Avances biotecnológicos de los últimos 20 años y tendencias a futuro
1. Avances biotecnológicos de los últimos 20 años y
las tendencias a futuro
Eric MIALHE, INCABIOTEC, Universidad Nacional de Tumbes
2. MAESTRIA DE
BIOTECNOLOGIA MOLECULAR
5 promociones (>100 estudiantes)
FRAGATA
FIEST & RIVA, SILVA, SOMATITO, etc.
CLUSTER BIOTECNOLOGICO
PUBLICO – PRIVADO
Confianza, Complementariedad, Sinergia
“Amistad profesional”
1. N. Puño (R), Enedia Vieyra
2. J. Cruz (R), V. Caril (DEPG), A. Hidalgo
3. C. Canepa (R), C. Desa (DEPG), D. Saldarriaga
3. I Maestría de biotecnología molecular
2014-2016
II Maestría de biotecnología molecular 2015-2017
III Maestría de biotecnología molecular 2016-2018
Biólogos, Agrónomos,
Acuicultores, Veterinarios,
Ing. Forestales, Biotecnólogos,
etc..
Estudiantes de Perú, Ecuador,
Madagascar
IV Maestría de biotecnología molecular 2017-2019 (24 estudiantes)
V Maestría de biotecnología molecular 2019-2020 (>40 estudiantes)
PhD Franco-Peruano-Ecuatoriano Biotecnología molecular 2019
Biotecnologías “ómicas”
ACTIVIDADES EDUCATIVAS: post-grados
Temas de tesis / Agricultura
Biotecnologia del banano
Biotecnologia del cacao
Biotecnologia del arroz
Biotecnología de la vid
Biotecnología del limón
Biotecnologia de cactus
Biotecnologia de salicornia
Biotecnologia forestal
Biotecnologia entomologica
Biotecnologia de nematodos
Biotecnologia del compost
Biotecnologia del humus
4. Alianza estrategia “transitoria”
Estudiantes peruanos de Tumbes, Huánuco, Trujillo, Piura, UMSM, La Molina,
Cayetano Heredia, Chimbote, Lambayeque, etc. Estudiantes ecuatorianos
6. << Organismos / órganos / tejidos / células / núcleo / cromosomas - ADN
Biotecnología molecular OMICAS para el desarrollo sostenible de
las reservas de biosfera de Perú / Mundo
Microorganismos / células / núcleo o nucleído/ cromosomas – ADN >>>
METABOLITOS
(Metabólomica)
7. Biotecnologías “multiómicas”… “multi-metaomicas”
La realidad biotecnológica, comercial y jurídica relativa al acceso a los recursos genéticos
Avances biotecnológicos de los últimos 20 años y las tendencias a futuro……. en el Perú
8.
9.
10. Genómica: PCR y diagnóstico molecular y estudios epidemiológicos
Ventajas:
- Alta sensibilidad
- Alta especificidad
- Rapidez
35 a 40 ciclos
Millones de copias
Reacción en
cadena de la
polimerasa
“PCR”
11. Identificación molecular de genes de toxinas relacionadas a AHPND.
Aislamiento de cepas
Implementación de la técnica
LAMP PCR en campo.
Detección de AHPND en (Pir
AB toxinas)
Chung-Te Lee et
al. PNAS 2015
AHPND-
associated
plasmid pVA1
(acute
hepatopancreatic
necrosis disease)
12. - La Real-Time PCR detecta a acumulación del producto durante la reacción.
- La detección y cuantificación de agentes fluorescentes en “tiempo real”.
- La fluorescencia emitida es proporcional a la cantidad Cuantificación
SYBR Green
Transcriptomica: qPCR para diagnóstico molecular y
estudios de expresión de genes (Dicer, Argonaute, DESCAM, p53, etc.
16. Técnica de diagnostico molecular dependiente de cultivo
Extracción de muestras biológicas
Siembra y purificación de
colonias bacterianas
Extracción de ADN Bacteriano
PCR ADNr 16S y electroforesis en gel de agarosa Secuenciación y análisis bioinformático
Identificación molecular bacteriana (base de datos NCBI)
Identificación molecular de genes de toxinas AHPND-
associated plasmid pVA1
• Identificación del 1% de todos los
microorganismos de la microbiota.
