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Avances biotecnológicos de los últimos 20 años y
las tendencias a futuro
Eric MIALHE, INCABIOTEC, Universidad Nacional de Tumbes
MAESTRIA DE
BIOTECNOLOGIA MOLECULAR
5 promociones (>100 estudiantes)
FRAGATA
FIEST & RIVA, SILVA, SOMATITO, etc.
CLUSTER BIOTECNOLOGICO
PUBLICO – PRIVADO
Confianza, Complementariedad, Sinergia
“Amistad profesional”
1. N. Puño (R), Enedia Vieyra
2. J. Cruz (R), V. Caril (DEPG), A. Hidalgo
3. C. Canepa (R), C. Desa (DEPG), D. Saldarriaga
I Maestría de biotecnología molecular
2014-2016
II Maestría de biotecnología molecular 2015-2017
III Maestría de biotecnología molecular 2016-2018
Biólogos, Agrónomos,
Acuicultores, Veterinarios,
Ing. Forestales, Biotecnólogos,
etc..
Estudiantes de Perú, Ecuador,
Madagascar
IV Maestría de biotecnología molecular 2017-2019 (24 estudiantes)
V Maestría de biotecnología molecular 2019-2020 (>40 estudiantes)
PhD Franco-Peruano-Ecuatoriano Biotecnología molecular 2019
Biotecnologías “ómicas”
ACTIVIDADES EDUCATIVAS: post-grados
Temas de tesis / Agricultura
Biotecnologia del banano
Biotecnologia del cacao
Biotecnologia del arroz
Biotecnología de la vid
Biotecnología del limón
Biotecnologia de cactus
Biotecnologia de salicornia
Biotecnologia forestal
Biotecnologia entomologica
Biotecnologia de nematodos
Biotecnologia del compost
Biotecnologia del humus
Alianza estrategia “transitoria”
Estudiantes peruanos de Tumbes, Huánuco, Trujillo, Piura, UMSM, La Molina,
Cayetano Heredia, Chimbote, Lambayeque, etc. Estudiantes ecuatorianos
http://www.wikillerato.org/Introducción_a_la_biotecnología.html
<< Organismos / órganos / tejidos / células / núcleo / cromosomas - ADN
Biotecnología molecular OMICAS para el desarrollo sostenible de
las reservas de biosfera de Perú / Mundo
Microorganismos / células / núcleo o nucleído/ cromosomas – ADN >>>
METABOLITOS
(Metabólomica)
Biotecnologías “multiómicas”… “multi-metaomicas”
La realidad biotecnológica, comercial y jurídica relativa al acceso a los recursos genéticos
Avances biotecnológicos de los últimos 20 años y las tendencias a futuro……. en el Perú
Genómica: PCR y diagnóstico molecular y estudios epidemiológicos
Ventajas:
- Alta sensibilidad
- Alta especificidad
- Rapidez
 35 a 40 ciclos
Millones de copias
Reacción en
cadena de la
polimerasa
“PCR”
Identificación molecular de genes de toxinas relacionadas a AHPND.
Aislamiento de cepas
Implementación de la técnica
LAMP PCR en campo.
Detección de AHPND en (Pir
AB toxinas)
Chung-Te Lee et
al. PNAS 2015
AHPND-
associated
plasmid pVA1
(acute
hepatopancreatic
necrosis disease)
- La Real-Time PCR detecta a acumulación del producto durante la reacción.
- La detección y cuantificación de agentes fluorescentes en “tiempo real”.
- La fluorescencia emitida es proporcional a la cantidad  Cuantificación
SYBR Green
Transcriptomica: qPCR para diagnóstico molecular y
estudios de expresión de genes (Dicer, Argonaute, DESCAM, p53, etc.
Secuenciación de próxima generación
Secuenciación en paralelo (16 000 000)
14
Secuenciación masiva de ADN
- ADN genómico
- ADN metagenómico (cultivables
y no cultivables)
- ADNc (transcriptómica)
Secuenciación
de próxima
generación
Hemolinfa
Metagenómica y microbiotas
Técnica de diagnostico molecular dependiente de cultivo
Extracción de muestras biológicas
Siembra y purificación de
colonias bacterianas
Extracción de ADN Bacteriano
PCR ADNr 16S y electroforesis en gel de agarosa Secuenciación y análisis bioinformático
Identificación molecular bacteriana (base de datos NCBI)
Identificación molecular de genes de toxinas AHPND-
associated plasmid pVA1
• Identificación del 1% de todos los
microorganismos de la microbiota.
• Medios de cultivos favorecen el desarrollo
de ciertos microorganismos, cubriendo al
verdadero patógeno.
Identificación molecular de bacterias cultivables de camarones enfermos.
HEPATOPANCREAS
Pseudomonas putida
Acinetobacter johnsonii
Bacillus firmus
Vibrio parahamolyticus
HEMOLINFA
Vibrio harvey
Vibrio hispanicus
Vibrio nigripulchritudo
Vibrio sinaloensis
Pseudomonas hibiscicola
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus warneri
Staphylococcus hominis
Staphylococcus haemolyticus
Aerococcus viridans
Acinetobacter pittii
Chryseobacterium gambrini
Bacillus cereus
INTESTINO
Vibrio alginolyticus
Vibrio brasiliensis
Vibrio campbellii
Vibrio harvey
Vibrio hepatarius
Photobacterium
damselae
Providencia rettgeri
Bacillus megaterium
Técnica de diagnostico molecular independiente de cultivo
MetagenómicaExtracción de muestras biológicas
Extracción de ADN total Bacteriano
PCR ADNr 16S y electroforesis en gel de agarosa Secuenciación de próxima generación (NGS)
Análisis metagenómica de las secuencias bacterianas
• Identificación del 100% de todos los
microorganismos de la microbiota.
• Identificación de bacterias cultivables,
bacterias difícil de cultivar y bacterias no
cultivable. (Metagenómica)
Identificación molecular de bacterias mediante
análisis metagenómico directo de hemolinfa.
32%
15%
10%
6%
6%
5%
3%
3%
2%
18%
Géneros predominantes en hemolinfa directa de langostino sanos
Halospirulina
Bradyrhizobium
Lactococcus
Maritimimonas
Burkholderia
Streptococcus
Neisseria
Hylemonella
Mycena
Otros Generos < 2%
0%
10%
20%
30%
40%
50%
60%
70%
80%
90%
100%
Porcentaje de abundancia de géneros en hemolinfa de camarones
Sanos Enfermos
Técnica de diagnostico molecular mediante co-cultivo en medio liquido
Metagenómica
Muestras biológicas en medio liquido
enriquecido
Extracción de ADN total Bacteriano
PCR ADNr 16S y electroforesis en gel de agarosa Secuenciación de próxima generación (NGS)
Análisis metagenómica de las secuencias bacterianas
• Identificación del 10% de todos los
microorganismos de la microbiota.
