8 298 3 h 4 h 18 h
p-IPhOH 13 482 20 h 8 d + 4 h 11 d + 11 h
HOI I2 I3

Una vez liberado
Yodo en la Atmósfera (I)
Química del yodo en la atmósfera marina y polar
CSIC-UPM-UK(Leeds), 2011-2012
I + O3→ Partículas No sabe ni cómo ni cuánto
¿Y eso interesa? → “Entendimiento, modelado y predicción”
Yodo en la Atmósfera (II)
Objetivo: Conocer el mecanismo de cómo se producen estas partículas y
poder cuantificarlo…. podremos emplear esto en modelos atmosféricos
CSIC-UPM-UK(Leeds), 2011-2012
Determinación de estructuras de las especies implicadas
Yodo en la Atmósfera (III)
CSIC-UPM-UK(Leeds), 2011-2012
Cálculo de las reacciones químicas
1. El I2O4 es la sustancia clave
para la nucleación
2. Se puede hidratar pero
formará partículas
Yodo en la Atmósfera (IV)
CSIC-UPM-UK(Leeds), 2011-2012
Posible Mecanismo Simplificado
I + O3 → IO + O2
IO + IO → I2O2 → OIO + O
OIO + OIO → I2O4
I2O4 + I2O4 → I4O8
I4O8 + H2O + IxOy → → → Partícula Justificación de experimentos de
laboratorio
RH 90%
Atomium
Bruselas

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  • 1. ¿Qué es la Química Cuántica y para que sirve? Óscar Gálvez González
  • 2. ¿Qué vamos a ver hoy? La historia de la química cuántica, que es la historia de la mecánica cuántica, que es la historia de lo muy pequeño, que es la historia del átomo Fundamentos experimentales y “matemáticos” de la química cuántica Algunas aplicaciones “hechas” aquí…
  • 3. Definición La Química Cuántica es una rama de la Química, principalmente teórica, en la que a través de modelos se describe el comportamiento fundamental de la materia a una escala atómica o molecular Átomo“Molécula”Materia Entender el comportamiento de la materia y sus propiedades desde sus “primeros principios” (desde la raíz “ab initio”)
  • 4. En 1867 Friedrich August Kekulé von Stradonitz dijo: “ Espero que algún día podamos encontrar la explicación físico-química para eso que llamamos átomos, y seamos así capaz de explicar sus propiedades” Un sueño científico A. Kekulé 1829-1896 Imaginemos que por ejemplo… Que sin necesidad de “experimentos” sepamos si el oxígeno y el hidrógeno reaccionarían para formar algún tipo de molécula. Que podamos saber la geometría, forma y diferentes propiedades de esa molécula. Que sepamos si esa molécula se agrega con otras y da algún tipo de sustancia. Que sepamos si esa posible sustancia es un gas, líquido o sólido y en que condiciones…. Una proteína que se encuentra en un agente extraño (una bacteria, un virus…). Que podemos conocer su estructura y que función realiza. Que podamos probar y encontrar una molécula que la inhabilite en el caso de que haga algo malo. Y que todo eso lo podamos hacer sin experimentos, ni poner en riesgo vidas…. Tenemos un material y queremos mejorarlo, haciéndolo más duro, más flexible, mejor conductor eléctrico, más resistente al calor… Pero sin experimentos costosos , claro.
