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Cinética Enzimática




        DRA. VALESKA ORMAZABAL V.
         DEPTO. CIENCIAS BÁSICAS
          FACULTAD DE MEDICINA
         CURSO MEDICINA MED.207
                   2012
COOPERATIVIDAD
Una proteína une más de una molécula de un mismo ligando




                  L            L            L            L
         L
  P               P             P           P   L    L   P   L

             K1        K2       L    K3     L       K4   L

  K1 < K2< K3< K4 Cooperatividad positiva
  K1> K2> K3> K4 Cooperatividad negativa

  K1 = K2 = K3 = K4 No cooperatividad
Cooperatividad Positiva
La cooperatividad (positiva) consiste en que la fijación de una
    molécula de substrato favorece la fijación del siguiente, y así
    hasta ocuparse toda la molécula




s               +      s s                +    s s                +   s s
               1                      2
                                               s              3
                                                                      s s
          En términos de Km veríamos que Km1 > Km2 > Km3


    Por lo que cooperatividad negativa, es cuando la fijación de
    una molécula de substrato dificulta la fijación del siguiente.
El comportamiento cooperativo implica:



        1. Que hay más de un sitio de fijación de substrato
           por molécula de enzima (estr.cuaternaria)

        2. Que hay interacciones entre los sitios de fijación
Cooperatividad Negativa
vo


                          Vmax Snh
                    vo = -----------------
                          Snh0,5 + Snh




              S




1/vo




                               1/S
        1/S   1/S
Tratamiento de Hill
Aplicada a las enzimas con cinética sigmoidal


            v
                         Saturación de la
    Y = ------------
                         enzima                                [Po2]nh
          Vmax                                         Y = ---------------
                                                             K` + [Po2]nh




       Snh                                S0,5 Concentración substrato la saturación
                                                es igual ½ Vmax
Y = -------------
                                   nh igual a 1 es una saturación hiperbólica michaeliana
     Snh + Snh  0,5                S0,5 = Km
                                                            S               v                S
                                                    Y = ----------- =   ------------   = -----------
                                                         S0,5 + S          Vmax            Km + S


nh>1 Cooperatividad positiva
nh<1    Cooperatividad negativa
2.2.1-Linearización de la ecuación de Hill


                  S nh
 Y           S 0nh S nh
                 ,5          S nh
1 Y                  S nh    S 0nh
                                 ,5            Reacción enzimática la
           1                                   fracción de saturación
                S 0nh S nh
                    ,5

       Y
log            nh log S nh log S 0,5
      1 Y                                                   v
 Y            vo                                     Y
                                                          V max
1 Y        V max vo

       vo
log                   nh log S nh log S 0,5
    V max vo

                 Representando la ecuación lineal
La ecuación de una recta pendiente es el índice de Hill



       vo               Log[S0,5]
log
    V max vo
                                                pendiente = nHill

                 0
                                        Obtención valor experimental del índice de Hill nos
                                        permite deducir la existencia de cooperatividad.


                                        nH indica cuántas de las zonas de unión de sustrato
                                        de una enzima afectan a la afinidad de la unión del
                                        sustrato en el resto de las zonas de unión.



                                                             log [S]
 S0,5 Concentración substrato para la cual la saturación es igual a ½ de la velocidad
 máxima
vo     nh<1

                                      Vmax Snh
                                vo = -----------------
                nh=1   nh>1           Snh0,5 + Snh




                          S

       nh>1              nh=1             nh<1


1/vo




                                           1/S
        1/S               1/S
Significado Biológico de la
                     Cooperatividad

Enzimas con cooperatividad positiva, un cambio en la concentración de
sustrato de 9 veces hace que la enzima pase de una saturación del 10% al
90%.


Enzimas con cinética hiperbólica, índice de Hill 1 se necesita aumentar 81
veces la concentración de sustrato para alcanzar el 90% de saturación

Enzimas con cooperatividad negativa, para que la enzima pase de una
saturación del 10% al 90% se necesita aumentar 6561 veces la
concentración de sustrato.
Regulación Alostérica de la función enzimática



•La velocidad de una reacción enzimática depende de la
formación del complejo [ES].