• Medios de cultivos favorecen el desarrollo
de ciertos microorganismos, cubriendo al
verdadero patógeno
Identificación molecular de bacterias mediante análisis metagenómico de hemolinfa.
co-cultivo y directo
Comparación a nivel
de especies entre
metagenómica directa (verde) y
metagenómica de co-cultivo (rojo)
de hemolinfa de langostino
Identificación molecular de bacterias del hepatopáncreas mediante análisis metagenómico entre
camarones sanos y enfermos.
Comparación a nivel
de géneros entre
metagenómica de sanos (verde) y
metagenómica de enfermos (rojo)
de hepatopáncreas de langostino
NC NP ZP ZC
Alteromonas 42,769096 62,5909254 2,16730425 8,95074028
Vibrio 12,6284668 2,80680986 1,14183479 11,4397817
Nautella 9,02279162 7,40175387 30,1589841 6,07087024
Marinomonas 8,78814898 2,43609913 0,00727283 0,01226129
Flexibacter 8,47529213 4,56534945 0,0174548 0,00153266
Pseudoalteromonas 7,45068594 5,4749926 0,25745829 0,44447169
Neptuniibacter 1,40316298 3,50617592 0,31418639 2,83695552
Donghicola 0,58034946 1,52957119 12,4830907 19,1689912
Flavobacterium 0,98862765 1,13705394 0,14545666 0,23296447
Tropicibacter 0,4473853 0,83176275 5,3193501 2,38788585
Coccinimonas 0,08759992 0,10435975 1,18256266 0,1180149
Pseudoruegeria 0,49274954 0,23519883 1,16219872 0,42914508
Roseobacter 0,60381373 0,6884628 1,04437883 0,82303896
Lewinella 0 0,02336412 0,45673392 1,96946939
Skeletonema 0 0 0,34909599 1,90049965
Otros Generos 6,2618299 6,66812043 43,792637 43,2133771
0%
10%
20%
30%
40%
50%
60%
70%
80%
90%
100%
NC NP ZP ZC
Géneros predominantes en cultivo larval de camarón
Otros Generos
Skeletonema
Lewinella
Roseobacter
Pseudoruegeria
Coccinimonas
Tropicibacter
Flavobacterium
Donghicola
Neptuniibacter
Pseudoalteromonas
Flexibacter
Marinomonas
Nautella
Vibrio
Alteromonas
Identificación molecular de bacterias en cultivo larval con probióticos
NC: Nauplii Control
NP: Nauplii Probióticos
ZP: Zoea Probióticos
ZC: Zoea Control
Biotecnología aplicada a la domesticación de perifiton y biofloc nativo para el mejoramiento del
cultivo de langostino, Litopenaeus vannamei
BIOFILM
BIOFLOC
PERIFITON
PERIFITON
BIOFLOC
BIOFILM
Tanque con baja mortalidad Tanque con alta mortalidad
PERIFITONBIOFLOC
Pleurocapsa 6.2%
Pelobacter 3.5%
Haliscomenobacter 3.2%
Nitrosomonas 3.2%
Pseudoalteromonas 3.0%
Tenacibaculum 19.8 %
Koliella 3.0 %
Desulfobulbus 3.0%
Lewinella 3.0%
Flavobacterium 2.8%
Prochlorococcus 10%
Cyanobacterium 10%
Flavobacterium 10%
Diatoma 8.2 %
Vibrio 31.0 %
Diatoma 15.7 %
Flavobacterium 4.1 %
Skeletonema 3.3 %
Espectrometría de masa
MALDI-TOF/TOF
Proteómica
Metabólomica
29
SDS-PAGE
Muestra +
Matriz
Rehidratación
Muestras
Lisis
Centrifugación
Precipitación
con acetona
Bioinformática
Análisis
Espectros MS
Extracción/Reducción/Al
quilación/Digestión
Espectros
MS/MS
1996.0 4609.2 7222.4 9835.6 12448.8 15062.0
Mass (m/z)
2864.7
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
Final - Shots 800 - SPOT SET IB - BACTERIA; Run #2; Label A3
5735.8467(R507,S215)
4431.7310(R357,S133)
5208.3574(R434,S123) 9085.4512(R729,S133)
6044.2549(R498,S112)
7231.9346(R605,S68)
6345.5820(R517,S62)
9761.0889(R644,S44)
7610.0659(R607,S21)
Espectro de masas de Pseudomonas sp. (Cepa P1C3)
MALDI TOF
Secuencias peptídicas) MALDI TOF/TOF
Diagnostico molecular: Espectrometría de masa MALDI TOF
MALDI TOF
Tabla de MALDI TOF/TOF . Microbiota del hemolinfa de camarones enfermos, según secuencias
de aminoácidos
sequence Description Accession
LKKANIAEFKR Bacillus alveayuensis WP_044895943.1
ANAEIAHGVR Bacillus megaterium WP_013060107.1
DAGMTR Citrobacter koseri ABV16087.1
AMVNLFR Corynebacterium genitalium WP_005289717.1
MAQDR Fusarium oxysporum EGU82499.1
ARNAAEAR Mycobacterium phage AKF14494.1
ADGESVSR Mycobacterium sp. WP_046301330.1
IPLPTISIPPR Photobacterium aphoticum GAL04160.1
FDALYINLR Pseudoalteromonas sp. WP_052140898.1
GTALHALAAAR Streptomyces baarnensis WP_030076096.1
AMLTSK Vibrio cholerae CSI79098.1
EREERGALLVR Vibrio cholerae KFE15748.1
ADGVRMR Vibrio cholerae WP_032480263.1
DAYKRNFDGSSQTNGMNAR Vibrio coralliilyticus WP_043010219.1
EDGKPDHCQYTKGEITEAR Vibrio harveyi WP_049535690.1
ANGGMLWK Vibrio harveyi WP_017817645.1
AGLQAMKAEMQR Vibrio navarrensis WP_039426966.1
KDCADPR Vibrio neptunius WP_045976469.1
VAMEYND Vibrio nigripulchritudo WP_038123309.1
ITDYDLKNIR Vibrio parahaemolyticus KED45415.1
SRSFDDQAR Vibrio parahaemolyticus WP_031838943.1
GANLVSTAQINNANR Vibrio phage 1 [VHS1022 protein] AEH21835.1
MLQRLQEARDAGR Vibrio phage 1 [PH108-56(+3)] AAL87214.1
GAFDNDKGTDDSGTVTGR Vibrio phage 1 [VHS1103 protein ] AEH21916.1
