2. Mauricio Lema Medina MD
Inspirado en: Michael Bierut, 2013, Logo para Mohawk Fine Papers
Director científico, Clínica de Oncología Astorga
Hemato-oncólogo Clínica SOMA, Medellín
3. 1. El dogma de la vida
2. Historia del cromosoma Philadelphia
3. Mutaciones adquiridas en cáncer
4. Técnicas de secuenciación de ADN
5. Cáncer de mama hereditario
6. Mutaciones del BRCA1/2 en línea germinal
• Temario (1/2)
Creado por Mauricio Lema Medina MD
4. 7. Páneles genómicos amplios
8. Páneles genómicos amplios: genes específicos (parte 1 y 2)
9. Páneles genómicos amplios: ejemplo de una paciente
10. FISH
11. PCR
12. RT-qPCR: ejemplo bcr-abl
13. Pruebas genómicas de recurrencia: ejemplo OncoType DX
• Temario (1/2)
Creado por Mauricio Lema Medina MD
5. 1 – El dogma de la
vida
• 01 - DOL
Creado por Mauricio Lema Medina MD
6. Mauricio Lema Medina MD
Clínica de Oncología Astorga / Clínica SOMA
Medellín
Inspirado en: Michael Bierut, 2013, Logo para Mohawk Fine Papers
13. Creado por Mauricio Lema Medina MD
eIF4H
ORF
eIF4G
60S
PABP
eIF4A
Met-tRNA
40S
eIF1eIF3
eIF1A
Met-tRNA
GTP
eIF4B
eIF4E
Met-tRNA
60S
40S
eIF5B
GDP Ala tRNA
eIF2
Ala tRNA
eEF1A
eEF2
60S
eIF5
S6
GTP
eEF1A
GDPGTP
Traducción o
translación
Proteína
14. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Proteína
Enzimas
Regulación
Citoesqueleto
Señales de transducción
… Efectúan…
15. Creado por Mauricio Lema Medina MD
ADN
ARN
Proteína
Replicación (duplicación de ADN)
Transcripción (formación RNA mensajero)
Traducción (construcción de proteínas)
Efectúa las funciones vitales
Dogma de la vida
NúcleoCitoplasma
16. 01 - DOL
• En el ADN está el material genético
• El proceso de duplicación de ADN se denomina replicación
• Esencial para la mitosis
• El proceso de formación de RNA mensajero se denomina transcripción
• También ocurre en el núcleo celular
• El proceso de convertir la información del RNA mensajero en proteína se
denomina traducción (o translación)
• Ocurre en el citoplasma
• Las proteínas se encargan de ejecutar procesos metabólicos que permiten la
vida
• Conceptos fundamentales - Dogma de la vida
Creado por Mauricio Lema Medina MD
17. 2 – La historia del
cromosoma
Philadelphia
• 01 – PhHistory
Creado por Mauricio Lema Medina MD
18. Mauricio Lema Medina MD
Clínica de Oncología Astorga / Clínica SOMA
Medellín
Inspirado en: Michael Bierut, 2013, Logo para Mohawk Fine Papers
20. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Nowell and Hungerford
Cromosoma 22
Normal
Cromosoma 22
Leucemia mieloide crónica
1960
Philadelphia
Cromosoma 22
anormalmente corto en
leucemia mieloide crónica
Cromosoma Philadelphia
21. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Janet Rowley
Cromosoma 9
Normal
Cromosoma 22
Normal
Cromosoma 22
Leucemia
mieloide crónicaCromosoma 9
Leucemia
mieloide crónica
1972
El cromosoma Philadelphia resulta
de una translocación recíproca de
los cromosomas 9 y 22
t(9;22)
26. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Bcr-Abl
Bcr Abl
Proliferación,
Progresión
Ciclo
Celular
Hck
pY699
STAT 5
pY699
pY699
STAT 5
SOS
PPRAS
MEK1/2
ERK1/2
27. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Bcr-Abl
Bcr Abl
Proliferación,
Progresión
Ciclo
Celular
Polaridad cellular
Migración
Hck
pY699
STAT 5
pY699
pY699
STAT 5
Rap1
SOS
PPRAS
MEK1/2
ERK1/2
28. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Bcr-Abl
PDK
Bcr Abl
Supervivencia
Proliferación
Proliferación,
Progresión
Ciclo
Celular
Polaridad cellular
Migración
Hck
pY699
STAT 5
pY699
pY699
STAT 5
Cbl
Rap1
SOS
PPRAS
MEK1/2
ERK1/2
-Catenin
eIF2B
P
P
APC
P
GSK-3
S9
CRMP-2
P
Gli
P
GS
P
hPrune
P
MAP1B
P
eIF4B 4EBP1
P
S6
p70S6K
P
P
mTORC1
GL
S2448
T2446Raptor
FKBP12
TSC1 TSC2
S939
P
p27
HDM2
p53
T157
p21
T145
S166
S186
AAAAA
60S
40S
Bad
PCas 9
P
XIAP
P
Zyxin
S142
GirdinACAP1
P P
Erk 1/2
P
G1
S
G2
M
Proliferation
Cyclin D1
CDK4/6
E2F 1-3
pRb
PP P
P
Cas
9
Cas
9
Cyt
Cyt
Cyt
Cyt
Cyt
Cyt
Cyt
Apoptosis
29. 02 - PhHistory
• Cromosoma 22 corto en LMC1 (cromosoma Ph)
• Translocación balanceada cromosoma 9 y 22: t(9;22)
• Fusión de dos genes: ABL (cromosoma 9) y BCR (cromosoma 22)
• Proteína de fusió BCR-ABL explica el fenotipo proliferativo de LMC
• Primer ejemplo de una mutación de ADN que explica un fenotipo oncológico
• Historia cromosoma Philadelphia
Creado por Mauricio Lema Medina MD
1LMC: Leucemia mieloide crónica
31. Mauricio Lema Medina MD
Clínica de Oncología Astorga / Clínica SOMA
Medellín
Inspirado en: Michael Bierut, 2013, Logo para Mohawk Fine Papers
32. Creado por Mauricio Lema Medina MD
ADN
Normal
ADN
Leucemia mieloide crónica
