El protocolo de actuación de la terapia EMDR consta de 8 fases: 1) evaluación inicial, 2) preparación, 3) identificación del foco de trabajo, 4) desensibilización del recuerdo traumático, 5) instalación de una cognición positiva, 6) chequeo corporal, 7) cierre de la sesión, y 8) reevaluación. La fase clave es la desensibilización, donde se aplica estimulación bilateral mientras el paciente se enfoca en el recuerdo traumático hasta reducir la perturbación asociada.