SSASAPSVTDRFANMLK Vibrio shilonii WP_051647211.1
GALRSKLDNWPIFSLYR Vibrio sp. GAL12096.1
AGDVIPQVVSVVLERRPESAR Vibrio sp. WP_040987623.1
ESQHIDGKSTSDQTSFLR Vibrio sp. WP_009843789.1
ATALEVFGFPR Vibrio variabilis GAL24966.1
DAFIRVVER Vibrio variabilis GAL25028.1
Saprolegnia parasitica
SPRY-dominio FSTSLNLQSDAFC
proteína de unión ADN ARDAIKADVYR
proteína SMC ACQAEQRTWQRKY
transportador GEELMVPR
Aeromonas salmonicida
Saprolegnia diclina
ankirina DAFYLAVQR
Diagnostico patógenos directamente a partir de mucus
Spectrum Prec MW Prec m/z Prec z Prot N Best Sequence Modifications Conf Theor MW z
1.J15.12.1.9 1303.608 1304.615 1 1 VLSGCGLAIMQR Carbamidomethyl(C)@5 99 1303.674 1
1000 1240 1480 1720 1960 2200
Mass (m/z)
7.6E+4
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
Final - Shots 750 - SPOT SET IB DIGESTION; Run #11; Label J15
1288.6447(R6560,S739)
1290.6388(R8694,S426)
1439.6616(R10920,S674)
1546.6899(R13832,S462)
1075.5319(R10268,S297)
1304.6147(R12647,S279)
1112.4482(R11391,S205)1310.5988(R12888,S200)
1162.4298(R12747,S138) 1562.6743(R16799,S153)
1705.7198(R18532,S112)1543.6595(R17785,S85)1326.5746(R12088,S66) 1976.8400(R15646,S100)1065.9822(R9746,S51)
ESPECTRO MALDI TOF TOF. PRECURSOR 1304.615 Da
1200 1300 1400 1500 1600 1700
Mass (m/z)
7.6E+4
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
Final - Shots 750 - SPOT SET IB DIGESTION; Run #11; Label J15
1288.6447(R6560,S739)
1290.6388(R8694,S426)
1439.6616(R10920,S674)
1546.6899(R13832,S462)
1304.6147(R12647,S279)
1310.5988(R12888,S200)
1562.6743(R16799,S153)
1504.2439(R8394,S88)
1326.5746(R12088,S66)1244.6157(R12479,S57) 1433.6705(R13849,S54)
VLSGCGLAIMQR
Secuencia Proteína
RDTFFLPDPEGSVYFR Bacteriocin maturation protein Brevibacillus choshinensis
AGGAYLPLDAELPPER Plipastatin synthase subunit E (Bacillus subtilis (strain 168)
APGEQMYR Gramicidin S synthase 2 Brevibacillus brevis (Bacillus brevis)
QNPDRNEQLETLKR MULTISPECIES: polyketide synthase [Bacillus]
EDLTHLDEAEQSAYLQRFKER FenE (Bacillus amyloliquefaciens)
AGGFKTGGINFDAKVR MULTISPECIES: xylose isomerase [Bacillus]
QPENIQTAVEELLRYTSPVIMMANR bacillaene polyketide synthase [Bacillus amyloliquefaciens]
AGILSDEEQKALLAFNDTKTDYPR Lichenysin synthase 2 (Bacillus glycinifermentans)
AGLKELDVITEFDGHKVNDIVDLR serine protease [Bacillus subtilis]
Bacterias aisladas del tracto digestivo del paiche.
srf
AA
fenDbmyBbacA M
W
Genómica Proteómica
Secuencias de proteínas bacterianas relacionadas a la producción de péptidos
antimicrobianos, identificadas por espectrometría de masas Maldi-TOF/TOF
Ensayos de antagonismo, realizados con el extracto
de proteínas del sobrenadante libre de células de B.
amiloliqufaciens, frente a Aeromona hydrophila.
Detección de los genes claves en la biosíntesis de
componentes antimicrobianos
Prec MW Best sequence Species Identificaction Ident N° Accesion
900.4601 RREQRR Nipponia nippon Protein pilot 99
1197.7126 AIKNRFRHR Poecilia reticulata Protein blast 100 XP_008396824.1
1331.6647 LCRINFTPLR Danio rerio Protein blast 100 NP_932330.1
999.4227 TLAALGQKR Alligator mississippiensis Protein blast 100 XP_014455978.1
1318.6757 CIGFAIKNRIR Poecilia reticulata Protein blast 91 XP_008396824.1
1353.6317 DWAKEKYDKR Rhincodon typus Protein blast 88 XP_020367844.1
1514.7637 FCERFSYYGMR Esox lucius Protein blast 100 XP_012993296.1
1217.5256 AVALVVFISGSR Ictalurus punctatus Protein blast 100
XP_017337526.1
1197.7126 AENGGTQTRPR Paralichthys olivaceus Protein blast 100 XP_019960053.1
1633.7637 TQNQEFNITPVDVR Rhincodon typus Protein blast 100 XP_020367844.1
1814.9586 KNMEKDKMGMAIESR Nothobranchius furzeri Protein blast 100 XP_015807884.1
1789.9366 WTLQATTMNGQIGLLK Labrus bergylta Protein blast 100 XP_020500572.1
2179.1458 QPEHGPERKRDQVEMER Salmo salar Protein blast 100 NP_001140154.1
2322.1077 TYEIFKDIKTKPEEGANAIR Paralichthys olivaceus Protein blast 100 XP_019960053.1
2227.0957 NVIISYGNETTNELLNVMGK Pelodiscus sinensis Protein blast 100 XP_006128192.1
2322.1077 IRNIKFGDVVAKPEEGANAIR Poecilia formosa Protein blast 100 XP_007565446.1
Primers Secuencia Tm Tamaño
pb
A
Pept1 F3 TTC TCC TAC TAT GGC ATG MRA GC 61
713
Pept1 R1 IGC CCA GTC CAT CCA GT 59
Pept1 DNAF1 AAR AGR GAG CAC TGG ATG GAC T 61
391
Pept1 DNAR1 AAA GTT ACC GTC CAT GGT GGT 61
B
PepT1 F2 TCC CHC THC CIA TGT TCT GG 58.6
950
Pept1 R3 GCC TGT GAR TAI GMG AAC TCC A 62
C
18S rRNA F TAC CAC ATC CAA AGA AGG CAG 54.9
250
18S rRNA R TCG ATC CCG AGA TCC AAC TAC 57.5
1 2 3 4 C- M 5 C- 6 C-
PepT1 B
PepT1 A
18S rRNA
950 pb
250 pb
713 pb
Identificación del PepT1 por PCR .
