La metodología PACIE estructura el aula virtual en tres bloques: Bloque 0 (PACIE), Bloque Académico y Bloque de Cierre. El Bloque Académico presenta la información de la materia y está constituido por secciones como Exposición, Rebote, Construcción y Comprobación, donde los estudiantes interactúan con los contenidos, realizan actividades y son evaluados.