Gen anormal BCR-ABL
Mutación
Fenotipo oncológico: Leucocitosis,
más mutaciones…
muerte
Proteína anormal
BCR-ABL
Célula madre hematopoyética (adquirida)
39. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Mutación de
EGFR L858R
en cancer
humano
CambiodeTporG
40. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Mutación de
EGFR L858R
en cancer
humano
R - Arginina
41. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Mutación de
EGFR L858R
en pulmón
p27
E2F 1-3
KSR
CR1GF
L1
L2
CR2
CR1
Y845
Kinase
Y1173
Y1086
Y891
Y992
Y1148
Y1045
Y920
Y1068
L1
L2
CR2
Y845
Kinase
Y1173
Y1086
Y891
Y992
Y1148
Y1045
Y920
Y1068
GFCR1
PI3K
PDK
aPKC
AP-1 AP-1
STAT 3
P
STAT 3
P
PP
Grb2
SOS
Ras
SHC
Src STAT 3
P
STAT 3
P
STAT 3
P
p70S6K
P
P
SRFElk Ets
P
TCFCRE NFkBCRE
PP
NFkB
P P
MEK1/2
ERK1/2S217 S221
T202
Raf1
S338
Y341
14-3-3
GSK-3
-Catenin
S9
Glycogen
syntahse
CRMP-2
WNK-1
P
P
P
P
APC
P
MAP1B
P
PKB
T308 S473
Bad
P
Cas 9
P
XIAP
P
P
PFK-2
ATP-citrate
lyase
PKC
P
PKC
P
PKC
P
PLC1
p90Rsk
MEKK2
JNK1/2
MKK7
MKK4
PP
Grb2
SOS
Rac/Rho
PP
DAG
IP3
PKC
RKIP
S153 I-1
P
PP1
MARCKS
Ca
Ca
Ca Ca
Ca
Ca
Ca
Ca
Ca
CaM
CamKIICaM MLCKCaM
P
DAPKCaM
P
P
Fascin
P
P
S129
Bcl-2
G1
S
G2
M
mTOR
P
Raptor
GL FKBP12
4EBP1
P
S6
p70S6K
P
P
AAAAA
60S
40S
PTEN
P
P
Cot
P
FOXO1
Foxa2
P
P
P
C-Myc
E2F 1-3
ATM
Cyclin D1
CDK4/6
pRb
HDM2
P
p53
P
GRK5CaM
FOXO1
P
P
P
P
EGFR activo siempre
(activación constitutiva)
42. Creado por Mauricio Lema Medina MD
ADN
EGFR Normal
ADN
EGFR L858R
Mutación
Fenotipo oncológico: Cáncer de
pulmón
Mutación adquirida (pulmón)
Proteína anormal (EGFR mutado)
45. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Mutación de
V600E BRAF
en melanocitos
p27
E2F 1-3
KSR
CR1GF
L1
L2
CR2
CR1
Y845
Kinase
Y1173
Y1086
Y891
Y992
Y1148
Y1045
Y920
Y1068
L1
L2
CR2
Y845
Kinase
Y1173
Y1086
Y891
Y992
Y1148
Y1045
Y920
Y1068
GFCR1
PI3K
PDK
aPKC
AP-1 AP-1
STAT 3
P
STAT 3
P
PP
Grb2
SOS
Ras
SHC
Src STAT 3
P
STAT 3
P
STAT 3
P
p70S6K
P
P
SRFElk Ets
P
TCFCRE NFkBCRE
PP
NFkB
P P
MEK1/2
ERK1/2S217 S221
T202
Raf1
S338
Y341
14-3-3
GSK-3
-Catenin
S9
Glycogen
syntahse
CRMP-2
WNK-1
P
P
P
P
APC
P
MAP1B
P
PKB
T308 S473
Bad
P
Cas 9
P
XIAP
P
P
PFK-2
ATP-citrate
lyase
PKC
P
PKC
P
PKC
P
PLC1
p90Rsk
MEKK2
JNK1/2
MKK7
MKK4
PP
Grb2
SOS
Rac/Rho
PP
DAG
IP3
PKC
RKIP
S153 I-1
P
PP1
MARCKS
Ca
Ca
Ca Ca
Ca
Ca
Ca
Ca
Ca
CaM
CamKIICaM MLCKCaM
P
DAPKCaM
P
P
Fascin
P
P
S129
Bcl-2
G1
S
G2
M
mTOR
P
Raptor
GL FKBP12
4EBP1
P
S6
p70S6K
P
P
AAAAA
60S
40S
PTEN
P
P
Cot
P
FOXO1
Foxa2
P
P
P
C-Myc
E2F 1-3
ATM
Cyclin D1
CDK4/6
pRb
HDM2
P
p53
P
GRK5CaM
FOXO1
P
P
P
P
BRAF activo siempre
(activación constitutiva)
46. 03 – Mutaciones y cáncer
• Mutación somática
• Adquirida
• Sólo en las células tumorales
• No hereditaria
• Todos los cánceres tienen mutaciones somáticas (aún los hereditarios)
• Somática vs línea germinal
Creado por Mauricio Lema Medina MD
47. 03 – Mutaciones y cáncer
• Mutación somática
• Adquirida
• Sólo en las células tumorales
• No hereditaria
• Todos los cánceres tienen mutaciones somáticas (aún los hereditarios)
• Mutación en línea germinal
• Heredada
• En todas las células del individuo
• Cáncer hereditario (5% de los cánceres)
• Somática vs línea germinal
Creado por Mauricio Lema Medina MD
48. Select Validated Biomarkers and Associated Approved
Therapies Across Solid Tumors
Slide credit: clinicaloptions.com
Tumor Type Molecular Testing Commonly Used (Associated Targeted Agents)
Bladder cancer PD-L1 (pembrolizumab, atezolizumab); FGFR (erdafitinib)
Breast cancer
HER2 (trastuzumab, pertuzumab, T-DM1, T-DXd, lapatinib neratinib, tucatinib);
BRCA1/2 (olaparib, talazoparib); PIK3CA (alpelisib); PD-L1 (atezolizumab)
Colorectal cancer
BRAF V600E (dabrafenib/trametinib + cetuximab or panitumumab, encorafenib + cetuximab or
panitumumab ± binimetinib); HER2 (trastuzumab, pertuzumab)
Gastric/GEJ/esophageal PD-L1 (pembrolizumab); HER2 (trastuzumab)
Cervical cancer PD-L1 (pembrolizumab)
Lung cancer
PD-L1 (pembrolizumab); EGFR (afatinib, dacomitinib, erlotinib, gefitinib, osimertinib);
ALK (alectinib, brigatinib, crizotinib, ceritinib, lorlatinib); ROS1 (crizotinib, entrectinib, lorlatinib);
BRAF V600E (dabrafenib/trametinib); METex14 (tepotinib, capmatinib, crizotinib); RET (selpercatinib)
Melanoma BRAF V600 (dabrafenib/trametinib, encorafenib/binimetinib, vemurafenib/cobimetinib)
Ovarian cancer BRCA1/2 (olaparib, rucaparib); HRD, including BRCA1/2 (niraparib)
Pancreatic cancer BRCA1/2 (olaparib); EGFR (erlotinib)
Tumor agnostic MSI-H/dMMR (pembrolizumab; nivolumab ± ipilimumab); NTRK (larotrectinib, entrectinib)
Bedard. Lancet. 2020;395;1078.