• Medios de cultivos favorecen el desarrollo
de ciertos microorganismos, cubriendo al
verdadero patógeno.
18. Técnica de diagnostico molecular independiente de cultivo
MetagenómicaExtracción de muestras biológicas
Extracción de ADN total Bacteriano
PCR ADNr 16S y electroforesis en gel de agarosa Secuenciación de próxima generación (NGS)
Análisis metagenómica de las secuencias bacterianas
• Identificación del 100% de todos los
microorganismos de la microbiota.
• Identificación de bacterias cultivables,
bacterias difícil de cultivar y bacterias no
cultivable. (Metagenómica)
19. Identificación molecular de bacterias mediante
análisis metagenómico directo de hemolinfa.
32%
15%
10%
6%
6%
5%
3%
3%
2%
18%
Géneros predominantes en hemolinfa directa de langostino sanos
Halospirulina
Bradyrhizobium
Lactococcus
Maritimimonas
Burkholderia
Streptococcus
Neisseria
Hylemonella
Mycena
Otros Generos < 2%
0%
10%
20%
30%
40%
50%
60%
70%
80%
90%
100%
Porcentaje de abundancia de géneros en hemolinfa de camarones
Sanos Enfermos
20. Técnica de diagnostico molecular mediante co-cultivo en medio liquido
Metagenómica
Muestras biológicas en medio liquido
enriquecido
Extracción de ADN total Bacteriano
PCR ADNr 16S y electroforesis en gel de agarosa Secuenciación de próxima generación (NGS)
Análisis metagenómica de las secuencias bacterianas
• Identificación del 10% de todos los
microorganismos de la microbiota.
• Medios de cultivos favorecen el desarrollo
de ciertos microorganismos, cubriendo al
verdadero patógeno
21. Identificación molecular de bacterias mediante análisis metagenómico de hemolinfa.
co-cultivo y directo
Comparación a nivel
de especies entre
metagenómica directa (verde) y
metagenómica de co-cultivo (rojo)
de hemolinfa de langostino
22. Identificación molecular de bacterias del hepatopáncreas mediante análisis metagenómico entre
camarones sanos y enfermos.
Comparación a nivel
de géneros entre
metagenómica de sanos (verde) y
metagenómica de enfermos (rojo)
de hepatopáncreas de langostino
26. Biotecnología aplicada a la domesticación de perifiton y biofloc nativo para el mejoramiento del
cultivo de langostino, Litopenaeus vannamei
BIOFILM
BIOFLOC
PERIFITON
PERIFITON
BIOFLOC
BIOFILM
33. Saprolegnia parasitica
SPRY-dominio FSTSLNLQSDAFC
proteína de unión ADN ARDAIKADVYR
proteína SMC ACQAEQRTWQRKY
transportador GEELMVPR
Aeromonas salmonicida
Saprolegnia diclina
ankirina DAFYLAVQR
Diagnostico patógenos directamente a partir de mucus
34. Spectrum Prec MW Prec m/z Prec z Prot N Best Sequence Modifications Conf Theor MW z
1.J15.12.1.9 1303.608 1304.615 1 1 VLSGCGLAIMQR Carbamidomethyl(C)@5 99 1303.674 1
1000 1240 1480 1720 1960 2200
Mass (m/z)
7.6E+4
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
Final - Shots 750 - SPOT SET IB DIGESTION; Run #11; Label J15
1288.6447(R6560,S739)
1290.6388(R8694,S426)
1439.6616(R10920,S674)
1546.6899(R13832,S462)
1075.5319(R10268,S297)
1304.6147(R12647,S279)
1112.4482(R11391,S205)1310.5988(R12888,S200)
1162.4298(R12747,S138) 1562.6743(R16799,S153)
1705.7198(R18532,S112)1543.6595(R17785,S85)1326.5746(R12088,S66) 1976.8400(R15646,S100)1065.9822(R9746,S51)
ESPECTRO MALDI TOF TOF. PRECURSOR 1304.615 Da
1200 1300 1400 1500 1600 1700
Mass (m/z)
7.6E+4