       ¿ Es posible regular la actividad enzimática,
       modificando la interacción enzima-sustrato?
Enzimas Alostéricas
   •Evidencia Experimental:


      Threonine

          -
     dehydratase
          L-Thr ---------> 2-Oxo-butyric acid ---> ---> --->... ---> ---> L-Ile




- Sólo la primera enzima de la vía, la “treonina-dehidratasa”, muestra este tipo de
                                     inhibición.
- Monod, Changeux and Jacob (1963). J. Mol. Biol. 6, 306

a) El ligando implicado en la regulación de la actividad enzimática (molécula reguladora o
efector), generalmente, es estructuralmente diferente del sustrato o el producto de la reacción
que cataliza la enzima retroinhibida.

b) La mayor parte de las enzimas
cuya actividad se controla/regula
por este tipo de regulación, no
muestran cinéticas hiperbólicas
clásicas cuando se representa v
 [S], sino que muestran una
cinética de tipo sigmoidal.


c) Es relativamente fácil distinguir entre la unión del efector a la enzima y la unión del sustrato.
Varios tratamientos químicos y físicos nos permiten “desensibizar” la enzima, es decir, hacerle
perder su respuesta ante las moléculas reguladoras o efectores sin que ello lleve parejo la perdida
de la actividad catalítica. Así en el caso de la ACTasa un tratamiento térmico, suave, da lugar a una
enzima activa no inhibible por CTP. La enzima “desensibizada” muestra una cinética hiperbólica
semejante a la que presentan las enzimas michaelianas.

d) Generalmente las enzimas que se regulan por este mecanismo son “oligómeros”, es decir,
proteínas formadas por varias subunidades iguales o distintas, unidas entre si por fuerzas débiles.
- Monod, Changeux and Jacob (1963). J. Mol. Biol. 6, 306



        1. la molécula reguladora o efector se une a un sitio de la enzima
        diferente del centro activo, de manera que la interacción entre la
        molécula reguladora y el sustrato tiene lugar de manera indirecta o
        “alostérica”, (del griego otra estructura).



          * La unión de la molécula reguladora al “sitio de
        regulación” induce un cambio conformacional
       reversible en la enzima que causa una alteración de
         la estructura del centro activo y los consiguientes
               cambios en sus propiedades cinéticas.
Aspartato transcarbanilsa
Regulación Alostérica de la función enzimática
Inhibidores y activadores
                          alostéricos


 1.0
           Y
                   (+ Activador)
 0.8
V+

 0.6
                   (sin efectores)
V0

 0.4
                         (+ Inhibidor)

 0.2
V-
                                                    s
 0.0
       0       2     4         6         8     10   12
Los efectores alostéricos operan sobre el grado de
cooperatividad del sistema:



- Los inhibidores alostéricos aumentan el grado de
  cooperatividad

- Los activadores alostéricos disminuyen el grado de
  cooperatividad; a concentraciones elevadas de activador,
  la cinética pasa a ser michaeliana, y deja de ser sigmoide.
Modelos que permiten explicar el fenómeno de
                   Cooperatibidad


