La película se desarrolla en Alejandría en el siglo IV d.C. Narra la historia de Hipatia, una destacada astrónoma y filósofa que enseña en la legendaria Biblioteca de Alejandría. Se ve atrapada en el creciente conflicto religioso entre el paganismo, el cristianismo y el judaísmo en la ciudad. Hipatia lucha por salvar el saber antiguo mientras es acosada por los cristianos fanáticos. Finalmente es asesinada por una turba religiosa que