La Oficina de Control Interno fue creada mediante resolución en 1998 para asesorar a la Defensoría del Pueblo y asegurar la eficiencia, eficacia y transparencia en sus funciones. La Oficina tiene como objetivo principal asesorar a la alta dirección para evaluar el cumplimiento de los planes y metas de la entidad y realizar recomendaciones para mejorar el sistema de control interno.