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
Final - Shots 750 - SPOT SET IB DIGESTION; Run #11; Label J15
1288.6447(R6560,S739)
1290.6388(R8694,S426)
1439.6616(R10920,S674)
1546.6899(R13832,S462)
1304.6147(R12647,S279)
1310.5988(R12888,S200)
1562.6743(R16799,S153)
1504.2439(R8394,S88)
1326.5746(R12088,S66)1244.6157(R12479,S57) 1433.6705(R13849,S54)
VLSGCGLAIMQR
35. Secuencia Proteína
RDTFFLPDPEGSVYFR Bacteriocin maturation protein Brevibacillus choshinensis
AGGAYLPLDAELPPER Plipastatin synthase subunit E (Bacillus subtilis (strain 168)
APGEQMYR Gramicidin S synthase 2 Brevibacillus brevis (Bacillus brevis)
QNPDRNEQLETLKR MULTISPECIES: polyketide synthase [Bacillus]
EDLTHLDEAEQSAYLQRFKER FenE (Bacillus amyloliquefaciens)
AGGFKTGGINFDAKVR MULTISPECIES: xylose isomerase [Bacillus]
QPENIQTAVEELLRYTSPVIMMANR bacillaene polyketide synthase [Bacillus amyloliquefaciens]
AGILSDEEQKALLAFNDTKTDYPR Lichenysin synthase 2 (Bacillus glycinifermentans)
AGLKELDVITEFDGHKVNDIVDLR serine protease [Bacillus subtilis]
Bacterias aisladas del tracto digestivo del paiche.
srf
AA
fenDbmyBbacA M
W
Genómica Proteómica
Secuencias de proteínas bacterianas relacionadas a la producción de péptidos
antimicrobianos, identificadas por espectrometría de masas Maldi-TOF/TOF
Ensayos de antagonismo, realizados con el extracto
de proteínas del sobrenadante libre de células de B.
amiloliqufaciens, frente a Aeromona hydrophila.
Detección de los genes claves en la biosíntesis de
componentes antimicrobianos
36. Prec MW Best sequence Species Identificaction Ident N° Accesion
900.4601 RREQRR Nipponia nippon Protein pilot 99
1197.7126 AIKNRFRHR Poecilia reticulata Protein blast 100 XP_008396824.1
1331.6647 LCRINFTPLR Danio rerio Protein blast 100 NP_932330.1
999.4227 TLAALGQKR Alligator mississippiensis Protein blast 100 XP_014455978.1
1318.6757 CIGFAIKNRIR Poecilia reticulata Protein blast 91 XP_008396824.1
1353.6317 DWAKEKYDKR Rhincodon typus Protein blast 88 XP_020367844.1
1514.7637 FCERFSYYGMR Esox lucius Protein blast 100 XP_012993296.1
1217.5256 AVALVVFISGSR Ictalurus punctatus Protein blast 100
XP_017337526.1
1197.7126 AENGGTQTRPR Paralichthys olivaceus Protein blast 100 XP_019960053.1
1633.7637 TQNQEFNITPVDVR Rhincodon typus Protein blast 100 XP_020367844.1
1814.9586 KNMEKDKMGMAIESR Nothobranchius furzeri Protein blast 100 XP_015807884.1
1789.9366 WTLQATTMNGQIGLLK Labrus bergylta Protein blast 100 XP_020500572.1
2179.1458 QPEHGPERKRDQVEMER Salmo salar Protein blast 100 NP_001140154.1
2322.1077 TYEIFKDIKTKPEEGANAIR Paralichthys olivaceus Protein blast 100 XP_019960053.1
2227.0957 NVIISYGNETTNELLNVMGK Pelodiscus sinensis Protein blast 100 XP_006128192.1
2322.1077 IRNIKFGDVVAKPEEGANAIR Poecilia formosa Protein blast 100 XP_007565446.1
Primers Secuencia Tm Tamaño
pb
A
Pept1 F3 TTC TCC TAC TAT GGC ATG MRA GC 61
713
Pept1 R1 IGC CCA GTC CAT CCA GT 59
Pept1 DNAF1 AAR AGR GAG CAC TGG ATG GAC T 61
391
Pept1 DNAR1 AAA GTT ACC GTC CAT GGT GGT 61
B
PepT1 F2 TCC CHC THC CIA TGT TCT GG 58.6
950
Pept1 R3 GCC TGT GAR TAI GMG AAC TCC A 62
C
18S rRNA F TAC CAC ATC CAA AGA AGG CAG 54.9
250
18S rRNA R TCG ATC CCG AGA TCC AAC TAC 57.5
1 2 3 4 C- M 5 C- 6 C-
PepT1 B
PepT1 A
18S rRNA
950 pb
250 pb
713 pb
Identificación del PepT1 por PCR .
