El departamento de Flores se fundó en 1804 cuando pobladores solicitaron permiso para construir una capilla en la zona. La fecha oficial de fundación es el 14 de abril de 1804, cuando los terrenos fueron donados. El departamento fue creado oficialmente el 30 de diciembre de 1885. Flores está ubicado en el centro de Uruguay y limita con Río Negro, San José, Colonia, Soriano, Durazno y Florida.