49. 03 – Mutaciones y cáncer
• El cáncer es una enfermedad genética
• Pero sólo el 5% de los cánceres son hereditarios
• Cambios en el ADN (mutaciones) explican el fenotipo oncológico
• Las mutaciones adquiridas denominan mutaciones somáticas
• Las mutaciones heredades se denominan mutaciones de línea germinal
• No todas la mutaciones son iguales
• Las importantes que explican el fenotipo oncológico: conductoras (drivers)
• Las que no explican el fenotipo oncológico: pasajeras (passengers)
• Las mutaciones se transmiten de las células madres a las células hijas
• Durante la historia natural del cáncer se adquieren nuevas mutaciones
• Las nuevas mutaciones confieren resistencia progresiva al tratamiento
• Conceptos fundamentales
Creado por Mauricio Lema Medina MD
50. 4 – Técnicas de
secuenciación de
ADN
• 04 – Técnicas de secuenciación
Creado por Mauricio Lema Medina MD
51. Mauricio Lema Medina MD
Clínica de Oncología Astorga / Clínica SOMA
Medellín
Inspirado en: Michael Bierut, 2013, Logo para Mohawk Fine Papers
52. Creado por Mauricio Lema Medina MD
1976
Sanger
Shendure J, Nature, 2017
En 1987 – máquinas: 1000 bases por día
54. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Shendure J, Nature, 2017
En 2001 – máquinas: 10.000.000 bases por día
55. Creado por Mauricio Lema Medina MD
En 2020 – 3 x 109 bases, en un par de días, en Medellín
56. Creado por Mauricio Lema Medina MD
A T
CG
A T
La doble cadena de ADN
tiene información
complementaria. Una
cadena puede dar origen
a la otra. La clave está en
los pares A-T, G-C
57. Creado por Mauricio Lema Medina MD
RNA
primer
RNA
primer
Top1/2 Top1/2
Lagging strand
Leading strand
Pol
Pol ε
RPA RPA
RPA RPA
RPA RPA
RPA RPA
RPA RPA
RPA RPA
RPA RPA
RPA RPA
RPA RPA
RPA RPA
Replicación celular
58. Creado por Mauricio Lema Medina MD
ATCGCCTGACTG…
Análisis por secuenciación de ADN
59. Creado por Mauricio Lema Medina MD
ATCGCCTGACTG…Del paciente
ATCGCGTGACTG…
Librería normal
Se detecta mutación
ATCGCCTGACTG…
Librería cáncer (cáncer databases)
Variante
patogénica
Variante
De significancia
Incierta (VUS)
Variante
benigna
60. Creado por Mauricio Lema Medina MD
ATCGCCTGACTG…
Un gen
Análisis por secuenciación de un gen
64. Creado por Mauricio Lema Medina MD
ATCGCCTGACTG…
Gen a
AGGGCGGACTG…
AGTTGGACTG…
Gen b
Gen c
Gen a
Gen b
Gen c
Secuenciación de un conjunto de genes (pánel)
65. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Intron Intron
Exón Exón
Todo el ADN
Todo el Exoma
Secuencia de
todo el exoma
30.000 genes
Análisis de la secuencia de todo el exoma1
Exoma: todo el DNA que se transcribe en una célula normal
Exón: parte del gen que se transcribe
Intrón: parte del gen que NO se transcribe
WES
Whole genome sequencing
67. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Intron Intron
Exón Exón
Todo el ADN
Secuencia de
todo el exoma
30.000 genes
Análisis de la secuencia de todo el genoma
Genoma: todo el ADN
WGS
Whole genome sequencing
69. Ventajas y desventajas de las diferentes secuenciaciones
Creado por Mauricio Lema Medina MD
Tipo de secuenciación Ventaja Desventaja
Un gen Barato, rápido Puede no encontrar la anormalidad de interés
Consume misma cantidad de tejido que un
análisis más completo (riesgo de agotamiento
de tejido)
Pánel Detecta con eficiencia
mutaciones en genes de
interés, relativamente rápido
Más costo, requiere de bioinformática robusta.
Expectativas irrazonables a pacientes con pobre
acceso a medicamentos de tecología de punta
Secuenciación de
exoma completo
Detecta mutaciones no
previamente sospechadas
Caro, sólo para entorno de investigación (2020)
Secuenciación de
genoma completo
Detecta mutaciones no
previamente sospechadas
Caro, sólo para entorno de investigación (2020)
70. 04 – Diferentes tipos de
secuenciación en cáncer
• La complementaridad entre los purinas y pirimidinas es la base de la secuenciación
• A-T / G-C
• Se puede secuenciar un fragmento o todo el ADN
• Secuencia de un gen: rápida, barata, eficiente.
• A menudo, insuficiente.
• Puede agotar el tejido.
• Secuencia de un pánel de genes: eficiente y puede cubrir la gama necesaria,
más costosa.
• Secuenciación de exoma o genoma completo (WES o WGS, respectivamente)
• No para la actividad clínica rutinaria actual
• Conceptos fundamentales
Creado por Mauricio Lema Medina MD
71. 5 – Cáncer de mama
hereditario
• 05 – Cáncer hereditario
Creado por Mauricio Lema Medina MD
72. Mauricio Lema Medina MD
Clínica de Oncología Astorga / Clínica SOMA
Medellín
Inspirado en: Michael Bierut, 2013, Logo para Mohawk Fine Papers
77. • Mutación germinal de BRCA1
Creado por Mauricio Lema Medina MD
BRCA1 mutado
Hereditario
Autosómica dominante
BRACA1 inactivo
BRCA1 no mutado
BRACA1 normal
Recombinación homóloga: BIEN
Con BRCA1 normal de
un alelo, suficiente para
RH adecuada
78. • Concepto de doble hit
Creado por Mauricio Lema Medina MD
Muchos genes
asociados a
cancer requieren
de la pérdida
del alelo normal
para desarrollar
fenotipo
oncológico
Heterozigoto
No cáncer
Pérdida de la Heterogocidad
Cáncer
Alelo mutado (mutación patogénica)
79. • Mutación germinal de BRCA1
Creado por Mauricio Lema Medina MD
BRCA1 mutado
Por diferentes mecanismos, el BRCA1 normal desaparece
(en mama, ovario, próstata o páncreas)
BRACA1 inactivo
BRCA1 mutado
BRACA1 inactivo
Recombinación homóloga: Deficiente
Sin BRCA1 normal,
RH deficiente
Cáncer
81. 05 – Cáncer hereditario
• No toda mutación en línea germinal de un gen asociado a cáncer es potencialmente
peligrosa
• Las bases de datos de mutaciones de línea germinal permiten identificar 3 tipos
• Patogénica
• Implicada en cáncer
• De significancia incierta (VUS)
• No implicada en cáncer
• Tampoco se descarta su asociación a cáncer
• Re-evaluar en 2 años
• Benigna
• Variante que no confiere riesgo mayor de cáncer
• Existen bases de datos públicas y privadas donde se pueden consultar la significancia de
las mutaciones
• Clasificación de las mutaciones en línea germinal
Creado por Mauricio Lema Medina MD
82. 05 – Cáncer hereditario
Creado por Mauricio Lema Medina MD
Gen involucrados Tipo de cáncer Sindrome
BRCA1 Mama, ovario, próstata, páncreas
BRCA2 Mama, ovario, próstata, páncreas
MLH1, MSH2, MSH6, y PMS2 Colon, gastrointestinal, cuerpo uterino Lynch
VHL Riñón, cerebro Von Hippel-Lindau
BLM Leucemia, sólidos Bloom
ATM Leucemia, linfomas, sólidos Ataxia-telangiectasia
P53 Mama, sarcomas, otros Li-Fraumeni
PTEN Gastrointestinal Cowden
STK11/LKB1 Gastrointestinal, páncreas, otros Peutz-Jeghers
FAP Colon, otros GI Poliposis familiar adenomatosa
MYH Colon
PTCH Cáncer basocelular de piel Gorlin
XPA-G Piel Xeroderma pigmentoso
WAS Linfoma Wikott-Aldrich
83. 05 – Cáncer hereditario
• Las mutaciones en línea germinal se transmiten de padres a hijos