Identificación por MALDI TOF/TOF del Pept1 en alevín de paiche
37. 799.0 1441.8 2084.6 2727.4 3370.2 4013.0
Mass (m/z)
4.8E+4
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
Final - Shots 750 - IB12-5-17 MICROALGAS; Run #12; Label L7
832.2609(R5067,S501)
874.3553(R6239,S405)
1045.4703(R7996,S364)
1063.4644(R8249,S337)
1428.5590(R11177,S395)
804.2241(R6139,S218)
1803.7816(R13822,S357)
1030.4403(R9225,S123)
1753.7261(R13604,S174)1339.5405(R11140,S120)886.1632(R8315,S71)
1707.6588(R12625,S117)2162.9080(R16436,S160)1079.4482(R9116,S61)
2749.1060(R20661,S148)2398.8708(R20773,S98)1657.6846(R13019,S54)
MZ Secuencia Proteina Función molecular
1063,464 AGRAGYLAGR Thiazole synthase Sulfurtransferase activity
1044,463 NSVVIGVKEK ribosomal protein S4 Union a ARN
1346,606 IRQQSRALGLR Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit Union a ATP
1428,755 VGRAIFGTISVIR RNA polymerase beta subunit Union a ARN
1062,479 AKKCGSKER ATP synthase CF0 subunit I Union a ATP
Espectro de masas de Chaetoceros calcitrans. MALDI TOF
800 1120 1440 1760 2080 2400
Mass (m/z)
4.8E+4
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
Final - Shots 750 - IB12-5-17 MICROALGAS; Run #12; Label L7
832.2609(R5067,S501)
874.3553(R6239,S405)
1045.4703(R7996,S364)
1063.4644(R8249,S337)1347.5959(R10221,S402)
834.2581(R5843,S187)
804.2241(R6139,S218)
1803.7816(R13822,S357)
1030.4403(R9225,S123)
1753.7261(R13604,S174)1339.5405(R11140,S120)886.1632(R8315,S71)
1707.6588(R12625,S117) 2162.9080(R16436,S160)1079.4482(R9116,S61)928.2617(R7287,S57) 1505.5677(R12820,S81)1320.4938(R11483,S55)
1691.6748(R12737,S56)
Espectro de masas de Leptolyngbya sp. (G2Y) MALDI TOF
M/Z Secuencia Proteina
1063,486 YVKQALER toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family
1803,85 CSLAVEHEIFSKEVR RelE/ParE family toxin
39. Análisis de los antagonismos por “Mass Imaging”
Exoproteoma
Exometaboloma
40. Análisis de los antagonismos por
“Mass Imaging” Exometabolomas
Vibrio/ Bacillus
Vibrio Bacillus
Zona de
antagonismo
Gelosa sin bacteria
Valor de masa
m/z 1008.66
m/z 1074.64
m/z 1090.62
44. Edición de genes
Ruptura de doble cadena en el
sitio blanco del ADN
Unión de extremos no homólogos Reparación dirigida
por homología
Alteración del gen Corrección del gen Inserción de un trasngen
Sistemas de
reparación
del ADN
45. Fig. 6. Alineamiento de secuencias de 274pb, que corresponden a OTUs
presentes en la muestra de langostinos desafiados con pool bacteriano,
empleando el programa bioinformático MEGA 6. Se observa una región
conservada en los primeros 103 nucleótidos, que correspondería a una parte
de la región de Ig1, basados en el alineamiento con la única secuencia de
LVDscam en el Genbank, mientras que la región variable iniciada a partir del
nucleótido 102 al nucleótido 274, representaría la región N terminal del
dominio de Ig2
Fig 4. Abundancia relativa de OTUs presentes en la muestra control y en la muestra de
langostinos infectados. El 99.6% correspondiente al OTU 1 en la muestra control, mientras
que en la muestra infectada sólo representa el 2%, así mismo se evidencia la gran
diversidad de OTUs (isoformas LvDscam) en langostinos desafiados, de los cuales desde el
OUT 1 al OUT 18, forman parte del 0.4% de abundancia relativa, en la muestra control
DSCAM
46. INSEMINACIÓN ARTIFICIAL CON ESPERMATÓFOROS
CRIOPRESERVADOS
97.4
41.61
93.4
20.68
0
20
40
60
80
100
120
Viabilidad espermática (%) Tasa de eclosión (%)
CONTROL A 11 días de almacenamiento en NL2
Viabilidad espermática y resultados preliminares post inseminación artificial.