  • 5. En 1929, Dirac dijo, “Las leyes físicas necesarias para la utilización de modelos matemáticos que nos den cuenta del todo en Química, están ya comprendidas, ahora la dificultad es que la aplicación exacta de esas leyes nos lleva a ecuaciones demasiado complejas para poder resolverlas” P.A.M. Dirac (1902-1984) 1933 P. Nobel de Física Y una pesadilla… No nos desesperemos, las aproximaciones están para usarlas…
  • 6. ¿Estaba todo entendido? Física Clásica Gravitación ElectromagnetismoElectrostática Óptica Y empezaron los problemas…. S-XIX “Átomo” Componente último e indivisible de la materia
  • 7. Un poco de historia Finales S-XIX y primeros del S-XX La historia del átomo y del mundo cuántico - Rayos Catódicos y modelo de J.J. Thomson - Radiación del Cuerpo Negro - Espectros atómicos - Experimento y modelo de Rutherford - Átomo de Bohr Primer Modelo que “funciona” 1rosProblemas a la F. Clásica - Efecto Fotoeléctrico
  • 8. Radiación del Cuerpo Negro Longitud de onda l (nm) Teoría clásica r(l) Catástrofe UV Objeto Físico ideal que absorbe toda la radiación que le llega y la emite en función de su temperatura: El color de los objetos incandescentes Algo no funciona…
  • 9. 𝐸 = ℎ𝜈 ℎ = 6,6260755.10−34 𝐽. 𝑠   r dcteTd 2      r  d e h cted Tk h B 2 1  Clásico cte Planck Cuántico Max Planck, 1900: La energía, como la materia, es discontínua Radiación del Cuerpo Negro Max Karl Ernst Ludwig Planck 1858-1947 2.434612∞ Frecuencia (Hz) x 1011 1918 P. Nobel de Físicas
  • 10. Espectros Atómicos Lámpara de He Rendija Prisma Placa fotográfica Espectros de Líneas (sólo emiten luz a longitudes de onda específicas)
  • 11. Espectro del Hidrógeno Serie de Balmer (n1=2) 1 𝜆 = 𝑅 𝐻 1 𝑛1 2 − 1 𝑛2 2 RH=10.973.758,306 m Parámetro puramente empírico
  • 12. Modelos atómicos (I) J.J. Thomson Átomo Divisible. Modelo del “Pudin de Pasas” E. Rutherford Valor encontrado m/q - Núcleo 99,9 % masa (protones + neutrones) - Núcleo 4.000 veces menos que el Átomo - Electrones orbitando alrededor m(e-)= 9,109382 ×10−31 kg, q(e-)= −1.602176×10-19 C Problemas - Toda la carga positiva (protones) concentrada. Rutherford propuso la existencia del neutrón. - Según la física clásica, una partícula cargada (los e-) girando alrededor de los núcleos, radiaría y perdería energía, cayendo al núcleo en ~ 10-10 s. J.J. Thomson 1856-1940 1906 P. Nobel de Física Ernest Rutherford 1871-1937 1908 P. Nobel de Química Descubrimiento del electrón Descubrimiento del núcleo Modelo Planetario
  • 13. Átomo de Bohr (I) Las ideas cuánticas se abren paso Hace uso del conocimiento existente: Modelo Rutherford, Planck y efecto fotoeléctrico de Einstein Postulados 1. Los electrones describen órbitas circulares en torno al núcleo del átomo sin radiar energía (orbitas estacionarias) Fculombiana = Fcentrífuga 2. No todas las órbitas para electrón están permitidas, tan solo se puede encontrar en órbitas cuyo radio cumpla que el momento angular del electrón sea un múltiplo entero de ћ=h/2p o, como veremos después, que la longitud de la circunferencia sea múltiplo de la “longitud de onda” del electrón: ondas estacionarias) 𝐸 𝑛 = − 𝑐𝑡𝑒 𝑒 ћ2 1 𝒏2 3. El electrón sólo emite o absorbe energía en los saltos de una órbita permitida a otra. En dicho cambio emite o absorbe un fotón cuya energía es la diferencia de energía entre ambos niveles: Efotón = h = Eni-Enf 1 𝜆 = ν = 𝑐𝑡𝑒𝐵𝑜ℎ𝑟 1 𝑛 𝑓 2 − 1 𝑛𝑖 2
