El Órgano de Control Institucional es el encargado de realizar el control gubernamental interno en el Ministerio de conformidad con la ley. Sus funciones principales son ejercer el control interno y externo de los actos y operaciones del Ministerio, promover la correcta gestión de los recursos garantizando la legalidad y eficiencia, y efectuar auditorías a los estados financieros y de gestión del Ministerio.