Identificación por MALDI TOF/TOF del Pept1 en alevín de paiche
799.0 1441.8 2084.6 2727.4 3370.2 4013.0
Mass (m/z)
4.8E+4
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
Final - Shots 750 - IB12-5-17 MICROALGAS; Run #12; Label L7
832.2609(R5067,S501)
874.3553(R6239,S405)
1045.4703(R7996,S364)
1063.4644(R8249,S337)
1428.5590(R11177,S395)
804.2241(R6139,S218)
1803.7816(R13822,S357)
1030.4403(R9225,S123)
1753.7261(R13604,S174)1339.5405(R11140,S120)886.1632(R8315,S71)
1707.6588(R12625,S117)2162.9080(R16436,S160)1079.4482(R9116,S61)
2749.1060(R20661,S148)2398.8708(R20773,S98)1657.6846(R13019,S54)
MZ Secuencia Proteina Función molecular
1063,464 AGRAGYLAGR Thiazole synthase Sulfurtransferase activity
1044,463 NSVVIGVKEK ribosomal protein S4 Union a ARN
1346,606 IRQQSRALGLR Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit Union a ATP
1428,755 VGRAIFGTISVIR RNA polymerase beta subunit Union a ARN
1062,479 AKKCGSKER ATP synthase CF0 subunit I Union a ATP
Espectro de masas de Chaetoceros calcitrans. MALDI TOF
800 1120 1440 1760 2080 2400
Mass (m/z)
4.8E+4
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
Final - Shots 750 - IB12-5-17 MICROALGAS; Run #12; Label L7
832.2609(R5067,S501)
874.3553(R6239,S405)
1045.4703(R7996,S364)
1063.4644(R8249,S337)1347.5959(R10221,S402)
834.2581(R5843,S187)
804.2241(R6139,S218)
1803.7816(R13822,S357)
1030.4403(R9225,S123)
1753.7261(R13604,S174)1339.5405(R11140,S120)886.1632(R8315,S71)
1707.6588(R12625,S117) 2162.9080(R16436,S160)1079.4482(R9116,S61)928.2617(R7287,S57) 1505.5677(R12820,S81)1320.4938(R11483,S55)
1691.6748(R12737,S56)
Espectro de masas de Leptolyngbya sp. (G2Y) MALDI TOF
M/Z Secuencia Proteina
1063,486 YVKQALER toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family
1803,85 CSLAVEHEIFSKEVR RelE/ParE family toxin
Metaproteómica
Microorganismos asociados a los cultivos masivos
ESPECIE M/Z SECUENCIA PROTEINA ORGANISMO
Chaetocero gracilisis
1063,486
RQAYALER Phosphoribosylglycinamide formyltransferase Streptococcus uberis
1803,85
DGRKEKASLDKVTRR Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha Vibrio harveyi
1429,762 LAKALQNQKASTR Virulence factor Bacillus okhensis
Leptolyngbya sp
1045,47
DFPGAKVVR ATP-dependent DNA helicase Celeribacter halophilus
1063,464 RQAYALER Phosphoribosylglycinamide formyltransferase Streptococcus uberis
1030,44 RAHSDWMK Peptide chain release factor 3 Kiloniella litopenaei
Análisis de los antagonismos por “Mass Imaging”
Exoproteoma
Exometaboloma
Análisis de los antagonismos por
“Mass Imaging” Exometabolomas
Vibrio/ Bacillus
Vibrio Bacillus
Zona de
antagonismo
Gelosa sin bacteria
Valor de masa
m/z 1008.66
m/z 1074.64
m/z 1090.62
m/z
Kisspeptin 2
Proteómica: Endocrinología
Gonadoliberin
Proteómica: Endocrinología
Mass Imaging: MALDI TOF/TOF
Edición de genes
Ruptura de doble cadena en el
sitio blanco del ADN
Unión de extremos no homólogos Reparación dirigida
por homología
Alteración del gen Corrección del gen Inserción de un trasngen
Sistemas de
reparación
del ADN
Fig. 6. Alineamiento de secuencias de 274pb, que corresponden a OTUs
presentes en la muestra de langostinos desafiados con pool bacteriano,
empleando el programa bioinformático MEGA 6. Se observa una región
conservada en los primeros 103 nucleótidos, que correspondería a una parte
de la región de Ig1, basados en el alineamiento con la única secuencia de
LVDscam en el Genbank, mientras que la región variable iniciada a partir del
nucleótido 102 al nucleótido 274, representaría la región N terminal del
dominio de Ig2
Fig 4. Abundancia relativa de OTUs presentes en la muestra control y en la muestra de
langostinos infectados. El 99.6% correspondiente al OTU 1 en la muestra control, mientras
que en la muestra infectada sólo representa el 2%, así mismo se evidencia la gran
diversidad de OTUs (isoformas LvDscam) en langostinos desafiados, de los cuales desde el
OUT 1 al OUT 18, forman parte del 0.4% de abundancia relativa, en la muestra control
DSCAM
INSEMINACIÓN ARTIFICIAL CON ESPERMATÓFOROS
CRIOPRESERVADOS
97.4
41.61
93.4
20.68
0
20
40
60
80
100
120
Viabilidad espermática (%) Tasa de eclosión (%)
CONTROL A 11 días de almacenamiento en NL2
Viabilidad espermática y resultados preliminares post inseminación artificial.
Células espermáticas viables
previamente criopreservadas a -1°C/min
de 25°C hasta -35°C (protocolo C) con
solución crioprotectora EY, almacenado
durante 11 días en NL2 y post
descongelamiento en baño maría a 35°C.
Tinción eosina nigrosina. Aumento 400X.
Nauplios de Litopenaeus vannamei
post inseminación artificial con
espermatóforos criopreservados.
Biotecnología molecular OMICAS para la caracterización y uso sostenible de recursos naturales: reservas de biosferas
Criterios morfológicos (especies/razas/ cepas)
Fenotipo depende del genotipo y del medio
Microorganismos Variabilidad de los pocos
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Organismos
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-Nuevas especies animales terrestres nativas /endémicas (sajino
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-Nuevas especies vegetales terrestres nativas /endémicas
(cactus y agricultura de desierto, salicornia y agricultura salina)
-Nuevas especies acuáticas dulceacuícolas y marinas nativas
/endémicas (peces, moluscos, crustáceos, algas)
- Cruces e Híbridos / Crio preservación
Microorganismos
Microbiota nativa de animales o de plantas y cepas probióticas
con efectos benéficos sobre crecimiento y/o resistencia
-Biocontroladores de enfermedades y plagas
-Biodegradadores de desechos agropecuarios y acuícolas
(hidrolizados, compost, etc.)
--Biorremediación de contaminantes ambientales
- Productores de metabolitos (lípidos, antimicrobianos, etc.)