  • 14. Átomo de Bohr (II) Niels Bohr 1885-1962 1922 P. Nobel de Física Aplicación en el átomo de Hidrógeno: 1 protón + 1 electrón 𝐸0−𝐵𝑜ℎ𝑟 = −13.607 eV 𝐸0−𝑒𝑥𝑝𝑒𝑟𝑖𝑚𝑒𝑛𝑡𝑎𝑙 = −13.598 eV 1 𝜆 = ν = 𝑐𝑡𝑒𝐵𝑜ℎ𝑟 1 𝑛 𝑓 2 − 1 𝑛𝑖 2 Y la expresión para la diferencia de niveles para el H, coincidía con la obtenida por los espectroscopistas cteBohr= 1.09736882x107 m RH = 1.0973758306x107 m • Se aplica con éxito a hidrogenoides (sólo 1 e-), por ejemplo: H, He+, Li2+, Be3+ • No funciona para átomos polielectrónicos. En espectros realizados para otros átomos se observaba que electrones de un mismo nivel energético tenían energías ligeramente diferentes. • No da cuenta de los multipletes atómicos descubiertos por Miguel A. Catalán. Miguel A. Catalán 1894-1957 1 𝜆 = 𝑅 𝐻 1 𝑛1 2 − 1 𝑛2 2 Problemas
  • 15. Let’s do quantum!!! Aunque antes de empezar con el “meollo”…
  • 16. Dualidad Onda-Partícula • Una partícula ocupa un lugar en el espacio y tiene masa en reposo. • Una onda se extiende en el espacio caracterizándose por tener una velocidad definida y masa nula. Louis Victor De Broglie (1892-1987) 1929 P. Nobel de Física l= ℎ 𝑚𝑣 Ecuación de De Broglie: Longitud de la Onda asociada a la Materia “Toda la materia presenta características tanto ondulatorias como corpusculares comportándose de uno u otro modo dependiendo del experimento específico” Fulereno, C60 = 1.195x10-24 kg. es el mayor objeto en el que se ha observado su onda asociada (1990)
  • 17. Principio de Indeterminación ∆𝑥∆𝑝 𝑥 ≥ ћ 2 Werner Heisenberg (1901-1976) 1932 P. Nobel de Física El principio de incertidumbre establece la imposibilidad de que determinados pares de magnitudes físicas sean conocidas con precisión arbitraria, por ejemplo: posición y velocidad px= m∙vx Una forma de verlo: la medida siempre acabará perturbando el propio sistema de medición En la realidad: El pequeño valor de ћ impide que la indeterminación se observe macroscópicamente La física deja de ser determinista: el futuro es incierto
  • 18. VOLVEMOS A LOS MODELOS ATÓMICOS Ahora teniendo en cuenta estas nuevas ideas…
  • 19. Modelo Ondulatorio del Átomo Las partículas tienen un comportamiento como ondas con l=h/p ¿Cual es la ecuación de ondas? Y si pensamos que el átomo los e- (que son onda-partículas) se mueven en ondas estacionarias, en un potencial esférico creado por el núcleo ¿cuál sería su ecuación?… 𝑑2Ψ 𝑑𝑥2 = − 2𝜋 𝜆 2 Ψ Ψ = 𝐴0 𝑐𝑜𝑠 2𝜋 𝜆 𝑥Y una función de onda, solución de esta ecuación es: La ecuación de onda clásica es: Por ejemplo para una onda estacionaria clásica del tipo de cuerda vibrante: Modelo Ondulatorio de la Materia: el Átomo
  • 20. Ecuación de Schrödinger Teniendo en cuenta la conservación de la energía y que l=h/p , llegamos a: − ћ2 2𝑚 𝑑2 Ψ 𝑑𝑥2 + 𝑉Ψ = 𝐸Ψ Erwin Schrödinger (1887-1961) 1933 P. Nobel de Física La ecuación de Schrödinger es la ecuación de las ondas materiales que se asocian a las partículas  es La función de ondas es una función de las coordenadas del sistema (por ejemplo un electrón), no es necesariamente real y no se atribuye significado especial. Toda la información sobre el sistema está contenida en ella. V representa la energía potencial a la que está sometida la partícula en cada punto del espacio (por ejemplo al Potencial de Coulomb, en el caso de los átomos) E es la Energía del sistema 𝐻 = − ћ2 2𝑚 𝑑2 𝑑𝑥2 + 𝑉(𝑥)Si definimos: como el Hamiltoniano del sistema (W.R. Hamilton, 1805-1865), tenemos:
  • 21. Solución para el átomo H (I) 𝐻Ψ = 𝐸Ψ 𝐻 = −𝑇 + 𝑉 𝑉 Operador energía potencial electrostático de Coulomb (Z=1) Realizando un cambio a coordenadas esféricas se puede llegar a la.. SOLUCIÓN EXACTA Ψ 𝑟, 𝜃, 𝜙 = 𝑅 𝑛𝑙 𝑟 𝑌𝑙 𝑚 𝑙 𝜃, 𝜙 𝑌𝑙 𝑚 𝑙 𝜃, 𝜙 = 1 2𝜋 𝑁𝑙𝑚 𝑃𝑙 𝑚 𝑐𝑜𝑠𝜃 𝒆𝒊𝒎𝝓 𝑅 𝑛𝑙 𝑟 = − 2𝑍 𝑛𝑎0 3 𝑛 − 𝑙 − 1 ! 2𝑛 𝑛 + 𝑙 ! 3 𝑒−𝜌 2 𝜌 𝑙 𝐿 𝑛+1 2𝑙+1 𝜌 𝑃𝑙 𝑚 Polinomio Asociado de Legendre 1 2𝜋 𝑁𝑙𝑚 Constante de Normalización Armónicos Esféricos Exacta, pero muy complicada 𝑇 Operador energía cinética (movimiento)