• Algunas de esas mutaciones pueden conferir susceptibilidad al cáncer
• BRCA1/2
• S. Lynch
• APC…Rb…p53
• Para el desarrollo del cáncer se requiere la pérdida de la heterozigocidad (muchas de
ellas)
• Las mutaciones germinales están en TODAS las células del individuo
• No toda mutación de un gen relacionado con cáncer es patogénica
• La búsqueda de mutaciones en línea germinal puede hacerse con sangre, saliva
• También se encuentran en el tumor
• Como agregado, el cáncer hereditario explica aproximadamente 5% de las neoplasias
• Conceptos fundamentales
Creado por Mauricio Lema Medina MD
84. 6 – Investigación BRCA
y otros genes de la vía
HR en línea germinal
• 06 – BRCA
Creado por Mauricio Lema Medina MD
85. Mauricio Lema Medina MD
Clínica de Oncología Astorga / Clínica SOMA
Medellín
Inspirado en: Michael Bierut, 2013, Logo para Mohawk Fine Papers
89. Creado por Mauricio Lema Medina MD
ADN
ATM BRCA1 PALB2 BRCA2
Pánel de
secuenciación
BRCA1
mutado/no
ATM
Mutado/no
PALB2
Mutado/no
BRCA2
Mutado/no
Un solo examen
puede interrogar
muchos genes
Paciente
90. Historia personal de cáncer de mama/ovario más historia
familiar conocida de sindrome de cáncer de mama/ovario
hereditario
SíNo
Mutación somática de gen de
susceptibiidad de cáncer mama/ovario
Sí
Cualquiera: ca ovario, páncreas,
próstata metastásico, mama en varón
No
SíNo
SíNo
Ca mama <45, triple negativo <60,
múltiples ca de mama (misma persona)
SíNo
0
Ver siguiente
algoritmo
Criterios para investigación de cáncer
de mama/ovario hereditario
-- NCCN 2019
Investigar sindrome ca mama/ovario hereditario
No investigar sindrome ca mama/ovario hereditario
Judío Azhkenazi con ca de mama o
próstata Gleason ≥7
1/3
91. Familiar 1er/2ndo grado (1/2G) con
cáncer de mama <50
≥3No
Varón 1/2G con ca mama
<50
Familar 1/2G con ca páncreas/ovario/próstata
metastásico o Gleason ≥7
No
SíNo
No historia personal de cáncer de
mama / ovario
Criterios para investigación de cáncer
de mama/ovario hereditario
-- NCCN 2019
Investigar sindrome ca mama/ovario hereditario
No investigar sindrome ca mama/ovario hereditario
2/3
92. Cáncer de colon, cáncer de endometro,
cáncer de tiroides, cáncer de riñón,
anormalidades dermatológicas,
macrocefalia, hamartomas múltiples en
tracto gastrointestinal
Investigar Li-Fraumeni (TP53)
Cáncer de mama, sarcoma, carcinoma
adrenocortical, tumor cerebral o
leucemia
≥3 cánceres al sumar cáncer en 1/2G de
consanguinidad
Criterios para investigación de cáncer
hereditario
-- NCCN 2019
Investigar Cowden (PTEN)
Cáncer de mama lobulillar o cáncer
gástricodifuso
Investigar E-Cadherina (CDH1)
Cáncer de mama, tumores
gastrointestinales, hamartomas
gastrointestinals, tumores sex-cord de
ovario, cáncer de páncreas, tumores de
células de Sertoli de testículo,
pigmentación de la niñez
Peutz-Jeghers (STK1)
3/3
93. CUPS Nombre
Sangre
908412 ESTUDIO MOLECULAR DE ENFERMEDADES PBS
908420 ESTUDIOS MOLECULARES DE GENES (ESPECÍFICOS) PBS
908422 ESTUDIO MOLECULAR DE EXONES (ESPECÍFICOS) PBS
908423
ESTUDIO MOLECULAR DE DELECIONES Y
DUPLICACIONES (ESPECÍFICAS)
PBS
908424
ESTUDIO MOLECULAR DE MUTACIONES
(ESPECÍFICAS)
PBS
908432 BRCA1 Y BRCA2 PERFIL COLOMBIA PBS
908433 BRCA1 Y BRCA2 SECUENCIACIÓN COMPLETA No PBS
908434 BRCA1 Y BRCA2 MUTACIÓN FAMILIAR CONOCIDA No PBS
Tumor
898105 ESTUDIO DE BIOLOGÍA MOLECULAR EN BIOPSIA No PBS
898205
ESTUDIO DE BIOLOGÍA MOLECULAR EN ESPÉCIMEN
DE RECONOCIMIENTO
No PBS
Códigos
CUPS y
Pruebas
Moleculares
en Cáncer
Cortesía de la doctora Alicia María Cock-Rada
94. 06 – BRCA
• Las mutaciones de los genes BRCA1/2 son las más comunes en cáncer de mama
hereditario
• Sin embargo, no son las únicas
• La investigación con un pánel que incluya varios genes permitirá detectar otras mutaciones
de línea germinal que pueden estar involucradas en cáncer de mama (y afines)
• Se deben estudiar en forma rutinaria en cáncer de ovario
• Pueden ser de utilidad en cáncer de páncreas y cáncer de próstata
• Estos estudios están INCLUIDOS en el PBS (CUPS 908420)
• Conceptos fundamentales
Creado por Mauricio Lema Medina MD
95. 7 – Páneles genómicos
amplios para detección de
mutaciones somáticas en
cáncer: aspectos técnicos
• 07 – CGP - 1 – Aspectos técnicos
Creado por Mauricio Lema Medina MD
96. Mauricio Lema Medina MD
Clínica de Oncología Astorga / Clínica SOMA
Medellín
Inspirado en: Michael Bierut, 2013, Logo para Mohawk Fine Papers
102. FoundationOne CDx
FoundationOne CDx™ (F1CDx™) is a next generation
sequencing based in vitro diagnostic device for
detection of substitutions, insertion and deletion
alterations (indels), and copy number alterations
(CNAs) in 324 genes and select gene
rearrangements, as well as genomic signatures
including microsatellite instability (MSI) and tumor
mutational burden (TMB) using DNA isolated from
formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) tumor
tissue specimens.
https://assets.ctfassets.net/vhribv12lmne/6Rt6csmCPuaguuqmgi2iY8/e3a9b0456ed71a55d2e4480374695d95/FoundationOne_CDx.pdf
103. FoundationOne CDx
FoundationOne CDx™ (F1CDx™) is a next generation
sequencing based in vitro diagnostic device for
detection of substitutions, insertion and deletion
alterations (indels), and copy number alterations
(CNAs) in 324 genes and select gene
rearrangements, as well as genomic signatures
including microsatellite instability (MSI) and tumor
mutational burden (TMB) using DNA isolated from
formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) tumor
tissue specimens.
https://assets.ctfassets.net/vhribv12lmne/6Rt6csmCPuaguuqmgi2iY8/e3a9b0456ed71a55d2e4480374695d95/FoundationOne_CDx.pdf
104. Sample
Adequate sample Clinical CGP can be successfully
performed for solid tumour samples (generally
formalin fixed, paraffin embedded material), bone
marrow, and blood, although many other tissue
samples such as FNAs can be analysed. In general, a
sample approximately 15 mm2 with a minimal depth
of 40 mm is adequate for CGP.
Ross JS. Pathology, 2016
105. Sample
Adequate sample Clinical CGP can be successfully
performed for solid tumour samples (generally
formalin fixed, paraffin embedded material), bone
marrow, and blood, although many other tissue
samples such as FNAs can be analysed. In
general, a sample approximately 15
mm2 with a minimal depth of 40 mm is
adequate for CGP.
Ross JS. Pathology, 2016
106. Sample
For assays that measure gene copy number, tumour
nuclei should account for at least 20% of the total
nuclei present. When tumour nuclei are less than
20%, the risk of missing a copy number gain or
homozygous loss increases dramatically
Ross JS. Pathology, 2016
107. Sample
Contamination with non-cancerous tissue or high
levels of necrosis can affect detection sensitivity,
although macro-dissection can often be used to
enrich the sequenced sample for tumour nuclei.