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Avances biotecnológicos de los últimos 20 años y tendencias a futuro

  • 1. Avances biotecnológicos de los últimos 20 años y las tendencias a futuro Eric MIALHE, INCABIOTEC, Universidad Nacional de Tumbes
  • 2. MAESTRIA DE BIOTECNOLOGIA MOLECULAR 5 promociones (>100 estudiantes) FRAGATA FIEST & RIVA, SILVA, SOMATITO, etc. CLUSTER BIOTECNOLOGICO PUBLICO – PRIVADO Confianza, Complementariedad, Sinergia “Amistad profesional” 1. N. Puño (R), Enedia Vieyra 2. J. Cruz (R), V. Caril (DEPG), A. Hidalgo 3. C. Canepa (R), C. Desa (DEPG), D. Saldarriaga
  • 3. I Maestría de biotecnología molecular 2014-2016 II Maestría de biotecnología molecular 2015-2017 III Maestría de biotecnología molecular 2016-2018 Biólogos, Agrónomos, Acuicultores, Veterinarios, Ing. Forestales, Biotecnólogos, etc.. Estudiantes de Perú, Ecuador, Madagascar IV Maestría de biotecnología molecular 2017-2019 (24 estudiantes) V Maestría de biotecnología molecular 2019-2020 (>40 estudiantes) PhD Franco-Peruano-Ecuatoriano Biotecnología molecular 2019 Biotecnologías “ómicas” ACTIVIDADES EDUCATIVAS: post-grados Temas de tesis / Agricultura Biotecnologia del banano Biotecnologia del cacao Biotecnologia del arroz Biotecnología de la vid Biotecnología del limón Biotecnologia de cactus Biotecnologia de salicornia Biotecnologia forestal Biotecnologia entomologica Biotecnologia de nematodos Biotecnologia del compost Biotecnologia del humus
  • 4. Alianza estrategia “transitoria” Estudiantes peruanos de Tumbes, Huánuco, Trujillo, Piura, UMSM, La Molina, Cayetano Heredia, Chimbote, Lambayeque, etc. Estudiantes ecuatorianos
  • 6. << Organismos / órganos / tejidos / células / núcleo / cromosomas - ADN Biotecnología molecular OMICAS para el desarrollo sostenible de las reservas de biosfera de Perú / Mundo Microorganismos / células / núcleo o nucleído/ cromosomas – ADN >>> METABOLITOS (Metabólomica)
  • 7. Biotecnologías “multiómicas”… “multi-metaomicas” La realidad biotecnológica, comercial y jurídica relativa al acceso a los recursos genéticos Avances biotecnológicos de los últimos 20 años y las tendencias a futuro……. en el Perú
  • 8.
  • 9.
  • 10. Genómica: PCR y diagnóstico molecular y estudios epidemiológicos Ventajas: - Alta sensibilidad - Alta especificidad - Rapidez  35 a 40 ciclos Millones de copias Reacción en cadena de la polimerasa “PCR”
  • 11. Identificación molecular de genes de toxinas relacionadas a AHPND. Aislamiento de cepas Implementación de la técnica LAMP PCR en campo. Detección de AHPND en (Pir AB toxinas) Chung-Te Lee et al. PNAS 2015 AHPND- associated plasmid pVA1 (acute hepatopancreatic necrosis disease)
  • 12. - La Real-Time PCR detecta a acumulación del producto durante la reacción. - La detección y cuantificación de agentes fluorescentes en “tiempo real”. - La fluorescencia emitida es proporcional a la cantidad  Cuantificación SYBR Green Transcriptomica: qPCR para diagnóstico molecular y estudios de expresión de genes (Dicer, Argonaute, DESCAM, p53, etc.
  • 13. Secuenciación de próxima generación Secuenciación en paralelo (16 000 000)
  • 14. 14 Secuenciación masiva de ADN - ADN genómico - ADN metagenómico (cultivables y no cultivables) - ADNc (transcriptómica) Secuenciación de próxima generación
  • 16. Técnica de diagnostico molecular dependiente de cultivo Extracción de muestras biológicas Siembra y purificación de colonias bacterianas Extracción de ADN Bacteriano PCR ADNr 16S y electroforesis en gel de agarosa Secuenciación y análisis bioinformático Identificación molecular bacteriana (base de datos NCBI) Identificación molecular de genes de toxinas AHPND- associated plasmid pVA1 • Identificación del 1% de todos los microorganismos de la microbiota. • Medios de cultivos favorecen el desarrollo de ciertos microorganismos, cubriendo al verdadero patógeno.
  • 17. Identificación molecular de bacterias cultivables de camarones enfermos. HEPATOPANCREAS Pseudomonas putida Acinetobacter johnsonii Bacillus firmus Vibrio parahamolyticus HEMOLINFA Vibrio harvey Vibrio hispanicus Vibrio nigripulchritudo Vibrio sinaloensis Pseudomonas hibiscicola Staphylococcus epidermidis Staphylococcus warneri Staphylococcus hominis Staphylococcus haemolyticus Aerococcus viridans Acinetobacter pittii Chryseobacterium gambrini Bacillus cereus INTESTINO Vibrio alginolyticus Vibrio brasiliensis Vibrio campbellii Vibrio harvey Vibrio hepatarius Photobacterium damselae Providencia rettgeri Bacillus megaterium
  • 18. Técnica de diagnostico molecular independiente de cultivo MetagenómicaExtracción de muestras biológicas Extracción de ADN total Bacteriano PCR ADNr 16S y electroforesis en gel de agarosa Secuenciación de próxima generación (NGS) Análisis metagenómica de las secuencias bacterianas • Identificación del 100% de todos los microorganismos de la microbiota. • Identificación de bacterias cultivables, bacterias difícil de cultivar y bacterias no cultivable. (Metagenómica)
  • 19. Identificación molecular de bacterias mediante análisis metagenómico directo de hemolinfa. 32% 15% 10% 6% 6% 5% 3% 3% 2% 18% Géneros predominantes en hemolinfa directa de langostino sanos Halospirulina Bradyrhizobium Lactococcus Maritimimonas Burkholderia Streptococcus Neisseria Hylemonella Mycena Otros Generos < 2% 0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% 100% Porcentaje de abundancia de géneros en hemolinfa de camarones Sanos Enfermos
  • 20. Técnica de diagnostico molecular mediante co-cultivo en medio liquido Metagenómica Muestras biológicas en medio liquido enriquecido Extracción de ADN total Bacteriano PCR ADNr 16S y electroforesis en gel de agarosa Secuenciación de próxima generación (NGS) Análisis metagenómica de las secuencias bacterianas • Identificación del 10% de todos los microorganismos de la microbiota. • Medios de cultivos favorecen el desarrollo de ciertos microorganismos, cubriendo al verdadero patógeno
  • 21. Identificación molecular de bacterias mediante análisis metagenómico de hemolinfa. co-cultivo y directo Comparación a nivel de especies entre metagenómica directa (verde) y metagenómica de co-cultivo (rojo) de hemolinfa de langostino
  • 22. Identificación molecular de bacterias del hepatopáncreas mediante análisis metagenómico entre camarones sanos y enfermos. Comparación a nivel de géneros entre metagenómica de sanos (verde) y metagenómica de enfermos (rojo) de hepatopáncreas de langostino
  • 23. NC NP ZP ZC Alteromonas 42,769096 62,5909254 2,16730425 8,95074028 Vibrio 12,6284668 2,80680986 1,14183479 11,4397817 Nautella 9,02279162 7,40175387 30,1589841 6,07087024 Marinomonas 8,78814898 2,43609913 0,00727283 0,01226129 Flexibacter 8,47529213 4,56534945 0,0174548 0,00153266 Pseudoalteromonas 7,45068594 5,4749926 0,25745829 0,44447169 Neptuniibacter 1,40316298 3,50617592 0,31418639 2,83695552 Donghicola 0,58034946 1,52957119 12,4830907 19,1689912 Flavobacterium 0,98862765 1,13705394 0,14545666 0,23296447 Tropicibacter 0,4473853 0,83176275 5,3193501 2,38788585 Coccinimonas 0,08759992 0,10435975 1,18256266 0,1180149 Pseudoruegeria 0,49274954 0,23519883 1,16219872 0,42914508 Roseobacter 0,60381373 0,6884628 1,04437883 0,82303896 Lewinella 0 0,02336412 0,45673392 1,96946939 Skeletonema 0 0 0,34909599 1,90049965 Otros Generos 6,2618299 6,66812043 43,792637 43,2133771 0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80% 90% 100% NC NP ZP ZC Géneros predominantes en cultivo larval de camarón Otros Generos Skeletonema Lewinella Roseobacter Pseudoruegeria Coccinimonas Tropicibacter Flavobacterium Donghicola Neptuniibacter Pseudoalteromonas Flexibacter Marinomonas Nautella Vibrio Alteromonas Identificación molecular de bacterias en cultivo larval con probióticos NC: Nauplii Control NP: Nauplii Probióticos ZP: Zoea Probióticos ZC: Zoea Control
  • 24.