  • 22. Solución para el átomo H (II) La solución depende de 3 números enteros: n, l y ml ˆ ( , , ) ( ) ( , )lm nl lH E r R r Y        Números Cuánticos La solución exacta de la ecuación de Schrödinger para el átomo de hidrógeno son los orbitales atómicos, asi llamados en recuerdo de las órbitas de Bohr n=1,2,3… l=1,2,3…n-1 ml=±1,±2,±3…,±l Misma expresión que Bohr Éxito de la teoría, reproduce el átomo de H…, y mucho más… 𝐸 𝑛 = − 𝑐𝑡𝑒 𝑒 ћ2 1 𝒏2
  • 23. Interpretación de Copenhague Max Born (1882-1970) 1954 P. Nobel de Física  es La función de ondas de las coordenadas del sistema (todos los electrones). Tiene toda la información del sistema, y si la conocemos podemos predecir todas las propiedades (energía, geometría, reactividad, etc….) Interpretación de Copenhague, hecha por: Bohr, Born, Heisenberg y otros durante una conferencia realizada en Como, Italia. Abuelo de Olivia Newton-John 2 | (x)| dx =1    ||2 nos da la probabilidad de encontrar al electrón, que es 1 o el 100% cuando se integra todo el espacio La solución de la ecuación no establece cómo se mueven las partículas, sino la probabilidad de encontrarlas en un cierto intervalo, u otras probabilidades de otras propiedades (p, L, etc…) pero ¿qué significa?
  • 24. Orbitales atómicos n=1 l=1 ml=-1,0,1 n=1,2,3.. l=0 ml=0 Según los números cuánticos (n, l y ml) tienen diferentes formas: probabilidad de encontrar al electrón. Pasamos de las orbitas circulares a una nube difusa con diferente forma Un orbital atómico es una zona del espacio donde existe una alta probabilidad (superior al 90%) de encontrar al electrón l y ml hacen referencia al Momento angular total y a su componente Z: La forma del “orbital” n: nos da el nivel de Energía del electrón
  • 25. OTRA IDEA CUÁNTICA Y para poder avanzar… En la expresión mecano-cuántica no-relativista la energía sigue dependiendo sólo de n aunque Ψ depende de n,l y ml. No se justifican los famosos dobletes del hidrógeno. No todo estaba resuelto, incluso el átomo de H sigue sin estar bien entendido El casi-incomprendido H 𝐸 𝑛 = − 𝑐𝑡𝑒 𝑒 ћ2 1 𝒏2
  • 26. El Espin electrónico Nuevo número cuántico introducido empíricamente por Uhlenbeck y Goudsmit 1925 y después aparece en la ecuación de Dirac: Spin del electrón. Se confirma con el experimento de Stern-Gerlach El espín o momento angular intrínseco se refiere a una propiedad física de las partículas subatómicas, por la cual toda partícula elemental tiene un momento angular intrínseco de valor fijo. Se trata de una propiedad intrínseca de la partícula como lo es la masa o la carga eléctrica. G. Uhlenbeck (1900-1988) S.A. Goudsmit (1902-1978) P.A.M. Dirac (1902-1984) 1933 P. Nobel de Física S=1/2, ms=±1/2 4 Números cuánticos: n, l, ml , ms Visión clásica: no-real
  • 27. Spinorbitales ( , , , ) ( ) ( , ) ( ) , l l s s s m nlm m nl l m m r R r Y             ml y ms se pueden acoplar y dan lugar a dos niveles para el H ¡¡Se justifica los famosos dobletes del Hidrógeno!! Nuestra función de onda ahora es… Ahora hay 4 Números cuánticos: n, l, ml , ms
  • 28. ¿Y ahora que? Todos este largo viaje nos ha llevado a entender perfectamente el átomo de H Pero…, ¿valdrá esta teoría para el resto de átomos? ¿para las moléculas? ¿para los líquidos o los sólidos? Así que… empecemos por el He Al fin y al cabo la vida, es algo más que átomos de hidrógeno ….
