La ANUIES apoya la cooperación internacional de las universidades mexicanas a través de programas de intercambio estudiantil y académico, redes de investigación y acuerdos de reconocimiento de títulos. Algunos de los principales programas son acuerdos con universidades de Quebec, España, Argentina y Alemania, así como programas con la Unión Europea, Francia y Centroamérica. El objetivo general es fomentar las alianzas internacionales para beneficio de la educación superior en México.