  • 25.
  • 26. Biotecnología aplicada a la domesticación de perifiton y biofloc nativo para el mejoramiento del cultivo de langostino, Litopenaeus vannamei BIOFILM BIOFLOC PERIFITON PERIFITON BIOFLOC BIOFILM
  • 27. Tanque con baja mortalidad Tanque con alta mortalidad PERIFITONBIOFLOC Pleurocapsa 6.2% Pelobacter 3.5% Haliscomenobacter 3.2% Nitrosomonas 3.2% Pseudoalteromonas 3.0% Tenacibaculum 19.8 % Koliella 3.0 % Desulfobulbus 3.0% Lewinella 3.0% Flavobacterium 2.8% Prochlorococcus 10% Cyanobacterium 10% Flavobacterium 10% Diatoma 8.2 % Vibrio 31.0 % Diatoma 15.7 % Flavobacterium 4.1 % Skeletonema 3.3 %
  • 29. 29
  • 31. 1996.0 4609.2 7222.4 9835.6 12448.8 15062.0 Mass (m/z) 2864.7 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 Final - Shots 800 - SPOT SET IB - BACTERIA; Run #2; Label A3 5735.8467(R507,S215) 4431.7310(R357,S133) 5208.3574(R434,S123) 9085.4512(R729,S133) 6044.2549(R498,S112) 7231.9346(R605,S68) 6345.5820(R517,S62) 9761.0889(R644,S44) 7610.0659(R607,S21) Espectro de masas de Pseudomonas sp. (Cepa P1C3) MALDI TOF Secuencias peptídicas) MALDI TOF/TOF
  • 32. Diagnostico molecular: Espectrometría de masa MALDI TOF MALDI TOF Tabla de MALDI TOF/TOF . Microbiota del hemolinfa de camarones enfermos, según secuencias de aminoácidos sequence Description Accession LKKANIAEFKR Bacillus alveayuensis WP_044895943.1 ANAEIAHGVR Bacillus megaterium WP_013060107.1 DAGMTR Citrobacter koseri ABV16087.1 AMVNLFR Corynebacterium genitalium WP_005289717.1 MAQDR Fusarium oxysporum EGU82499.1 ARNAAEAR Mycobacterium phage AKF14494.1 ADGESVSR Mycobacterium sp. WP_046301330.1 IPLPTISIPPR Photobacterium aphoticum GAL04160.1 FDALYINLR Pseudoalteromonas sp. WP_052140898.1 GTALHALAAAR Streptomyces baarnensis WP_030076096.1 AMLTSK Vibrio cholerae CSI79098.1 EREERGALLVR Vibrio cholerae KFE15748.1 ADGVRMR Vibrio cholerae WP_032480263.1 DAYKRNFDGSSQTNGMNAR Vibrio coralliilyticus WP_043010219.1 EDGKPDHCQYTKGEITEAR Vibrio harveyi WP_049535690.1 ANGGMLWK Vibrio harveyi WP_017817645.1 AGLQAMKAEMQR Vibrio navarrensis WP_039426966.1 KDCADPR Vibrio neptunius WP_045976469.1 VAMEYND Vibrio nigripulchritudo WP_038123309.1 ITDYDLKNIR Vibrio parahaemolyticus KED45415.1 SRSFDDQAR Vibrio parahaemolyticus WP_031838943.1 GANLVSTAQINNANR Vibrio phage 1 [VHS1022 protein] AEH21835.1 MLQRLQEARDAGR Vibrio phage 1 [PH108-56(+3)] AAL87214.1 GAFDNDKGTDDSGTVTGR Vibrio phage 1 [VHS1103 protein ] AEH21916.1 SSASAPSVTDRFANMLK Vibrio shilonii WP_051647211.1 GALRSKLDNWPIFSLYR Vibrio sp. GAL12096.1 AGDVIPQVVSVVLERRPESAR Vibrio sp. WP_040987623.1 ESQHIDGKSTSDQTSFLR Vibrio sp. WP_009843789.1 ATALEVFGFPR Vibrio variabilis GAL24966.1 DAFIRVVER Vibrio variabilis GAL25028.1
  • 33. Saprolegnia parasitica SPRY-dominio FSTSLNLQSDAFC proteína de unión ADN ARDAIKADVYR proteína SMC ACQAEQRTWQRKY transportador GEELMVPR Aeromonas salmonicida Saprolegnia diclina ankirina DAFYLAVQR Diagnostico patógenos directamente a partir de mucus
  • 34. Spectrum Prec MW Prec m/z Prec z Prot N Best Sequence Modifications Conf Theor MW z 1.J15.12.1.9 1303.608 1304.615 1 1 VLSGCGLAIMQR Carbamidomethyl(C)@5 99 1303.674 1 1000 1240 1480 1720 1960 2200 Mass (m/z) 7.6E+4 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 Final - Shots 750 - SPOT SET IB DIGESTION; Run #11; Label J15 1288.6447(R6560,S739) 1290.6388(R8694,S426) 1439.6616(R10920,S674) 1546.6899(R13832,S462) 1075.5319(R10268,S297) 1304.6147(R12647,S279) 1112.4482(R11391,S205)1310.5988(R12888,S200) 1162.4298(R12747,S138) 1562.6743(R16799,S153) 1705.7198(R18532,S112)1543.6595(R17785,S85)1326.5746(R12088,S66) 1976.8400(R15646,S100)1065.9822(R9746,S51) ESPECTRO MALDI TOF TOF. PRECURSOR 1304.615 Da 1200 1300 1400 1500 1600 1700 Mass (m/z) 7.6E+4 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 Final - Shots 750 - SPOT SET IB DIGESTION; Run #11; Label J15 1288.6447(R6560,S739) 1290.6388(R8694,S426) 1439.6616(R10920,S674) 1546.6899(R13832,S462) 1304.6147(R12647,S279) 1310.5988(R12888,S200) 1562.6743(R16799,S153) 1504.2439(R8394,S88) 1326.5746(R12088,S66)1244.6157(R12479,S57) 1433.6705(R13849,S54) VLSGCGLAIMQR
  • 35. Secuencia Proteína RDTFFLPDPEGSVYFR Bacteriocin maturation protein Brevibacillus choshinensis AGGAYLPLDAELPPER Plipastatin synthase subunit E (Bacillus subtilis (strain 168) APGEQMYR Gramicidin S synthase 2 Brevibacillus brevis (Bacillus brevis) QNPDRNEQLETLKR MULTISPECIES: polyketide synthase [Bacillus] EDLTHLDEAEQSAYLQRFKER FenE (Bacillus amyloliquefaciens) AGGFKTGGINFDAKVR MULTISPECIES: xylose isomerase [Bacillus] QPENIQTAVEELLRYTSPVIMMANR bacillaene polyketide synthase [Bacillus amyloliquefaciens] AGILSDEEQKALLAFNDTKTDYPR Lichenysin synthase 2 (Bacillus glycinifermentans) AGLKELDVITEFDGHKVNDIVDLR serine protease [Bacillus subtilis] Bacterias aisladas del tracto digestivo del paiche. srf AA fenDbmyBbacA M W Genómica Proteómica Secuencias de proteínas bacterianas relacionadas a la producción de péptidos antimicrobianos, identificadas por espectrometría de masas Maldi-TOF/TOF Ensayos de antagonismo, realizados con el extracto de proteínas del sobrenadante libre de células de B. amiloliqufaciens, frente a Aeromona hydrophila. Detección de los genes claves en la biosíntesis de componentes antimicrobianos