  • 29. Átomos Polielectrónicos (I) La ecuación de Schrödinger funciona para el Hidrógeno, pero todos los demás átomos tienen varios electrones… En el Hamiltoniano (H), que contiene el potencial V del sistema hay que tener en cuenta la repulsión electrónica Y si eso lo tenemos en cuenta… Ya no se conoce la solución exacta a la ecuación Estrategia: aproximación de orbitales hidrogenoides con alguna variedad Núcleo Electrones se repelen Electrones internos irjr ijr H Ù = H1 Ù + H2 Ù + H12 Ù Y proponemos una 12 en las que 1 y 2 serían OA como los del hidrógeno pero con distinta Z aunque la teoría no lo imposibilita… H = E Ahora el Hamiltoniano es:
  • 30. Átomos Polielectrónicos (II) La repulsión interelectrónica, H12, puede ser tenida en cuenta cualitativamente si se considera que su efecto es el de amortiguar (apantallar) la atracción nuclear (cada electrón siente una carga efectiva, Zefec). Se evalúan los valores de Zefec Los electrones mas “internos” apantallan más eficazmente a los mas externos Para átomos poliectrónicos la energía ya no solo depende de n y ms también de l y ml (están contenidos en Zefec) 𝐸 𝑛,𝑙,𝑚 𝑙,𝑚 𝑠 = − 1 2 𝐸ℎ 𝑍𝑖 efec 𝑛 2 𝑖
  • 31. Configuración electrónica F.H. Hund (1896-1997) • Podemos estimar la  de todos los átomos • Podemos conocer como se distribuyen los e- • Podemos predecir sus propiedades (gases nobles, metales, iónicos..) con gran exactitud W. E. Pauli (1900-1958) 1945 P. Nobel de Física Éxito de la Teoría
  • 32. la vida es algo más que átomos …. Let’s do Chemistry!!! Y una vez que sabemos describir perfectamente los átomos, podemos pensar que: Muy pocas sustancias están, en condiciones estándar, en estado atómico (gases nobles).., así que:
  • 33. Moléculas • Las moléculas se pueden considerar como una colección de N núcleos y n electrones sometidos a las leyes de la MC. • Las escalas temporales del movimiento de los dos tipos de partículas son muy diferentes debido a las diferencias de masas (los núcleos tienen masas típicamente 1000 mayores que los electrones). • Ambos tipos de partículas (núcleos y electrones) están en movimientos y el tratamiento es extraordinariamente complejo. • En primera aproximación se puede considerar que el movimiento de los e- se produce sobre una estructura de núcleos con posiciones fijas. Esta idea se recoge en la aproximación de Born-Oppenheimer J. R. Oppenheimer (1904-1967)
  • 34. Aproximación de Born-Oppenheimer ˆ ˆ ˆ ˆ ˆ ˆ( ) ( ) ( ) ( ) ( )N NN e ee eNH T V T V V    R R r r r,R ( , ) ( , ) ( )i i i el  r R r R R Simplificamos el problema. La  de prueba son los Orbitales Moleculares se forman como combinación lineal de orbitales atómicos, aunque no todos contribuyen en igual medida… Recordar: Los orbitales exteriores (y sus e-, los llamados de “valencia”) nos dan la “Química” Planteamos la Ec. De Schrödinger para la molécula H  E Núcleos Como en el caso atómico Fija
  • 35. Orbitales Moleculares: caso H2 + e- Es razonable suponer que una combinación lineal de los orbitales de ambos hidrógenos puede ser usada como función de prueba    1 1A s B sN c A c B       1g s   * 1u s   Enlazante Antienlazante Solución Aproximada Se llena antes el de menor energía (el Enlazante) Nos predice el Enlace Químico