Ross JS. Pathology, 2016
108. Detecting alteration
Point mutations that selectively alter enzyme activity
or induce early protein termination, genomic
rearrangements that disrupt genes or create novel
oncogenic molecules, copy number gains or losses
that dramatically change transcript levels, and small
insertions and deletions (indels) with various effects
depending on the gene and alteration location
Ross JS. Pathology, 2016
109. Bio-informatics
Although managing a clinical CGP assay
requires technical expertise across many
domains, the computational
bioinformatics expertise required for
high-quality analysis and interpretation is
key
Ross JS. Pathology, 2016
110. Actionable genomic alterations
The term ‘actionable’
describes a sequencing result
that can direct a specific action
by a treating oncologist
Ross JS. Pathology, 2016
111. 07 – CGP – 1 – Aspectos tecnicos
• Los paneles amplios de secuenciación genómica permiten la identificación de una
amplia gama de mutaciones potencialmente accionables en el tejido tumoral
(mutaciones somáticas)
• La tecnología ha avanzado, y permite su aplicación más amplia
• Los páneles comerciales más importantes, evalúan en forma paralela CIENTOS de
genes
• Nuevos genes se incorporan a medida en que su importancia clínica lo requiere
• Se debe considerar su realización en:
• Cáncer de pulmón de células no pequeñas, avanzado, al inicio
• Tumores sólidos que ya han agotado la terapia estándar
• NO son experimentales.
• Hace parte de la práctica clínica oncológica rutinaria – en países con buena
oncología
• Conceptos fundamentales
Creado por Mauricio Lema Medina MD
112. 8 – Parte 1 – Páneles
genómicos amplios para
detección de mutaciones
somáticas en cáncer: aspectos
técnicos
• 08 – CGP - 2 – Genes significativos – Parte 1
Creado por Mauricio Lema Medina MD
113. Mauricio Lema Medina MD
Clínica de Oncología Astorga / Clínica SOMA
Medellín
Inspirado en: Michael Bierut, 2013, Logo para Mohawk Fine Papers
142. 08 Parte 1 – CGP – genes
significativos
• Los paneles amplios de secuenciación genómica permiten la identificación de una
amplia gama de mutaciones potencialmente accionables en el tejido tumoral
(mutaciones somáticas)
• La tecnología ha avanzado, y permite su aplicación más amplia
• Los páneles comerciales más importantes, evalúan en forma paralela CIENTOS de genes
• Nuevos genes se incorporan a medida en que su importancia clínica lo requiere
• Se debe considerar su realización en:
• Cáncer de pulmón de células no pequeñas, avanzado, al inicio
• Tumores sólidos que ya han agotado la terapia estándar
• NO son experimentales.
• Hace parte de la práctica clínica oncológica rutinaria – en países con buena oncología
• Conceptos fundamentales
Creado por Mauricio Lema Medina MD
143. 8 – Parte 2 – Páneles
genómicos amplios para
detección de mutaciones
somáticas en cáncer: Genes
tumoro-agnósticos
• 08 – CGP - 2 – Genes significativos, tumoro
agnósticos – Parte 2
Creado por Mauricio Lema Medina MD
145. Mecanismos de reparación de ADN
Lord. Nature. 2012; 481:287. Martin. Clin Cancer Res. 2010;16:5107.
Single-strand
break
Double-strand
break
Bulky
adducts
Base mismatches,
insertions and
deletions Base alkylation
CH3
A
Double-strand
break repair
BER
PARP1
XRCC1
LIGASE 3
Proteins
Homologous
recombination
NHEJ
KU70/80
DNA-PK
BRCA1
BRCA2
PALB2
ATM
CHEK1
CHEK2
RAD51
Tumor types Breast, ovarian, pancreatic
NER
ERCC4
ERCC1
Xeroderma
pegmentosa
Mismatch
repair
MSH2
MSH1
Colorectal
G
Direct
reversal
MGMT
Glioma
MLH1
MSH2
PMS2/1
MSH6
Small IDLs (1-2 nucleotides)
146. Microsatellite Instability
Durante la replicación las hebras de ADN pueden
mal-alinearse con facilidad
Si los genes de reparación de mal-alineamiento de
ADN (MMR) mutan, la reparación es defectuosa
‒ Se denomina dMMR
El ADN tiene regions llamados microsatélites
compuestos de “repeticiones”
‒ Estos microsatélites son únicos en que los
errores de replicación varían en longitud, en
vez de secuencia
‒ Se denomina inestabilidad microsatelidal, o
MSI-High
Kim. Cell. 2013;155:858.
Exomewide or
genomewide
microsatellite
instability
screening
Tumor
Normal
Tumor-specific DNA
slippage events
MS lengths
AAAAAAAA,
CTCTCTCT,
CAGCAGCAG,
…..
148. Importancia de la carga mutacional tumoral
A mayor número de
mutaciones en el ADN
Mayor cantidad de
neoantígenos
Neoantígeno: antígeno nuevo
A más neoantígenos,
más oportunidad para
respuesta inmune
Inmunoterapia (anti
PD(L)1
150. dMMR in Patients With Advanced/Metastatic Cancers
1. Le. Science. 2017;357:409. 2. Conley. AACR 2017. Abstr A053. 3. Hall. ASCO 2016. Abstr 1523. Slide credit: clinicaloptions.com
CARIS[1]
(N = 12,019)
MATCH[2]
(N = 4901)
Foundation Medicine[3]
(N = 11,573)
Tumor Type[2,3] MSI High,
n/N (%)
Uterine 39/277 (14.1)
Small bowel 6/70 (8.6)
Prostate 11/178 (6.2)
CRC 42/1185 (3.5)
CUP 22/815 (2.7)
Hepatobiliary 9/389 (2.3)
Gastroesophageal 6/400 (1.5)
Pancreatic 1/459 (0.2)
NSCLC 5/2112 (0.2)
Breast 2/1459 (0.1)
Tumor Type
Lack MLH1 and/or
MSH2 Expression,
n/N (%)
GI cancer 33/1325 (2.5)
GYN cancer 31/301 (10.3)
Brain cancer 2/52 (3.8)
Sarcoma 6/106 (5.7)
Thyroid/
Parathyroid
2/3 (66.7)
Prostate 7/122 (5.7)
Breast 8/566 (1.4)
Neuroendocrine 5/192 (2.6)
Other 3/326 (0.9)
18%
16%
14%
12%
10%
8%
6%
4%
2%
0%
Late stage
Early stage
151. Response to Pembrolizumab in MSI-H/dMMR
Cancers
1. Pembrolizumab PI. 2. Le. Science.
2017;357:409.
Tumor Type[1] N ORR, % (95% CI)
CRC 90 36 (26-46)
Non-CRC 59 46 (33-59)
Endometrial 14 36 (13-65)
Biliary 11 27 (6-61)
Gastric/GEJ 9 56 (21-86)
Pancreatic 6 83 (36-100)
Small Intestine 8 38 (9-76)
Breast 2 PR, PR
Prostate 2 PR, SD
Bladder/esophageal 1/1 NE/PE
Sarcoma 1 PD
Thyroid 1 NE
Retroperitoneal
adenocarcinoma
1 PR
SCLC 1 CR
Renal 1 PD
Tumor Type and Response[2]
Slide credit: clinicaloptions.com
152. • La mutación inactivante de la polimerasa E, POLE, permite la
acumulación de mutaciones. De hecho, se genera un estado de
hipermutación, con mayor número de mutaciones que las que
se tienen con los dMMR
POLE
Creado por Mauricio Lema Medina MD
156. Carga mutacional por tumor
Alexandrov LB, Nature, 2013Creado por Mauricio Lema Medina MD
157. Importancia de la carga mutacional tumoral
A mayor número de
mutaciones en el ADN
Mayor cantidad de
neoantígenos
Neoantígeno: antígeno nuevo
A más neoantígenos,
más oportunidad para
respuesta inmune
Inmunoterapia (anti
PD(L)1
158. Slide credit: clinicaloptions.comHellmann. NEJM 2018;378:2093.
CheckMate 227: PFS With Nivolumab + Ipilimumab by
TMB
Nivo + Ipi 139 85 66 55 36 24 11 3 0
CT 160 103 51 17 7 6 4 0 0
Mos
0
20
40
60
80
100
0 6 12 183 9 15 21 24
PFS(%)
1-yr PFS: 43%
1-yr PFS: 13%
Patients at
Risk, n
HR for PD or death: 0.58
(97.5% CI: 0.41-0.81; P < .001)
Nivo + Ipi
CT
7.2
5.5
Median PFS,
Mos
139
160
Patients,
n
In patients with TMB < 10 mut/Mb treated with Nivo + Ipi vs CT, the HR was 1.07 (95% CI: 0.84-1.35; P = .0018).