  • 36. Prec MW Best sequence Species Identificaction Ident N° Accesion 900.4601 RREQRR Nipponia nippon Protein pilot 99 1197.7126 AIKNRFRHR Poecilia reticulata Protein blast 100 XP_008396824.1 1331.6647 LCRINFTPLR Danio rerio Protein blast 100 NP_932330.1 999.4227 TLAALGQKR Alligator mississippiensis Protein blast 100 XP_014455978.1 1318.6757 CIGFAIKNRIR Poecilia reticulata Protein blast 91 XP_008396824.1 1353.6317 DWAKEKYDKR Rhincodon typus Protein blast 88 XP_020367844.1 1514.7637 FCERFSYYGMR Esox lucius Protein blast 100 XP_012993296.1 1217.5256 AVALVVFISGSR Ictalurus punctatus Protein blast 100 XP_017337526.1 1197.7126 AENGGTQTRPR Paralichthys olivaceus Protein blast 100 XP_019960053.1 1633.7637 TQNQEFNITPVDVR Rhincodon typus Protein blast 100 XP_020367844.1 1814.9586 KNMEKDKMGMAIESR Nothobranchius furzeri Protein blast 100 XP_015807884.1 1789.9366 WTLQATTMNGQIGLLK Labrus bergylta Protein blast 100 XP_020500572.1 2179.1458 QPEHGPERKRDQVEMER Salmo salar Protein blast 100 NP_001140154.1 2322.1077 TYEIFKDIKTKPEEGANAIR Paralichthys olivaceus Protein blast 100 XP_019960053.1 2227.0957 NVIISYGNETTNELLNVMGK Pelodiscus sinensis Protein blast 100 XP_006128192.1 2322.1077 IRNIKFGDVVAKPEEGANAIR Poecilia formosa Protein blast 100 XP_007565446.1 Primers Secuencia Tm Tamaño pb A Pept1 F3 TTC TCC TAC TAT GGC ATG MRA GC 61 713 Pept1 R1 IGC CCA GTC CAT CCA GT 59 Pept1 DNAF1 AAR AGR GAG CAC TGG ATG GAC T 61 391 Pept1 DNAR1 AAA GTT ACC GTC CAT GGT GGT 61 B PepT1 F2 TCC CHC THC CIA TGT TCT GG 58.6 950 Pept1 R3 GCC TGT GAR TAI GMG AAC TCC A 62 C 18S rRNA F TAC CAC ATC CAA AGA AGG CAG 54.9 250 18S rRNA R TCG ATC CCG AGA TCC AAC TAC 57.5 1 2 3 4 C- M 5 C- 6 C- PepT1 B PepT1 A 18S rRNA 950 pb 250 pb 713 pb Identificación del PepT1 por PCR . Identificación por MALDI TOF/TOF del Pept1 en alevín de paiche
  • 37. 799.0 1441.8 2084.6 2727.4 3370.2 4013.0 Mass (m/z) 4.8E+4 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 Final - Shots 750 - IB12-5-17 MICROALGAS; Run #12; Label L7 832.2609(R5067,S501) 874.3553(R6239,S405) 1045.4703(R7996,S364) 1063.4644(R8249,S337) 1428.5590(R11177,S395) 804.2241(R6139,S218) 1803.7816(R13822,S357) 1030.4403(R9225,S123) 1753.7261(R13604,S174)1339.5405(R11140,S120)886.1632(R8315,S71) 1707.6588(R12625,S117)2162.9080(R16436,S160)1079.4482(R9116,S61) 2749.1060(R20661,S148)2398.8708(R20773,S98)1657.6846(R13019,S54) MZ Secuencia Proteina Función molecular 1063,464 AGRAGYLAGR Thiazole synthase Sulfurtransferase activity 1044,463 NSVVIGVKEK ribosomal protein S4 Union a ARN 1346,606 IRQQSRALGLR Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit Union a ATP 1428,755 VGRAIFGTISVIR RNA polymerase beta subunit Union a ARN 1062,479 AKKCGSKER ATP synthase CF0 subunit I Union a ATP Espectro de masas de Chaetoceros calcitrans. MALDI TOF 800 1120 1440 1760 2080 2400 Mass (m/z) 4.8E+4 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 Final - Shots 750 - IB12-5-17 MICROALGAS; Run #12; Label L7 832.2609(R5067,S501) 874.3553(R6239,S405) 1045.4703(R7996,S364) 1063.4644(R8249,S337)1347.5959(R10221,S402) 834.2581(R5843,S187) 804.2241(R6139,S218) 1803.7816(R13822,S357) 1030.4403(R9225,S123) 1753.7261(R13604,S174)1339.5405(R11140,S120)886.1632(R8315,S71) 1707.6588(R12625,S117) 2162.9080(R16436,S160)1079.4482(R9116,S61)928.2617(R7287,S57) 1505.5677(R12820,S81)1320.4938(R11483,S55) 1691.6748(R12737,S56) Espectro de masas de Leptolyngbya sp. (G2Y) MALDI TOF M/Z Secuencia Proteina 1063,486 YVKQALER toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family 1803,85 CSLAVEHEIFSKEVR RelE/ParE family toxin
  • 38. Metaproteómica Microorganismos asociados a los cultivos masivos ESPECIE M/Z SECUENCIA PROTEINA ORGANISMO Chaetocero gracilisis 1063,486 RQAYALER Phosphoribosylglycinamide formyltransferase Streptococcus uberis 1803,85 DGRKEKASLDKVTRR Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit alpha Vibrio harveyi 1429,762 LAKALQNQKASTR Virulence factor Bacillus okhensis Leptolyngbya sp 1045,47 DFPGAKVVR ATP-dependent DNA helicase Celeribacter halophilus 1063,464 RQAYALER Phosphoribosylglycinamide formyltransferase Streptococcus uberis 1030,44 RAHSDWMK Peptide chain release factor 3 Kiloniella litopenaei
