La metodología PACIE se basa en cinco fases secuenciales (Presencia, Alcance, Capacitación, Interacción, Elearning) y tres bloques básicos (Bloque 0, Bloque Académico, Bloque de Cierre). El Bloque Académico contiene cuatro secciones: Exposición (información sobre el tema), Rebote (actividades de autoaprendizaje), Construcción (herramientas para discusión y aprendizaje colaborativo), y Comprobación (evaluación de conocimientos y destrezas).