  • 36. Slater y el método Hartree-Fock 1. Generamos la  global de prueba como producto antisimetrizado de las funciones de onda (spin-orbitales) de cada electrón y átomo: determinante de Slater 2. Con esta prueba se calcula la interacción de cada electrón en el campo promedio (Zeff) generado por todos los demás. 3. En cada cálculo de estos, se mejora la χ(xi) de cada electrón, que se usa como nueva prueba total. 4. La nueva prueba total nos da un nuevo campo promedio (Zeff) a usar para cada e-. 5. Esto lo hacemos iterativamente hasta la convergencia de la energía, es decir, hasta que tenemos la más baja. Teorema variacional: E(prueba)>E() Se trata de un método general de aplicación para cualquier molécula D. R. Hartree (1897-1958) V. Fock (1898-1974) J. C. Slater (1900-1975)
  • 37. La vida real del Químico Cuántico (I) Cuantas más y mejor se ajusten a los “orbitales”, pues mejor para la precisión del cálculo, aunque más costoso será Buscar un compromiso: calidad-precio Para representar los orbitales hidrogenoides podemos usar diferentes aproximaciones. Vemos una: Funciones Gaussianas más fácil de calcular e integrar Funciones Orbitales Hidrogenoides (parte radial) Muchas son una buena aproximación, y más rápida de calcular
  • 38. La vida real del Químico Cuántico (II) Debemos recordar que todos los métodos son aproximados, pero son ab initio Métodos post-Hartree-Fock La aprox es cada vez más compleja Además H puede tener más y más términos para tener en cuenta otras correcciones Los cálculos son cada vez más costosos El método Hartree-Fock no es perfecto: No trata bien la disociación, no trata bien la correlación electrónica. Los electrones no “sienten” un campo homogéneo (Zeff), interactúan con otros e- … pero a veces funcionan Problemas
  • 39. Generalización de los métodos de Cálculo Muchos programas comerciales y gratuitos (algunos) Hay que entender que hacen J. A. Pople (1925-2004) 1998 P. Nobel de Química W. Kohn (1923-)
  • 40. La vida real del Químico Cuántico (III) ¿Será buena nuestra aproximación? ¿Funciona ? La pregunta es…. (Dirac ya dijo en 1929, que no sería fácil)
  • 41. ¿Qué podemos calcular hoy? - Átomos o moléculas pequeñas (10 átomos) Métodos post Hartree-Fock y H correguidos - Moléculas medianas (10-100 átomos) Métodos Hartree-Fock ó DFT - Moléculas grandes y sólidos (100-1000 átomos) Métodos DFT (OA o Ondas Planas, Pseudos) - Moléculas muy grandes y líquidos (>1000 átomos) Dinámica y Mecánica molecular: mecánica clásica + campos de fuerza Método Car-Parinello: quasi-cuántico Precisión CosteComputacional P. Nobel Química 2013: M. Karplus, M. Levitt y A. Warshel Casi todo, pero con diferentes aproximaciones
  • 42. Aplicaciones En 1867 Friedrich August Kekulé von Stradonitz dijo: “ Espero que algún día podamos encontrar la explicación físico-química para eso que llamamos átomos, y seamos así capaz de explicar sus propiedades” A. Kekule 1829-1896 El viejo sueño… La química cuántica tiene aplicaciones en muchísimos campos: Farmacología, bioquímica, botánica, tecnología de los alimentos, ciencias de los materiales, química atmosférica, astroquímica, etc. Se trata de una herramienta que se puede usar en muchos campos
