La microbiología oral estudia diferentes tipos de microorganismos como bacterias, hongos, protozoos y virus. Se divide en disciplinas como bacteriología, ficología y parasitología. Está relacionada con la microbiología médica y clínica. Los seres vivos se clasifican en dominios como Eukarya que incluye animales y plantas, Bacteria que comprende bacterias con células procariotas, y Archaea también con células procariotas pero con diferencias significativas de las bacterias.