Células espermáticas viables
previamente criopreservadas a -1°C/min
de 25°C hasta -35°C (protocolo C) con
solución crioprotectora EY, almacenado
durante 11 días en NL2 y post
descongelamiento en baño maría a 35°C.
Tinción eosina nigrosina. Aumento 400X.
Nauplios de Litopenaeus vannamei
post inseminación artificial con
espermatóforos criopreservados.
47. Biotecnología molecular OMICAS para la caracterización y uso sostenible de recursos naturales: reservas de biosferas
Criterios morfológicos (especies/razas/ cepas)
Fenotipo depende del genotipo y del medio
Microorganismos Variabilidad de los pocos
criterios morfológicos
Genómica / Secuenciación del ADN
Bioinformática / Genotipos
Proteómica/ Secuenciación de AA
Bioinformática
Metabólomica /metabolitos
Bioinformática
Hormiga / Valinomycin
Metagenómica
Organismos
Diversidad y variabilidad de los
numerosos criterios morfológicos,
polimorfismo
Especies , Sub-especies, Razas
Híbridos fértiles / estériles
48. Temas de investigación e innovaciones de las tesis de maestrías en biotecnología molecular (UNT-Incabiotec-Rede de empresas y asociaciones)
Organismos y Microorganismos Genes, Proteínas, Metabolitos
Organismos
- Especies animales y vegetales actualmente cultivadas/criadas
-Nuevas especies animales terrestres nativas /endémicas (sajino
, venado, ranas, abejas nativas, etc.)
-Nuevas especies vegetales terrestres nativas /endémicas
(cactus y agricultura de desierto, salicornia y agricultura salina)
-Nuevas especies acuáticas dulceacuícolas y marinas nativas
/endémicas (peces, moluscos, crustáceos, algas)
- Cruces e Híbridos / Crio preservación
Microorganismos
Microbiota nativa de animales o de plantas y cepas probióticas
con efectos benéficos sobre crecimiento y/o resistencia
-Biocontroladores de enfermedades y plagas
-Biodegradadores de desechos agropecuarios y acuícolas
(hidrolizados, compost, etc.)
--Biorremediación de contaminantes ambientales
- Productores de metabolitos (lípidos, antimicrobianos, etc.)
50. UNIVERSIDAD NACIONAL DE TUMBES
ESCUELA DE POSTGRADO
MAESTRÍA EN
BIOTECNOLOGÍA MOLECULAR
Bióloga Dámaris Esquén – Universidad Nacional de Tumbes
Transfection with
CRISPR/Cas9 system
Artificial insemination of the female by implantation
of the mutated spermatophores
Obtaining nauplii with the
CRISPR/Cas9 mutation
Experimental infection with
suspensions of WSSV Selection of shrimp resistant to WSSV The edition of genes of the cellular
receptors "Rab7 and B-integrin"
and of the transcription factor
"YY1" in shrimp, will increase
their survival, favoring the
establishment of shrimp lines
resistant to WSSV
Perspective
Selection of shrimp resistant to WSSV