  • 43. Actividad anti-HIV (I) Inhibidores No Nucleósidos de la Transcriptasa Reversa (INNTR) Inhiben el sitio activo de esta enzima que es la clave para la replicación del virus del HIV TIBO HEPT Ambos compuestos son altamente específicos y potentes inhibidores de la HIV-1 Transcriptasa Reversa y no de otras. La evolución de estos compuestos dio lugar a fármacos actuales. Su actividad depende de su compatibilidad con un sitio específico “hidrofóbico” de la proteína. Este carácter hidrofóbico está relacionado con el valor del potencial electrostático en la superficie…., y eso es algo que podemos calcular.       ' ' ( r rr r rR r d `- Z )V A A A r       ',...,,,...,,* 2121  rdrrrrrrNr NN  r Potencial Electrostático Densidad electrónica University of New Orleans, 2000
  • 44. Actividad anti-HIV (II) University of New Orleans, 2000 Predicción de actividad en nuevos sustituyentes Variabilidad del V + ó - Separación de carga interna
  • 45. Yodo en la Biosfera (I) El papel del Cl y del Br en procesos atmosféricos (destrucción del ozono en la estratosfera, en particular) se conoce bien. Menos se sabe del Yodo, a pesar de su importancia atmosférica. Medidas recientes (2007-2008) muestran grandes cantidades de óxidos de yodo en el litoral antártico que son responsables de procesos de destrucción del ozono troposférico. CSIC-UPM, 2010-2011 El Yodo en la atmósfera tiene un origen natural. Fitoplancton y algas son los emisores. Cogen el I- (sal yodada) del mar y lo transforman en I2 y CHxI liberándolo a la atmósfera No se conoce el mecanismo. No se sabe cómo lo hacen… ¿Y eso interesa? → “Entendimiento, modelado y predicción” I- + H2O2/O3/ROS → I2/I3 -/HOI + … Necesita catálisis enzimática: VIPO (VanadiumIodoPerOxidase) No se conoce su estructura (sí la secuencia), no se conoce el proceso enzimático, pero… lo podemos intentar predecir
  • 46. Yodo en la Biosfera (II) Estructura de VIPO modelada a partir del gen de Laminaria usando como molde la geometría experimental de rayos X de VBrPO del alga parda Ascophyllum nodosum 624 aminoácidos, 8240 átomos (con H) Vanadato unido a His555 CSIC-UPM, 2010-2011 Mecánica Molecular: semi-clásico Cálculo cuántico
  • 47. Yodo en la Biosfera (III) CSIC-UPM, 2010-2011 Potencial electrostático de Poisson-Boltzmann, basado en cálculos semi-cuánticos OJO: I tiene 53 e- Predicción del mecanismo ab initio Geometrías ab initio
  • 48. Yodo en la Biosfera (IV) CSIC-UPM, 2010-2011 Paso previo a la liberación de HOI Tiempos de cálculo. GAUSSIAN09. Base aug-cc-pVTZ Molécula Nº átomos Nº func.base Opt MP2 Freq MP2 Energía CCSD(T) CH4 5 138 3 min 28 min 16 min (e)-CH2ICOOH 8 298 3 h 4 h 18 h p-IPhOH 13 482 20 h 8 d + 4 h 11 d + 11 h HOI I2 I3  Una vez liberado
  • 49. Yodo en la Atmósfera (I) Química del yodo en la atmósfera marina y polar CSIC-UPM-UK(Leeds), 2011-2012 I + O3→ Partículas No sabe ni cómo ni cuánto ¿Y eso interesa? → “Entendimiento, modelado y predicción”
  • 50. Yodo en la Atmósfera (II) Objetivo: Conocer el mecanismo de cómo se producen estas partículas y poder cuantificarlo…. podremos emplear esto en modelos atmosféricos CSIC-UPM-UK(Leeds), 2011-2012 Determinación de estructuras de las especies implicadas
  • 51. Yodo en la Atmósfera (III) CSIC-UPM-UK(Leeds), 2011-2012 Cálculo de las reacciones químicas 1. El I2O4 es la sustancia clave para la nucleación 2. Se puede hidratar pero formará partículas
  • 52. Yodo en la Atmósfera (IV) CSIC-UPM-UK(Leeds), 2011-2012 Posible Mecanismo Simplificado I + O3 → IO + O2 IO + IO → I2O2 → OIO + O OIO + OIO → I2O4 I2O4 + I2O4 → I4O8 I4O8 + H2O + IxOy → → → Partícula Justificación de experimentos de laboratorio RH 90%