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código genético y
síntesis de proteínas
Introduccion |
                 El descubrimiento de la síntesis de proteínas y el
                 código genético es producto de un proceso complejo
                 donde intervinieron varias disciplinas

                 La figura final de cómo ocurre la sintesis de proteinas
                 se logro a mediados de 1960

                 Ese proceso implico

                        1. Determinar la naturaleza del material
                 hereditario (1944 – 1953; Avery, Hershey y Chase)

                       2. Concepto de que un gen codifica para una
                 enzima (1941 – 1955, Beadle y Tatum, Lederberg)

                        3. Rol de los acidos nucleicos en la sintesis de
                 proteinas (1939 – 1955; Brachet, Sonneborn,

                        4. Estructura de los acidos nucleicos (1938 -
                 1953; Atsbury, Watson y Crick)
Introduccion |
Introduccion |
Introduccion |
Introduccion |
Elucidación del código genético
elucidacion |




                Alexander Dounce, 1952
elucidacion |   Podemos pensar el mensaje
                genético como un largo
                número escrito con 4
                caracteres que hay que
                traducir a otro escrito con 20

                Gamow 1954
elucidacion |
elucidacion |
                Dipeptidos
                20 x 20 = 400

                Secuencia
                44 = 256
elucidacion |
elucidacion |




                Codigo combinatorio

                Crep(4,3)=20
elucidacion |
                                       Codigo sin comas




                Esta asignacion
                permite 20 tripletes
                con sentido
elucidacion |
       Sistema rII
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                Benzer y la estructura fina del gen y la
                genetica molecular
elucidacion |
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                Crick y su sentido de la publicidad (Jacob, 1988)




                Hipotesis de la secuencia

                       Una secuencia de nucleotidos (gen) se
                       corresponde con una secuencia de
                       aminoacidos (proteina)

                Dogma central de la biologia molecular

                       Una vez que la informacion fluye a la
                       proteina no puede salir de`ella.
elucidacion |   Crick las fases o marcos de lectura y la mutagénesis 1961
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elucidacion |   Hasta aquí llegamos con la teoria y la genetica

                La quimica habia estado presente en los trabajos de estas
                lineas desde siempre.

                En general eran practicadas por grupos diferentes. Pero en
                los 50s fue cambiando.

                Se empiezan hacer experimentos de quimica tradicionales
                (purificaciones, ensayos enzimaticos, identificacion de
                compuestos) y el uso de marcadores radiactivos.

                Se comienzan a integrar los resultados y a compartir los
                trabajos por los diferentes investigadores.
elucidacion |   Un ejemplo lindo: Crick,
                Holley, la molécula
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elucidacion |   En los cincuenta se desarrollaron varias tecnicas
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                Marcado con isotopos radiactivos
elucidacion |   Llega la bioquímica pesada de la
                mano de Marshall Nirenberg
elucidacion |
                Variando la concentración de nucleótidos




                                                   RELATIVE
                             CODON    FREQUENCY
                                                  FREQUENCY
                             AAA        0.579        100
                             AAU        0.116        20
                             AUA        0.116        20
                             UAA        0.116        20
                             AUU        0.023         4
                             UAU        0.023         4
                             UUA        0.023         4
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elucidacion |

                El código es:

                -degenerado
                -no ambiguo
                -casi universal
                -tripletes, no
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El codigo genetico hoy


-Variaciones del codigo genetico

-Origen del codigo genetico

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hoy |
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        - Hipótesis del ‘codon capture’
        - Hipotesis de ‘codon competition’
hoy |
          Origen del codigo genetico



        -Accidente congelado ‘frozen accident’ (Crick,
        1971)

        -Hipotesis de co-evolucion del codigo genetico, la
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        la asignacion de codones (Wong, 1975)

        -Aminoacidos fisicoquimicamente similares tienen
        codones similares. (Woese, 1967)
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        cambios de aas?



        -Diferencia media de los cuadrados:

           -polaridad de los aas.

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        y frecuencias de aminoacidos
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        NUEVOS AAS

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        MODIFICACIONES ARTIFICIALES

        Introduccion de nuevos aas
hoy |
        Selenocisteina

              O                     O

         HO             SeH    HO             SH
                  NH2                   NH2
           Selenocisteína           Cisteína
             pKa = 5.2              pKa = 8.0
              O                     O

          O              Se    O              SH
                  NH3                   NH3
        Utiliza UGA y una maquinaria de decodificacion
        especifica
        Se encuentra en los tres dominios aunque en un juego
        de proteinas reducido (selenoproteinas)
El elemento SECIS reprograma traduccionalmente el
                    codón UGA




                Sec    elemento SECIS




               ACU
               UGA
  5´                                    3´
La descodificación requiere un factor de elongación
                específico para Sec


 EF-Sec (selB)
La síntesis de Sec ocurre sobre el tRNASec

                               Ser                             Sec

          Seril tRNA sintasa           Sec sintasa (selA)


          Ser                          selenofosfato

 ACU                           ACU                            ACU
tRNASec                                    Selenofosfato
                                           sintetasa
(selC)
                                           (selD)




                                     ATP                   selenuro
Genes involucrados en la incorporación de Sec


. selA: Sec sintasa


. selB: Factor de elongación específico


. selC: tRNASec


. selD: Selenofosfato sintetasa
hoy |   Pirrolisina (Pyl)




                            Codificado por UAG

                            Mecanismo todavia por resolver.