PFS in Patients With High TMB (≥ 10 Mut/Mb)
161. NTRK Genes and TRK Proteins:
Roles in Normal Biology and Cancer
NTRK genes and TRK receptors[1]:
‒ In normal biology, expressed in neuronal
tissue; roles in development, nervous system
function via activation by neurotrophins
‒ Rarely expressed in normal nonneuronal or
cancerous tissues
NTRK gene fusions and TRK chimeric
fusion proteins [1]:
‒ In-frame rearrangement of an NTRK gene
links tyrosine kinase domain with
upstream fusion partner to generate a
chimeric RNA and TRK fusion protein
‒ Uncontrolled TRK kinase function resultsReceptor[2-4] Gene Function
TRKA NTRK1 Pain, thermoregulation
TRKB
NTRK2
Movement, memory,
mood, appetite, weight
TRKC NTRK3 Proprioception
1. Adapted from Amatu. ESMO Open. 2016;1:e000023. 2. Loewenthal. Pediatr Res. 2005;57:587. 3. Razzoli. Genes Brain Behav. 2011;10:424.
4. Inoue. Blood Cells Mol Dis. 2003;30:157.
162. TRK Fusions Are Found Across Diverse Cancer
Types In Both Adults and Children
Brain cancers (glioma, GBM, astrocytoma)
Thyroid cancer
Salivary cancer (MASC, mammary
analogue secretory carcinoma )
Lung cancer
Secretory breast cancer
Pancreatic
Cholangiocarcinoma
GIST
Colon
Melanoma
Sarcoma (multiple subtypes)
Gliomas
Infantile fibrosarcoma
Thyroid cancer
Congenital nephroma
Spitz nevi
Sarcoma (multiple subtypes)
Color Code:
Common cancer with
low incidence of TRK fusions
Rare cancer with high
incidence of TRK fusions
NTRK and TRK fusions are rare events:
0.2% found in screening >11,000 patients with tumors of all types
163. NTRK Fusion Frequency
< 5% of patients 5% - 25% of patients > 75% of patients
CNS
Astrocytoma
Brain low-grade glioma
Glioblastoma
GI
Colorectal cancers
Cholangiocarcinoma
GIST with mutations
Pancreatic cancer
Head and Neck
Squamous cell
carcinoma
Lung
Adenocarcinoma
Large cell neuroendocrine
Other
Acute myeloid leukemia
Breast cancer
Melanoma
Sarcoma
Congenital mesoblastic
nephroma
Papillary thyroid cancer
Pontine glioma
Spitz tumors
GIST without mutations
Mammary analogue
secretory carcinoma
(MASC) of the salivary
gland
Secretory breast
carcinoma
Infantile fibrosarcoma
Estimated Frequency of NTRK Fusions
Across Tumor Types
Adapted from Hong. ESMO Asia Congress 2016. Abstr 1500.
164. FDA-Approved TRK Inhibitors
Adult and pediatric patients with
solid tumors with a NTRK gene fusion
without a known acquired resistance
mutation who are either metastatic or
not candidates for surgical resection due
to likely severe morbidity and who have
no satisfactory alternative treatments or
whose cancer has progressed following
treatment
Second tissue-agnostic approval
Slide credit: clinicaloptions.com1. Larotrectinib PI. 2018. 2. Entrectinib PI. 2019.
Larotrectinib[1]
Adult and pediatric patients (≥ 12 years of
age) with solid tumors with a NTRK gene
fusion without a known acquired
resistance mutation who are either
metastatic or not candidates for surgical
resection due to likely severe morbidity
and who have no satisfactory alternative
treatments or whose cancer has
progressed following treatment
Adult patients with ROS1-positive metastatic
NSCLC
Third tissue-agnostic approval
Entrectinib[2]
165. Methods for Detection of TRK Fusions
IHC FISH NGS
Advantages
Rapid results
Detects transcribed and
translated events only
Low cost as single test
Rapid results Potential for multiplexed
testing
Less depletion of tissue
Fusion partner and
position are defined
Disadvantages
− Depletion of tissue
− Fusion partner and
position unknown
− Less well-validated
currently
− Depletion of tissue
− Fusion partner and
position unknown
− Can be difficult to
interpret
− Longer wait time for
results
− Cost
Jordan. Cancer Discov. 2017;7:596. Hyman. ASCO 2017. Abstr LBA2501. Farago. J Thorac Oncol. 2015;10:1670.
Hechtman. Am J Surg Pathol. 2017;41:1547. Slide credit: clinicaloptions.com
166. • NTRK
• Varios tumores
• 1% en cáncer de pulmón
• Espectacular respuesta a agentes anti NTRK
NTRK
Creado por Mauricio Lema Medina MD
168. Defectos en la
reparación de daño
de doble cadena
• Recombinación homóloga
Creado por Mauricio Lema Medina MD
169. Mecanismos de reparación de ADN
Lord. Nature. 2012; 481:287. Martin. Clin Cancer Res. 2010;16:5107.
Single-strand
break
Double-strand
break
Bulky
adducts
Base mismatches,
insertions and
deletions Base alkylation
CH3
A
Double-strand
break repair
BER
PARP1
XRCC1
LIGASE 3
Proteins
Homologous
recombination
NHEJ
KU70/80
DNA-PK
BRCA1
BRCA2
PALB2
ATM
CHEK1
CHEK2
RAD51
Tumor types Breast, ovarian, pancreatic
NER
ERCC4
ERCC1
Xeroderma
pegmentosa
Mismatch
repair
MSH2
MSH1
Colorectal
G
Direct
reversal
MGMT
Glioma
170. • Frecuentes en:
• Cáncer de mama
• Cáncer de ovario
• Cáncer de próstata
• Cáncer de páncreas
DEFECTOS EN RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA
Creado por Mauricio Lema Medina MD
177. 08 Parte 2 – CGP – genes
significativos
• La mutación de algunos genes relacionados con el cáncer no se circunscriben a un solo sitio
tumoral
• MMR
• NTRK (genes de fusión)
• HR
• POLE
• La identificación de estas mutaciones tiene implicación terapéutica (predictiva)
• MMR – agentes anti PD1
• NTRK-fusión - Agentes anti NTRK
• HR – inhibición de la PARP1
• POLE – agentes anti PD1 (potencialmente)
• La estrategia más eficiente de identificación de estas mutaciones es a través de páneles
genómicos amplios por NGS
• Conceptos fundamentales
Creado por Mauricio Lema Medina MD
178. 9 – Ejemplo de uso de
páneles genómicos
amplios en cáncer de
pulmón
• 09 – CGP – 3 - CC
Creado por Mauricio Lema Medina MD
179. Mauricio Lema Medina MD
Clínica de Oncología Astorga / Clínica SOMA
Medellín
Inspirado en: Michael Bierut, 2013, Logo para Mohawk Fine Papers
180. 09 – CGP – 3 - CC
• 55 años
• Mujer
• No fumadora
• Dolor de cadera izquierda y hombro izquierdo por 9 meses
• Caso
Creado por Mauricio Lema Medina MD
189. Creado por Mauricio Lema Medina MD
L858R
Adeno NSCLC
Etapa IV
Afatinib
T790M
9.2017 6.2018
PD
+8 mo
Se inicia
Osimertinib que es
activo en la
mutación EGFR
T790M
190. Creado por Mauricio Lema Medina MD
L858R
Adeno NSCLC
Etapa IV
Afatinib
T790M
9.2017 6.2018
PD
+8 mo
Afatinib Osimertinib
T790M
9.2017 6.2018 9.2018 3.2019
PD PD
+8 mo +9 mo
03.2019
191. Creado por Mauricio Lema Medina MD
L858R
Adeno NSCLC
Etapa IV
Afatinib
T790M
9.2017 6.2018
PD
+8 mo
Afatinib Osimertinib
T790M
9.2017 6.2018 9.2018 3.2019
PD PD
+8 mo +9 mo
Quimioterapia
paliativa u otra
terapia dirigida?
