El colesteatoma adquirido secundario se asocia con perforaciones crónicas de la membrana timpánica y la infección del oído medio, lo que permite la migración de la piel del conducto auditivo hacia el interior del oído medio. Otra teoría aceptada es la metaplasia de la mucosa del oído medio debido a la persistencia del derrame e hipoxia por más de 6 meses. La implantación de células epidérmicas durante la timpanoplastia también podría causarlo.