Este documento describe la transcripción de ADN a ARN. Explica que la transcripción es el proceso por el cual el ADN se copia en ARN. También describe los factores que regulan la transcripción en eucariotas y los diferentes tipos de ARN polimerasas. Además, introduce conceptos como los motivos de unión a factores de transcripción y diferentes medidas para comparar la similitud entre motivos.

1. Medidas Difusas para Motivos de ADN Fernando García Alcalde

11. Representación de motivos

14. Esquema general Genes relacionados Genes con el motivo en su secuencia promotora All Genes on the Microarray Considerar la contribución de cada TFBS Construir un nuevo motivo basado en su contribución a la significatividad del motivo Buscar las 100 semillas más prometedoras (bajo p-value) Degenerar cada semilla Calcular el p-value de la intersección mediante la distribución hipergeométrica 41 … 21 12 5 All Genes 1.0 1 CCCACTCCCG … … … 1e-5 7 TTTCTCTTTC 1e-7 10 TTTCAGTTTC 1e-10 12 TTTCACTTTC P-value Induced Genes Sequence

25. Datos sintéticos (II)

27. Clustering de JASPAR (II) 0.48 0.08 0.41 0.65 0.55 0.57 Media 0.92 0.26 0.09 0.77 0.69 0.70 CREB 0.07 0.01 0.91 0.53 0.44 0.45 Nuclear 0.37 0.02 0.73 0.59 0.47 0.47 HOM 0.50 0.05 0.90 0.68 0.54 0.55 HMG 0.17 0.03 0.26 0.58 0.49 0.50 TRP 0.77 0.19 0.27 0.76 0.68 0.70 REL 0.70 0.01 0.04 0.69 0.61 0.62 MADS 0.62 0.11 0.25 0.72 0.63 0.64 EBP 0.43 0.02 0.24 0.64 0.54 0.57 bHLH 0.05 0.01 0.02 0.55 0.45 0.46 Fork 0.71 0.19 0.75 0.71 0.62 0.63 ETS ALLR Chi 2 Ang Mink FPSM Jac Fam