192.
193. Creado por Mauricio Lema Medina MD
L858R
Adeno NSCLC
Stage IV
Afatinib
T790M
9.2017 6.2018
PD
+8 mo
Afatinib Osimertinib
T790M
9.2017 6.2018 9.2018 3.2019
PD PD
+8 mo +9 mo
Afatinib Osimertinib
T790M
9.2017 6.2018 9.2018 3.2019
MET Ampl
PD PD
+8 mo +9 mo
Se encuentra otra
mutación
accionable
(amplificación de
MET), se agrega
crizotinib
194. Creado por Mauricio Lema Medina MD
L858R
Adeno NSCLC
Stage IV
Afatinib
T790M
9.2017 6.2018
PD
+8 mo
Afatinib Osimertinib
T790M
9.2017 6.2018 9.2018 3.2019
PD PD
+8 mo +9 mo
Afatinib Osimertinib
T790M
Osimertinib + Crizo
9.2017 6.2018 9.2018 3.2019
MET Ampl
PD PD
+8 mo +9 mo
Control de
enfermedad,
Paciente trabajando
Sin síntomas
+16 meses…
195. 04 – Cáncer hereditario
• Caso clínico
Creado por Mauricio Lema Medina MD
La terapia dirigida impacta la cantidad y la calidad de
vida de los pacientes con mutaciones accionables
196. 10 – FISH
• 10 – FISH
Creado por Mauricio Lema Medina MD
199. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Verde: cromosoma 17
Rojo: HER2/neu
En condiciones normales, debería haber el
mismo número de HER2/neu y cromosomas 17
200. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Nguyen L, Genes, 2017
Acúmulos de
linfocitos
malignos, de
tamaño medio,
cromatina
blastoide y
muchas mitosis
CD20+
CD10+
(GCC –
centro germinales)
BCL2+
Myc+Ki67>90%
Establecer si
es un linfoma
double hit
(rearreglo
MYC +
rearreglo
BCL2)
201. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Nguyen L, Genes, 2017
Linfoma
doble hit
(rearreglo
MYC +
rearreglo
BCL2)
FISH para MYC (break-apart)
Dos sondas distintas para MYC
(una verde, otra roja)
NORMAL: que estén juntas (flecha)
REARREGLO: que se separen
Estudio positivo para rearreglo MYC
FISH para BCL2
Verde: sonda para Cromosoma 14
Rojo: sonda para BCL2
NORMAL: que estén separadas
REARREGLO: que se junten (flechas)
Estudio positivo para rearreglo BCL2
202. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Rearreglo IgH
y Ciclina D1
en Linfoma
del manto
FISH para linfoma del manto: Dos sondas distintas para IgH y Ciclina D1 (una verde, otra roja)
NORMAL: que estén separadas; POSITIVO: que estén juntas (rojo + verde: amarillo)
Estudio positivo para rearreglo t(11;14) - IgH-Ciclina D1
203. 10 – FISH
• Conceptos fundamentales: FISH
Creado por Mauricio Lema Medina MD
La terapia dirigida impacta la cantidad y la calidad de
vida de los pacientes con mutaciones accionables
205. Mauricio Lema Medina MD
Clínica de Oncología Astorga / Clínica SOMA
Medellín
Inspirado en: Michael Bierut, 2013, Logo para Mohawk Fine Papers
206. Creado por Mauricio Lema Medina MD
ADN
ARN
Proteína
Replicación (duplicación de ADN)
Transcripción (formación RNA mensajero)
Traducción (construcción de proteínas)
Efectúa las funciones vitales
Dogma de la vida
NúcleoCitoplasma
207. Creado por Mauricio Lema Medina MD
Polimerasa Taq
(termoacuática)
Termoestable
wikipedia.com
Aislada en 1968 por Thomas
D. Brook de la bacteria
Thermus aquaticus - T-aq
Propiedad
especial:
Soporta altas
temperaturas
sin
desnaturalizarse
210. 5’ 3’
3’ 5’
P
P
3’ 5’
5’ 3’
Taq
Polimerasa
Termoresistente
(55 grados centígrados)
211. 5’ 3’
3’ 5’
P
P
3’ 5’
5’ 3’
Taq
Paso 2 - Annealing
Polimerasa
Termoresistente
(55 grados centígrados)
NOTA: la traducción de annealing es recocido… me quedo con annealing
212. 5’ 3’
3’ 5’
P
P
3’ 5’
5’ 3’
Taq
Paso 3 - Síntesis
Polimerasa
Termoresistente
(72 grados centígrados)
Síntesis de la cadena
complementaria de
ADN
218. 11 – PCR
• Conceptos fundamentales: PCR
Creado por Mauricio Lema Medina MD
La reacción en cadena de polimerasa permite la
ampliación ilimitada de un segmento de ADN
específico
219. 12 – RT-qPCR
• Reverse Transcriptase quantitative Polymerase Chain
Reaction
• PCR cuantitativa de tiempo real
Creado por Mauricio Lema Medina MD
220. Mauricio Lema Medina MD
Clínica de Oncología Astorga / Clínica SOMA
Medellín
Inspirado en: Michael Bierut, 2013, Logo para Mohawk Fine Papers
221. 12 – PCR
• Clarificación
Creado por Mauricio Lema Medina MD
RT-PCR significa
Reverse Transcriptase – PCR
Es la amplificación de secuencias de ARN utilizando la transcriptasa reversa para generar secuencias de
ADN.
qPCR significa
PCR cuantitativa (q = quantitative). Significa que el test sirve para cuantificar la expresión de RNA
222. Transcriptasa reversa
Secuencia de mRNA del gen
Interrogado (ie, bcr-abl1)
ACUUGAUUGCCUA…. TGAACTAACGGAT….