                            Se encuentra en Archaea y una
                            sola bacteria, en un conjunto de
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  • 2.
  • 3. Introduccion | El descubrimiento de la síntesis de proteínas y el código genético es producto de un proceso complejo donde intervinieron varias disciplinas La figura final de cómo ocurre la sintesis de proteinas se logro a mediados de 1960 Ese proceso implico 1. Determinar la naturaleza del material hereditario (1944 – 1953; Avery, Hershey y Chase) 2. Concepto de que un gen codifica para una enzima (1941 – 1955, Beadle y Tatum, Lederberg) 3. Rol de los acidos nucleicos en la sintesis de proteinas (1939 – 1955; Brachet, Sonneborn, 4. Estructura de los acidos nucleicos (1938 - 1953; Atsbury, Watson y Crick)
  • 9. elucidacion | Alexander Dounce, 1952
  • 10. elucidacion | Podemos pensar el mensaje genético como un largo número escrito con 4 caracteres que hay que traducir a otro escrito con 20 Gamow 1954
  • 12. elucidacion | Dipeptidos 20 x 20 = 400 Secuencia 44 = 256
  • 14. elucidacion | Codigo combinatorio Crep(4,3)=20
  • 15. elucidacion | Codigo sin comas Esta asignacion permite 20 tripletes con sentido
  • 16. elucidacion | Sistema rII
  • 17. elucidacion | Benzer y la estructura fina del gen y la genetica molecular
  • 19. elucidacion | Crick y su sentido de la publicidad (Jacob, 1988) Hipotesis de la secuencia Una secuencia de nucleotidos (gen) se corresponde con una secuencia de aminoacidos (proteina) Dogma central de la biologia molecular Una vez que la informacion fluye a la proteina no puede salir de`ella.
  • 20. elucidacion | Crick las fases o marcos de lectura y la mutagénesis 1961
  • 23. elucidacion | Hasta aquí llegamos con la teoria y la genetica La quimica habia estado presente en los trabajos de estas lineas desde siempre. En general eran practicadas por grupos diferentes. Pero en los 50s fue cambiando. Se empiezan hacer experimentos de quimica tradicionales (purificaciones, ensayos enzimaticos, identificacion de compuestos) y el uso de marcadores radiactivos. Se comienzan a integrar los resultados y a compartir los trabajos por los diferentes investigadores.
  • 24. elucidacion | Un ejemplo lindo: Crick, Holley, la molécula adaptadora, el sARN y el nacimiento del tARN
  • 25. elucidacion | En los cincuenta se desarrollaron varias tecnicas bioquimicas Ensayos enzimaticos con nucleotido fosforilasas Sistemas libres de celulas Aislamiento e identificacion de polimerasas Marcado con isotopos radiactivos
  • 26. elucidacion | Llega la bioquímica pesada de la mano de Marshall Nirenberg
  • 27. elucidacion | Variando la concentración de nucleótidos RELATIVE CODON FREQUENCY FREQUENCY AAA 0.579 100 AAU 0.116 20 AUA 0.116 20 UAA 0.116 20 AUU 0.023 4 UAU 0.023 4 UUA 0.023 4 UUU 0.00463 1
  • 28. elucidacion | Ensayo de ligamiento del triplete
  • 29. elucidacion | Así cualquiera: síntesis de ARN de sequencia conocida por Gobind Khorana
  • 30. elucidacion | Charles Yanofsky y la colinearidad
  • 31.
  • 32.
  • 33. elucidacion | El código es: -degenerado -no ambiguo -casi universal -tripletes, no solapado y sin comas
  • 34. El codigo genetico hoy -Variaciones del codigo genetico -Origen del codigo genetico -Nuevos aminoacidos geneticamente codificados
  • 35. hoy | Variaciones en el código estándar - Hipótesis del ‘codon capture’ - Hipotesis de ‘codon competition’
  • 36. hoy | Origen del codigo genetico -Accidente congelado ‘frozen accident’ (Crick, 1971) -Hipotesis de co-evolucion del codigo genetico, la sintesis bioquimica de los aminoacidos acompano la asignacion de codones (Wong, 1975) -Aminoacidos fisicoquimicamente similares tienen codones similares. (Woese, 1967)
  • 37. hoy | Que relacion hay entre las mutaciones y los cambios de aas? -Diferencia media de los cuadrados: -polaridad de los aas. -sustituciones puntuales
  • 38. hoy | El código genético es 1 en un millón (Freeland y Hurst, 1998)
  • 39. hoy | Optimo para estabilidad de proteinas y frecuencias de aminoacidos
  • 40. hoy | NUEVOS AAS Selenocisteina y pirrolisina MODIFICACIONES ARTIFICIALES Introduccion de nuevos aas
  • 41. hoy | Selenocisteina O O HO SeH HO SH NH2 NH2 Selenocisteína Cisteína pKa = 5.2 pKa = 8.0 O O O Se O SH NH3 NH3 Utiliza UGA y una maquinaria de decodificacion especifica Se encuentra en los tres dominios aunque en un juego de proteinas reducido (selenoproteinas)
  • 42. El elemento SECIS reprograma traduccionalmente el codón UGA Sec elemento SECIS ACU UGA 5´ 3´
  • 43. La descodificación requiere un factor de elongación específico para Sec EF-Sec (selB)
  • 44. La síntesis de Sec ocurre sobre el tRNASec Ser Sec Seril tRNA sintasa Sec sintasa (selA) Ser selenofosfato ACU ACU ACU tRNASec Selenofosfato sintetasa (selC) (selD) ATP selenuro
  • 45. Genes involucrados en la incorporación de Sec . selA: Sec sintasa . selB: Factor de elongación específico . selC: tRNASec . selD: Selenofosfato sintetasa
  • 46. hoy | Pirrolisina (Pyl) Codificado por UAG Mecanismo todavia por resolver. Se encuentra en Archaea y una sola bacteria, en un conjunto de proteinas bastante especifico