•Modelo concertado de Monod, Wyman y Changeaux


•Modelo Secuencial de Koshland, Nemethy y Filmer
T= estado Inactivo
R= Estado activo
Modelo Concertado
Estado Inactivo= T
Estado Activo=R
Modelo Secuencial
                    Permite
                    explicar tanto
                    la
                    cooperatividad
                    positiva como
                    negativa
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  • 1. Cinética Enzimática DRA. VALESKA ORMAZABAL V. DEPTO. CIENCIAS BÁSICAS FACULTAD DE MEDICINA CURSO MEDICINA MED.207 2012
  • 2. COOPERATIVIDAD Una proteína une más de una molécula de un mismo ligando L L L L L P P P P L L P L K1 K2 L K3 L K4 L K1 < K2< K3< K4 Cooperatividad positiva K1> K2> K3> K4 Cooperatividad negativa K1 = K2 = K3 = K4 No cooperatividad
  • 4. La cooperatividad (positiva) consiste en que la fijación de una molécula de substrato favorece la fijación del siguiente, y así hasta ocuparse toda la molécula s + s s + s s + s s 1 2 s 3 s s En términos de Km veríamos que Km1 > Km2 > Km3 Por lo que cooperatividad negativa, es cuando la fijación de una molécula de substrato dificulta la fijación del siguiente.
  • 5. El comportamiento cooperativo implica: 1. Que hay más de un sitio de fijación de substrato por molécula de enzima (estr.cuaternaria) 2. Que hay interacciones entre los sitios de fijación
  • 7. vo Vmax Snh vo = ----------------- Snh0,5 + Snh S 1/vo 1/S 1/S 1/S
  • 8. Tratamiento de Hill Aplicada a las enzimas con cinética sigmoidal v Saturación de la Y = ------------ enzima [Po2]nh Vmax Y = --------------- K` + [Po2]nh Snh S0,5 Concentración substrato la saturación es igual ½ Vmax Y = ------------- nh igual a 1 es una saturación hiperbólica michaeliana Snh + Snh 0,5 S0,5 = Km S v S Y = ----------- = ------------ = ----------- S0,5 + S Vmax Km + S nh>1 Cooperatividad positiva nh<1 Cooperatividad negativa
  • 9. 2.2.1-Linearización de la ecuación de Hill S nh Y S 0nh S nh ,5 S nh 1 Y S nh S 0nh ,5 Reacción enzimática la 1 fracción de saturación S 0nh S nh ,5 Y log nh log S nh log S 0,5 1 Y v Y vo Y V max 1 Y V max vo vo log nh log S nh log S 0,5 V max vo Representando la ecuación lineal
  • 10. La ecuación de una recta pendiente es el índice de Hill vo Log[S0,5] log V max vo pendiente = nHill 0 Obtención valor experimental del índice de Hill nos permite deducir la existencia de cooperatividad. nH indica cuántas de las zonas de unión de sustrato de una enzima afectan a la afinidad de la unión del sustrato en el resto de las zonas de unión. log [S] S0,5 Concentración substrato para la cual la saturación es igual a ½ de la velocidad máxima
  • 11. vo nh<1 Vmax Snh vo = ----------------- nh=1 nh>1 Snh0,5 + Snh S nh>1 nh=1 nh<1 1/vo 1/S 1/S 1/S
  • 12. Significado Biológico de la Cooperatividad Enzimas con cooperatividad positiva, un cambio en la concentración de sustrato de 9 veces hace que la enzima pase de una saturación del 10% al 90%. Enzimas con cinética hiperbólica, índice de Hill 1 se necesita aumentar 81 veces la concentración de sustrato para alcanzar el 90% de saturación Enzimas con cooperatividad negativa, para que la enzima pase de una saturación del 10% al 90% se necesita aumentar 6561 veces la concentración de sustrato.
  • 13. Regulación Alostérica de la función enzimática •La velocidad de una reacción enzimática depende de la formación del complejo [ES]. ¿ Es posible regular la actividad enzimática, modificando la interacción enzima-sustrato?
  • 14. Enzimas Alostéricas •Evidencia Experimental: Threonine - dehydratase L-Thr ---------> 2-Oxo-butyric acid ---> ---> --->... ---> ---> L-Ile - Sólo la primera enzima de la vía, la “treonina-dehidratasa”, muestra este tipo de inhibición.
  • 15.
  • 16. - Monod, Changeux and Jacob (1963). J. Mol. Biol. 6, 306 a) El ligando implicado en la regulación de la actividad enzimática (molécula reguladora o efector), generalmente, es estructuralmente diferente del sustrato o el producto de la reacción que cataliza la enzima retroinhibida. b) La mayor parte de las enzimas cuya actividad se controla/regula por este tipo de regulación, no muestran cinéticas hiperbólicas clásicas cuando se representa v  [S], sino que muestran una cinética de tipo sigmoidal. c) Es relativamente fácil distinguir entre la unión del efector a la enzima y la unión del sustrato. Varios tratamientos químicos y físicos nos permiten “desensibizar” la enzima, es decir, hacerle perder su respuesta ante las moléculas reguladoras o efectores sin que ello lleve parejo la perdida de la actividad catalítica. Así en el caso de la ACTasa un tratamiento térmico, suave, da lugar a una enzima activa no inhibible por CTP. La enzima “desensibizada” muestra una cinética hiperbólica semejante a la que presentan las enzimas michaelianas. d) Generalmente las enzimas que se regulan por este mecanismo son “oligómeros”, es decir, proteínas formadas por varias subunidades iguales o distintas, unidas entre si por fuerzas débiles.
  • 17. - Monod, Changeux and Jacob (1963). J. Mol. Biol. 6, 306 1. la molécula reguladora o efector se une a un sitio de la enzima diferente del centro activo, de manera que la interacción entre la molécula reguladora y el sustrato tiene lugar de manera indirecta o “alostérica”, (del griego otra estructura). * La unión de la molécula reguladora al “sitio de regulación” induce un cambio conformacional reversible en la enzima que causa una alteración de la estructura del centro activo y los consiguientes cambios en sus propiedades cinéticas.
  • 19. Regulación Alostérica de la función enzimática
  • 20. Inhibidores y activadores alostéricos 1.0 Y (+ Activador) 0.8 V+ 0.6 (sin efectores) V0 0.4 (+ Inhibidor) 0.2 V- s 0.0 0 2 4 6 8 10 12
  • 21. Los efectores alostéricos operan sobre el grado de cooperatividad del sistema: - Los inhibidores alostéricos aumentan el grado de cooperatividad - Los activadores alostéricos disminuyen el grado de cooperatividad; a concentraciones elevadas de activador, la cinética pasa a ser michaeliana, y deja de ser sigmoide.
  • 22. Modelos que permiten explicar el fenómeno de Cooperatibidad •Modelo concertado de Monod, Wyman y Changeaux •Modelo Secuencial de Koshland, Nemethy y Filmer
  • 23. T= estado Inactivo R= Estado activo
  • 26. Modelo Secuencial Permite explicar tanto la cooperatividad positiva como negativa
  • 27. Enzimas alostericas de Enzimas alostericas de clase K clase V