  • 39. Análisis de los antagonismos por “Mass Imaging” Exoproteoma Exometaboloma
  • 40. Análisis de los antagonismos por “Mass Imaging” Exometabolomas Vibrio/ Bacillus Vibrio Bacillus Zona de antagonismo Gelosa sin bacteria Valor de masa m/z 1008.66 m/z 1074.64 m/z 1090.62
  • 44. Edición de genes Ruptura de doble cadena en el sitio blanco del ADN Unión de extremos no homólogos Reparación dirigida por homología Alteración del gen Corrección del gen Inserción de un trasngen Sistemas de reparación del ADN
  • 45. Fig. 6. Alineamiento de secuencias de 274pb, que corresponden a OTUs presentes en la muestra de langostinos desafiados con pool bacteriano, empleando el programa bioinformático MEGA 6. Se observa una región conservada en los primeros 103 nucleótidos, que correspondería a una parte de la región de Ig1, basados en el alineamiento con la única secuencia de LVDscam en el Genbank, mientras que la región variable iniciada a partir del nucleótido 102 al nucleótido 274, representaría la región N terminal del dominio de Ig2 Fig 4. Abundancia relativa de OTUs presentes en la muestra control y en la muestra de langostinos infectados. El 99.6% correspondiente al OTU 1 en la muestra control, mientras que en la muestra infectada sólo representa el 2%, así mismo se evidencia la gran diversidad de OTUs (isoformas LvDscam) en langostinos desafiados, de los cuales desde el OUT 1 al OUT 18, forman parte del 0.4% de abundancia relativa, en la muestra control DSCAM
  • 46. INSEMINACIÓN ARTIFICIAL CON ESPERMATÓFOROS CRIOPRESERVADOS 97.4 41.61 93.4 20.68 0 20 40 60 80 100 120 Viabilidad espermática (%) Tasa de eclosión (%) CONTROL A 11 días de almacenamiento en NL2 Viabilidad espermática y resultados preliminares post inseminación artificial. Células espermáticas viables previamente criopreservadas a -1°C/min de 25°C hasta -35°C (protocolo C) con solución crioprotectora EY, almacenado durante 11 días en NL2 y post descongelamiento en baño maría a 35°C. Tinción eosina nigrosina. Aumento 400X. Nauplios de Litopenaeus vannamei post inseminación artificial con espermatóforos criopreservados.
  • 47. Biotecnología molecular OMICAS para la caracterización y uso sostenible de recursos naturales: reservas de biosferas Criterios morfológicos (especies/razas/ cepas) Fenotipo depende del genotipo y del medio Microorganismos Variabilidad de los pocos criterios morfológicos Genómica / Secuenciación del ADN Bioinformática / Genotipos Proteómica/ Secuenciación de AA Bioinformática Metabólomica /metabolitos Bioinformática Hormiga / Valinomycin Metagenómica Organismos Diversidad y variabilidad de los numerosos criterios morfológicos, polimorfismo Especies , Sub-especies, Razas Híbridos fértiles / estériles
  • 48. Temas de investigación e innovaciones de las tesis de maestrías en biotecnología molecular (UNT-Incabiotec-Rede de empresas y asociaciones) Organismos y Microorganismos Genes, Proteínas, Metabolitos Organismos - Especies animales y vegetales actualmente cultivadas/criadas -Nuevas especies animales terrestres nativas /endémicas (sajino , venado, ranas, abejas nativas, etc.) -Nuevas especies vegetales terrestres nativas /endémicas (cactus y agricultura de desierto, salicornia y agricultura salina) -Nuevas especies acuáticas dulceacuícolas y marinas nativas /endémicas (peces, moluscos, crustáceos, algas) - Cruces e Híbridos / Crio preservación Microorganismos Microbiota nativa de animales o de plantas y cepas probióticas con efectos benéficos sobre crecimiento y/o resistencia -Biocontroladores de enfermedades y plagas -Biodegradadores de desechos agropecuarios y acuícolas (hidrolizados, compost, etc.) --Biorremediación de contaminantes ambientales - Productores de metabolitos (lípidos, antimicrobianos, etc.)
  • 49. MAESTRÍA EN BIOTECNOLOGÍA MOLECULAR-UNT Bióloga. Damaris Esquén Detección Mutagenesis: Next Generation Sequencing - NGS
  • 50. UNIVERSIDAD NACIONAL DE TUMBES ESCUELA DE POSTGRADO MAESTRÍA EN BIOTECNOLOGÍA MOLECULAR Bióloga Dámaris Esquén – Universidad Nacional de Tumbes Transfection with CRISPR/Cas9 system Artificial insemination of the female by implantation of the mutated spermatophores Obtaining nauplii with the CRISPR/Cas9 mutation Experimental infection with suspensions of WSSV Selection of shrimp resistant to WSSV The edition of genes of the cellular receptors "Rab7 and B-integrin" and of the transcription factor "YY1" in shrimp, will increase their survival, favoring the establishment of shrimp lines resistant to WSSV Perspective Selection of shrimp resistant to WSSV