Secuencia de DNA
complementaria
del gen Interrogado
(ie, bcr-abl1)
PCR
RT-PCR
Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction
Creado por Mauricio Lema Medina MD
wikipedia
225. A
Leucemia mieloide crónica
En droga A
PCR-RT bcr-abl
1x – no detectable (2)
2x – no detectable (4)
3x – no detectable (8)
4x – no detectable (16)
5x – no detectable (32)
6x – no detectable (64)
7x – no detectable (128)
… no detectable
Resultado: remisión molecular
(no bcr-abl detectado)
226. A
Leucemia mieloide crónica
En droga A
PCR-RT bcr-abl
1x – no detectable (2)
2x – no detectable (4)
3x – no detectable (8)
4x – no detectable (16)
5x – no detectable (32)
6x – no detectable (64)
7x – no detectable (128)
… no detectable
Resultado: remisión molecular
(no bcr-abl detectado)
B
Leucemia mieloide crónica
En droga A
PCR-RT bcr-abl
1x – detectado (2)
Resultado: No remisión
(bcr-abl detectado)
227. A
Leucemia mieloide crónica
En droga A
PCR-RT bcr-abl
1x – no detectable (2)
2x – no detectable (4)
3x – no detectable (8)
4x – no detectable (16)
5x – no detectable (32)
6x – no detectable (64)
7x – no detectable (128)
… no detectable
Resultado: remisión molecular
(no bcr-abl detectado)
B
Leucemia mieloide crónica
En droga A
PCR-RT bcr-abl
1x – detectado (2)
Resultado: No remisión
(bcr-abl detectado)
C
Leucemia mieloide crónica
En droga A
PCR-RT bcr-abl
Resultado: detectado en Log5
(bcr-abl detectado, pero luego
de múltiples ciclos)
1x – no detectable (2)
2x – no detectable (4)
3x – no detectable (8)
4x – no detectable (16)
5x – detectado (32)
228. A
Leucemia mieloide crónica
En droga A
PCR-RT bcr-abl
1x – no detectable (2)
2x – no detectable (4)
3x – no detectable (8)
4x – no detectable (16)
5x – no detectable (32)
6x – no detectable (64)
7x – no detectable (128)
… no detectable
Resultado: remisión molecular
(no bcr-abl detectado)
B
Leucemia mieloide crónica
En droga A
PCR-RT bcr-abl
1x – detectado (2)
Resultado: No remisión
(bcr-abl detectado)
C
Leucemia mieloide crónica
En droga A
PCR-RT bcr-abl
Resultado: detectado 1/32
(bcr-abl detectado, pero luego
de múltiples ciclos)
1x – no detectable (2)
2x – no detectable (4)
3x – no detectable (8)
4x – no detectable (16)
5x – detectado (32)
233. 12 – RT-qPCR
• Conceptos fundamentales: RT-qPCR
Creado por Mauricio Lema Medina MD
La técnica RT-qPCR permite la identificación de la
profundidad de respuesta molecular por la
cuantificación precisa de la expresión (mRNA) del
gen interrogado
Su uso en bcr/abl1 en leucemia mieloide crónica es
estándar, y esencial
234. 13 – Pruebas
genómicas de
recurrencia
Creado por Mauricio Lema Medina MD
• Ejemplo de OncoType Dx
• Prueba genómica de recurrencia de 21 genes
235. La expression de genes (mRNA) puede cuantificarse
Creado por Mauricio Lema Medina MD
En tejido TUMORAL
237. N0 N1 N2 N3 M1
T0 Tis IIa IIIa IIIc IV
T1 Ia IIa IIIa IIIc IV
T2 IIa IIb IIIa IIIc IV
T3 IIb IIIa IIIa IIIc IV
T4 IIIb IIIb IIIb IIIc IV
Receptores de estrógeno o progesterona positiva+
Her2 negativo
Unifocal
T (T1/2): >1 cm y ≤5 cm o >0.5-1 cm, grado 2/3
N0 M0
Creado por Mauricio Lema Medina MD
238. Mayores de 50
Bajo riesgo
(RSS 0-25)
Alto riesgo
(RSS 26 o más)
Creado por Mauricio Lema Medina MD
239. TAILORx Results: Endocrine Therapy Alone Was Not Inferior to Chemoendocrine
Therapy in Patients With RS 11-25 (Arms B & C)
Primary Endpoint: 9-Year Invasive Disease-Free Survival (iDFS) in ITT Population
836 iDFS events after
median follow-up of
7.5 years
2
3
9
ITT: intent-to-treat
iDFS: invasive disease-free survival
RS: Recurrence Score® results
ET: endocrine therapySparano et al. N Engl J Med. 2018.
Creado por Mauricio Lema Medina MD
240. ≤50 years-old
21-gene recurrence score assay
(OncoTypeDx)
Luminal A or B (Her2-)
>1-5 cm in size (T1c/2) or >0.5 cm Grade 2 or 3
N0M0
>50 years-old
RSS 0-15 (LR)
Adjuvant hormonal
therapy (no CT)
RSS 16-25
Adjuvant hormonal therapy, CT if
RSS ≥20 or high clinical risk*
RSS >25 (HR)
Adjuvant CT and
hormonal therapy
*High clinical risk is defined as: Tumor >2 cm;
or 1-2 cm, grade 2 or 3; or less ≤1 cm grade 3
RSS: Recurrence score (0-100)
CT: Chemotherapy
EBC: Early-Breast cancer
Sparano et al. N Engl J Med. 2019.
Creado por Mauricio Lema Medina MD
241. 13 – Pruebas genómicas de
recurrencia
• Ejemplos de test genómicos comerciales
Creado por Mauricio Lema Medina MD
Prueba Número de genes Indicación Predice
BCI – breast cancer index 7 genes Ca mama – luminal Recaída a 5-10 años
EndoPredict 12 genes / clínico Ca mama – luminal Recaída
MammaPrint 70 genes / clínico Ca mama – luminal – N0/1 Recaída, predictivo
OncoType 21 genes / clínico Ca mama – luminal – N0 Recaída, predictivo
ProSigna 58 genes Ca mama – luminal – N0/1 Recaída
OncoType DCIS 12 genes Ca mama ductal in-situ Recaída local
OncoType Colon 12 genes Ca colon – etapas II y III Recaída
242. 13 – Prueba genómica de
recurrencia
• Conceptos fundamentales: Prueba genómica de recurrenca
Creado por Mauricio Lema Medina MD
La cuantificación de la expresión de genes (mRNA)
en células tumorales, permite precisar el riesgo de
recurrencia (pronóstico), y también ayuda a
establecer la utilidad o futilidad de ciertos
tratamientos (predictivo) en escenarios clínicos
concretos
255. Nowell and Hungerford
Cromosoma 22
Normal
Cromosoma 22
Leucemia mieloide crónica
1960
Philadelphia
Cromosoma 22
anormalmente corto en
leucemia mieloide crónica
Cromosoma Philadelphia
256. Janet Rowley
Cromosoma 9
Normal
Cromosoma 22
Normal
Cromosoma 22
Leucemia
mieloide crónicaCromosoma 9
Leucemia
mieloide crónica
1972
El cromosoma Philadelphia resulta
de una translocación recíproca de
los cromosomas 9 y 22
t(9;22)
261. Señalización Bcr-Abl
PDK
Bcr Abl
Supervivencia
Proliferación
Proliferación,
Progresión
Ciclo
Celular
Polaridad cellular
Migración
Hck
pY699
STAT 5
pY699
pY699
STAT 5
Cbl
Rap1
SOS
PPRAS
MEK1/2
ERK1/2
-Catenin
eIF2B
P
P
APC
P
GSK-3
S9
CRMP-2
P
Gli
P
GS
P
hPrune
P
MAP1B
P
eIF4B 4EBP1
P
S6
p70S6K
P
P
mTORC1
GL
S2448
T2446Raptor
FKBP12
TSC1TSC2
S939
P
p27
HDM2
p53
T157
p21
T145
S166
S186
AAAAA
60
S
40S
Bad
PCas 9
P
XIAP
P
Zyxin
S142
GirdinACAP1
P P
Erk 1/2
P
G1
S
G2
M
Proliferation
Cyclin D1
CDK4/6
E2F 1-3
pRb
PP P
P
Cas
9
Cas
9
Cyt
Cyt
Cyt
Cyt
Cyt
Cyt
Cyt
Apoptosi
s