La metodología PACIE organiza los entornos virtuales de aprendizaje en tres bloques: el Bloque 0 (PACIE), el Bloque Académico y el Bloque de Cierre. El Bloque 0 contiene secciones de Información, Comunicación e Interacción para presentar el curso. La metodología guía el aprendizaje a través de cinco fases: Presencia, Alcance, Capacitación, Interacción y E-learning.