La estructura organizacional de Portuaria Austral consiste en una Gerencia General y tres Subgerencias: 1) Administración y Finanzas, responsable de la contabilidad, finanzas e informática; 2) Servicios y Contratos, encargada de los servicios portuarios y contratos; y 3) Gestión de Desarrollo, a cargo de nuevos proyectos, inversiones e indicadores. Cada unidad tiene funciones estratégicas y tácticas definidas para cumplir los objetivos de la empresa.